genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  236  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75696802--75696869	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
75696974--75697041	29	2.3	29	85	5	84	25	30	14	29	1.95
75697143--75697221	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
75696692--75697190	172	2.9	173	95	0	910	30	25	14	29	1.94
75705051--75705118	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
75704940--75705267	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
75705220--75705298	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
75713422--75713500	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
75731829--75732007	27	6.6	27	81	5	173	29	27	15	27	1.96
75731855--75732005	82	1.9	81	85	4	214	28	27	15	28	1.96
75741571--75741604	10	3.4	10	87	0	50	38	20	8	32	1.84
75741847--75741881	7	4.9	7	86	6	52	42	17	0	40	1.49
75744629--75744676	20	2.3	20	86	10	62	14	31	22	31	1.94
75754997--75755047	15	3.4	15	76	17	61	60	0	0	39	0.97
75756456--75756512	12	4.5	13	79	16	57	22	0	3	73	0.98
75756458--75756505	25	1.9	25	86	0	69	20	0	4	75	0.97
75756471--75756510	19	2.2	18	86	13	55	25	0	5	70	1.08
75756458--75756511	25	2.2	25	82	0	63	22	0	3	74	0.98
75763271--75763352	5	15.4	5	74	18	60	18	7	1	73	1.13
75763260--75763326	26	2.6	25	79	6	80	17	5	1	74	1.09
75770635--75770704	31	2.3	31	87	0	95	64	7	5	22	1.40
75772629--75772671	20	2.1	21	83	8	54	27	2	0	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75776628--75776744	42	2.8	42	79	5	121	32	23	17	26	1.96
75787911--75788075	43	3.9	42	77	9	163	24	16	26	32	1.96
75793466--75793501	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
75794204--75794259	18	3.0	18	80	15	69	42	0	3	53	1.18
75794957--75795131	61	2.9	60	77	14	173	53	3	2	41	1.30
75807729--75807792	19	3.4	18	75	16	58	64	0	3	32	1.10
75813276--75813310	6	5.7	6	93	6	61	51	17	17	14	1.77
75813512--75813548	18	2.1	18	100	0	74	16	37	21	24	1.93
75818678--75818712	15	2.3	15	85	0	52	34	34	11	20	1.88
75822567--75822606	20	2.0	20	85	4	55	37	15	2	45	1.59
75825150--75825313	43	3.8	43	77	13	151	28	13	23	34	1.93
75828309--75829053	389	1.9	388	82	6	927	36	7	18	37	1.80
75829952--75830099	43	3.4	43	80	4	138	29	15	22	33	1.95
75831228--75831267	21	1.9	21	89	0	62	27	5	25	42	1.75
75832692--75832857	43	3.9	44	77	6	153	27	12	25	34	1.91
75840165--75840468	46	6.6	46	93	0	493	20	22	13	42	1.87
75848214--75848307	41	2.3	41	94	0	161	34	21	18	26	1.96
75848231--75848322	41	2.2	41	90	0	139	32	20	18	28	1.96
75849344--75849388	22	2.0	22	100	0	90	33	0	17	48	1.48
75849852--75849917	21	2.9	23	67	26	59	43	18	16	21	1.87
75849841--75850146	45	6.8	45	83	4	339	45	15	17	21	1.85
75849838--75850103	91	2.9	91	85	3	365	46	15	16	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75849841--75850146	136	2.2	136	82	4	368	45	15	17	21	1.85
75850336--75850369	13	2.6	13	90	0	50	41	8	20	29	1.82
75851195--75851243	24	2.0	24	96	0	89	26	20	14	38	1.91
75855601--75855765	43	3.8	43	75	6	154	30	25	15	28	1.95
75864017--75864064	18	2.7	18	83	6	62	66	4	0	29	1.10
75864256--75864292	19	1.9	19	88	0	56	29	0	2	67	1.04
75866556--75866600	3	15.0	3	80	0	54	26	2	6	64	1.30
75871961--75872160	108	1.9	108	96	0	373	19	14	21	46	1.84
75873699--75873745	23	2.0	24	83	4	60	65	4	2	27	1.22
75882660--75882736	27	2.8	28	82	7	95	53	0	1	45	1.08
75883277--75883323	22	2.1	22	84	0	58	55	10	17	17	1.69
75887334--75887391	31	1.9	29	86	13	82	39	3	5	51	1.41
75887361--75887478	62	2.0	62	83	8	154	43	5	4	47	1.45
75890925--75890972	24	2.0	24	95	0	87	37	6	14	41	1.71
75896979--75897010	12	2.6	12	95	5	55	78	0	0	21	0.76
75896981--75897024	20	2.2	20	87	0	61	70	2	2	25	1.10
75902020--75902154	23	5.7	23	78	14	134	27	22	18	31	1.97
75902020--75902157	46	2.9	45	83	13	163	27	23	18	30	1.98
75902039--75902155	24	4.9	24	78	14	109	26	23	17	31	1.97
75905240--75905290	25	2.0	25	100	0	102	15	11	35	37	1.84
75909588--75909724	46	2.9	45	81	12	143	27	21	18	33	1.96
75909589--75909723	24	5.7	24	72	18	88	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75926095--75926170	40	1.9	40	100	0	152	46	6	19	27	1.75
75928427--75928592	49	3.3	49	78	4	170	30	25	19	24	1.98
75928455--75928588	49	2.7	51	82	2	173	29	24	19	26	1.98
75930901--75930930	8	3.8	8	95	0	51	30	6	40	23	1.80
75949328--75949464	43	3.2	43	84	4	143	32	15	24	27	1.95
75954340--75954453	33	3.5	33	78	2	122	31	23	13	31	1.93
75956359--75956474	43	2.7	43	85	5	146	27	17	25	30	1.97
75956853--75956877	10	2.5	10	100	0	50	40	24	16	20	1.91
75962045--75962091	24	2.0	24	100	0	94	51	6	4	38	1.47
75975392--75975459	34	2.0	34	100	0	136	29	14	23	32	1.94
75975794--75975994	43	4.7	43	94	1	341	21	17	35	24	1.95
75976069--75976135	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
75981905--75981945	9	4.6	9	88	11	66	31	0	21	46	1.52
75982008--75982135	9	13.6	9	76	9	103	32	0	19	47	1.55
75982012--75982135	57	2.2	57	86	0	167	31	0	19	48	1.55
75985873--75985922	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
75986301--75986336	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
75986928--75987004	40	1.9	41	89	2	120	18	20	20	40	1.92
75988080--75988165	43	2.0	43	84	4	113	38	26	6	27	1.82
75988346--75988412	28	2.4	28	85	7	82	25	0	23	50	1.49
75988350--75988412	21	3.0	21	76	2	54	25	0	23	50	1.49
75988721--75989030	41	7.7	41	83	3	306	23	16	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75996326--75996491	73	2.3	73	96	1	307	26	28	22	22	1.99
75999136--75999192	9	6.4	9	81	4	62	47	19	10	22	1.80
75999200--75999334	17	7.4	17	65	14	72	49	14	4	31	1.63
75999217--75999317	20	5.3	20	65	13	70	46	15	5	31	1.70
75999191--75999339	37	4.0	37	94	0	271	46	15	5	32	1.68
76006251--76006320	14	5.1	14	73	13	65	54	0	2	42	1.15
76006247--76006329	40	2.1	40	100	0	166	50	0	4	44	1.23
76006438--76006517	20	3.7	21	75	8	72	58	0	2	38	1.11
76011287--76011324	15	2.5	15	87	8	51	13	2	47	36	1.56
76012684--76012771	35	2.5	34	78	5	95	35	21	19	23	1.96
76014971--76015039	27	2.6	27	75	11	63	47	2	2	46	1.32
76025379--76025431	21	2.5	22	79	11	67	50	1	0	47	1.12
76025613--76025657	22	2.0	22	100	0	90	17	42	17	22	1.89
76027986--76028020	18	1.9	18	94	0	61	40	0	0	60	0.97
76029085--76029129	22	2.0	22	100	0	90	22	17	31	28	1.97
76029156--76029188	12	2.8	12	95	4	59	93	0	6	0	0.33
76038035--76038103	20	3.5	20	76	11	63	69	0	28	1	0.97
76038612--76038673	29	2.1	31	87	6	92	46	6	14	32	1.70
76045303--76045345	22	2.0	21	82	8	52	27	0	51	20	1.48
76046041--76046066	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
76048446--76048504	30	1.9	31	89	3	93	47	1	20	30	1.60
76049971--76050082	51	2.2	51	85	0	143	41	8	19	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76055018--76055058	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
76062066--76062222	35	4.5	35	90	0	242	31	13	25	29	1.94
76062068--76062240	35	4.9	35	87	1	150	30	15	24	29	1.96
76062068--76062260	70	2.8	70	85	0	208	30	14	24	30	1.95
76065587--76065974	48	8.0	48	95	1	668	35	6	27	30	1.82
76066115--76066217	37	2.8	37	93	0	170	24	21	31	23	1.99
76067487--76067755	40	6.7	40	95	0	484	21	22	29	26	1.99
76067931--76067981	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
76071641--76071680	5	7.6	5	83	10	53	80	0	2	17	0.83
76071646--76071680	17	2.1	17	94	0	61	80	0	2	17	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295