genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10944757--10944995	130	1.8	130	91	0	397	35	20	22	22	1.96
10944851--10945064	87	2.4	87	87	2	304	34	18	23	23	1.96
10945258--10945338	42	1.9	42	84	0	108	28	19	25	25	1.99
10946898--10947100	41	5.0	41	87	3	232	33	21	24	21	1.98
10947139--10947210	37	1.9	37	88	0	108	45	31	0	22	1.52
10947325--10947389	14	4.5	15	77	9	64	23	1	26	49	1.59
10947323--10947386	7	9.0	7	77	3	56	23	1	26	48	1.60
10947978--10948017	7	5.6	7	96	3	71	62	0	0	37	0.95
10947978--10948053	8	10.1	8	85	8	72	68	1	0	30	0.98
10947978--10948060	15	5.6	15	81	2	87	66	1	0	32	1.00
10948124--10948165	19	2.2	18	87	8	57	76	0	2	21	0.90
10952318--10952453	43	3.2	43	92	0	209	26	16	29	27	1.97
10952760--10952815	26	2.2	26	86	0	76	35	3	5	55	1.40
10952787--10952838	21	2.4	22	83	3	61	32	3	7	55	1.46
10960409--10960455	19	2.4	19	96	3	85	21	27	6	44	1.76
10962502--10962566	31	2.1	30	82	2	76	32	7	15	44	1.75
10963198--10963242	20	2.2	20	88	0	72	57	13	0	28	1.36
10968408--10968454	18	2.5	20	82	6	53	21	14	17	46	1.83
10969825--10969855	15	2.1	15	93	0	53	32	25	3	38	1.72
10971175--10971237	27	2.4	27	86	5	85	63	1	3	31	1.19
10971400--10971454	28	2.0	28	85	7	76	60	1	5	32	1.30
10971910--10971986	3	26.7	3	85	5	70	63	6	2	27	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10972065--10972301	3	80.3	3	68	15	95	62	4	7	25	1.40
10972291--10972330	17	2.2	18	86	8	55	62	7	2	27	1.35
10972274--10972344	18	3.7	19	78	17	60	61	4	2	30	1.29
10978873--10978923	22	2.5	20	80	20	61	33	7	3	54	1.47
10992789--10992875	44	2.0	44	100	0	174	13	28	9	48	1.73
10993532--10993579	21	2.3	22	79	13	57	35	6	4	54	1.45
10997151--10997187	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
11004003--11004173	43	4.0	43	69	8	123	28	16	23	32	1.96
11012237--11012361	62	2.0	62	90	0	196	38	24	8	28	1.85
11014077--11014133	12	4.4	12	81	14	69	80	1	14	3	0.92
11015509--11015801	97	3.0	97	96	1	536	30	18	21	28	1.97
11015604--11016030	231	1.8	230	93	2	748	29	19	22	28	1.98
11015871--11016028	45	3.4	44	67	17	113	29	18	22	28	1.98
11015837--11016075	95	2.5	95	96	0	433	30	20	21	28	1.98
11015916--11016075	50	3.3	50	67	18	147	31	18	22	28	1.97
11016108--11016549	44	10.0	45	75	6	386	28	16	25	30	1.97
11016108--11016553	132	3.4	132	90	0	678	28	16	25	30	1.96
11016583--11016749	52	3.3	52	66	17	154	30	16	25	27	1.97
11016566--11016891	97	3.4	97	97	1	604	28	18	23	28	1.98
11019984--11020036	27	2.0	27	92	0	88	32	9	28	30	1.88
11023421--11023521	38	2.7	36	78	15	105	32	17	11	37	1.87
11024767--11024841	31	2.4	31	79	0	78	38	10	13	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11026840--11026882	17	2.4	18	80	3	52	58	2	2	37	1.24
11030187--11030231	15	3.0	15	93	0	72	31	11	0	57	1.33
11033313--11033372	29	2.1	29	93	0	102	28	11	16	43	1.83
11033321--11033379	29	2.0	29	90	0	91	33	10	11	44	1.75
11035485--11035528	22	2.0	22	86	8	63	29	4	2	63	1.26
11037745--11037802	30	1.9	30	96	0	107	25	5	15	53	1.63
11040485--11040599	21	5.5	21	80	3	106	18	21	16	43	1.88
11040485--11040720	42	5.7	41	77	9	149	16	21	17	45	1.85
11040614--11040694	41	2.0	41	90	2	126	13	20	18	46	1.83
11048261--11048300	17	2.3	18	86	4	55	42	17	7	32	1.77
11049718--11049751	6	5.8	6	89	6	52	17	0	8	73	1.08
11049715--11049755	17	2.5	17	92	4	66	14	0	7	78	0.96
11049718--11049751	11	2.9	12	86	8	52	17	0	8	73	1.08
11051636--11051673	20	1.9	20	88	0	58	10	28	15	44	1.80
11058105--11058149	22	2.0	22	87	8	65	24	20	42	13	1.87
11059860--11059923	27	2.4	27	89	0	92	34	20	20	25	1.96
11062733--11062771	20	2.0	20	94	0	69	41	25	20	12	1.88
11070371--11070420	22	2.3	23	77	22	54	50	12	6	32	1.64
11073289--11073325	19	1.9	19	88	0	56	27	18	8	45	1.77
11074429--11074483	16	3.4	16	76	16	51	29	0	3	67	1.08
11078525--11078572	17	2.9	17	81	3	53	45	35	2	16	1.59
11078744--11078780	14	2.6	15	91	8	60	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11081721--11081775	16	3.4	16	76	16	51	29	0	3	67	1.08
11091108--11091310	106	1.9	106	95	2	372	36	17	19	25	1.94
11091281--11091672	44	8.8	44	72	11	226	32	16	22	28	1.96
11091214--11091543	181	1.8	181	91	0	552	33	16	22	27	1.95
11091423--11091589	89	1.9	85	84	4	217	33	17	22	26	1.96
11091423--11091624	89	2.3	85	81	5	208	31	19	21	27	1.97
11093592--11093664	22	3.2	24	71	26	68	28	8	4	58	1.45
11093747--11093794	3	15.7	3	83	12	53	29	8	0	62	1.24
11093743--11093810	24	2.9	24	75	20	72	26	10	0	63	1.26
11098479--11098706	46	5.0	46	89	1	323	40	14	24	20	1.90
11098987--11099019	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
11101601--11101829	89	2.5	89	82	4	255	37	20	9	33	1.84
11101833--11101857	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
11101926--11102001	29	2.7	27	80	9	80	59	1	3	35	1.24
11101944--11102042	48	2.1	47	84	5	128	58	3	5	33	1.35
11102060--11102102	17	2.5	17	81	7	52	23	0	0	76	0.78
11102246--11102281	19	2.0	19	89	10	58	44	2	0	52	1.15
11102330--11102537	85	2.5	84	83	5	258	33	7	18	40	1.79
11103356--11103385	11	2.7	11	100	0	60	46	6	0	46	1.29
11104383--11104417	16	2.3	16	90	9	56	34	0	2	62	1.10
11105072--11105212	73	1.9	74	85	4	194	46	11	11	30	1.75
11105472--11105528	29	1.9	30	85	3	80	33	10	10	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11105450--11105531	29	2.8	29	78	9	78	35	8	9	46	1.68
11108720--11108869	75	2.0	77	86	4	214	47	12	10	30	1.73
11112234--11112394	62	2.6	62	81	9	193	31	23	24	21	1.98
11112252--11112451	62	3.2	61	80	10	183	29	25	23	22	1.99
11116720--11116772	24	2.4	22	79	14	63	32	13	18	35	1.90
11116730--11116775	24	1.9	24	90	0	74	32	10	17	39	1.84
11117121--11117167	21	2.2	21	88	0	67	61	4	2	31	1.27
11117098--11117184	11	8.1	11	70	19	67	55	5	3	35	1.41
11117054--11117183	55	2.3	56	79	12	142	55	5	4	34	1.43
11118980--11119182	87	2.3	87	90	0	316	21	24	20	34	1.97
11119035--11119182	43	3.4	43	70	1	143	20	22	19	36	1.95
11119265--11119392	64	2.0	64	93	0	220	36	13	17	32	1.89
11131614--11131656	23	2.0	21	86	9	59	60	6	2	30	1.35
11136599--11136631	14	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
11136711--11136797	29	2.9	30	77	14	99	62	3	0	34	1.12
11136739--11136784	14	3.2	14	78	3	56	65	4	0	30	1.12
11136722--11136764	22	2.0	22	90	9	70	65	2	0	32	1.06
11139380--11139416	13	2.8	13	87	0	56	18	18	32	29	1.96
11147166--11147207	21	2.0	21	86	13	59	40	0	2	57	1.12
11149628--11149786	43	3.7	42	75	13	146	25	17	25	31	1.97
11155106--11155298	96	2.0	97	87	1	280	31	24	13	30	1.93
11159327--11159383	23	2.6	22	86	5	80	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11159322--11159387	26	2.4	28	92	5	109	31	3	0	65	1.08
11167909--11167977	27	2.5	28	80	17	83	75	0	4	20	0.97
11175437--11175582	73	2.0	73	97	0	274	17	25	27	30	1.97
11175887--11175915	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
11182926--11182954	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
11185819--11185847	15	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
11193344--11193393	24	2.1	24	92	0	82	22	18	24	36	1.95
11199957--11200012	29	2.0	28	86	10	78	28	7	7	57	1.52
11203645--11203702	26	2.3	25	85	5	80	36	3	0	60	1.14
11203636--11203702	26	2.6	24	80	13	71	32	4	1	61	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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