genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74685804--74685866	15	4.1	16	76	13	69	39	0	0	60	0.97
74685819--74685849	12	2.6	12	94	0	53	41	0	0	58	0.98
74685789--74685864	32	2.5	30	80	14	84	39	0	0	60	0.97
74685896--74685955	28	2.1	30	84	12	81	33	5	0	61	1.17
74686182--74686239	19	3.1	19	73	14	57	31	8	0	60	1.27
74688877--74689055	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
74688903--74689053	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
74689607--74689631	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
74696776--74696953	54	3.3	55	79	7	186	29	27	15	28	1.96
74696776--74696950	27	6.5	27	81	5	160	29	28	15	27	1.96
74696801--74696950	81	1.9	81	85	5	214	28	27	16	28	1.97
74711765--74711847	31	2.7	31	94	1	141	28	24	18	28	1.98
74712065--74712262	26	7.8	26	88	3	289	27	22	22	27	1.99
74712065--74712262	75	2.6	77	90	6	314	27	22	22	27	1.99
74712312--74712398	20	4.3	20	91	2	131	32	18	9	40	1.82
74712434--74712481	25	1.9	25	86	0	69	31	14	18	35	1.91
74713200--74713559	27	13.3	27	78	2	256	30	8	20	39	1.83
74713240--74713559	54	5.9	54	80	3	288	30	7	20	41	1.80
74713283--74713545	81	3.3	81	85	1	350	29	7	20	41	1.81
74713537--74713667	27	4.9	27	88	0	190	40	8	21	29	1.82
74713527--74713712	81	2.3	81	80	0	219	37	8	20	33	1.83
74713496--74713680	27	6.9	27	81	2	156	36	8	21	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74713511--74713667	54	2.9	54	88	1	217	38	8	21	31	1.83
74713765--74713824	27	2.2	27	100	0	120	16	38	30	15	1.89
74721839--74721964	46	2.7	46	95	2	218	21	20	26	30	1.98
74722189--74722226	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
74723696--74723759	30	2.2	29	88	2	92	35	20	18	25	1.95
74729046--74729298	55	4.8	52	77	8	210	35	17	25	21	1.95
74729051--74729251	108	1.8	110	86	4	291	34	17	24	23	1.96
74729491--74729521	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74733679--74733817	44	3.1	45	84	7	203	23	20	30	25	1.99
74734069--74734099	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
74736273--74736431	54	2.9	54	86	0	192	30	21	8	38	1.84
74736273--74736404	27	4.9	27	87	0	174	28	21	9	40	1.83
74736327--74736677	27	13.2	27	72	12	136	38	19	8	33	1.83
74736273--74736429	81	1.9	81	81	0	188	30	21	8	39	1.84
74736397--74736498	45	2.3	45	82	0	123	41	18	8	31	1.81
74736449--74736593	55	2.7	53	83	7	166	40	20	8	29	1.83
74736449--74736619	82	2.1	81	89	5	256	41	20	8	29	1.82
74736737--74736802	27	2.4	27	92	0	105	34	22	28	13	1.92
74737629--74737751	52	2.4	51	94	2	212	26	23	23	26	2.00
74737629--74737751	26	4.8	26	88	1	178	26	23	23	26	2.00
74737896--74737987	42	2.2	42	86	0	130	31	14	18	35	1.90
74744448--74744615	44	3.8	44	85	3	214	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74744453--74744615	45	3.7	45	86	3	217	23	21	29	25	1.99
74746787--74746819	16	2.1	16	88	5	50	15	9	27	48	1.74
74748682--74748878	27	7.3	27	86	3	245	29	24	7	38	1.82
74748682--74748878	80	2.4	80	88	1	277	29	24	7	38	1.82
74748910--74749031	27	4.6	27	81	4	149	42	20	9	27	1.82
74748877--74749032	54	2.9	52	80	8	172	40	19	11	28	1.86
74748910--74749048	27	5.2	27	76	9	124	42	19	8	29	1.81
74748910--74749116	54	3.8	53	78	8	159	42	18	8	30	1.81
74749025--74749114	27	3.3	27	76	22	89	43	16	7	32	1.77
74749037--74749122	27	3.1	27	80	14	104	39	15	9	36	1.79
74749176--74749267	27	3.4	27	85	8	116	34	19	26	19	1.96
74750066--74750176	26	4.3	26	90	0	168	28	21	24	25	1.99
74750066--74750281	52	4.4	52	78	13	269	27	22	23	25	2.00
74750117--74750243	67	1.9	67	96	0	236	31	18	25	24	1.98
74750184--74750281	26	3.8	26	91	1	155	24	25	24	25	2.00
74750181--74750281	51	2.0	51	94	3	177	24	24	23	26	2.00
74750499--74750577	31	2.5	31	89	0	122	32	17	22	26	1.96
74755665--74755722	30	1.9	30	85	0	80	41	8	20	29	1.82
74761476--74761676	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	35	1.95
74761476--74761683	55	3.8	53	79	8	215	22	25	16	36	1.94
74768590--74768634	23	1.9	24	86	4	65	22	26	11	40	1.87
74768703--74768957	55	4.8	54	80	7	256	21	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74768750--74768950	108	1.8	110	89	2	316	22	25	17	34	1.95
74770231--74770258	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
74770732--74770806	27	2.8	27	89	0	96	30	13	18	37	1.89
74770758--74771126	27	13.7	27	83	5	399	31	8	19	39	1.83
74774628--74774658	16	1.9	16	93	0	53	32	19	6	41	1.77
74783149--74783272	29	4.3	29	80	1	124	33	25	12	28	1.93
74783488--74783526	16	2.4	16	91	0	60	15	15	15	53	1.73
74787012--74787071	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
74787110--74787161	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
74787786--74787877	27	3.4	27	86	0	112	27	21	17	33	1.96
74793369--74793401	15	2.2	15	100	0	66	36	18	24	21	1.95
74793538--74793595	27	2.2	26	84	3	71	34	20	22	22	1.97
74793638--74793689	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
74794315--74794406	27	3.4	27	89	0	121	27	22	17	32	1.96
74797065--74797268	53	3.8	53	75	3	174	36	18	22	22	1.95
74807646--74807689	20	2.2	21	88	8	65	72	2	4	20	1.13
74815968--74816148	40	4.6	40	84	6	217	22	28	22	27	1.99
74815994--74816148	79	2.0	80	85	3	215	23	29	21	26	1.99
74817867--74818048	40	4.6	40	81	9	185	28	26	20	24	1.99
74817846--74818048	80	2.5	80	79	10	227	28	26	20	25	1.99
74825778--74825958	40	4.5	41	80	8	178	27	27	21	24	1.99
74829403--74829524	26	4.6	27	84	9	169	31	28	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74829403--74829524	54	2.3	53	88	4	174	31	28	13	27	1.94
74846575--74846799	40	5.6	39	85	6	242	26	22	26	24	2.00
74846575--74846799	79	2.8	80	81	11	255	26	22	26	24	2.00
74846575--74846799	119	1.9	120	81	9	282	26	22	26	24	2.00
74846628--74846832	79	2.6	79	82	9	206	27	20	26	24	1.99
74848826--74848974	40	3.9	39	80	9	175	24	20	28	26	1.99
74850742--74850871	39	3.3	39	90	2	197	21	26	20	30	1.98
74856854--74856892	21	1.9	21	89	5	62	20	17	17	43	1.88
74856859--74856901	21	2.1	20	86	4	59	16	20	18	44	1.87
74863200--74863460	47	5.5	47	92	1	405	32	8	29	29	1.86
74871982--74872099	42	2.8	42	84	2	139	31	26	15	27	1.96
74871944--74872191	48	5.5	42	76	12	158	29	26	16	27	1.97
74879131--74879382	131	1.9	131	90	0	396	28	18	19	34	1.95
74879129--74879484	131	2.7	131	79	2	329	28	18	18	33	1.95
74891333--74891695	133	2.7	132	84	1	485	26	18	26	28	1.98
74896253--74896492	50	4.8	49	74	13	186	26	17	25	31	1.97
74898406--74898578	40	4.3	40	84	6	217	23	22	27	26	2.00
74898399--74898552	80	1.9	80	94	0	272	23	22	28	25	1.99
74903159--74903355	40	4.9	40	80	8	206	24	19	26	28	1.99
74903159--74903339	80	2.3	81	84	9	230	23	20	27	27	1.99
74903212--74903379	40	4.2	38	80	9	158	24	21	27	26	1.99
74911083--74911265	40	4.6	40	84	6	212	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74911083--74911262	80	2.3	80	85	8	235	23	21	27	27	1.99
74911084--74911302	40	5.5	39	75	13	171	24	21	27	26	1.99
74921592--74921635	23	1.9	24	81	9	56	38	25	0	36	1.56
74925386--74925632	40	6.2	40	90	1	327	29	28	19	22	1.98
74933808--74934053	40	6.2	40	90	2	327	29	28	19	22	1.98
74938846--74938986	29	4.9	29	80	5	124	23	23	14	39	1.91
74938917--74938986	28	2.4	29	88	9	108	18	27	12	41	1.87
74943295--74943506	27	7.9	27	85	8	217	27	21	15	35	1.93
74943322--74943513	27	7.2	27	87	7	243	27	20	15	36	1.92
74943508--74943644	27	5.1	27	89	1	204	40	5	22	31	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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