genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49103521--49103689	46	3.7	46	72	17	161	21	20	28	29	1.98
49103518--49103687	92	1.8	93	89	1	270	21	20	28	29	1.98
49111105--49111229	46	2.7	46	92	0	196	21	22	27	28	1.99
49115008--49115073	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
49115025--49115086	19	3.2	19	93	4	97	35	17	8	38	1.80
49115723--49115790	16	4.2	16	94	0	109	27	0	35	36	1.58
49115771--49115865	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
49116027--49116061	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
49115985--49116057	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
49116174--49116208	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
49115946--49116220	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
49116189--49116376	61	3.1	61	68	19	185	49	5	2	42	1.41
49116152--49116449	120	2.5	120	92	3	492	50	4	3	42	1.37
49116273--49116318	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
49116267--49116460	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
49117166--49117201	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
49123977--49124197	40	5.6	40	78	6	227	24	27	23	24	2.00
49124793--49124955	38	4.3	38	97	0	308	31	27	14	26	1.95
49129993--49130048	6	9.3	6	94	0	76	21	1	10	66	1.32
49130647--49130671	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
49130673--49130878	99	2.1	99	93	4	353	32	9	12	46	1.74
49130704--49130906	99	2.1	98	84	5	257	34	11	12	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49133449--49133508	30	2.0	30	100	0	120	20	33	20	26	1.97
49143232--49143283	21	2.5	21	80	0	59	57	13	15	13	1.65
49144101--49144148	23	2.0	24	84	11	64	41	2	0	56	1.11
49145591--49145647	28	2.0	28	100	0	114	50	3	14	31	1.59
49156298--49156522	49	4.5	49	84	2	270	25	16	27	30	1.96
49156297--49156530	99	2.3	100	84	2	301	25	16	27	30	1.97
49164550--49164619	18	3.9	18	88	1	106	15	27	40	17	1.90
49164548--49164622	36	2.1	35	92	2	123	14	25	41	18	1.89
49170346--49170412	21	3.2	21	85	2	82	20	26	34	17	1.96
49174877--49174909	6	5.5	6	86	13	50	87	0	12	0	0.53
49174877--49174911	11	3.1	11	91	4	52	85	0	14	0	0.59
49175645--49175781	61	2.3	58	87	7	186	52	2	0	43	1.21
49180810--49180853	5	8.4	5	80	9	52	38	18	2	40	1.63
49182827--49182883	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
49183267--49183364	21	4.4	23	87	8	141	13	22	26	37	1.91
49183254--49183364	44	2.5	44	88	0	159	15	22	25	36	1.93
49188811--49188867	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
49189251--49189348	21	4.4	23	87	8	141	13	22	26	37	1.91
49189238--49189348	44	2.5	44	88	0	159	15	22	25	36	1.93
49192261--49192381	35	3.5	35	80	0	125	44	15	9	29	1.79
49198650--49198710	30	2.0	29	84	12	79	27	31	18	22	1.97
49199679--49199727	22	2.2	22	85	0	62	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49199683--49199759	27	2.9	27	71	7	66	31	19	10	38	1.85
49199686--49199728	22	2.0	22	90	0	68	34	18	13	32	1.90
49199719--49199794	15	4.8	15	69	12	53	27	17	9	46	1.78
49199775--49199830	22	2.5	22	79	0	67	30	25	5	39	1.78
49200906--49200938	17	2.0	17	88	5	50	75	0	21	3	0.93
49202944--49202988	19	2.3	20	88	3	65	28	6	17	46	1.73
49208686--49209066	191	2.0	191	90	0	591	30	23	14	32	1.94
49215292--49215316	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
49215815--49215879	30	2.2	30	82	0	76	30	43	16	9	1.80
49219066--49219323	46	5.5	46	72	12	156	29	18	30	21	1.97
49220880--49220948	30	2.3	30	97	0	129	20	34	24	20	1.96
49222081--49222167	45	1.9	45	90	0	138	35	22	13	27	1.92
49230676--49230775	40	2.4	41	81	11	114	27	17	29	27	1.97
49232970--49233469	125	4.0	125	84	3	673	27	17	16	37	1.92
49233520--49233642	29	4.0	29	77	12	120	43	18	2	35	1.64
49233526--49233669	34	4.5	32	76	14	138	39	18	2	40	1.62
49233516--49233657	64	2.2	64	88	1	214	42	17	2	37	1.61
49233635--49233692	24	2.5	23	83	13	82	37	10	0	51	1.36
49233516--49233671	63	2.5	64	86	2	217	41	16	1	39	1.60
49233635--49233703	22	3.0	23	83	10	86	40	11	1	46	1.49
49236514--49236666	48	3.2	48	84	3	209	26	20	24	28	1.99
49238891--49239048	41	3.9	40	81	8	176	26	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49253084--49253223	48	2.9	48	89	0	190	25	23	24	26	2.00
49262314--49262470	43	3.7	43	83	9	178	28	17	21	32	1.96
49262607--49262650	21	2.1	21	100	0	88	47	9	13	29	1.74
49263222--49263250	9	3.2	9	100	0	58	34	0	20	44	1.52
49272784--49273034	129	1.9	129	85	3	344	31	13	23	31	1.93
49282097--49282467	27	13.8	27	74	9	251	41	19	9	29	1.83
49282097--49282464	54	6.9	54	78	8	317	41	19	9	29	1.83
49282419--49282478	27	2.2	27	87	0	84	41	16	13	28	1.86
49282923--49282984	27	2.3	27	83	5	72	24	19	16	40	1.91
49283264--49283323	27	2.2	27	78	0	66	23	20	26	30	1.98
49284007--49284055	20	2.5	20	86	6	64	40	14	8	36	1.75
49284021--49284075	20	2.7	21	88	5	78	49	10	7	32	1.65
49291185--49291264	41	2.0	41	97	0	151	46	17	13	22	1.83
49293876--49293948	22	3.2	22	82	5	83	26	23	19	31	1.98
49303974--49304020	22	2.1	23	84	11	62	34	23	14	27	1.94
49314355--49314465	22	5.0	22	86	6	136	30	19	25	24	1.98
49314355--49314452	45	2.2	44	87	5	135	29	20	25	24	1.99
49324010--49324104	40	2.3	41	75	10	97	32	8	12	46	1.72
49324017--49324097	20	4.1	20	76	4	67	32	8	13	45	1.74
49328660--49328780	48	2.6	46	80	5	127	27	22	14	36	1.92
49333373--49333411	13	3.0	13	84	0	51	69	2	0	28	1.02
49333584--49333622	17	2.2	18	90	4	62	58	0	15	25	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49341514--49341690	91	2.0	90	88	1	264	37	12	7	42	1.71
49346059--49346089	16	1.9	16	93	0	53	29	0	32	38	1.57
49349641--49349690	26	1.9	26	83	0	64	36	24	24	16	1.94
49349694--49349771	20	3.9	20	96	0	138	42	26	19	11	1.85
49350059--49350123	27	2.4	27	92	0	112	18	15	21	44	1.86
49353603--49353700	20	4.9	20	78	2	81	39	24	22	13	1.90
49360663--49360720	22	2.6	22	78	5	64	24	18	15	41	1.89
49364572--49364674	42	2.4	43	80	4	111	24	18	25	32	1.97
49364515--49364685	43	4.0	44	70	15	133	24	16	25	33	1.95
49367865--49368137	141	1.9	142	82	6	340	24	27	19	28	1.98
49371688--49371743	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
49374673--49374798	49	2.6	47	86	3	162	22	29	18	30	1.97
49375613--49375669	30	1.9	30	85	3	80	42	1	24	31	1.65
49375881--49375912	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
49376007--49376247	49	4.7	50	87	5	306	26	24	29	19	1.98
49376011--49376247	99	2.3	104	87	7	342	26	24	29	19	1.99
49387490--49387542	26	2.0	26	92	0	88	28	28	7	35	1.84
49388519--49388556	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
49389794--49389865	5	14.4	5	76	5	74	37	20	4	37	1.72
49393470--49393654	80	2.3	82	82	8	222	27	26	21	25	1.99
49393470--49393602	40	3.3	40	93	2	214	27	27	20	24	1.99
49395429--49395459	16	1.9	16	93	0	53	25	16	6	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49402568--49402728	7	23.7	7	75	12	122	31	26	1	40	1.67
49402568--49402749	14	13.4	14	74	7	124	32	26	1	39	1.66
49402568--49402764	35	6.0	33	75	14	140	32	26	1	39	1.66
49402630--49402736	28	3.9	28	93	2	173	32	27	1	38	1.68
49402698--49402756	7	8.4	7	87	7	68	38	27	0	33	1.57
49402569--49402742	28	6.6	28	79	12	147	32	27	1	39	1.67
49402689--49402763	21	3.6	21	77	13	82	36	25	1	37	1.65
49402787--49402825	20	2.0	20	85	10	53	23	10	2	64	1.37
49414296--49414327	13	2.5	13	89	0	55	9	9	43	37	1.69
49415503--49415544	18	2.2	20	84	16	54	61	4	2	30	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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