genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19122367--19122402	13	2.8	13	91	0	63	8	2	5	83	0.89
19123989--19124085	30	3.2	30	73	2	97	29	15	25	28	1.96
19125906--19125936	10	2.9	11	95	4	55	22	9	0	67	1.19
19135351--19135429	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19135548--19136170	47	13.1	47	93	2	1012	28	30	9	31	1.89
19135548--19136170	96	6.5	96	93	2	1042	28	30	9	31	1.89
19141170--19141236	30	2.3	29	89	2	107	23	16	25	34	1.95
19154131--19154160	15	2.0	15	93	0	51	36	6	20	36	1.79
19156679--19156775	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
19165867--19166030	43	3.8	43	71	10	120	28	17	23	31	1.97
19168597--19168648	27	1.9	27	88	0	77	38	13	25	23	1.91
19175569--19175599	12	2.6	12	100	0	62	64	16	6	12	1.47
19180838--19180966	28	4.6	28	77	6	102	27	17	31	23	1.97
19181029--19181112	32	2.6	32	85	7	116	39	10	19	30	1.85
19181626--19181768	69	2.1	70	94	1	252	23	18	18	39	1.92
19188347--19188443	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
19199662--19199839	27	6.6	27	81	3	187	26	15	28	29	1.96
19207633--19207894	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
19221204--19221348	48	3.0	48	88	4	220	40	18	4	36	1.72
19222358--19222386	8	3.8	8	95	4	51	41	48	0	10	1.37
19230117--19230150	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
19231553--19231690	28	4.9	28	84	0	150	34	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19231709--19231788	28	2.9	28	88	0	115	32	20	20	27	1.97
19231625--19231762	73	1.9	73	86	0	195	34	22	21	21	1.97
19231597--19231788	101	1.9	101	81	4	235	33	21	21	22	1.97
19231698--19231795	28	3.5	28	81	5	81	33	21	18	26	1.96
19231891--19231946	28	2.0	28	85	0	76	32	23	12	32	1.92
19232162--19232254	46	2.0	46	95	0	168	36	8	15	39	1.78
19233354--19233384	16	1.9	16	93	0	53	48	6	16	29	1.70
19240538--19240585	24	2.0	24	83	0	60	70	0	18	10	1.15
19240564--19240601	16	2.4	17	83	16	55	81	0	18	0	0.69
19240710--19240762	18	2.7	19	77	16	56	75	0	15	9	1.04
19240710--19240759	21	2.3	21	79	3	55	78	0	12	10	0.98
19244291--19244315	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
19245308--19245360	26	2.0	26	96	0	97	18	20	22	37	1.94
19245317--19245372	26	2.2	26	93	0	94	23	17	21	37	1.94
19248331--19248444	22	4.9	24	76	10	103	28	18	17	35	1.94
19249216--19249244	10	2.9	10	100	0	58	27	10	20	41	1.85
19253849--19253920	36	2.0	36	100	0	144	30	16	22	30	1.96
19260692--19260745	26	2.1	27	86	6	76	25	14	22	37	1.93
19260701--19260784	28	3.2	26	81	5	80	30	13	19	36	1.89
19262231--19262338	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
19267784--19267942	32	5.0	32	85	1	221	34	11	9	44	1.74
19267784--19267951	63	2.7	63	90	2	259	33	11	8	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19269944--19269996	21	2.5	21	90	0	88	32	39	7	20	1.81
19277740--19277809	34	2.1	34	97	0	131	50	10	14	25	1.74
19279148--19279196	25	2.0	25	100	0	98	24	14	20	40	1.89
19280534--19280562	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
19284942--19284966	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19285871--19285914	19	2.3	19	85	14	56	63	4	0	31	1.14
19289879--19290055	45	4.0	45	84	5	222	22	16	28	32	1.96
19289879--19290092	45	4.9	44	79	12	194	22	16	29	31	1.96
19289891--19290055	86	1.9	89	84	10	225	23	16	29	30	1.96
19306386--19306434	19	2.4	21	86	10	66	24	28	16	30	1.96
19309025--19309049	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
19309109--19309192	26	3.2	26	78	9	107	33	1	3	61	1.20
19309094--19309185	26	3.6	25	78	11	105	30	2	3	64	1.21
19309786--19309835	25	2.0	24	92	3	82	54	8	12	26	1.64
19311300--19311324	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
19314800--19314837	18	2.1	19	85	5	51	18	18	0	63	1.32
19316232--19316663	99	4.4	98	88	1	605	32	10	19	37	1.86
19316232--19316663	197	2.2	198	87	2	618	32	10	19	37	1.86
19319513--19319598	38	2.3	39	82	8	97	38	4	3	53	1.39
19339265--19340118	284	3.0	284	98	0	1618	32	18	9	39	1.83
19344703--19344777	23	3.2	22	73	12	69	41	1	4	53	1.28
19344720--19344789	25	2.8	25	79	12	81	38	0	4	57	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19344748--19344818	36	2.0	35	91	2	115	36	0	1	61	1.05
19344775--19344832	21	2.8	21	87	10	75	36	0	1	62	1.06
19344817--19345053	132	1.9	124	82	12	302	39	2	3	53	1.34
19344909--19344956	20	2.6	19	81	12	57	37	0	2	60	1.09
19344934--19345040	24	4.2	24	68	23	67	34	2	4	57	1.34
19345016--19345051	17	2.1	17	89	5	54	36	0	0	63	0.94
19345042--19345091	12	3.7	13	76	23	50	48	0	0	52	1.00
19345072--19345130	31	2.0	29	86	6	82	49	5	1	44	1.34
19347571--19348224	132	4.9	132	77	7	486	35	18	18	28	1.94
19350469--19350518	22	2.2	22	79	13	57	0	16	22	62	1.33
19351089--19351826	44	16.8	44	82	4	711	24	30	15	29	1.95
19351714--19351939	113	2.0	113	90	3	357	23	32	14	29	1.94
19351758--19351894	69	2.0	69	82	2	168	21	32	16	29	1.95
19351827--19352163	44	7.9	44	84	8	428	23	33	13	29	1.93
19351670--19351983	157	2.0	157	89	1	477	23	32	14	28	1.94
19351586--19352163	245	2.3	245	84	3	744	23	32	14	29	1.94
19352030--19352096	33	2.0	33	100	0	134	19	32	11	35	1.88
19351986--19352140	77	2.0	77	93	0	265	21	32	14	30	1.93
19353427--19353488	5	12.4	5	77	19	67	1	20	0	77	0.85
19353433--19353496	15	4.3	15	76	23	64	1	18	0	79	0.81
19353429--19353497	21	3.5	20	77	14	63	1	18	0	79	0.80
19358704--19358759	22	2.6	20	76	15	58	35	1	1	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19361043--19361081	16	2.5	15	83	4	51	61	2	2	33	1.23
19361926--19361993	34	2.0	34	94	0	118	47	8	25	19	1.78
19362451--19362479	14	2.0	15	93	6	51	37	41	0	20	1.53
19362511--19362616	7	14.9	7	67	14	56	47	29	0	22	1.58
19362508--19362555	15	3.3	15	85	5	71	47	35	0	16	1.47
19362621--19362663	17	2.4	18	88	11	70	51	2	0	46	1.13
19366318--19366411	30	3.1	30	93	0	161	28	23	22	25	1.99
19368298--19368336	18	2.1	19	95	4	71	43	0	2	53	1.14
19368350--19368419	17	4.1	16	74	7	59	42	1	1	54	1.18
19368499--19368617	62	1.9	62	96	0	220	38	3	3	54	1.34
19368539--19368578	19	2.0	20	85	4	55	52	0	0	47	1.00
19369188--19369243	20	2.8	20	83	0	85	35	1	0	62	1.06
19369306--19369340	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
19369269--19369335	21	3.0	21	75	16	64	35	2	0	61	1.12
19369497--19369558	20	3.0	21	84	13	83	56	0	0	43	0.99
19373898--19373954	24	2.4	24	84	0	78	19	24	17	38	1.93
19377903--19377959	28	2.0	28	100	0	114	43	7	10	38	1.66
19383930--19383978	21	2.3	22	85	3	64	67	4	2	26	1.19
19384542--19384608	20	3.6	18	73	13	55	64	2	4	28	1.28
19385222--19385260	18	2.1	19	90	4	62	46	0	5	48	1.24
19387386--19387437	26	2.0	27	81	11	63	28	34	17	19	1.94
19387413--19387494	14	5.8	14	80	8	85	24	34	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19387413--19387496	29	2.9	29	78	5	91	23	34	20	21	1.97
19387454--19387497	15	3.0	15	86	6	63	27	36	15	20	1.93
19387684--19387830	23	6.6	23	78	11	121	32	20	13	33	1.92
19387687--19387828	45	3.2	42	77	11	140	33	19	13	33	1.91
19387862--19387917	15	3.7	15	79	9	60	23	26	25	25	2.00
19387862--19387926	30	2.2	30	82	0	85	24	26	24	24	2.00
19389639--19389687	25	2.0	25	91	0	80	36	4	34	24	1.75
19392855--19393087	90	2.6	90	80	8	240	31	7	10	49	1.66
19392913--19393114	90	2.3	90	81	4	221	32	6	10	50	1.64
19393697--19393751	27	2.0	27	96	0	101	25	14	27	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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