genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81840475--81840650	46	3.8	45	77	10	185	20	20	30	28	1.98
81840471--81840642	93	1.8	93	91	0	281	20	20	31	27	1.98
81842095--81842198	45	2.4	41	81	10	111	23	19	25	32	1.97
81849883--81849946	18	3.7	18	72	16	55	6	29	1	62	1.29
81850885--81850926	16	2.6	17	77	11	52	19	7	7	66	1.39
81856038--81856111	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
81859248--81859306	29	2.0	29	96	0	109	23	22	20	33	1.97
81864415--81864487	28	2.6	29	89	6	105	26	16	31	26	1.96
81866899--81866971	27	2.7	27	79	12	78	20	19	21	38	1.94
81866962--81867088	27	4.7	26	73	12	89	29	7	21	41	1.79
81866985--81867107	27	4.5	27	78	9	106	31	9	19	39	1.84
81866965--81867088	54	2.3	52	85	2	149	29	7	20	41	1.79
81867120--81867211	27	3.4	27	86	0	121	39	9	23	27	1.86
81871906--81871973	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
81871795--81872296	174	2.9	174	96	0	932	31	24	14	29	1.95
81872080--81872147	29	2.3	29	82	5	84	29	29	13	27	1.94
81872249--81872327	29	2.7	30	80	13	101	29	31	15	24	1.95
81896457--81896717	45	5.8	45	92	2	418	43	15	19	21	1.88
81896507--81896771	45	5.9	45	88	3	182	42	16	19	21	1.89
81896457--81896753	135	2.2	135	86	3	375	43	15	19	21	1.88
81898019--81898055	19	1.9	19	94	0	65	29	10	2	56	1.47
81898829--81898881	18	2.8	18	83	13	54	66	18	1	13	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81904834--81905020	42	4.5	40	80	5	131	36	22	16	25	1.94
81904834--81905026	44	4.6	43	81	5	202	36	22	15	25	1.93
81909025--81909056	15	2.1	15	100	0	64	37	0	18	43	1.51
81909030--81909064	15	2.3	15	90	0	52	40	0	14	45	1.45
81909041--81909350	172	1.8	172	91	1	514	46	6	14	32	1.70
81910864--81910913	21	2.4	21	82	0	64	36	4	20	40	1.71
81920319--81920490	46	3.7	46	76	13	181	30	28	19	21	1.98
81920324--81920494	93	1.8	93	89	0	270	29	29	19	21	1.98
81920914--81920973	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
81927907--81928078	46	3.7	46	76	13	181	27	28	22	20	1.99
81927912--81928082	93	1.8	93	91	0	279	27	29	22	20	1.99
81928502--81928561	30	2.0	30	90	0	93	30	26	6	36	1.82
81933160--81933310	82	1.9	81	85	4	214	27	17	27	27	1.97
81933160--81933315	27	5.7	27	81	6	154	27	16	28	27	1.97
81933159--81933336	27	6.6	27	79	5	144	26	16	28	28	1.97
81933152--81933336	82	2.3	81	77	2	201	27	16	28	28	1.97
81937168--81937385	40	5.5	40	91	2	325	24	27	23	24	2.00
81946469--81946551	41	2.0	41	83	0	103	37	26	19	16	1.93
81947328--81947352	10	2.5	10	100	0	50	24	0	8	68	1.16
81954149--81954173	10	2.5	10	100	0	50	76	16	8	0	1.02
81975118--81975170	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
81987047--81987166	58	2.1	57	81	7	136	45	6	20	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81987152--81987184	12	2.6	13	90	4	50	63	0	18	18	1.31
81994570--81994600	15	2.1	15	100	0	62	54	19	12	12	1.70
82003148--82003216	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
82003139--82003218	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
82005618--82005791	46	3.8	46	79	4	188	22	20	27	29	1.98
82005614--82005785	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	28	1.98
82009381--82009682	47	6.4	47	90	4	419	28	30	8	32	1.86
82009379--82009692	143	2.2	141	88	3	452	28	30	7	32	1.86
82009699--82009800	49	2.1	49	96	0	186	30	27	7	34	1.85
82009578--82009819	124	2.0	120	91	4	396	30	29	6	33	1.82
82014087--82014166	30	2.5	30	84	13	99	50	2	1	46	1.23
82019510--82019565	9	6.2	9	97	0	94	39	28	10	21	1.87
82024138--82024205	16	4.2	16	92	0	109	35	7	29	27	1.84
82024190--82024283	44	2.1	46	88	4	138	32	5	26	35	1.79
82024613--82024651	14	2.8	14	92	0	60	48	2	10	38	1.51
82024989--82025023	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
82025074--82025108	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
82024966--82025134	85	2.0	85	100	0	338	31	18	14	34	1.91
82025116--82025360	40	6.1	40	90	0	364	32	16	10	40	1.82
82025112--82025354	120	2.0	120	94	0	423	31	17	10	40	1.84
82027493--82027531	20	1.9	21	89	5	62	33	23	12	30	1.92
82030358--82030410	26	2.0	26	96	0	97	20	5	20	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82033586--82033743	40	4.0	40	93	1	246	29	29	20	20	1.98
82036414--82036483	27	2.6	27	93	2	95	32	28	11	27	1.91
82036416--82036511	28	3.4	28	89	2	131	32	28	12	27	1.93
82036956--82036981	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
82063470--82063686	40	5.5	39	83	6	224	24	22	27	25	2.00
82064801--82064844	6	7.8	6	80	14	58	13	2	0	84	0.73
82064801--82064846	21	2.2	21	96	0	83	13	2	0	84	0.71
82064809--82064851	15	2.8	16	89	6	63	13	2	0	83	0.74
82064812--82064867	21	2.7	21	86	2	69	16	5	0	78	0.92
82067758--82067790	13	2.6	13	90	4	50	30	0	12	57	1.35
82104499--82104683	40	4.7	40	77	5	178	24	20	28	27	1.99
82104562--82104716	79	2.0	78	83	1	193	25	20	28	25	1.99
82112442--82112624	40	4.6	40	83	2	199	26	20	26	26	1.99
82112442--82112624	79	2.3	80	80	1	199	26	20	26	26	1.99
82121798--82121846	16	3.1	16	93	0	80	28	0	36	34	1.58
82121830--82121924	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
82122066--82122107	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
82122075--82122116	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
82125930--82125972	21	2.0	21	81	9	50	11	32	23	32	1.90
82128367--82128487	58	2.1	59	87	1	172	31	23	19	24	1.98
82128883--82128936	24	2.2	24	90	0	90	12	42	31	12	1.81
82129148--82130094	42	22.4	42	81	4	872	16	31	33	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82129148--82130094	85	11.2	84	79	5	761	16	31	33	18	1.93
82129148--82130094	127	7.5	127	80	4	851	16	31	33	18	1.93
82129804--82129872	23	3.2	23	64	16	65	21	33	28	15	1.95
82132735--82132812	38	2.1	38	100	0	156	28	23	17	30	1.97
82134102--82134215	58	2.0	58	91	0	183	32	20	21	25	1.98
82134613--82134664	24	2.2	24	96	0	95	7	42	34	15	1.75
82134859--82135682	42	19.7	42	80	8	799	15	33	32	17	1.92
82134855--82135838	84	11.7	84	79	8	891	15	32	33	18	1.93
82134903--82135874	42	23.2	42	79	10	357	15	31	33	18	1.92
82134837--82135874	126	8.2	125	78	10	747	15	31	33	18	1.93
82143396--82143519	57	2.0	60	83	10	155	30	22	20	26	1.98
82143902--82143971	24	2.9	24	80	0	77	10	37	32	20	1.85
82144446--82144487	21	2.0	21	95	0	75	26	28	0	45	1.54
82148643--82148716	37	2.0	37	94	0	130	50	6	6	36	1.56
82149376--82149419	19	2.5	18	82	13	56	36	2	15	45	1.59
82150996--82151163	43	3.9	43	86	1	203	24	18	17	39	1.91
82151003--82151247	86	2.8	86	79	3	260	25	16	16	41	1.89
82151019--82151247	43	5.3	43	82	2	226	25	16	17	41	1.89
82151223--82151272	25	2.0	25	92	0	82	28	16	20	36	1.93
82151137--82151350	111	1.9	111	82	5	263	28	14	16	40	1.88
82151248--82151373	43	2.9	43	81	0	162	27	15	18	38	1.90
82153351--82153526	40	4.4	40	85	7	216	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82155055--82155122	29	2.3	29	82	5	84	27	29	14	27	1.95
82155229--82155331	29	3.6	29	90	7	165	28	29	14	28	1.95
82163122--82163431	169	1.8	170	92	1	532	30	24	14	30	1.94
82163397--82163475	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
82164994--82165027	15	2.3	15	90	5	52	82	0	17	0	0.67
82166681--82166842	43	3.8	42	76	10	159	32	23	17	26	1.96
82168577--82168601	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
82181649--82181826	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
82181670--82181825	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
82186982--82187062	23	3.4	23	84	3	90	27	20	17	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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