genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71199232--71199322	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
71199467--71199575	37	2.9	37	93	0	173	24	19	29	26	1.98
71211154--71211233	40	2.0	40	97	0	151	32	20	13	33	1.91
71217387--71217483	40	2.4	41	81	10	103	27	29	16	25	1.97
71217804--71217833	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
71232861--71233042	28	6.5	28	92	1	267	33	25	12	28	1.92
71254316--71254481	43	3.9	42	71	9	122	31	25	15	28	1.95
71255573--71255607	18	1.9	18	94	0	61	34	45	5	14	1.68
71256358--71256402	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
71257375--71257434	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
71257381--71257428	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
71259266--71259295	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
71268035--71268226	95	2.0	95	98	0	375	34	24	19	21	1.96
71270569--71270621	27	2.0	27	84	0	70	39	15	7	37	1.75
71272536--71272763	47	4.8	48	73	13	177	24	28	19	27	1.99
71279246--71279279	18	1.9	18	94	5	61	14	26	11	47	1.79
71284318--71284871	138	4.1	138	86	3	746	46	5	7	40	1.55
71284318--71284871	272	2.0	274	87	3	787	46	5	7	40	1.55
71284909--71285204	134	2.2	138	82	9	374	45	5	7	40	1.57
71284576--71285266	333	2.1	333	99	0	1373	43	6	8	41	1.61
71285222--71285377	75	2.1	75	93	0	267	30	13	9	46	1.75
71288763--71288885	28	4.4	28	89	2	167	33	28	11	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71296919--71297041	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
71306753--71306870	43	2.8	43	80	6	143	34	25	15	24	1.94
71306772--71306914	42	3.3	42	80	9	137	33	25	17	23	1.96
71319283--71319370	42	2.1	42	95	0	158	26	25	13	35	1.93
71322283--71322444	43	3.8	43	78	6	157	30	26	19	23	1.98
71334509--71334740	93	2.5	95	74	9	233	23	28	20	28	1.99
71348022--71348163	47	3.0	46	84	2	185	33	10	30	26	1.90
71348137--71348227	46	2.0	46	86	0	128	34	9	30	25	1.88
71350452--71350481	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
71355159--71355224	26	2.5	26	82	0	78	27	19	27	25	1.99
71356888--71357135	39	6.4	39	90	0	345	21	19	26	32	1.97
71362440--71362879	47	9.3	47	89	1	587	33	10	30	25	1.90
71362440--71362889	141	3.2	141	88	2	654	33	10	30	25	1.89
71363009--71363088	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
71364882--71365263	40	9.5	40	90	4	499	25	21	27	25	1.99
71365006--71365072	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
71378527--71378561	3	11.3	3	87	6	52	28	2	0	68	1.04
71386438--71386608	43	4.0	42	75	7	148	30	25	18	25	1.98
71398045--71398244	43	4.7	43	81	6	237	27	29	18	25	1.98
71408893--71409068	46	3.8	46	78	10	178	23	20	26	28	1.99
71408889--71409061	93	1.9	93	87	0	256	24	20	27	27	1.99
71410548--71410649	54	1.9	52	82	13	127	18	24	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71416169--71416264	6	15.8	6	75	18	92	48	13	17	19	1.80
71416169--71416264	30	3.7	24	80	16	111	48	13	17	19	1.80
71416169--71416239	30	2.4	30	92	4	117	50	14	15	19	1.77
71416385--71416455	27	2.7	26	84	6	88	36	19	25	18	1.94
71416406--71416463	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
71416620--71416678	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
71416766--71416848	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
71417047--71417234	27	7.0	27	81	0	214	26	20	18	35	1.95
71417049--71417234	81	2.3	81	84	0	246	26	20	17	35	1.95
71417047--71417242	54	3.6	54	83	2	250	26	19	17	35	1.95
71417251--71417400	27	5.6	27	83	3	203	42	11	22	24	1.86
71417251--71417396	54	2.7	54	90	0	229	42	11	21	23	1.86
71417251--71417400	81	1.9	81	88	2	230	42	11	22	24	1.86
71419303--71419462	47	3.4	47	91	0	248	31	8	31	28	1.87
71419581--71419659	37	2.1	37	85	0	104	25	17	30	26	1.97
71421084--71421345	54	4.9	54	90	0	416	39	8	23	28	1.84
71421085--71421345	27	9.7	27	85	5	341	39	8	23	28	1.85
71421082--71421340	81	3.2	81	84	4	387	39	8	22	28	1.84
71421082--71421374	81	3.6	80	81	9	362	38	9	23	29	1.86
71426830--71426930	45	2.2	45	85	3	141	40	15	18	24	1.90
71427141--71427226	40	2.2	40	84	0	109	38	16	11	33	1.85
71427928--71427970	12	3.8	12	81	9	54	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71427928--71427973	22	2.1	22	88	8	67	0	32	0	67	0.91
71427928--71427981	22	2.4	22	84	12	65	0	31	1	66	1.02
71428500--71428543	19	2.3	20	85	14	58	54	6	0	38	1.27
71437667--71437749	40	2.1	40	86	0	112	39	16	9	33	1.82
71438454--71438487	17	1.9	18	94	5	61	0	29	0	70	0.87
71438462--71438491	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
71442138--71442176	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
71443541--71443565	13	1.9	13	100	0	50	24	24	28	24	2.00
71444214--71444245	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
71447808--71447875	31	2.2	31	97	0	127	47	8	16	27	1.76
71456838--71456873	19	1.9	20	88	11	58	36	11	0	52	1.37
71456831--71456885	20	2.7	20	81	13	60	36	9	5	49	1.58
71466527--71466585	25	2.4	23	81	13	57	33	20	23	22	1.97
71473290--71473332	21	2.1	20	83	12	52	34	23	20	20	1.96
71477753--71477977	121	1.9	121	90	1	362	28	19	11	40	1.86
71486883--71486925	22	2.0	21	82	13	52	13	2	6	76	1.08
71496803--71497168	46	7.7	49	74	10	264	22	29	19	28	1.98
71496905--71497171	94	2.8	93	79	10	303	23	29	18	28	1.98
71496798--71497163	140	2.6	141	80	6	348	23	28	19	28	1.98
71497838--71497862	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
71500581--71500620	21	1.9	21	84	0	53	30	10	25	35	1.88
71501100--71501173	28	2.6	28	89	0	112	24	13	33	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71503456--71503501	23	2.0	23	86	0	65	39	19	19	21	1.93
71504877--71504992	61	1.9	59	84	10	155	43	4	3	49	1.39
71507174--71507218	20	2.2	20	85	11	65	35	2	0	62	1.08
71507156--71507218	21	3.0	20	86	9	81	36	3	0	60	1.13
71507460--71507496	18	2.1	18	94	0	65	10	18	10	59	1.59
71508034--71508098	32	2.0	32	100	0	130	47	24	9	18	1.77
71512202--71512249	13	4.2	12	80	20	50	54	6	0	39	1.26
71516481--71516593	57	2.0	57	93	3	194	33	11	10	44	1.75
71526291--71526340	5	10.0	5	87	8	59	82	0	0	18	0.68
71526294--71526337	6	7.5	6	85	14	65	84	0	0	15	0.63
71526291--71526342	18	2.9	17	86	13	70	80	0	0	19	0.71
71533926--71533964	15	2.6	15	83	0	60	58	17	12	10	1.61
71544890--71545000	34	3.3	34	85	0	159	36	21	6	36	1.79
71553740--71553782	12	3.5	12	83	3	50	58	2	2	37	1.24
71554489--71554515	14	1.9	14	100	0	54	44	0	22	33	1.53
71554624--71554680	17	3.0	20	85	15	93	50	0	0	49	1.00
71554666--71554722	28	2.0	28	96	0	105	35	1	3	59	1.25
71555973--71556014	21	2.0	21	86	9	59	52	19	0	28	1.46
71555983--71556048	21	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
71557348--71557438	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
71557544--71557608	28	2.3	28	89	0	94	30	7	29	32	1.85
71565211--71565298	28	3.1	29	79	10	94	36	21	21	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71565407--71565466	27	2.2	27	87	0	84	31	8	26	33	1.86
71567120--71567297	27	6.6	27	78	6	144	27	29	17	25	1.97
71567120--71567297	54	3.3	55	80	3	164	27	29	17	25	1.97
71574315--71574492	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
71574315--71574492	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
71582319--71582496	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
71582319--71582496	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
71586692--71586869	27	6.6	27	78	6	144	27	29	17	25	1.97
71586692--71586869	54	3.3	55	80	3	164	27	29	17	25	1.97
71591219--71591400	28	6.5	28	92	1	276	28	12	26	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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