genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78509408--78509452	19	2.3	20	85	7	58	44	15	17	22	1.86
78515116--78515145	13	2.3	13	94	0	51	66	6	0	26	1.16
78515172--78515216	6	7.3	6	80	5	54	77	0	6	15	0.96
78517187--78517240	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
78517494--78517670	49	3.6	49	83	3	237	26	18	24	29	1.98
78517489--78517683	100	2.0	100	90	0	309	27	20	23	28	1.99
78533835--78533872	20	2.0	19	90	10	60	2	28	21	47	1.64
78545126--78545170	19	2.3	20	85	7	58	44	13	17	24	1.85
78547125--78547412	40	7.5	40	81	8	312	26	29	22	21	1.99
78547336--78547397	31	2.0	31	96	0	115	30	29	17	22	1.97
78554749--78555036	40	7.5	40	81	8	312	25	29	22	21	1.99
78554960--78555021	31	2.0	31	100	0	124	29	29	19	22	1.98
78557450--78557475	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
78557683--78557723	15	2.7	15	88	3	55	31	0	9	58	1.31
78557648--78557710	33	1.9	33	83	0	81	30	0	7	61	1.24
78562142--78562191	3	16.7	3	91	0	82	70	0	30	0	0.88
78567352--78567457	50	2.1	50	82	6	126	62	1	3	32	1.24
78567420--78567461	15	2.6	16	77	14	50	69	0	2	28	1.01
78572359--78572406	24	2.0	24	95	0	87	27	29	6	37	1.81
78573284--78573345	31	2.0	31	100	0	124	35	25	3	35	1.72
78575935--78575986	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
78576064--78576091	14	2.0	14	100	0	56	35	35	14	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78593242--78593283	22	1.9	22	85	9	59	59	14	0	26	1.35
78594555--78594587	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
78597558--78597607	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
78601304--78601369	21	3.0	23	80	12	77	18	6	0	75	1.00
78601336--78601384	21	2.3	21	92	0	80	28	2	2	67	1.13
78603109--78603158	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
78603877--78603910	17	1.9	18	88	5	52	29	11	0	58	1.33
78606676--78606715	20	2.0	20	100	0	80	35	10	10	45	1.71
78606681--78606724	20	2.2	20	84	8	54	31	13	9	45	1.75
78617920--78617966	17	2.8	17	87	3	60	65	0	34	0	0.93
78620087--78620137	25	2.0	25	100	0	102	35	7	27	29	1.85
78620041--78620183	71	2.0	71	98	0	277	37	12	24	25	1.91
78620112--78620424	46	7.0	46	85	5	390	40	15	22	22	1.90
78620263--78620424	84	1.9	84	94	0	288	41	16	21	19	1.90
78620126--78620440	130	2.4	134	86	5	415	41	15	21	21	1.89
78620347--78620477	46	2.7	48	84	6	151	41	14	23	19	1.88
78623413--78623588	46	3.8	45	76	11	169	22	19	28	30	1.98
78623409--78623580	93	1.8	93	88	2	265	22	19	29	29	1.98
78625121--78626254	177	6.5	177	83	3	1229	30	17	22	28	1.97
78625560--78625659	44	2.2	45	84	5	123	30	14	24	32	1.94
78625121--78626254	350	3.2	348	85	2	1389	30	17	22	28	1.97
78629378--78629455	21	3.7	21	78	14	63	46	2	2	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78630954--78631012	9	6.4	9	70	18	50	28	1	1	67	1.10
78630957--78631015	25	2.3	26	85	5	75	32	1	1	64	1.13
78631878--78631929	26	2.0	26	81	7	61	53	3	3	38	1.37
78642761--78643028	48	5.6	48	79	5	258	27	18	28	25	1.98
78642761--78643028	96	2.8	96	83	3	290	27	18	28	25	1.98
78642761--78643028	144	1.9	144	82	4	344	27	18	28	25	1.98
78646391--78646780	51	7.7	50	78	4	354	24	16	28	30	1.96
78646442--78646771	101	3.2	102	79	3	306	24	17	28	29	1.97
78646391--78646771	153	2.5	152	90	3	581	24	16	28	30	1.97
78653506--78653538	17	1.9	17	100	0	66	33	24	6	36	1.80
78658426--78658484	20	3.0	20	92	0	100	33	13	20	32	1.91
78658536--78658584	23	2.1	23	100	0	98	30	20	20	28	1.98
78658536--78658605	23	3.0	23	89	8	88	28	21	22	27	1.99
78658796--78658858	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
78666246--78666469	40	5.7	40	84	5	269	25	21	27	25	2.00
78666246--78666469	79	2.8	79	83	6	274	25	21	27	25	2.00
78666246--78666467	119	1.9	119	82	5	279	25	22	27	25	2.00
78666246--78666492	119	2.1	119	79	6	261	26	21	27	25	1.99
78667409--78667457	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
78667472--78667562	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
78672521--78673741	120	10.2	120	97	0	2266	43	2	5	47	1.40
78673302--78673343	16	2.5	17	81	14	52	50	2	4	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78672521--78673741	479	2.5	480	97	0	2284	43	2	5	47	1.40
78673450--78673484	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
78672521--78673741	599	2.0	599	97	0	2300	43	2	5	47	1.40
78673690--78673724	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
78673960--78674028	16	4.2	16	88	3	102	36	34	1	27	1.66
78682814--78683038	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
78685153--78685317	43	3.8	42	71	8	109	35	24	15	24	1.94
78690162--78690196	18	1.9	18	88	0	52	54	0	5	40	1.24
78690181--78690247	23	2.9	24	76	12	61	50	0	10	38	1.37
78691323--78691388	33	2.0	33	100	0	132	21	15	21	42	1.89
78699794--78699845	25	2.0	26	85	10	72	21	7	0	71	1.11
78704973--78705049	22	3.3	23	82	8	86	29	16	24	28	1.97
78707217--78707289	36	2.0	36	89	5	112	20	34	8	36	1.83
78713591--78713645	9	5.7	9	80	16	65	58	1	0	40	1.09
78713591--78713650	31	1.9	31	96	0	111	55	3	0	41	1.16
78732001--78732164	47	3.5	47	81	10	167	25	28	17	28	1.98
78742989--78743071	37	2.2	37	95	0	148	36	19	7	37	1.79
78753278--78753436	72	2.3	71	81	4	171	21	28	15	34	1.94
78765219--78765317	42	2.3	43	82	5	121	33	25	17	24	1.96
78767870--78767910	12	3.5	12	93	3	66	29	39	24	7	1.82
78776735--78776760	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78777075--78777149	29	2.6	29	95	0	132	24	9	16	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78781597--78781625	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
78790342--78790386	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
78793341--78793432	40	2.4	37	82	8	103	36	34	13	15	1.86
78795220--78795270	21	2.6	19	79	11	59	35	19	9	35	1.85
78801991--78802057	33	2.0	33	94	0	116	49	17	8	23	1.75
78803525--78803554	14	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
78805962--78805988	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
78806848--78806893	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
78806788--78806998	107	2.0	108	95	0	379	44	1	5	48	1.36
78807122--78807231	45	2.6	44	81	11	133	31	28	5	34	1.80
78807212--78807279	16	4.2	16	92	0	109	35	38	0	26	1.57
78829112--78829141	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
78833323--78833357	11	3.1	11	87	4	52	65	0	0	34	0.93
78834590--78834628	20	2.0	20	84	0	51	15	25	17	41	1.89
78836963--78837037	27	2.7	29	68	12	77	46	2	4	46	1.35
78843765--78844255	47	10.3	47	91	2	766	29	29	8	32	1.86
78843765--78844271	96	5.3	96	92	1	815	29	29	8	33	1.86
78843765--78844255	143	3.4	141	91	2	775	29	29	8	32	1.86
78861578--78861658	29	2.8	29	83	5	92	27	17	30	24	1.97
78866253--78866304	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
78868577--78868614	19	2.0	19	85	10	51	34	0	2	63	1.09
78873367--78873628	39	6.7	40	86	7	310	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78881390--78881612	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
78881390--78881612	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
78887231--78887413	37	4.9	37	95	0	321	27	29	19	23	1.98
78887622--78887912	47	6.1	47	88	4	411	26	29	12	31	1.92
78887622--78887912	147	2.0	141	90	4	447	26	29	12	31	1.92
78889853--78890031	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
78896751--78896787	18	2.1	19	85	10	51	35	8	2	54	1.44
78899121--78899154	17	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
78900549--78900629	39	2.0	40	90	6	130	39	0	6	54	1.26
78901255--78901294	20	2.0	20	85	9	55	42	5	2	50	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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