genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6914218--6914273	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
6915594--6915740	40	3.7	40	96	0	258	30	28	20	20	1.98
6921639--6921689	25	2.0	25	100	0	102	39	5	27	27	1.79
6924196--6924251	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
6934737--6934801	32	2.0	32	100	0	130	24	12	18	44	1.84
6934857--6934894	13	2.9	14	80	11	53	36	7	0	55	1.29
6935857--6935914	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
6935893--6935929	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
6935896--6935937	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
6936278--6936475	45	4.4	45	85	1	254	24	28	16	31	1.96
6936278--6936458	89	2.0	90	89	1	274	25	29	15	29	1.96
6936501--6936769	78	3.4	78	89	1	405	25	23	17	33	1.96
6947010--6947044	18	1.9	18	88	11	54	71	0	0	28	0.86
6947332--6947378	18	2.5	19	96	3	87	36	14	12	36	1.85
6947920--6948014	45	2.1	46	98	2	183	47	4	4	44	1.42
6948135--6948181	20	2.3	22	75	14	55	44	14	0	40	1.46
6955099--6955151	26	2.0	26	85	7	72	1	26	1	69	1.09
6956561--6956602	20	2.1	20	86	0	57	30	9	2	57	1.44
6957010--6957056	20	2.3	21	88	3	69	2	19	6	72	1.17
6957121--6957177	26	2.2	25	82	17	73	45	3	0	50	1.18
6958911--6958944	6	5.7	6	100	0	68	32	50	0	17	1.47
6961226--6961462	118	2.0	118	98	0	456	30	17	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6963486--6963580	36	2.6	36	96	0	172	27	32	12	27	1.93
6963951--6963990	16	2.5	16	95	0	71	40	22	0	37	1.54
6967641--6967823	37	5.0	37	94	1	307	24	21	16	37	1.94
6967787--6968153	52	7.2	52	83	7	443	28	22	13	34	1.93
6967787--6968145	98	3.6	98	89	2	493	28	22	13	34	1.92
6967794--6968159	150	2.5	144	91	5	561	28	22	14	34	1.93
6971283--6971486	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
6971367--6971485	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
6971376--6971466	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
6972739--6972921	37	5.0	37	94	1	307	24	21	16	37	1.94
6972885--6973251	52	7.2	52	84	7	452	28	22	14	34	1.93
6972885--6973243	98	3.6	98	89	2	502	28	22	13	34	1.93
6972892--6973257	150	2.5	144	91	5	570	28	22	14	34	1.93
6976384--6976587	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
6976468--6976586	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
6976477--6976567	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
6977841--6978023	37	5.0	37	94	1	307	24	21	16	37	1.94
6977987--6978353	52	7.2	52	84	7	452	28	22	14	34	1.93
6977987--6978345	98	3.6	98	89	2	502	28	22	13	34	1.93
6977994--6978359	150	2.5	144	91	5	570	28	22	14	34	1.93
6981490--6981549	31	1.9	31	89	0	93	35	10	11	43	1.75
6982325--6982375	23	2.3	23	74	19	54	62	5	0	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6988727--6988808	31	2.6	31	82	1	92	58	20	4	15	1.56
6989040--6989094	21	2.6	21	79	0	65	1	47	18	32	1.59
6989509--6989537	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
6994064--6994099	18	2.0	18	100	0	72	5	38	16	38	1.72
6994685--6994826	27	5.1	27	80	16	173	35	1	10	52	1.45
6994686--6994757	14	5.3	14	70	29	57	36	2	12	48	1.56
6995405--6995564	88	1.8	87	86	1	230	36	8	16	38	1.78
6995407--6995596	88	2.1	87	80	5	211	38	7	16	37	1.78
6997650--6997868	81	2.7	81	93	1	368	35	25	22	15	1.94
6997650--6997868	41	5.4	41	92	1	370	35	25	22	15	1.94
6998036--6998116	21	3.7	21	75	12	81	28	1	24	45	1.61
6998039--6998132	46	2.0	46	91	0	152	29	2	24	43	1.66
6998182--6998249	21	3.2	22	76	15	72	20	0	42	36	1.52
6998706--6998768	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
7003921--7004020	43	2.3	43	84	0	137	19	22	34	25	1.96
7004335--7004385	26	1.9	27	84	11	70	47	5	9	37	1.61
7005580--7005635	20	2.9	19	78	10	60	33	0	39	26	1.57
7005995--7006031	13	2.7	14	91	8	67	51	5	0	43	1.24
7006207--7006237	14	2.2	14	100	0	62	32	48	6	12	1.67
7006198--7006386	7	26.9	7	68	15	52	41	37	1	19	1.61
7006267--7006365	28	3.5	28	78	8	103	44	36	1	18	1.56
7006653--7006700	16	3.2	16	80	14	57	37	41	0	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7006887--7006938	24	2.2	23	80	16	54	34	5	1	57	1.33
7015740--7015981	119	2.0	119	95	0	439	42	16	13	28	1.85
7015950--7016011	31	2.0	31	100	0	124	41	19	19	19	1.90
7021393--7021606	75	2.8	76	90	2	324	53	7	2	36	1.43
7027486--7027561	39	1.9	39	100	0	152	32	10	22	34	1.88
7029837--7029905	30	2.3	30	80	5	77	50	10	2	36	1.51
7030038--7030183	43	3.4	42	83	3	168	30	26	16	27	1.97
7030040--7030330	150	1.9	150	82	5	356	31	25	16	26	1.96
7030126--7030248	65	1.9	65	88	3	185	32	25	17	25	1.96
7030083--7030291	108	1.9	107	82	2	258	32	26	15	25	1.96
7030184--7030462	42	6.6	43	81	2	296	31	27	16	25	1.96
7030190--7030462	85	3.2	84	78	7	257	31	26	16	25	1.96
7042650--7042696	12	3.7	12	78	15	58	31	44	14	8	1.76
7048655--7048865	97	2.2	99	84	3	266	38	13	18	29	1.89
7049120--7049186	35	1.9	35	90	6	109	14	19	32	32	1.92
7056675--7056763	9	8.9	9	75	22	56	82	4	7	5	0.96
7056674--7056752	11	7.3	11	75	1	79	83	5	7	3	0.90
7056674--7056765	17	5.6	16	71	20	66	81	4	8	5	0.97
7057490--7057559	35	2.0	35	97	0	131	14	24	34	27	1.94
7065092--7065171	27	3.0	27	75	18	94	38	0	3	57	1.17
7065124--7065172	11	4.3	11	80	10	62	36	0	2	61	1.08
7065124--7065174	24	2.1	24	88	0	75	37	0	1	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7066971--7067290	46	7.0	46	85	2	401	42	15	22	19	1.88
7066981--7067278	138	2.2	138	90	0	452	43	15	22	18	1.87
7073302--7073338	19	2.0	20	89	10	60	56	2	2	37	1.28
7074364--7074409	21	2.2	21	84	0	56	41	17	17	23	1.90
7075601--7075642	21	2.0	22	90	4	68	54	0	7	38	1.28
7076428--7076465	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
7083755--7083793	18	2.2	18	86	9	53	43	2	2	51	1.29
7097638--7097662	9	2.8	9	100	0	50	48	12	0	40	1.40
7098673--7098711	8	4.6	8	84	9	51	71	2	0	25	0.98
7104644--7104693	21	2.4	21	83	6	66	42	10	16	32	1.81
7108111--7108270	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
7115904--7116063	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
7121894--7122018	59	2.1	58	80	1	133	20	16	16	46	1.84
7126383--7126463	39	2.1	39	100	0	162	44	16	14	24	1.85
7130906--7130950	19	2.4	18	86	13	65	68	0	31	0	0.89
7132252--7132291	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
7132478--7132502	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
7132718--7133013	36	8.0	36	70	13	181	35	11	15	37	1.84
7132718--7133013	18	16.1	18	71	11	152	35	11	15	37	1.84
7133904--7133938	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
7137960--7137989	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
7142455--7142527	24	3.0	24	83	4	92	32	19	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7155517--7155555	20	1.9	20	89	5	60	64	2	0	33	1.08
7156247--7156435	96	2.0	96	97	0	360	38	16	10	34	1.83
7159633--7159760	64	2.0	64	92	0	211	34	18	16	30	1.93
7160991--7161022	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
7160968--7161050	26	3.1	25	71	11	67	46	0	4	48	1.23
7161266--7161336	32	2.2	33	92	5	119	35	25	2	36	1.71
7161266--7161337	16	4.5	16	89	3	101	34	25	4	36	1.75
7164007--7164154	49	3.0	49	92	0	233	38	23	14	23	1.91
7166965--7167005	21	2.0	21	90	9	66	0	12	0	87	0.53
7188530--7188587	28	2.1	28	93	0	98	37	6	0	55	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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