genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14069932--14069985	15	3.5	15	92	5	90	59	5	14	20	1.55
14070147--14070184	13	3.0	13	92	3	60	71	13	5	10	1.30
14081743--14081781	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
14086436--14086482	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
14089376--14089411	12	3.0	12	87	0	54	13	8	2	75	1.15
14089387--14089446	12	4.5	13	71	20	52	16	5	5	73	1.19
14090941--14090987	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
14093628--14093905	45	6.2	45	96	0	493	25	20	15	37	1.92
14095375--14095436	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
14095375--14095437	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
14095749--14095798	24	2.0	24	88	7	73	76	2	8	14	1.10
14095752--14095802	13	4.1	13	90	5	79	76	0	9	13	1.02
14098246--14098283	18	2.2	17	90	4	58	81	2	5	10	0.94
14098277--14098335	19	2.8	20	85	15	75	76	1	16	5	1.05
14098293--14098328	11	3.4	10	88	11	54	86	0	11	2	0.68
14101128--14101174	20	2.3	20	81	0	58	29	38	12	19	1.89
14106003--14106044	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
14106022--14106076	22	2.4	23	80	11	60	61	3	23	10	1.44
14110798--14110887	46	2.0	42	85	8	117	25	17	22	34	1.96
14128626--14128752	41	3.1	41	97	1	238	25	19	25	29	1.99
14142005--14142049	22	2.0	22	83	8	56	35	15	8	40	1.79
14144457--14144486	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14148852--14148895	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
14150288--14150409	46	2.7	45	85	5	147	20	24	15	39	1.91
14160661--14160822	46	3.5	46	92	0	243	22	23	14	39	1.91
14164361--14164425	13	4.9	13	77	7	69	32	6	23	38	1.79
14168029--14168074	23	2.0	23	100	0	92	56	13	4	26	1.55
14169346--14169393	25	2.0	23	88	8	69	12	18	0	68	1.20
14172016--14172069	20	2.7	20	82	5	65	61	12	12	12	1.58
14173222--14173286	27	2.4	27	80	7	78	16	29	41	12	1.85
14173380--14173426	3	16.0	3	78	12	53	63	0	36	0	0.94
14173380--14173426	16	3.0	16	85	14	71	63	0	36	0	0.94
14173381--14173421	22	1.9	21	90	5	64	65	0	34	0	0.93
14173380--14173427	25	2.0	24	87	4	69	64	0	35	0	0.94
14173892--14173926	17	2.0	17	88	5	52	74	0	2	22	0.95
14173935--14173976	17	2.6	16	92	7	75	76	4	7	11	1.15
14174012--14174696	149	4.6	149	89	3	1035	57	8	6	27	1.53
14174012--14174696	294	2.3	293	90	4	1056	57	8	6	27	1.53
14174646--14174684	20	2.0	20	85	10	53	76	12	0	10	1.01
14175869--14176003	43	3.2	43	79	10	134	26	23	20	28	1.99
14183143--14183257	42	2.7	41	78	12	117	27	26	19	26	1.99
14188206--14188268	21	3.0	21	88	0	90	49	9	19	22	1.76
14197277--14197349	29	2.5	29	90	0	119	19	24	12	43	1.85
14197190--14197375	87	2.1	88	79	4	198	23	22	11	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14201637--14201786	27	5.6	27	80	9	171	40	20	8	30	1.82
14201637--14201790	81	1.9	82	82	6	197	39	21	8	30	1.83
14201637--14201805	54	3.1	52	72	16	130	40	20	9	30	1.84
14201798--14202034	27	8.7	27	88	0	339	27	22	8	40	1.84
14201796--14202077	81	3.5	81	83	3	334	30	21	8	39	1.84
14201796--14202034	54	4.4	54	94	1	406	28	22	8	40	1.84
14202042--14202136	27	3.7	25	76	8	84	45	21	7	26	1.77
14202042--14202166	27	4.7	27	73	5	76	40	22	8	28	1.84
14202149--14202722	27	21.3	27	89	0	797	35	19	21	23	1.96
14203127--14203191	25	2.6	25	85	0	85	16	20	16	46	1.85
14203124--14203205	6	13.3	6	69	19	53	18	18	15	47	1.83
14206222--14207047	413	2.0	413	89	1	1253	29	13	22	34	1.93
14209463--14209514	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14209553--14209611	27	2.2	26	84	3	73	22	22	18	37	1.94
14215118--14215157	20	2.0	20	100	0	80	30	0	45	25	1.54
14216484--14216545	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
14223812--14223960	73	2.0	73	96	0	271	34	12	13	39	1.82
14231023--14231080	30	1.9	30	86	6	82	18	36	31	13	1.90
14241072--14241104	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
14243004--14243064	21	2.9	22	73	20	58	14	36	27	21	1.93
14253595--14253754	42	3.7	42	74	8	126	33	23	17	25	1.96
14253596--14253762	43	3.9	44	74	9	132	33	23	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14254658--14254692	17	2.1	17	94	0	61	45	2	14	37	1.59
14259400--14259841	101	4.4	102	74	8	314	26	18	25	30	1.98
14259451--14259827	147	2.5	149	85	3	490	25	18	25	29	1.98
14259401--14259841	50	8.8	50	77	5	320	26	18	25	30	1.98
14260041--14260072	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
14260192--14260517	180	1.8	180	87	5	489	39	7	19	33	1.79
14263301--14263359	15	4.0	14	80	8	64	15	16	11	55	1.68
14266322--14266715	50	7.8	50	76	5	337	24	18	26	30	1.97
14266322--14266603	101	2.8	103	77	5	281	24	17	26	30	1.97
14266527--14266711	101	1.8	101	94	0	325	23	18	27	30	1.98
14266367--14266713	151	2.3	151	84	1	435	24	18	26	30	1.98
14266915--14266946	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
14267274--14267630	180	2.0	180	89	2	547	38	7	19	34	1.81
14269325--14269434	6	17.8	6	73	15	82	50	13	18	18	1.79
14269337--14269406	19	3.7	19	75	11	81	50	14	18	17	1.79
14269370--14269434	25	2.6	25	92	0	112	47	13	18	20	1.82
14269325--14269434	31	3.5	31	76	14	109	50	13	18	18	1.79
14269327--14269405	37	2.1	37	90	0	122	51	13	16	17	1.76
14269553--14269612	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
14269580--14269721	67	2.1	67	84	5	176	30	22	27	19	1.98
14269651--14269702	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
14269946--14270225	27	10.4	26	82	7	212	24	18	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14269946--14270223	54	5.1	54	82	2	283	24	18	18	38	1.93
14269951--14270223	81	3.4	81	87	1	370	24	19	17	38	1.93
14270263--14270630	27	13.6	27	83	0	430	30	9	20	39	1.84
14270263--14270630	54	6.8	54	87	1	477	30	9	20	39	1.84
14278178--14278321	78	1.8	78	83	2	191	26	22	26	24	2.00
14278178--14278303	39	3.2	39	86	4	173	26	21	26	25	1.99
14283532--14283561	14	2.1	15	93	6	53	63	13	6	16	1.50
14287795--14287829	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
14304912--14305136	40	5.7	40	83	5	260	25	21	26	26	2.00
14308123--14308467	49	6.9	48	78	7	359	28	26	19	25	1.98
14308137--14308465	100	3.3	99	89	2	471	28	26	19	25	1.98
14321765--14321874	23	4.8	23	70	6	98	27	23	18	30	1.97
14321764--14321874	46	2.4	45	83	4	143	27	23	18	31	1.97
14321830--14321896	22	3.0	22	74	10	64	25	20	17	35	1.95
14335673--14335848	50	3.5	49	85	3	190	28	27	17	25	1.98
14337503--14337531	10	2.9	10	100	0	58	10	41	10	37	1.73
14339714--14339747	18	1.9	17	94	5	59	23	0	0	76	0.79
14341409--14341478	20	3.4	19	82	9	68	17	1	0	81	0.77
14341414--14341457	19	2.3	19	84	0	52	15	2	0	81	0.78
14341432--14341478	9	4.9	9	87	12	67	12	0	0	87	0.55
14341428--14341478	15	3.5	15	86	7	79	13	0	0	86	0.58
14341409--14341478	24	2.8	23	85	10	86	17	1	0	81	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14355633--14355756	23	5.4	23	76	1	124	24	22	20	32	1.98
14355629--14355757	45	2.8	44	87	3	168	24	21	20	33	1.97
14360324--14360434	23	4.9	23	75	5	109	24	24	19	31	1.98
14360324--14360429	46	2.3	45	82	4	133	24	23	19	32	1.98
14371898--14371927	14	2.1	14	93	0	51	33	26	26	13	1.93
14374748--14374901	28	5.5	28	96	0	238	31	29	13	25	1.94
14374748--14374926	56	3.2	56	89	1	261	32	29	13	25	1.93
14380409--14380440	16	1.9	17	93	6	57	34	15	6	43	1.72
14382231--14382290	27	2.2	28	81	6	77	50	3	13	33	1.58
14382240--14382295	27	2.1	27	96	0	103	42	3	17	35	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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