genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86208071--86208121	22	2.3	22	89	0	75	39	19	5	35	1.76
86208079--86208122	22	2.0	22	95	0	79	38	22	4	34	1.75
86210305--86210480	88	2.0	88	92	0	289	39	21	6	32	1.79
86211926--86211970	22	2.0	22	100	0	90	17	42	26	13	1.86
86212121--86212156	6	5.8	6	90	3	54	80	0	19	0	0.71
86212128--86212174	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
86212120--86212159	12	3.2	12	89	3	62	77	0	22	0	0.77
86212447--86212475	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
86212617--86212645	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
86212641--86213534	146	6.2	144	89	5	1259	58	7	5	27	1.48
86219834--86219863	14	2.1	14	93	0	51	20	16	6	56	1.62
86220200--86220597	131	3.0	131	81	2	467	27	19	18	34	1.95
86223640--86223689	25	1.9	27	88	8	77	0	14	14	72	1.14
86227768--86227823	21	2.6	22	77	5	62	16	33	26	23	1.95
86230503--86230543	19	2.1	20	86	4	57	43	7	12	36	1.70
86236793--86236974	40	4.6	40	89	2	242	25	23	26	24	2.00
86241596--86241857	39	6.6	39	86	5	311	25	21	27	24	1.99
86251006--86251052	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
86266216--86266262	22	2.1	22	96	0	85	36	17	8	38	1.80
86273688--86273715	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
86278838--86278937	28	3.5	28	80	8	130	33	29	16	22	1.95
86278898--86278978	40	2.0	40	85	0	108	28	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86284620--86284719	28	3.5	28	80	8	130	33	29	16	22	1.95
86284680--86284760	40	2.0	40	85	0	108	28	27	23	20	1.99
86296486--86296663	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86296507--86296662	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86305449--86305597	28	5.6	27	88	7	205	29	28	14	26	1.95
86309432--86309575	78	1.9	77	85	2	200	55	9	7	27	1.58
86312911--86312966	25	2.2	26	90	3	87	64	1	1	32	1.14
86314586--86314668	19	4.6	19	75	11	93	63	3	1	31	1.19
86314571--86314658	25	3.2	25	69	15	68	62	3	2	31	1.24
86314563--86314690	53	2.4	54	82	13	156	60	2	3	33	1.25
86316158--86316358	80	2.5	80	84	1	262	27	26	16	28	1.97
86316317--86316539	44	5.0	42	80	8	187	26	26	15	30	1.96
86319398--86319487	3	30.0	3	70	12	51	28	8	1	61	1.33
86319954--86320011	29	2.0	30	82	3	73	34	8	6	50	1.60
86320425--86320503	34	2.3	34	78	20	85	36	2	7	53	1.43
86320618--86320659	19	2.1	19	86	8	57	35	0	2	61	1.09
86323421--86323599	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
86325544--86325832	47	6.1	47	91	3	425	31	12	30	25	1.92
86325618--86325693	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
86325621--86325742	22	5.3	22	63	24	63	30	13	31	25	1.93
86325806--86325896	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
86325555--86325881	141	2.3	140	85	5	390	32	12	29	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86326041--86326149	37	2.9	37	95	0	191	22	19	30	27	1.98
86327402--86327753	40	8.8	40	93	0	587	22	22	29	25	1.99
86327965--86328073	57	1.9	57	86	1	155	23	20	27	28	1.99
86329524--86329702	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
86331642--86331930	47	6.1	47	89	3	425	32	11	29	26	1.92
86331719--86331793	22	3.3	22	66	23	64	30	13	30	25	1.94
86331904--86331994	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
86331653--86331979	141	2.3	140	85	6	401	32	11	29	25	1.92
86332139--86332210	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
86338493--86338548	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
86338482--86338548	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
86338597--86338654	23	2.4	24	88	5	91	34	18	22	24	1.96
86338862--86338925	31	2.1	31	96	0	119	39	15	23	21	1.92
86340229--86340288	30	1.9	32	83	12	81	61	3	3	31	1.28
86340223--86340442	16	13.4	16	66	20	75	60	2	4	32	1.31
86340372--86340454	19	4.6	19	75	11	93	63	3	1	31	1.19
86340357--86340444	25	3.2	25	69	15	68	62	3	2	31	1.24
86340349--86340476	53	2.4	54	82	13	156	60	2	3	33	1.25
86342128--86342154	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
86348374--86348481	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
86353509--86353718	40	5.3	40	90	0	296	24	20	28	26	1.99
86361381--86361603	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86361456--86361638	79	2.3	80	83	1	226	25	20	28	25	1.99
86363036--86363072	18	2.1	18	94	0	65	37	5	2	54	1.38
86363923--86363979	29	2.0	29	82	6	71	17	36	26	19	1.94
86364520--86364559	21	2.0	20	85	5	53	82	2	7	7	0.92
86372030--86372070	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
86391359--86391387	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
86392047--86392122	22	3.6	21	73	18	68	65	2	0	31	1.06
86392031--86392097	28	2.4	28	82	9	84	67	2	0	29	1.06
86392047--86392116	20	3.3	21	77	16	74	65	1	0	32	1.01
86392033--86392097	9	6.8	10	70	19	50	66	3	0	30	1.07
86392031--86392099	29	2.4	29	77	15	74	66	2	0	30	1.06
86392151--86392197	22	2.1	21	85	14	60	68	2	4	25	1.19
86393099--86393123	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
86402723--86402769	21	2.2	21	77	7	51	25	25	29	19	1.98
86403433--86403485	17	3.2	18	76	15	60	71	1	0	26	0.96
86406567--86406636	8	8.2	8	74	16	52	57	2	1	38	1.23
86406904--86406990	26	3.2	26	67	17	77	44	5	5	43	1.51
86406894--86407005	56	2.0	58	87	7	167	44	6	7	41	1.57
86409164--86409206	21	1.9	22	86	13	61	44	9	0	46	1.35
86416380--86416415	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
86419059--86419116	20	2.8	20	80	10	73	63	6	1	27	1.29
86419610--86419661	20	2.6	20	84	6	70	42	3	3	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86419660--86419702	17	2.7	15	80	13	50	27	2	0	69	1.00
86419654--86419697	17	2.6	17	88	0	70	31	0	0	68	0.90
86427973--86427997	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
86428020--86428069	18	2.8	18	79	11	57	34	4	12	50	1.58
86439330--86439382	23	2.3	23	93	0	88	67	1	1	28	1.11
86439574--86439614	7	5.9	7	94	0	73	58	9	0	31	1.31
86439570--86439615	14	3.3	14	93	0	83	54	8	0	36	1.32
86439614--86439643	7	4.3	7	95	0	51	36	0	30	33	1.58
86439638--86439666	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
86441199--86441239	18	2.3	18	91	0	64	56	0	2	41	1.13
86441641--86441667	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
86441643--86441676	13	2.5	13	90	4	50	52	2	0	44	1.16
86443022--86443063	17	2.4	18	80	15	52	66	0	2	30	1.04
86453252--86453373	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
86453224--86453869	47	13.6	47	92	3	915	28	29	9	33	1.88
86455134--86455312	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
86456621--86456712	46	2.0	46	95	0	166	32	9	18	39	1.84
86460409--86460459	25	2.0	25	96	0	93	39	11	21	27	1.88
86465212--86465253	21	2.0	23	86	13	63	59	0	2	38	1.10
86465197--86465253	22	2.5	22	78	18	64	59	0	3	36	1.14
86478025--86478165	70	2.0	70	100	0	282	34	15	19	29	1.93
86481199--86481239	6	6.8	6	100	0	82	17	14	0	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86487707--86487780	17	4.5	16	80	9	69	64	0	2	32	1.07
86488391--86488430	18	2.2	18	95	0	71	30	12	20	37	1.89
86494295--86494358	26	2.5	25	85	7	76	67	6	4	21	1.32
86497182--86497229	21	2.2	23	85	7	64	70	2	6	20	1.19
86503226--86503256	15	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
86522678--86522727	22	2.2	22	78	3	55	40	0	0	60	0.97
86525081--86525118	19	2.1	18	90	5	58	10	18	47	23	1.79
86526292--86526333	10	4.3	10	81	6	59	16	2	2	78	0.96
86527479--86527557	41	1.9	41	92	0	131	22	12	21	43	1.86
86528836--86528888	19	2.7	19	77	11	63	35	11	9	43	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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