genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59605591--59605624	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
59605657--59605858	93	2.2	92	88	5	291	48	3	3	44	1.40
59608256--59608283	12	2.3	12	100	0	56	35	25	25	14	1.93
59609734--59609784	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
59616169--59616202	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
59616380--59616450	26	2.8	24	75	10	70	63	0	0	36	0.95
59632277--59632340	31	2.1	31	100	0	128	37	15	9	37	1.80
59636448--59636481	11	3.0	11	86	4	50	41	0	0	58	0.98
59645723--59645768	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
59645730--59645774	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
59662940--59662980	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
59664601--59664657	27	2.1	27	93	0	96	36	10	10	42	1.74
59666191--59666243	16	3.3	16	78	5	63	0	24	1	73	0.93
59667839--59667884	22	2.0	23	95	4	85	45	39	6	8	1.61
59671227--59671358	50	2.6	51	85	3	185	37	12	15	34	1.85
59671363--59671451	39	2.3	39	92	0	151	47	15	8	28	1.76
59675646--59675766	54	2.3	51	83	8	154	36	13	15	34	1.87
59676863--59677019	43	3.7	43	73	5	147	31	24	19	23	1.98
59678336--59678375	17	2.5	17	88	8	57	47	10	12	30	1.74
59679967--59680040	38	1.9	38	89	5	114	28	12	20	39	1.88
59681622--59681680	20	3.0	21	78	9	70	15	13	6	64	1.48
59681665--59681700	19	1.9	19	88	5	56	22	22	5	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59681658--59681750	43	2.2	42	83	9	109	17	16	8	58	1.62
59681662--59681917	20	13.0	19	71	19	145	17	16	7	57	1.62
59681686--59681777	41	2.2	42	84	9	116	17	17	9	55	1.68
59681756--59681884	39	3.4	37	74	15	113	16	14	7	61	1.55
59681791--59681903	56	2.0	56	89	3	174	17	15	5	61	1.52
59681830--59681917	39	2.3	37	86	11	117	17	19	5	57	1.58
59682112--59682169	16	3.4	16	74	21	64	70	0	8	20	1.13
59682113--59682168	17	3.2	17	76	14	69	73	0	7	19	1.06
59682234--59682331	20	4.8	20	74	13	85	17	13	11	58	1.63
59682258--59682353	41	2.3	41	80	3	104	14	12	12	60	1.59
59682234--59682412	20	8.9	20	67	17	79	18	15	8	56	1.64
59686078--59686211	43	3.1	43	82	1	151	27	17	28	26	1.98
59690194--59690271	29	2.7	28	82	11	95	24	16	30	28	1.97
59690226--59690551	174	1.9	174	89	1	510	29	14	24	30	1.95
59692583--59692758	27	6.5	27	85	3	210	26	14	27	30	1.95
59692583--59692737	82	1.9	81	89	4	240	27	14	27	30	1.95
59692578--59692758	82	2.2	81	83	2	229	27	14	27	30	1.95
59701427--59701504	29	2.7	28	82	11	95	24	16	30	28	1.97
59701459--59701784	174	1.9	174	89	1	510	29	14	24	30	1.95
59704834--59704859	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
59706576--59706861	9	31.7	9	66	20	82	35	3	15	45	1.63
59706613--59706818	18	11.0	18	68	11	110	34	4	15	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59706623--59706743	27	4.6	26	70	20	92	36	4	14	44	1.65
59706593--59706858	78	3.5	74	84	6	336	35	3	15	45	1.62
59706964--59707502	105	5.2	105	90	4	815	54	4	6	34	1.45
59706964--59707503	211	2.6	208	90	4	804	55	4	6	34	1.45
59707829--59707956	62	2.1	61	95	2	231	45	13	7	34	1.70
59709404--59709483	39	2.1	39	95	0	142	48	15	13	22	1.79
59711421--59711494	37	2.0	37	100	0	148	43	2	0	54	1.14
59711469--59711500	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
59712011--59712053	22	2.0	21	82	8	52	44	27	0	27	1.55
59713630--59713663	18	1.9	17	88	5	50	70	2	0	26	1.01
59713906--59713945	19	2.1	19	85	0	53	65	7	10	17	1.46
59713914--59714056	20	7.2	20	72	11	114	58	6	13	22	1.58
59713904--59714071	41	4.2	40	73	18	134	57	8	13	20	1.62
59717826--59717857	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
59722766--59722807	17	2.5	17	96	0	75	11	28	42	16	1.84
59732962--59733004	16	2.6	16	81	3	50	25	9	4	60	1.47
59752209--59752257	26	1.9	25	91	4	80	61	0	4	34	1.15
59760700--59760753	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
59763218--59763261	15	2.9	15	82	0	61	56	11	15	15	1.66
59773702--59773872	50	3.4	50	86	3	200	23	14	28	33	1.94
59776374--59776431	29	2.0	29	83	10	73	43	1	24	31	1.64
59778956--59778997	16	2.3	20	69	30	56	23	14	33	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59778961--59778997	16	2.3	16	100	0	74	24	13	32	29	1.93
59785150--59785372	39	5.7	40	84	8	248	26	22	26	24	2.00
59785150--59785372	79	2.8	81	83	9	273	26	22	26	24	2.00
59793116--59793336	39	5.7	40	84	10	257	26	22	26	24	2.00
59800781--59801003	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
59800781--59801003	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
59800781--59801036	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
59817389--59817469	27	3.0	27	87	1	108	19	24	18	37	1.94
59828562--59828641	38	2.1	38	90	0	124	21	21	23	33	1.97
59828638--59828847	43	4.9	43	92	0	323	11	21	34	32	1.89
59845027--59845109	27	3.0	27	85	1	112	38	18	24	19	1.93
59845214--59845273	26	2.3	26	85	8	86	33	6	25	35	1.82
59853026--59853088	25	2.4	27	84	7	85	28	9	25	36	1.87
59855967--59856015	22	2.3	22	96	3	91	30	28	14	26	1.95
59878750--59878974	46	4.8	48	79	11	200	29	19	28	22	1.98
59890741--59890776	17	2.1	17	89	0	54	11	16	25	47	1.79
59893973--59894042	25	2.8	25	97	0	131	25	24	25	24	2.00
59894076--59894150	10	7.1	11	77	7	66	33	17	13	36	1.88
59894090--59894138	21	2.3	21	96	0	89	36	18	10	34	1.85
59894263--59894530	27	9.9	27	87	4	353	26	20	17	35	1.94
59894523--59894581	27	2.2	27	87	0	82	28	6	25	38	1.81
59894321--59894565	81	3.0	81	78	8	266	26	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59894558--59894688	53	2.4	54	88	1	183	40	8	21	29	1.82
59894558--59894688	27	4.9	27	90	1	183	40	8	21	29	1.82
59897531--59897646	57	2.0	56	81	6	135	27	28	17	26	1.97
59897530--59897636	29	3.8	27	80	8	106	28	28	17	26	1.98
59902768--59903032	39	6.8	39	94	0	467	21	26	29	22	1.99
59903287--59903349	31	2.0	31	96	0	117	25	6	20	47	1.73
59905652--59905703	27	1.9	27	84	7	70	13	13	26	46	1.80
59911234--59911276	22	2.0	22	100	0	86	23	16	27	32	1.96
59923682--59924141	148	3.1	148	94	0	812	27	25	22	24	2.00
59924779--59924827	23	2.1	23	96	0	89	34	24	10	30	1.89
59928134--59928179	16	2.9	16	90	6	58	52	28	4	15	1.61
59930334--59930498	40	4.2	40	90	3	228	23	22	28	25	1.99
59932902--59932936	8	4.4	8	85	0	52	54	22	20	2	1.58
59933160--59933261	29	3.6	29	86	1	134	25	15	30	28	1.96
59933160--59933270	58	1.9	57	87	1	159	26	15	30	27	1.96
59937565--59937674	29	3.9	28	83	7	123	26	16	30	27	1.97
59957535--59957656	43	2.9	42	79	7	156	30	14	24	30	1.95
59960946--59961096	43	3.5	43	80	8	166	30	14	21	33	1.93
59962125--59962163	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
59962602--59962716	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
59962627--59962716	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
59962821--59962885	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59976138--59976362	40	5.6	40	83	2	290	23	26	24	25	2.00
59976102--59976362	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
59984264--59984488	40	5.6	40	81	2	254	24	26	23	25	2.00
59984228--59984488	120	2.2	120	80	4	287	24	25	23	26	2.00
59986958--59987092	49	2.7	51	79	3	159	25	20	25	28	1.99
60003447--60003683	40	5.9	40	92	0	393	26	20	28	24	1.99
60005852--60005879	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
60007923--60007983	29	2.1	29	87	3	88	32	26	11	29	1.91
60013964--60014039	11	7.5	11	71	16	74	36	11	18	32	1.87
60013963--60014039	20	3.8	20	92	0	136	36	11	18	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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