genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68130467--68130569	27	3.9	26	84	6	136	27	20	16	35	1.94
68130467--68130569	52	2.0	53	90	5	165	27	20	16	35	1.94
68133438--68133562	27	4.7	27	79	3	119	25	20	20	32	1.97
68136028--68136146	27	4.4	27	79	0	121	26	18	22	31	1.97
68138375--68138583	40	5.3	40	82	4	239	25	26	22	24	2.00
68138366--68138583	80	2.8	79	84	7	266	25	26	22	25	2.00
68141809--68141860	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
68141740--68141879	67	2.1	68	86	2	192	32	22	27	17	1.97
68142110--68142220	27	4.1	27	84	2	143	25	20	22	31	1.98
68142129--68142233	27	4.0	27	83	4	135	25	19	18	37	1.94
68142130--68142234	53	2.0	51	94	3	183	25	18	18	38	1.93
68144039--68144130	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
68144278--68144346	25	2.8	25	86	8	88	24	24	26	24	2.00
68145153--68145217	27	2.4	27	82	5	78	21	23	16	38	1.93
68145246--68145577	27	12.3	27	74	8	156	33	8	20	37	1.83
68145359--68145512	54	2.9	54	82	3	195	29	7	21	40	1.81
68145359--68145510	81	1.9	81	86	2	216	29	7	21	41	1.80
68145514--68145762	27	9.3	27	83	3	290	40	6	22	30	1.80
68145514--68145757	107	2.3	107	84	1	310	40	6	21	30	1.79
68145516--68145757	80	3.0	82	84	3	332	40	7	21	30	1.80
68165646--68166157	47	10.7	47	92	2	728	27	29	9	34	1.88
68165790--68165867	25	3.2	25	63	17	65	30	33	7	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68167413--68167590	84	2.1	85	97	1	340	26	28	8	37	1.85
68176044--68176201	39	4.1	39	92	0	253	27	20	24	27	1.99
68179088--68179193	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
68179327--68179398	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
68183503--68183890	49	8.1	49	91	3	612	31	9	30	28	1.88
68184009--68184087	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
68189947--68190171	79	2.8	78	84	6	281	25	27	21	25	2.00
68189947--68190171	119	1.9	120	83	6	296	25	27	21	25	2.00
68189928--68190171	40	6.1	40	81	6	273	25	27	21	25	2.00
68194655--68194872	40	5.5	40	93	1	341	22	22	28	26	1.99
68199772--68199816	22	2.0	22	100	0	90	37	0	13	48	1.42
68201233--68201298	33	2.0	33	82	5	80	27	24	19	28	1.99
68205840--68205884	15	2.9	15	81	12	54	13	13	20	53	1.72
68217382--68217504	47	2.7	45	81	6	140	31	11	30	26	1.91
68219961--68220235	40	6.9	40	92	2	448	21	20	28	30	1.98
68223949--68224069	47	2.6	45	80	6	136	31	10	30	27	1.90
68224146--68224230	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
68225262--68225364	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
68225505--68225704	48	4.2	48	97	0	373	31	28	7	34	1.84
68225601--68225815	111	1.9	111	97	0	403	31	26	6	34	1.83
68225712--68225975	48	5.5	48	95	0	474	30	29	6	33	1.83
68225505--68225911	207	2.0	207	97	0	769	31	27	6	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68227448--68227493	24	1.9	24	82	8	58	41	23	10	23	1.86
68229311--68229622	40	7.8	40	92	0	491	27	30	21	19	1.98
68230904--68231004	36	2.8	37	86	3	143	25	30	17	25	1.97
68231144--68231646	48	10.5	48	96	0	918	31	28	6	33	1.83
68242604--68242636	17	1.9	17	100	0	66	45	24	0	30	1.53
68245930--68245978	23	2.2	22	81	3	53	24	53	4	18	1.62
68251659--68251788	43	3.0	43	77	1	145	30	23	16	29	1.96
68253809--68253833	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
68254381--68254559	27	6.6	27	80	6	182	27	14	27	29	1.95
68254379--68254559	82	2.2	81	78	4	204	28	14	27	29	1.95
68259092--68259297	40	5.2	40	94	1	326	22	21	28	27	1.99
68263230--68263332	28	3.7	28	88	0	143	25	14	33	26	1.94
68266662--68266718	23	2.8	20	77	17	64	75	0	8	15	1.04
68268515--68268572	29	2.0	29	100	0	116	37	10	6	44	1.65
68271488--68271567	26	3.1	26	87	1	117	20	21	25	33	1.97
68279786--68280194	43	9.6	43	83	4	356	30	28	15	26	1.96
68279765--68280189	86	5.0	86	82	4	493	30	28	15	26	1.96
68279784--68280194	129	3.2	128	84	3	517	30	27	15	26	1.96
68288176--68288287	43	2.6	43	73	6	111	28	26	19	25	1.99
68297409--68297586	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68297430--68297585	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68299478--68299616	37	3.8	37	92	0	206	27	30	17	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68299735--68300289	47	11.6	47	89	4	842	30	29	7	33	1.85
68299735--68300303	244	2.4	238	91	2	899	30	28	7	33	1.85
68304154--68304428	40	6.9	40	94	1	471	27	28	19	24	1.99
68305708--68305809	37	2.8	37	92	0	159	26	28	18	26	1.98
68305928--68306240	145	2.2	141	90	2	473	28	30	8	32	1.86
68305928--68306240	47	6.6	47	90	2	473	28	30	8	32	1.86
68308763--68308843	26	3.1	26	73	7	74	23	25	20	29	1.99
68309507--68309531	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
68310610--68310871	39	6.7	40	85	7	283	25	21	27	25	1.99
68313908--68314168	39	6.7	40	85	6	272	26	21	26	24	2.00
68313960--68314201	79	3.1	79	82	7	237	27	21	26	24	1.99
68321467--68321917	47	9.6	47	91	2	620	26	30	9	33	1.88
68321589--68321663	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
68321658--68321735	25	3.2	25	60	10	63	29	26	7	35	1.84
68325901--68325988	28	3.2	28	76	6	92	36	19	25	19	1.95
68329508--68329533	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
68330963--68331043	26	3.1	26	84	7	110	20	22	23	33	1.97
68335632--68335772	43	3.3	43	88	0	219	29	27	19	24	1.98
68343526--68343561	18	2.0	18	100	0	72	16	11	22	50	1.77
68372853--68372933	26	3.1	26	75	7	83	24	23	19	32	1.98
68373494--68373526	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
68375033--68375063	16	1.9	16	93	0	53	12	19	22	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68377166--68377337	93	1.8	93	89	0	272	29	27	20	22	1.98
68377159--68377332	46	3.8	46	76	10	183	29	27	20	21	1.98
68383140--68383318	80	2.2	80	80	6	186	25	26	21	26	2.00
68383173--68383318	40	3.7	40	82	7	172	25	27	22	24	2.00
68390908--68391000	40	2.3	40	88	3	143	25	27	21	24	1.99
68392875--68392914	21	1.9	21	89	0	62	35	15	5	45	1.68
68415722--68415939	40	5.5	40	88	2	280	22	24	27	25	2.00
68423916--68424133	40	5.5	40	88	2	280	22	23	27	25	2.00
68434581--68434733	39	3.9	39	91	0	234	22	18	30	28	1.97
68434581--68434761	78	2.3	78	85	1	220	22	19	30	28	1.98
68462408--68462673	93	2.9	93	87	1	381	30	27	18	23	1.97
68462401--68462671	46	5.8	46	71	14	198	31	27	18	23	1.97
68465840--68465879	12	3.4	12	93	6	73	22	27	15	35	1.94
68472330--68472507	40	4.5	40	91	2	270	22	23	28	25	1.99
68474026--68474113	42	2.1	42	86	0	122	28	32	23	14	1.94
68480473--68480540	26	2.6	26	80	0	82	27	23	23	25	2.00
68483460--68483823	27	13.5	27	86	0	485	39	20	8	31	1.82
68483460--68483877	81	5.2	81	86	2	491	39	20	8	31	1.83
68483807--68483878	27	2.7	27	84	0	99	40	23	8	27	1.83
68483924--68484083	27	6.0	27	83	5	182	33	20	21	25	1.97
68484509--68484573	22	3.0	22	82	8	78	23	21	20	35	1.96
68484739--68484833	27	3.5	27	81	5	111	20	22	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68484969--68485079	31	3.5	31	85	1	141	19	18	11	49	1.78
68484992--68485088	6	15.8	6	68	16	56	19	19	14	46	1.84
68488511--68488601	28	3.2	28	87	4	121	30	24	24	20	1.99
68488711--68488771	28	2.2	28	90	0	95	32	8	26	32	1.86
68496371--68496461	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
68496567--68496630	28	2.3	28	91	2	103	31	7	28	32	1.85
68503232--68503409	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
68503233--68503388	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
68503229--68503408	82	2.2	81	82	3	218	27	15	26	30	1.96
68511215--68511385	39	4.4	39	90	0	234	24	26	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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