genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23351983--23352094	27	4.1	27	82	7	129	16	24	22	37	1.93
23351983--23352094	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
23355616--23355785	46	3.7	46	78	4	198	31	29	17	21	1.96
23355624--23355795	93	1.8	93	89	0	272	29	29	18	22	1.97
23355621--23355810	46	4.1	45	71	12	127	30	28	18	22	1.97
23357998--23358073	15	5.1	15	81	7	84	57	14	17	10	1.64
23357998--23358087	30	3.0	30	77	9	85	58	15	15	10	1.62
23361020--23361189	46	3.7	46	76	10	184	31	29	18	21	1.97
23361028--23361199	93	1.8	93	93	0	299	29	29	19	21	1.97
23361071--23361214	46	3.1	46	71	14	134	31	28	18	22	1.97
23362892--23362942	27	1.9	26	84	4	66	33	21	27	17	1.96
23363176--23363488	27	11.6	27	87	1	412	40	8	21	29	1.83
23363176--23363505	81	4.1	81	88	1	466	40	8	21	30	1.83
23363490--23363574	27	3.2	25	77	18	75	27	9	21	42	1.83
23363497--23363651	54	2.9	53	74	10	152	27	8	23	40	1.84
23363526--23363651	27	4.7	27	79	8	114	28	7	24	39	1.82
23363499--23363651	27	5.7	26	76	9	112	28	7	24	39	1.83
23364488--23364594	45	2.4	45	88	1	169	25	16	28	29	1.97
23376683--23376806	46	2.7	46	91	3	196	17	20	28	33	1.96
23382810--23382862	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
23403422--23403599	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
23403423--23403578	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23403419--23403599	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
23411597--23411774	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
23411598--23411753	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
23411594--23411774	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
23413859--23414222	46	7.7	49	77	9	269	26	19	30	23	1.98
23413859--23414223	48	7.7	48	75	16	225	27	19	30	23	1.98
23415186--23415239	28	1.9	28	85	7	74	16	24	44	14	1.85
23418672--23418836	43	3.9	42	72	10	122	28	26	18	26	1.98
23419918--23419942	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
23429955--23429983	14	2.1	14	93	6	51	6	27	0	65	1.18
23436817--23436900	43	2.0	43	83	4	107	53	14	13	19	1.72
23439832--23439862	15	2.1	15	100	0	62	45	0	22	32	1.53
23451242--23451273	16	2.0	16	100	0	64	12	37	0	50	1.41
23453086--23453125	7	5.7	7	96	0	71	10	30	17	42	1.82
23460589--23460692	54	1.9	55	84	5	140	43	8	18	29	1.80
23460697--23460723	6	4.5	6	100	0	54	62	0	18	18	1.32
23478963--23479002	21	2.0	20	85	14	55	42	10	27	20	1.83
23496783--23496939	43	3.7	43	82	5	185	29	23	19	26	1.98
23506905--23507032	42	3.0	43	80	11	145	32	26	17	23	1.96
23508273--23508325	26	2.0	26	100	0	106	33	22	0	43	1.54
23512727--23512948	50	4.6	49	76	10	176	27	29	17	26	1.97
23512674--23513087	46	8.7	47	73	14	223	25	29	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23512677--23513087	94	4.3	95	74	12	303	25	29	17	27	1.98
23519091--23519127	2	18.5	2	94	0	65	2	0	45	51	1.15
23528632--23528800	92	1.8	92	85	0	239	30	18	24	26	1.98
23531959--23532059	26	4.0	25	96	3	184	35	27	4	31	1.78
23531962--23532059	51	1.9	52	97	2	189	34	28	4	32	1.76
23539053--23539156	26	4.0	26	97	0	199	35	26	6	30	1.83
23543668--23543753	21	3.9	23	80	10	90	37	25	22	15	1.93
23544124--23544181	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
23545411--23545462	5	10.2	5	91	4	86	61	0	0	38	0.96
23545418--23545513	8	12.1	8	68	23	53	58	2	1	38	1.17
23550215--23550282	34	2.0	34	100	0	136	50	5	11	32	1.63
23552555--23552645	25	3.6	26	73	10	89	67	0	1	31	0.98
23552606--23552665	18	3.4	18	74	4	50	63	0	0	36	0.95
23552707--23552740	18	1.9	17	94	5	59	55	0	2	41	1.15
23555637--23555677	21	2.0	21	85	4	57	36	2	19	41	1.65
23558816--23558852	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
23558903--23558937	18	1.9	18	88	0	52	37	20	8	34	1.83
23562670--23562754	36	2.4	36	85	0	107	32	23	22	21	1.98
23563420--23563523	51	2.0	51	96	3	192	31	22	4	41	1.74
23566839--23566876	20	2.0	20	89	5	60	26	28	0	44	1.54
23566773--23566941	74	2.3	74	85	6	216	27	30	0	42	1.60
23566840--23566888	20	2.5	20	83	3	55	28	26	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23568413--23568437	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
23569352--23569383	16	2.0	16	100	0	64	50	6	25	18	1.70
23572758--23572801	22	2.0	22	90	4	70	75	0	0	25	0.81
23573209--23573247	15	2.6	15	87	0	60	61	0	35	2	1.10
23573209--23573252	21	2.1	21	86	0	61	59	0	36	4	1.18
23573257--23573282	5	5.2	5	100	0	52	38	0	61	0	0.96
23573671--23573797	63	2.0	63	100	0	254	27	3	15	53	1.57
23575366--23575394	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
23576210--23576301	33	2.8	33	83	3	96	22	40	13	23	1.89
23581247--23581278	15	2.0	17	88	11	50	3	15	12	68	1.32
23587857--23587908	27	1.9	27	84	7	70	38	13	3	44	1.62
23589215--23589252	19	1.9	19	89	5	58	47	7	7	36	1.62
23589309--23589348	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
23592293--23592321	15	1.9	15	100	0	58	41	0	10	48	1.37
23602910--23602940	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23602907--23602946	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23603056--23603088	5	6.6	5	100	0	66	18	39	0	42	1.50
23603150--23603401	55	4.8	53	79	7	203	21	25	17	35	1.95
23608199--23608231	15	2.4	14	90	10	50	15	6	12	66	1.42
23608829--23609247	131	3.2	129	78	3	311	26	20	19	32	1.97
23608953--23609247	129	2.3	132	80	6	325	25	20	21	33	1.97
23622378--23622447	30	2.3	30	87	4	106	27	32	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23622803--23622861	23	2.7	21	82	7	64	27	20	20	32	1.97
23622825--23622868	20	2.2	20	88	8	63	29	18	20	31	1.96
23623505--23623600	48	2.0	48	97	0	183	28	25	19	27	1.99
23629916--23629951	13	2.8	13	91	0	54	36	11	33	19	1.87
23640638--23640889	3	82.3	3	71	14	142	29	7	2	60	1.38
23640703--23640781	34	2.3	35	80	10	92	30	7	1	60	1.32
23640938--23640965	8	3.5	8	100	0	56	14	0	0	85	0.59
23641227--23641278	14	3.8	14	75	12	54	19	7	3	69	1.29
23643369--23643424	27	2.1	27	86	0	76	53	1	3	41	1.29
23644254--23644299	23	2.0	22	83	4	56	32	8	8	50	1.64
23644316--23644467	75	2.0	75	96	0	277	43	11	12	32	1.79
23646767--23646803	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
23646855--23646887	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
23646855--23646889	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
23656704--23656874	94	1.8	92	86	5	245	23	28	19	28	1.99
23660563--23660744	47	3.9	46	79	9	192	32	27	18	21	1.97
23668153--23668332	93	1.9	92	89	1	279	28	19	13	38	1.90
23668658--23669007	174	2.0	174	98	0	673	30	13	19	36	1.90
23673076--23673106	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
23673422--23673470	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
23673424--23673465	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
23673424--23673466	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23673453--23673485	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
23673422--23673488	23	2.8	23	78	17	59	68	0	2	28	1.04
23681119--23681155	19	1.9	19	88	0	56	32	29	27	10	1.90
23681477--23681513	18	2.1	18	100	0	74	43	18	10	27	1.83
23684446--23684615	43	4.0	43	72	14	170	32	24	17	25	1.96
23686614--23686647	17	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
23686495--23686731	115	2.0	118	81	7	281	48	7	5	37	1.56
23694241--23694311	29	2.4	31	77	20	80	36	2	0	60	1.11
23695311--23695434	62	2.0	62	90	0	194	38	4	23	33	1.76
23697952--23698030	41	1.9	42	87	7	117	36	24	12	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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