genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
430667--431170	88	5.9	88	90	5	728	24	21	23	31	1.98
430765--431156	44	9.1	44	64	12	188	24	21	23	30	1.99
436886--436914	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
437326--437390	26	2.6	25	73	22	64	49	3	10	36	1.53
437423--437488	8	7.7	9	75	23	54	63	1	4	30	1.23
437423--437488	3	23.0	3	74	22	54	63	1	4	30	1.23
438406--438445	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
453122--453164	19	2.1	21	87	8	63	53	0	0	46	1.00
455116--455191	24	3.2	23	70	10	55	15	1	60	22	1.42
455167--455207	15	2.9	15	75	17	52	9	0	65	24	1.22
455236--455284	21	2.3	21	78	0	53	24	4	53	18	1.62
454805--455958	378	3.1	378	99	0	2283	22	4	51	21	1.66
455493--455568	24	3.2	23	70	10	55	15	1	60	22	1.42
455544--455584	15	2.9	15	75	17	52	9	0	65	24	1.22
455613--455661	21	2.3	21	78	0	53	24	4	53	18	1.62
455919--455993	15	5.0	15	68	18	57	13	1	60	25	1.41
455925--456075	42	3.6	42	77	1	142	18	5	56	19	1.60
456012--456073	27	2.3	26	72	8	61	19	8	59	12	1.58
456012--456124	48	2.4	48	83	0	127	18	8	59	13	1.59
459501--459527	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
460606--460639	14	2.4	14	95	0	59	11	17	23	47	1.81
462219--462246	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
463644--463673	15	2.1	14	93	6	51	40	0	13	46	1.43
469287--469481	45	4.3	45	90	0	282	25	18	15	41	1.89
469805--469857	20	2.7	20	84	0	70	30	16	26	26	1.97
475380--475846	234	2.0	233	93	1	801	21	9	27	41	1.84
483217--483283	29	2.3	29	79	5	73	40	5	1	52	1.35
484481--484559	40	2.0	40	82	5	97	46	12	11	29	1.77
487338--487397	20	3.2	20	68	22	67	33	10	6	50	1.62
487338--487409	35	2.1	35	100	0	144	30	8	8	52	1.61
497871--497912	18	2.5	18	81	11	54	52	0	0	47	1.00
498926--498955	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
498969--499014	15	3.0	15	82	14	58	45	4	0	50	1.21
498976--499014	17	2.6	14	84	15	51	46	2	0	51	1.14
502474--502498	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
502571--502613	21	2.0	21	81	0	50	44	4	4	46	1.45
503530--503591	24	3.0	21	66	27	51	54	0	1	43	1.09
509559--509780	46	4.8	47	78	9	251	28	28	21	21	1.98
509613--509783	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.98
512898--513011	46	2.5	45	82	4	131	20	21	15	42	1.89
512982--513146	45	3.7	45	82	4	147	23	23	17	36	1.95
513026--513146	44	2.7	45	87	2	163	24	22	17	35	1.95
513069--513190	44	2.7	45	80	11	126	25	18	15	40	1.89
514409--514441	17	2.1	17	88	11	52	60	9	0	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
515528--515936	85	4.8	85	80	6	427	33	10	20	36	1.87
515528--515936	169	2.4	171	82	7	465	33	10	20	36	1.87
524602--524646	22	2.1	22	88	12	67	26	2	13	57	1.48
525000--525050	24	2.1	25	85	3	68	33	1	1	62	1.17
526206--526242	18	2.1	18	100	0	74	35	16	10	37	1.83
528961--528987	14	1.9	14	100	0	54	59	7	3	29	1.42
529501--529540	17	2.4	17	86	0	53	32	2	0	65	1.06
531532--531604	27	2.8	25	72	20	69	56	0	0	43	0.99
531532--531611	28	2.9	27	72	18	76	53	1	0	45	1.08
533361--533462	51	2.0	51	100	0	204	35	27	7	29	1.85
546580--546612	6	5.5	6	100	0	66	36	15	0	48	1.45
547490--547793	126	2.3	132	83	3	386	24	9	14	51	1.72
558973--559029	22	2.5	22	86	8	71	28	3	31	36	1.74
559397--559453	22	2.5	22	86	8	71	28	5	29	36	1.79
560033--560124	40	2.3	39	78	9	96	57	2	14	26	1.48
562292--562321	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
567050--567253	95	2.2	95	87	2	295	44	7	5	41	1.57
569455--569499	19	2.3	20	78	21	51	40	2	0	57	1.11
579105--579140	3	12.0	3	93	0	63	36	33	0	30	1.58
587992--588178	60	3.2	60	72	11	188	37	18	13	29	1.90
587993--588218	116	1.9	116	89	1	346	38	18	14	28	1.90
590346--590398	26	2.1	26	82	3	63	35	0	3	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
595292--595338	24	2.0	24	83	8	60	48	0	4	46	1.21
597265--597413	74	2.0	74	92	0	244	24	18	17	38	1.92
598843--598937	47	2.0	47	100	0	190	29	27	8	34	1.86
600045--600732	375	1.8	378	84	5	951	30	13	17	38	1.89
603201--603239	20	2.0	20	84	0	51	43	0	0	56	0.99
604954--605004	23	2.2	24	85	3	68	37	1	5	54	1.36
615931--615963	16	2.1	16	94	0	57	18	6	21	54	1.64
617642--617675	17	2.1	17	88	5	52	73	2	2	20	1.09
618687--618756	32	2.2	32	82	5	79	65	0	7	27	1.18
623386--623728	125	2.7	124	82	3	362	42	11	14	31	1.81
625697--625751	18	3.1	18	91	0	83	30	23	14	30	1.94
640634--640658	3	8.3	3	100	0	50	36	32	32	0	1.58
646375--646406	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
654549--655109	198	2.8	195	83	6	669	38	9	23	27	1.87
657810--657859	25	2.0	25	84	7	66	42	2	0	56	1.11
661058--661100	20	2.2	20	83	8	52	60	4	4	30	1.37
667725--667769	22	2.1	21	84	12	56	26	4	8	60	1.46
668542--669168	306	2.0	311	89	3	953	28	8	20	42	1.81
673655--673683	14	2.1	14	100	0	58	34	6	13	44	1.71
673924--673985	29	2.1	31	81	6	74	40	20	8	30	1.82
674369--674405	10	3.5	11	82	17	51	48	0	2	48	1.15
675658--675703	17	2.6	18	76	10	51	63	4	2	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679074--679124	25	2.0	25	100	0	102	39	25	11	23	1.89
679843--679954	45	2.4	46	89	4	163	10	10	50	28	1.71
679843--679954	48	2.4	45	86	7	145	10	10	50	28	1.71
683903--683955	27	2.0	27	100	0	106	30	7	7	54	1.56
689598--689639	18	2.4	18	84	11	52	61	2	2	33	1.21
691524--691557	5	6.8	5	93	0	50	26	0	32	41	1.56
691519--691561	15	2.8	15	82	3	59	30	0	27	41	1.56
698860--698906	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
700068--700667	220	2.7	220	83	6	726	30	10	21	38	1.87
702190--702235	14	3.3	14	87	0	65	8	15	32	43	1.77
702190--702250	21	2.9	21	80	4	70	11	14	31	42	1.81
702190--702249	14	4.3	14	86	0	57	11	15	30	43	1.82
704662--704710	17	2.9	17	75	3	55	42	20	12	24	1.86
705114--705138	7	3.6	7	100	0	50	48	16	12	24	1.79
709755--709858	47	2.2	47	92	0	190	50	8	4	35	1.54
718407--718460	23	2.4	23	84	6	67	57	7	3	31	1.44
718410--718480	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
718941--718977	11	3.1	12	88	11	58	48	0	51	0	1.00
720281--720312	16	2.0	16	93	0	55	40	0	6	53	1.26
721307--721341	14	2.5	14	86	13	54	45	2	2	48	1.32
725115--725151	18	2.1	17	90	5	56	64	10	8	16	1.47
726991--727069	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727188--727508	47	6.6	47	85	8	426	29	29	8	32	1.87
727188--727508	98	3.3	98	92	1	511	29	29	8	32	1.87
730798--730830	11	2.9	11	95	4	57	54	6	0	39	1.25
737504--738100	149	4.0	149	91	1	948	27	20	17	34	1.95
740272--740298	12	2.2	12	100	0	54	40	0	29	29	1.57
741287--741319	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
741540--741564	12	2.1	12	100	0	50	32	8	8	52	1.60
749335--749371	19	1.9	19	100	0	74	72	0	10	16	1.10
750262--750309	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
750253--750323	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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