genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81241921--81241984	30	2.1	31	85	2	85	39	1	1	57	1.17
81242306--81242338	8	4.1	8	88	11	50	51	0	0	48	1.00
81249809--81249865	30	1.9	29	89	3	87	19	26	40	14	1.89
81252877--81252984	26	4.2	26	89	0	162	35	6	22	36	1.80
81255633--81255851	47	4.7	47	78	12	211	23	30	18	27	1.98
81255637--81255851	94	2.3	92	84	7	281	23	30	18	27	1.98
81258290--81258324	3	11.3	3	87	6	52	0	31	0	68	0.90
81259516--81259565	3	16.3	3	95	4	91	66	0	34	0	0.92
81263004--81263092	30	3.0	30	84	0	106	41	24	11	22	1.86
81263176--81263246	29	2.4	29	83	0	97	36	26	11	25	1.90
81265785--81265818	17	2.0	17	100	0	68	64	5	5	23	1.38
81265865--81265929	31	2.0	31	85	11	87	50	0	4	44	1.22
81268179--81268458	9	29.6	9	70	15	83	60	4	2	31	1.31
81268279--81268323	20	2.2	20	92	7	74	62	8	0	28	1.25
81268876--81269103	9	24.6	9	66	20	87	33	1	3	61	1.23
81268877--81269061	19	9.7	19	66	23	63	33	2	4	60	1.29
81268876--81269072	10	20.7	10	65	24	54	34	2	4	59	1.27
81268968--81269078	57	2.0	57	80	16	126	35	0	4	60	1.17
81269008--81269050	21	2.0	21	91	8	70	30	0	6	62	1.21
81268968--81269105	75	1.9	72	82	10	172	33	0	3	63	1.12
81269048--81269095	17	2.8	17	81	9	53	33	0	0	66	0.92
81272270--81272325	22	2.5	22	91	5	87	33	33	14	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81275262--81275342	37	2.2	37	81	0	90	29	13	16	40	1.86
81278736--81278764	12	2.3	13	94	5	51	17	20	0	62	1.33
81280042--81280100	31	1.9	31	85	0	82	37	13	10	38	1.79
81287337--81287414	31	2.5	31	82	4	93	15	21	17	44	1.86
81293419--81293467	21	2.3	21	96	0	89	36	4	16	42	1.67
81293611--81293783	46	3.7	46	77	10	190	22	20	27	30	1.98
81293608--81293778	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
81294008--81294045	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81297491--81297552	26	2.4	26	83	5	81	37	4	12	45	1.64
81299295--81299535	40	6.1	40	93	1	405	30	29	18	21	1.97
81299295--81299535	79	3.0	79	95	0	428	30	29	18	21	1.97
81307703--81307883	40	4.5	40	86	4	249	27	26	20	25	1.99
81309410--81309437	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
81313041--81313134	46	2.0	46	97	0	179	27	21	15	35	1.94
81317176--81317293	43	2.8	42	80	2	146	31	14	21	33	1.93
81318004--81318037	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
81324312--81324419	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
81326015--81326157	53	2.7	54	91	4	227	18	24	23	33	1.97
81326018--81326157	27	5.2	27	83	8	171	18	24	23	33	1.97
81327577--81327687	42	2.6	42	76	8	118	29	15	25	29	1.96
81339889--81340220	94	3.6	91	81	6	327	34	15	24	25	1.95
81340837--81340870	17	2.0	17	100	0	68	47	11	23	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81345071--81345373	80	3.8	79	81	6	324	31	14	12	41	1.84
81351939--81352000	30	2.1	29	84	3	79	61	11	1	25	1.39
81352030--81352075	22	2.1	22	83	0	56	58	13	8	19	1.60
81365741--81365772	17	1.9	17	93	6	57	15	9	25	50	1.74
81366160--81366308	42	3.5	44	76	14	152	26	20	26	26	1.99
81367791--81367821	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
81369201--81369277	34	2.2	34	81	6	84	33	7	11	46	1.69
81372575--81372628	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
81372614--81372655	8	5.5	8	78	21	54	26	0	0	73	0.83
81372614--81372662	3	17.3	3	80	19	61	28	0	0	71	0.86
81372618--81372656	11	3.5	11	100	0	78	28	0	0	71	0.86
81372614--81372655	19	2.2	19	91	8	68	26	0	0	73	0.83
81374609--81374789	46	4.0	46	88	2	240	39	15	23	21	1.92
81382229--81382270	23	1.9	22	85	9	59	4	14	2	78	1.01
81384246--81384287	22	1.9	22	95	0	75	21	21	16	40	1.91
81384476--81384542	27	2.5	27	90	2	100	35	17	7	38	1.78
81388564--81388624	30	2.1	29	93	3	104	37	22	14	24	1.92
81395035--81395083	21	2.4	20	80	12	55	53	8	0	38	1.31
81396704--81397036	40	8.2	40	85	9	442	25	29	22	22	1.99
81396708--81397032	83	4.0	80	90	3	515	24	29	22	22	1.99
81396704--81397036	163	2.0	163	98	0	639	25	29	22	22	1.99
81401601--81401792	40	4.8	40	92	2	289	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81409494--81409612	56	2.1	56	93	1	204	45	8	22	23	1.79
81410839--81411184	47	7.3	47	88	3	491	34	9	28	27	1.88
81410939--81411015	22	3.4	22	64	22	59	35	12	28	23	1.92
81410822--81411163	190	1.8	190	92	1	578	34	9	28	27	1.88
81413614--81413686	38	1.9	38	86	5	103	32	19	23	24	1.97
81413742--81414140	40	10.1	40	90	1	597	24	21	27	26	1.99
81415411--81415530	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
81416757--81416881	22	5.4	22	62	23	60	33	12	29	24	1.91
81416752--81417050	47	6.3	47	87	4	424	35	9	28	26	1.88
81416753--81417029	96	2.9	94	93	3	466	34	10	28	26	1.89
81416735--81417050	143	2.2	143	91	2	503	35	9	28	26	1.87
81420495--81420698	28	7.3	28	92	2	295	33	26	12	26	1.93
81423017--81423248	40	5.8	40	93	1	315	24	21	27	27	1.99
81429512--81429776	40	6.6	40	82	7	313	24	29	22	23	1.99
81429512--81429776	80	3.3	80	89	2	397	24	29	22	23	1.99
81433045--81433081	17	2.2	17	100	0	74	40	5	18	35	1.74
81434446--81434549	31	3.4	31	70	10	95	42	3	3	50	1.39
81435242--81435289	8	5.5	8	77	18	51	47	0	2	50	1.12
81442674--81442846	39	4.4	39	88	3	233	24	31	24	19	1.98
81449075--81449205	39	3.4	39	95	0	226	24	31	25	19	1.98
81449075--81449265	39	4.9	39	87	5	210	25	30	24	19	1.98
81451654--81451697	23	2.0	22	86	4	61	61	4	0	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81453682--81453767	19	4.5	19	73	12	68	32	8	19	39	1.81
81455432--81455494	32	2.0	32	93	0	108	26	6	6	60	1.45
81459425--81459570	50	2.9	50	97	0	274	38	29	14	17	1.90
81459692--81459732	20	2.0	20	90	0	64	29	4	7	58	1.46
81464217--81464253	6	6.0	6	90	3	56	35	13	16	35	1.88
81464838--81464879	20	2.2	20	86	4	59	23	4	2	69	1.20
81466290--81466359	3	24.7	3	71	11	58	64	0	30	5	1.17
81466295--81466364	14	5.0	14	69	19	56	67	0	28	4	1.10
81466295--81466362	11	6.4	11	72	17	54	66	0	29	4	1.11
81467453--81467495	21	2.0	21	86	0	59	27	27	18	25	1.98
81470677--81470854	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81470678--81470833	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81470674--81470854	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81478739--81478916	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81478740--81478895	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81478736--81478916	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81485174--81485231	30	1.9	30	89	3	89	32	8	24	34	1.86
81485995--81486454	47	9.5	46	76	13	243	35	16	24	23	1.95
81486103--81486241	55	2.6	54	83	3	172	34	18	23	23	1.96
81489791--81489815	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
81490400--81490424	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
81496200--81496372	46	3.7	46	78	14	194	21	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81496197--81496367	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.99
81513035--81513150	50	2.4	49	82	5	139	28	23	14	33	1.94
81516820--81516928	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
81517075--81517336	98	2.6	99	90	3	386	32	24	5	36	1.79
81517075--81517336	50	5.3	49	85	6	350	32	24	5	36	1.79
81517313--81517356	20	2.2	20	95	0	79	36	27	0	36	1.57
81517278--81517404	68	1.9	68	94	0	227	32	25	5	36	1.79
81517333--81517439	48	2.2	48	100	0	214	31	27	5	35	1.80
81525263--81525323	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
81531583--81531618	18	2.0	18	94	0	63	50	2	5	41	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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