genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70213674--70213845	27	6.3	27	80	4	159	41	17	9	31	1.81
70213839--70213926	27	3.3	27	91	0	149	36	19	19	25	1.95
70214336--70214427	33	2.8	33	85	3	114	27	22	23	26	2.00
70216667--70216837	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
70216659--70216834	46	3.8	46	78	10	205	29	27	20	22	1.98
70221481--70221628	79	1.9	80	87	4	219	25	21	27	25	2.00
70221481--70221651	79	2.2	79	84	6	213	26	21	26	25	2.00
70221481--70221628	40	3.7	40	87	5	219	25	21	27	25	2.00
70224414--70224671	40	6.5	40	86	2	333	26	27	22	23	1.99
70232493--70232707	40	5.4	40	89	2	292	25	28	23	22	1.99
70238624--70238794	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
70238616--70238791	46	3.8	46	78	10	205	29	27	20	22	1.98
70240260--70240412	24	6.4	24	90	2	236	28	20	20	30	1.98
70240260--70240412	71	2.1	72	92	2	254	28	20	20	30	1.98
70240462--70240528	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
70247253--70247337	27	3.2	27	81	3	109	35	18	20	25	1.95
70247256--70247338	26	3.2	25	81	8	94	34	19	19	26	1.95
70248964--70249172	40	5.2	40	79	3	172	25	26	22	25	2.00
70249478--70249555	29	2.7	29	84	7	97	28	32	15	24	1.95
70249537--70249639	43	2.4	43	93	0	179	24	36	15	23	1.93
70250675--70250731	27	2.1	27	100	0	114	35	14	14	36	1.86
70251519--70251597	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70251715--70252219	47	10.7	46	95	3	859	30	29	8	31	1.87
70251987--70252065	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
70254636--70254735	27	3.8	27	77	6	98	19	21	23	37	1.95
70256976--70257152	28	6.4	27	94	2	291	31	28	14	26	1.95
70256976--70257152	55	3.2	55	95	1	302	31	28	14	26	1.95
70256976--70257152	83	2.1	82	94	1	309	31	28	14	26	1.95
70265078--70265257	28	6.6	27	93	2	288	30	28	14	26	1.95
70265078--70265257	55	3.3	55	94	1	299	30	28	14	26	1.95
70265078--70265257	83	2.2	82	93	1	306	30	28	14	26	1.95
70278634--70278879	48	5.0	48	95	2	402	35	6	26	31	1.81
70278634--70278870	50	4.8	50	94	3	401	35	6	26	31	1.81
70278634--70278870	98	2.4	100	93	2	401	35	6	26	31	1.81
70279020--70279121	37	2.8	37	92	1	170	24	20	30	24	1.99
70280394--70280702	40	7.7	40	96	0	573	20	22	30	26	1.98
70280878--70280928	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
70282730--70282786	19	2.9	19	82	12	55	31	0	19	49	1.49
70284320--70284565	50	5.0	48	95	2	393	35	6	26	30	1.82
70284320--70284556	98	2.4	100	92	2	392	35	6	26	31	1.82
70284320--70284600	148	1.9	147	86	3	397	35	7	27	30	1.83
70284707--70284808	37	2.8	37	93	0	168	24	21	31	22	1.98
70288020--70288156	60	2.3	60	82	8	154	29	18	24	27	1.98
70292380--70292509	60	2.2	59	83	8	156	29	19	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70296543--70296730	50	3.8	49	80	2	178	28	26	19	26	1.98
70296964--70297017	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
70298231--70298719	163	3.0	163	98	0	942	28	24	11	35	1.90
70302729--70302918	49	3.8	49	76	8	159	27	26	17	28	1.98
70305235--70305272	20	1.9	20	84	10	51	15	13	21	50	1.78
70307802--70307855	19	2.7	20	80	19	67	70	0	22	7	1.12
70307831--70307927	15	6.7	15	71	15	62	70	3	21	5	1.21
70307802--70307925	21	5.8	21	68	24	73	68	2	22	6	1.24
70310935--70310985	10	5.0	10	77	13	50	19	19	13	47	1.83
70310925--70310984	30	2.0	31	86	3	86	20	20	15	45	1.86
70317571--70317662	43	2.1	42	82	11	107	27	30	19	22	1.98
70320810--70320882	27	2.7	26	85	6	92	20	26	19	34	1.96
70324377--70324437	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
70327022--70327169	43	3.5	42	87	3	197	25	23	27	22	2.00
70332848--70332982	70	1.9	70	92	0	225	31	13	18	36	1.89
70342623--70342704	27	3.1	26	87	8	112	19	24	20	35	1.96
70344790--70344840	7	7.1	7	74	12	50	41	15	0	43	1.47
70356529--70356615	43	2.0	43	82	12	108	26	29	19	24	1.98
70359533--70359753	107	2.1	107	97	0	415	26	31	23	18	1.97
70361021--70361050	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
70368781--70368812	16	2.0	16	93	0	55	34	18	21	25	1.96
70371647--70371822	46	3.8	46	76	7	167	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70371654--70371826	93	1.9	93	90	0	274	27	28	22	21	1.99
70374223--70374262	15	2.7	15	84	0	53	62	10	15	12	1.54
70374317--70374359	15	2.9	15	82	0	59	55	11	18	13	1.68
70374214--70374420	97	2.2	97	92	1	346	53	17	15	13	1.74
70377282--70377457	46	3.8	46	71	14	155	31	27	17	23	1.97
70377290--70377461	93	1.8	93	86	2	247	30	28	18	23	1.97
70380421--70380476	28	2.0	28	96	0	103	41	5	17	35	1.73
70380878--70381104	68	3.5	64	81	6	224	31	15	27	25	1.96
70384342--70384573	27	8.6	27	84	0	304	40	20	8	30	1.82
70384342--70384626	27	10.6	26	77	6	230	40	20	9	30	1.84
70384449--70384682	27	8.7	27	77	8	147	38	20	9	31	1.85
70384666--70384887	27	8.3	27	86	0	284	35	19	20	24	1.96
70385314--70385378	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
70385537--70385638	27	3.8	27	81	5	116	18	23	21	36	1.95
70385775--70385856	6	13.3	6	71	19	62	19	18	14	47	1.82
70385775--70385847	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
70398572--70398601	14	2.1	14	93	6	51	0	33	0	66	0.92
70400080--70400137	30	1.9	30	82	6	73	36	5	29	29	1.79
70400538--70400713	46	3.8	45	76	12	178	20	19	30	29	1.97
70400534--70400705	93	1.8	93	89	0	272	20	19	31	28	1.97
70405702--70405835	48	2.8	49	83	5	177	31	15	23	29	1.95
70405804--70405876	38	1.9	38	94	0	128	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70415119--70415208	24	3.8	24	78	0	81	21	17	17	43	1.88
70417520--70417567	21	2.2	21	78	10	53	47	2	12	37	1.53
70417693--70417733	22	1.9	21	85	5	55	24	2	24	48	1.63
70418963--70419174	46	4.6	46	82	5	198	30	17	26	24	1.97
70426134--70426180	19	2.4	19	92	3	76	70	4	8	17	1.29
70429320--70429367	19	2.4	21	76	13	57	27	2	16	54	1.54
70431113--70431152	19	2.1	19	100	0	80	32	5	32	30	1.79
70436310--70436430	39	3.1	39	92	0	206	23	23	29	23	1.99
70442178--70442352	27	6.4	27	84	3	199	26	14	28	30	1.95
70442178--70442331	82	1.9	81	87	4	229	27	14	27	29	1.96
70442172--70442352	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	29	1.96
70450090--70450267	27	6.6	27	84	3	214	26	14	28	30	1.95
70450091--70450246	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
70450090--70450267	82	2.2	81	84	3	232	26	14	28	30	1.95
70454315--70454473	39	4.1	39	91	0	248	22	23	30	24	1.99
70460575--70460656	39	2.1	39	93	0	137	20	25	29	24	1.99
70465264--70465307	21	2.1	21	100	0	88	45	0	13	40	1.44
70467973--70468063	28	3.2	28	85	4	121	29	23	25	21	1.99
70468169--70468233	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
70472060--70472208	27	5.4	27	90	2	217	30	28	13	27	1.94
70472060--70472208	55	2.7	54	88	2	217	30	28	13	27	1.94
70474547--70474579	17	1.9	17	93	0	57	42	18	15	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70482382--70482541	44	3.8	43	75	14	120	29	17	25	28	1.97
70482423--70482541	44	2.8	43	81	11	129	26	18	26	27	1.98
70485471--70485646	39	4.5	40	89	3	227	26	30	22	21	1.99
70485471--70485646	79	2.2	79	86	6	241	26	30	22	21	1.99
70492885--70492929	16	2.9	16	77	16	58	48	0	0	51	1.00
70498208--70498815	55	10.9	55	83	4	752	33	16	20	29	1.95
70498208--70498815	111	5.4	110	85	5	758	33	16	20	29	1.95
70505609--70505689	40	2.0	40	100	0	162	40	7	22	29	1.81
70505862--70505895	17	1.9	17	88	5	50	58	11	0	29	1.33
70507847--70507882	19	1.9	18	88	5	54	41	25	0	33	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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