genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81537859--81537915	3	19.3	3	78	10	64	63	0	35	1	1.05
81537869--81537916	23	2.1	23	88	7	71	58	0	39	2	1.10
81539020--81539068	21	2.3	21	85	0	62	8	20	34	36	1.82
81539736--81539911	42	4.2	43	85	4	209	42	19	8	29	1.81
81539736--81539911	84	2.1	83	86	5	239	42	19	8	29	1.81
81541556--81541600	15	3.0	15	80	0	54	37	37	6	17	1.76
81541887--81542214	64	5.2	63	91	1	426	47	14	11	26	1.78
81542353--81542433	30	2.7	30	77	5	92	50	17	6	25	1.69
81542356--81542425	18	3.9	18	71	12	54	51	14	7	27	1.68
81542996--81543068	31	2.4	29	77	8	83	24	10	17	46	1.80
81543635--81543668	17	2.0	17	88	0	50	44	5	0	50	1.26
81543888--81543948	31	2.0	31	87	6	88	26	6	8	59	1.51
81544474--81544527	28	1.9	28	85	7	74	40	5	12	40	1.67
81554270--81554326	20	3.0	20	68	19	59	56	10	12	21	1.65
81566593--81566750	40	4.0	40	96	0	289	22	18	29	29	1.98
81566596--81566776	80	2.3	79	88	3	245	23	19	29	27	1.98
81574550--81574575	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
81575020--81575115	27	3.4	28	89	2	131	27	12	28	32	1.93
81575048--81575130	27	3.0	27	85	5	87	30	10	25	33	1.90
81575020--81575131	28	4.0	27	82	6	89	28	11	25	33	1.91
81594792--81595163	46	8.4	42	71	18	130	16	29	34	19	1.94
81595035--81595178	40	3.5	40	78	13	107	15	30	34	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81603226--81603319	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
81603386--81603740	182	2.0	178	87	5	516	20	27	26	25	1.99
81604186--81604306	58	2.1	59	88	1	181	31	23	20	24	1.98
81604708--81604754	24	2.0	24	91	0	76	8	34	38	19	1.82
81604941--81605943	42	23.7	42	80	6	731	16	32	32	18	1.93
81604955--81605966	127	8.0	126	80	5	913	16	32	32	18	1.93
81604979--81606002	85	12.1	85	80	6	908	15	31	33	18	1.93
81605721--81606002	43	6.6	43	79	7	245	15	26	36	21	1.94
81612984--81613580	47	12.6	47	92	2	930	29	29	8	32	1.86
81613035--81613112	25	3.2	25	64	10	72	33	30	3	32	1.76
81612984--81613571	49	12.3	49	92	2	927	29	29	8	32	1.87
81612984--81613580	96	6.3	94	91	3	930	29	29	8	32	1.86
81618402--81618522	58	2.1	59	88	1	181	31	23	20	24	1.98
81618918--81618964	24	2.0	24	86	0	67	12	34	36	17	1.87
81619129--81620143	42	24.0	42	80	5	933	15	31	33	19	1.93
81619183--81620143	85	11.4	85	81	5	977	16	32	33	18	1.93
81619129--81620166	127	8.2	127	79	5	953	15	31	33	19	1.93
81619898--81620199	43	7.1	43	78	7	231	15	28	36	19	1.93
81627197--81627550	178	2.0	177	86	6	500	20	27	26	26	1.99
81627991--81628111	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
81633584--81633655	37	1.9	37	97	0	135	29	33	18	19	1.95
81637642--81637817	46	3.8	46	75	10	160	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81640751--81640810	15	4.0	15	71	0	57	13	11	15	60	1.60
81643548--81643725	46	3.8	46	73	12	157	23	20	26	30	1.98
81646446--81646630	101	1.8	99	86	6	266	29	25	18	25	1.98
81647436--81647496	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
81656897--81657065	40	4.3	40	90	1	207	24	21	27	26	1.99
81656844--81657067	80	2.8	79	82	4	245	24	20	27	26	1.99
81674645--81674867	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
81674720--81674902	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
81677604--81677641	16	2.4	16	82	13	51	34	0	0	65	0.93
81677596--81677649	25	2.2	24	90	3	81	33	0	0	66	0.92
81677697--81677793	26	3.7	26	76	14	92	30	3	1	64	1.15
81677707--81677788	14	6.1	14	71	17	66	32	3	1	62	1.21
81677685--81677807	14	8.1	16	69	21	61	32	3	0	63	1.16
81677694--81677807	40	2.9	39	73	15	101	31	3	0	64	1.17
81677725--81677807	25	3.2	25	75	14	62	33	3	1	61	1.21
81677685--81677815	32	3.9	34	74	19	98	32	3	0	64	1.14
81692716--81692781	35	1.9	35	90	3	107	34	6	18	40	1.75
81693529--81693742	44	4.9	44	94	1	367	31	14	28	25	1.95
81695390--81695427	16	2.4	16	82	13	51	34	0	0	65	0.93
81695382--81695435	25	2.2	24	90	3	81	33	0	0	66	0.92
81695465--81695574	12	9.2	12	74	19	70	31	2	1	63	1.19
81695469--81695528	21	3.0	20	76	13	61	28	1	3	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81695482--81695583	26	3.8	27	76	12	86	31	2	1	63	1.20
81695466--81695573	14	7.8	14	70	15	73	31	2	1	63	1.19
81695537--81695599	31	1.9	34	84	15	89	33	3	0	63	1.10
81698859--81699091	50	4.7	50	82	7	298	28	17	28	24	1.97
81704353--81704523	93	1.8	93	92	0	288	28	26	21	23	1.99
81704345--81704520	46	3.8	46	77	10	196	28	26	21	23	1.99
81709111--81709232	47	2.6	47	94	0	226	36	12	24	27	1.91
81709211--81709407	55	3.6	55	80	7	224	37	17	24	21	1.94
81709211--81709418	53	3.9	54	80	6	215	36	16	24	22	1.94
81709219--81709436	108	2.0	109	83	4	271	37	17	24	20	1.94
81715310--81715431	47	2.6	47	90	0	190	34	11	24	29	1.91
81715413--81715629	54	4.0	54	81	2	238	38	15	23	22	1.92
81715417--81715631	55	4.0	54	81	6	220	37	15	24	22	1.93
81720999--81721026	13	2.2	13	100	0	56	21	21	10	46	1.81
81723186--81723278	43	2.2	42	79	11	109	25	18	24	31	1.98
81723195--81723275	43	1.9	42	85	7	110	25	17	24	32	1.97
81724184--81724216	13	2.5	13	100	0	66	6	27	33	33	1.81
81726471--81726535	34	1.9	34	96	0	121	32	7	29	30	1.85
81727085--81727120	18	2.1	16	90	10	54	55	0	0	44	0.99
81729298--81729336	20	2.0	20	84	0	51	30	15	25	28	1.96
81730187--81730268	29	2.8	30	73	1	85	20	6	23	50	1.71
81733576--81733643	34	2.0	34	100	0	136	44	11	2	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81734210--81734244	18	1.9	18	94	0	61	8	22	0	68	1.16
81734292--81734340	18	2.7	18	83	0	71	32	22	2	42	1.65
81747181--81747328	73	2.0	73	100	0	296	31	21	9	37	1.86
81749041--81749245	39	5.3	39	90	1	315	30	29	21	18	1.97
81757023--81757060	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81757290--81757460	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
81757285--81757457	46	3.7	46	78	10	190	29	27	20	21	1.98
81759556--81759585	8	3.8	8	100	0	60	53	0	33	13	1.40
81761255--81761400	44	3.4	42	73	13	129	24	18	23	32	1.97
81761255--81761413	43	3.7	42	73	10	135	23	17	25	32	1.97
81765049--81765111	31	2.0	31	100	0	126	22	22	15	39	1.92
81765304--81765425	25	5.0	24	82	10	133	28	21	20	29	1.98
81765295--81765425	48	2.6	48	76	15	133	28	21	19	31	1.97
81765470--81765527	20	2.9	20	92	0	98	32	20	13	32	1.92
81769013--81769087	22	3.4	22	73	14	82	21	12	16	50	1.76
81769013--81769102	44	2.0	44	100	0	180	22	11	15	51	1.75
81782285--81782360	39	1.9	39	91	0	125	23	22	27	26	1.99
81782285--81782389	39	2.7	39	85	2	122	23	22	27	25	2.00
81792801--81792879	6	13.2	6	70	12	56	18	7	0	73	1.06
81792810--81792879	23	3.0	23	82	16	81	18	8	0	72	1.09
81795593--81795855	40	6.6	40	85	3	300	27	28	20	23	1.99
81803538--81803723	40	4.7	40	93	1	295	27	28	19	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81803538--81803726	79	2.4	80	90	1	301	28	28	20	23	1.99
81803538--81803799	79	3.3	79	84	5	300	27	27	20	24	1.99
81803538--81803799	119	2.2	119	81	6	300	27	27	20	24	1.99
81803536--81803799	40	6.6	39	80	9	198	27	28	20	24	1.99
81819080--81819342	40	6.6	40	86	3	309	27	28	20	23	1.99
81827023--81827209	40	4.7	40	94	0	304	27	28	20	23	1.99
81827023--81827284	79	3.3	79	86	3	323	27	27	20	24	1.99
81827023--81827284	119	2.2	119	82	6	309	27	27	20	24	1.99
81827023--81827284	40	6.6	39	83	9	250	27	27	20	24	1.99
81831982--81832034	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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