genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20504547--20504651	43	2.4	43	85	3	122	23	18	17	40	1.90
20504573--20504677	43	2.4	43	85	0	138	21	21	18	38	1.94
20506554--20506609	28	2.0	28	96	0	103	48	7	17	26	1.73
20506625--20506687	27	2.4	27	91	2	101	20	23	44	11	1.83
20506867--20506905	16	2.4	16	86	0	51	71	7	2	17	1.21
20507245--20507280	17	2.1	17	94	0	63	41	5	8	44	1.58
20507445--20507479	17	2.1	17	94	0	61	11	25	34	28	1.91
20507462--20507514	27	2.0	27	88	0	79	13	32	28	26	1.93
20507545--20507598	27	2.0	27	96	0	99	20	18	12	48	1.81
20509125--20509341	93	2.3	92	86	5	296	20	22	14	42	1.88
20509113--20509341	46	5.0	46	84	4	282	21	22	14	41	1.89
20517000--20517168	93	1.8	93	84	2	232	21	23	13	42	1.87
20516988--20517170	46	4.0	46	84	2	206	22	22	13	41	1.88
20519265--20519312	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
20520676--20520714	20	2.0	20	94	0	69	69	2	17	10	1.28
20520964--20521010	16	3.1	16	75	25	57	19	0	14	65	1.26
20520993--20521118	38	3.3	38	81	9	152	33	4	12	49	1.62
20521100--20521134	16	2.1	17	89	5	54	25	0	11	62	1.28
20521185--20521227	18	2.4	18	76	0	50	18	0	11	69	1.17
20526601--20526677	31	2.3	33	80	17	88	50	10	0	38	1.37
20526619--20526679	31	1.9	32	90	9	99	49	9	0	40	1.36
20528115--20528196	32	2.5	32	80	2	92	15	15	43	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20530340--20530394	18	3.1	18	91	0	74	41	1	0	56	1.10
20530353--20530394	9	4.7	9	100	0	84	40	0	0	59	0.97
20530340--20530394	27	2.0	27	89	0	83	41	1	0	56	1.10
20530412--20530455	13	3.5	12	81	6	52	29	2	2	65	1.16
20530401--20530668	129	2.1	128	90	0	419	29	5	7	57	1.50
20530530--20531783	150	8.3	150	91	2	1872	28	6	7	57	1.51
20530845--20530881	13	2.8	13	91	0	56	24	2	2	70	1.14
20530844--20530914	26	2.6	27	80	6	72	30	2	7	59	1.39
20530530--20531783	299	4.2	302	89	2	1907	28	6	7	57	1.51
20531821--20531901	17	4.9	17	71	4	58	22	3	2	71	1.14
20532317--20532367	3	17.0	3	76	15	52	0	35	0	64	0.94
20532326--20532366	20	2.0	21	95	4	75	0	31	0	68	0.90
20532558--20532590	17	1.9	17	93	0	57	12	3	3	81	0.91
20547617--20547669	18	2.9	18	91	0	88	32	26	15	26	1.95
20555605--20555660	16	3.5	16	90	4	87	39	7	25	28	1.82
20555642--20555735	44	2.1	44	90	4	143	34	5	25	35	1.79
20555907--20555939	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
20556445--20556479	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
20556487--20556731	40	6.1	40	91	0	373	33	16	9	41	1.80
20556483--20556731	120	2.1	120	94	0	435	32	16	9	41	1.81
20563533--20563563	12	2.6	12	89	0	53	80	0	0	19	0.71
20571501--20571766	131	2.0	131	89	1	408	32	17	19	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20578105--20578148	21	2.1	21	83	8	54	31	11	0	56	1.35
20581851--20581878	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
20584699--20584745	12	4.2	11	83	8	51	2	0	12	85	0.70
20600212--20600371	51	3.2	51	89	3	234	28	22	15	34	1.94
20611670--20611700	3	10.0	3	93	6	53	67	0	0	32	0.91
20612818--20612844	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
20613451--20613497	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
20621633--20621911	130	2.1	130	86	3	373	32	17	19	30	1.95
20621633--20622246	44	13.6	44	70	9	289	32	16	20	30	1.94
20621633--20622482	89	9.3	89	72	9	337	34	16	18	30	1.94
20622070--20622455	96	4.0	96	80	3	384	36	17	16	29	1.92
20622363--20622496	44	3.0	45	75	6	132	36	17	14	30	1.91
20622268--20622522	139	1.8	141	81	5	320	36	18	16	29	1.92
20629182--20629291	38	2.9	38	77	9	116	44	1	3	50	1.30
20630197--20630239	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
20630995--20631059	35	2.0	34	82	11	82	60	0	1	38	1.07
20631683--20631736	24	2.2	24	100	0	108	40	3	11	44	1.58
20633757--20633805	3	16.0	3	79	12	55	63	0	2	34	1.06
20635464--20635962	44	11.0	44	73	10	245	30	19	15	33	1.93
20635464--20635641	89	2.0	89	80	2	196	29	21	15	33	1.94
20635805--20635955	43	3.4	44	79	6	144	34	18	14	32	1.91
20636138--20636176	15	2.6	15	100	0	78	33	7	20	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20636626--20636658	14	2.4	14	94	0	57	27	36	3	33	1.72
20647784--20647840	23	2.5	22	76	18	62	70	3	7	19	1.26
20647803--20647838	18	1.9	19	88	5	56	75	0	2	22	0.94
20650915--20650976	31	2.0	31	96	0	115	29	14	12	43	1.83
20652236--20652483	105	2.4	104	82	1	289	25	21	31	21	1.98
20653628--20653679	27	1.9	27	84	0	68	32	19	13	34	1.90
20655744--20655786	11	4.0	11	81	6	52	18	46	4	30	1.69
20656324--20656373	18	2.8	18	81	0	64	30	22	12	36	1.90
20660419--20660472	11	5.0	11	81	4	65	20	44	5	29	1.74
20661506--20661587	24	3.6	23	85	4	112	41	32	0	25	1.56
20662698--20662729	15	2.1	15	94	0	55	25	9	0	65	1.22
20662723--20662765	3	14.0	3	80	4	50	27	0	6	65	1.18
20663409--20663503	22	4.2	22	69	18	70	32	0	8	58	1.28
20663409--20663457	20	2.3	22	86	6	66	34	0	4	61	1.15
20663385--20663457	22	3.3	22	75	12	62	34	1	2	61	1.19
20665293--20665438	59	2.4	59	90	2	229	53	8	4	34	1.50
20668635--20668758	31	4.0	31	84	9	182	58	0	7	34	1.26
20668625--20668745	60	2.0	60	100	0	242	55	0	9	34	1.33
20668632--20668759	60	2.1	60	92	2	213	57	0	7	35	1.28
20669936--20669997	23	2.7	24	69	25	60	50	1	1	46	1.20
20670190--20670284	31	3.1	30	80	5	102	37	12	8	41	1.74
20704627--20704776	61	2.5	61	81	9	168	41	14	14	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20705957--20705987	14	2.2	14	100	0	62	35	16	6	41	1.74
20711497--20711553	21	2.7	20	72	20	53	26	5	5	63	1.37
20711674--20711706	16	2.1	16	94	0	57	21	0	9	69	1.15
20716629--20716690	29	2.1	29	81	0	70	12	19	20	46	1.83
20721875--20721916	18	2.3	19	80	19	54	50	0	0	50	1.00
20722407--20722512	32	3.5	30	72	20	94	47	6	1	44	1.40
20722439--20722539	28	3.5	27	72	19	78	44	4	2	47	1.40
20722402--20722529	60	2.1	60	88	0	184	44	7	2	46	1.43
20723444--20723468	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
20724130--20724189	30	2.0	30	93	0	102	56	11	1	30	1.45
20738677--20738709	5	6.6	5	92	0	57	57	0	3	39	1.14
20742102--20742140	6	7.2	6	88	11	50	0	17	12	69	1.19
20742567--20742620	24	2.2	25	80	12	67	40	1	0	57	1.09
20742687--20742738	22	2.3	23	83	9	72	36	0	3	59	1.16
20746199--20746265	29	2.3	29	89	0	98	37	8	23	29	1.86
20746293--20746534	33	7.3	31	69	14	126	33	13	23	28	1.93
20750026--20750071	22	2.3	20	82	14	51	45	4	0	50	1.21
20750648--20750678	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
20755670--20755695	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
20756148--20756188	20	2.0	21	85	4	57	43	0	17	39	1.49
20756851--20756919	29	2.4	29	95	0	120	33	10	30	26	1.89
20756912--20757095	33	5.5	33	73	11	140	35	12	22	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20756993--20757065	38	1.9	38	91	0	119	36	13	21	27	1.92
20757112--20757219	33	3.3	33	81	0	117	31	12	26	28	1.93
20757064--20757225	66	2.5	66	77	3	175	33	13	24	27	1.93
20760469--20760604	46	3.0	46	86	2	175	39	13	25	21	1.90
20760886--20760918	17	2.0	16	94	5	57	42	0	15	42	1.46
20766801--20766838	13	3.0	13	80	7	51	65	0	0	34	0.93
20769427--20769492	30	2.2	31	81	5	82	45	0	1	53	1.09
20775108--20775142	16	2.2	16	100	0	70	42	14	5	37	1.69
20781710--20781752	21	2.0	21	90	0	68	53	11	11	23	1.69
20782421--20782485	21	3.2	20	74	22	64	64	4	0	30	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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