genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67270112--67270209	40	2.5	40	85	11	132	24	27	23	24	2.00
67271502--67271535	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
67275300--67275409	43	2.5	42	84	8	132	30	25	17	27	1.97
67275343--67275429	44	2.0	43	80	10	97	31	24	16	28	1.96
67276570--67276594	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
67279644--67279777	39	3.4	39	90	3	207	25	20	28	25	1.99
67279591--67279814	40	5.7	39	83	7	233	25	21	27	25	1.99
67279591--67279814	79	2.8	81	84	8	282	25	21	27	25	1.99
67279591--67279847	79	3.3	79	80	9	258	26	21	27	24	1.99
67285239--67285317	27	2.9	27	83	3	88	20	24	21	34	1.97
67285469--67285606	33	4.3	33	78	12	137	26	20	24	28	1.99
67290150--67290187	17	2.2	17	86	9	51	47	10	26	15	1.78
67291145--67291231	27	3.2	28	88	6	117	33	21	24	20	1.97
67291125--67291231	27	4.0	27	83	10	116	34	18	24	22	1.96
67293547--67293716	39	4.3	39	88	5	220	26	27	20	25	1.99
67293547--67293766	118	1.9	119	79	12	256	26	27	20	25	1.99
67301509--67301680	79	2.2	80	86	7	235	25	27	21	25	1.99
67301509--67301680	40	4.3	39	88	5	231	25	27	21	25	1.99
67301509--67301732	79	2.8	79	82	11	228	25	26	21	26	2.00
67301509--67301732	119	1.9	119	81	12	273	25	26	21	26	2.00
67303535--67303581	24	1.9	25	86	4	69	63	0	34	2	1.06
67321922--67322082	42	3.7	42	77	6	153	28	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67321887--67322056	84	2.0	84	81	4	200	27	26	17	29	1.97
67326510--67326680	94	1.8	93	85	6	238	25	29	17	27	1.97
67333983--67334159	47	3.8	47	85	6	243	22	31	20	25	1.98
67333983--67334159	94	1.9	93	89	5	277	22	31	20	25	1.98
67350978--67351139	38	4.0	38	73	13	126	30	25	12	30	1.93
67350986--67351174	85	2.2	85	93	0	324	31	24	13	30	1.93
67352552--67352777	40	5.7	40	88	4	271	26	26	22	25	2.00
67360522--67360784	40	6.7	40	89	5	317	26	25	21	26	2.00
67360489--67360784	79	3.8	80	83	9	317	26	25	21	27	1.99
67367062--67367309	45	5.5	45	91	0	390	26	28	21	23	1.99
67368274--67368374	37	2.7	37	98	0	193	24	31	18	24	1.98
67368493--67369144	47	13.7	47	93	1	1052	28	29	8	33	1.86
67373287--67373339	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
67377260--67377437	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
67377261--67377416	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
67377257--67377437	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
67383898--67384109	47	4.7	47	78	10	244	31	22	15	30	1.95
67383891--67384068	85	2.1	85	90	0	284	32	22	14	30	1.94
67383978--67384116	48	2.9	48	83	1	181	31	21	14	32	1.93
67383898--67384143	133	1.9	132	89	0	384	31	23	15	30	1.95
67385077--67385235	27	5.9	27	75	2	149	26	11	20	41	1.87
67385077--67385237	54	3.0	53	80	3	171	26	11	20	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67392266--67392378	27	4.2	27	86	3	140	18	23	23	34	1.96
67392264--67392378	55	2.1	54	84	7	153	18	23	23	34	1.96
67397506--67397689	40	4.6	40	87	3	221	26	28	21	24	1.99
67397548--67397728	80	2.3	80	82	5	206	26	27	21	24	1.99
67403836--67404058	79	2.8	80	80	11	235	26	21	26	25	2.00
67403836--67404058	39	5.7	40	82	8	239	26	21	26	25	2.00
67403888--67404091	79	2.6	78	81	9	193	26	21	26	25	1.99
67411838--67411956	36	3.3	36	85	11	140	26	17	28	27	1.98
67411907--67411991	35	2.3	36	84	9	102	25	20	25	28	1.99
67428623--67428787	46	3.5	46	74	9	145	23	27	19	29	1.98
67429130--67429190	30	2.0	30	90	0	95	26	29	14	29	1.95
67447268--67447397	66	2.0	66	87	0	188	46	29	1	23	1.61
67447441--67447493	22	2.3	23	87	3	72	37	47	0	15	1.45
67447466--67447503	14	2.7	14	87	0	58	39	47	2	10	1.52
67447361--67447490	65	2.0	66	81	4	156	44	33	0	21	1.53
67447788--67447856	8	8.9	8	96	3	124	62	0	0	37	0.96
67450449--67450600	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
67450449--67450600	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
67452453--67452487	7	5.0	7	92	0	61	42	25	0	31	1.55
67453892--67454188	23	12.9	23	75	7	203	33	5	21	38	1.77
67453892--67454173	69	4.1	69	72	10	225	33	5	21	39	1.77
67453895--67454150	114	2.2	114	77	8	252	33	5	21	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67454057--67454188	70	1.9	69	81	4	158	37	5	19	37	1.75
67454648--67454694	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
67454615--67454706	31	3.0	30	75	19	91	28	4	2	65	1.23
67459085--67459113	14	2.1	14	100	0	58	51	20	13	13	1.75
67459424--67459595	93	1.8	93	92	2	292	28	30	20	20	1.98
67459416--67459591	46	3.8	46	76	12	198	29	29	19	21	1.98
67461978--67462066	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67461978--67462057	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67461989--67462066	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
67465003--67465172	46	3.7	45	76	7	189	30	30	20	20	1.97
67465011--67465184	93	1.9	93	92	0	294	29	29	20	20	1.98
67467076--67467127	20	2.6	20	78	0	50	44	13	3	38	1.62
67471816--67472056	24	10.0	24	89	3	351	24	20	24	29	1.99
67472105--67472161	20	2.9	21	87	10	77	31	19	8	40	1.82
67472244--67472421	24	7.5	24	93	1	295	25	21	23	29	1.99
67472244--67472419	71	2.5	71	92	0	298	26	21	23	28	1.99
67472244--67472421	95	1.9	96	95	1	322	25	21	23	29	1.99
67471878--67472603	365	2.0	366	96	0	1337	28	21	17	31	1.96
67472470--67472516	20	2.3	21	89	7	71	29	19	10	40	1.85
67480298--67480472	24	7.2	24	89	1	244	27	21	22	28	1.99
67480538--67480632	20	4.8	20	92	5	142	34	18	8	37	1.82
67480553--67480625	11	7.2	11	75	16	77	35	19	8	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67489766--67489830	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
67489938--67490023	28	3.0	28	86	5	120	22	25	22	30	1.99
67490480--67490520	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
67491383--67491409	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
67491799--67491925	43	3.0	43	81	4	159	29	26	18	24	1.98
67497352--67497431	29	2.8	28	81	7	99	27	35	13	23	1.93
67497352--67497431	28	2.8	28	81	7	99	27	35	13	23	1.93
67497656--67497692	16	2.2	17	95	4	67	16	18	10	54	1.71
67505971--67506087	45	2.6	45	88	0	171	24	18	27	29	1.98
67505992--67506134	45	3.3	43	77	12	132	26	17	25	30	1.97
67507899--67508182	40	7.1	37	85	7	237	26	21	26	25	2.00
67507899--67508163	80	3.3	80	87	4	367	25	21	26	25	2.00
67507900--67508196	80	3.7	78	85	6	332	26	21	26	25	1.99
67507952--67508196	120	2.1	118	85	6	325	26	20	26	25	1.99
67510830--67510940	38	2.9	38	87	0	159	29	25	16	28	1.96
67513531--67513588	30	1.9	30	86	6	82	60	15	12	12	1.59
67513549--67513588	15	2.7	15	84	0	62	62	20	10	7	1.50
67516486--67516694	38	5.0	38	66	21	105	29	24	14	31	1.94
67525059--67525115	13	4.4	13	88	0	78	15	31	31	21	1.94
67525049--67525115	26	2.6	26	85	0	89	17	31	31	19	1.95
67528113--67528305	29	6.8	29	82	8	218	25	32	13	27	1.94
67528113--67528337	57	3.9	57	76	12	228	25	33	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67528108--67528337	86	2.7	85	89	0	343	25	33	14	26	1.94
67528108--67528344	29	8.3	29	77	8	193	26	32	13	27	1.94
67532710--67532898	29	6.6	29	78	3	195	27	32	13	26	1.93
67532731--67532934	57	3.6	57	76	7	189	26	31	12	28	1.93
67532710--67532928	86	2.6	86	86	0	287	26	31	13	28	1.94
67532716--67532946	29	8.1	29	74	4	150	27	30	12	29	1.93
67542392--67542496	47	2.2	47	89	0	165	27	29	7	35	1.85
67546027--67546068	21	2.0	20	86	4	57	42	21	0	35	1.53
67556438--67556479	20	2.1	20	100	0	84	23	33	9	33	1.87
67561546--67561576	9	3.4	9	95	0	53	22	19	9	48	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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