genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61082145--61082320	46	3.8	46	76	12	189	22	19	27	29	1.98
61082142--61082312	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	28	1.99
61095324--61095398	38	1.9	39	94	2	134	28	1	14	56	1.47
61096895--61096969	6	12.3	6	78	13	82	50	14	17	17	1.78
61096904--61097003	37	2.7	37	88	0	128	48	12	20	20	1.80
61096916--61097025	31	3.4	31	76	14	103	48	11	19	20	1.80
61096904--61097025	37	3.5	36	76	13	119	49	11	18	20	1.78
61098621--61098830	39	5.3	39	93	2	316	24	27	22	25	2.00
61098621--61098882	78	3.3	78	86	7	302	24	27	23	25	2.00
61118783--61118828	15	3.1	15	79	11	51	73	0	17	8	1.07
61120213--61120398	40	4.7	41	89	3	247	23	22	27	26	2.00
61127348--61127395	20	2.4	20	86	6	62	33	8	20	37	1.83
61127443--61127537	25	3.9	24	90	4	122	25	24	22	28	1.99
61127757--61127820	31	2.1	31	87	0	92	40	15	20	23	1.90
61132905--61132944	18	2.3	18	95	4	73	15	27	22	35	1.94
61133304--61133470	27	6.2	27	78	0	163	25	14	17	42	1.87
61133316--61133468	54	2.8	54	86	0	189	26	13	16	43	1.85
61133625--61133743	45	2.7	45	90	1	195	28	26	15	29	1.96
61135223--61135275	24	2.2	24	79	0	61	41	3	41	13	1.62
61146048--61146145	28	3.5	27	81	4	106	31	28	13	26	1.94
61164031--61164075	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
61167298--61167349	13	4.1	13	83	11	72	32	7	23	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61168664--61168715	13	4.1	13	83	11	72	32	7	23	36	1.83
61170029--61170080	13	4.1	13	83	11	72	32	7	23	36	1.83
61175901--61175960	30	2.0	30	83	0	75	26	25	8	40	1.84
61182952--61183124	93	1.9	93	91	0	283	30	30	18	20	1.97
61182959--61183122	47	3.5	46	73	14	165	30	30	18	20	1.96
61186001--61186050	17	3.1	17	80	11	61	72	2	22	4	1.12
61190586--61190763	28	6.4	28	88	2	225	32	28	12	26	1.93
61198766--61198943	28	6.4	28	89	2	234	32	28	13	25	1.94
61202784--61202895	38	3.2	38	60	27	91	25	29	15	29	1.96
61202736--61202961	68	3.3	68	98	0	434	23	30	14	31	1.94
61202736--61202987	136	1.9	135	91	5	418	23	28	14	32	1.94
61202742--61203029	136	2.1	135	86	7	397	23	29	15	31	1.96
61229543--61229697	65	2.3	67	94	3	269	24	30	14	30	1.94
61231390--61231442	26	2.0	26	88	0	79	39	13	15	32	1.85
61233312--61233387	38	2.0	38	97	0	143	43	11	13	31	1.80
61239583--61239733	43	3.5	43	78	2	160	25	14	25	33	1.94
61240687--61240762	34	2.2	34	81	4	91	28	19	22	28	1.98
61248441--61248518	34	2.3	34	84	4	95	29	20	23	26	1.99
61254393--61254528	71	2.0	66	82	7	164	20	28	20	30	1.98
61254500--61254559	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
61264966--61265089	62	2.0	62	100	0	248	35	19	17	27	1.94
61269679--61269739	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61273054--61273096	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
61273541--61273723	56	3.3	55	82	6	208	26	13	27	32	1.93
61273566--61273746	28	6.5	28	92	1	258	27	13	27	31	1.94
61281267--61281309	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
61281779--61281932	28	5.5	28	95	0	247	25	13	28	31	1.94
61288417--61288442	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
61294198--61294343	25	5.9	24	75	7	105	29	10	22	37	1.87
61294198--61294355	50	3.2	49	85	3	199	28	10	22	38	1.87
61294218--61294357	25	5.6	25	77	5	149	30	9	22	37	1.86
61294218--61294357	75	1.9	75	86	0	199	30	9	22	37	1.86
61296010--61296182	46	3.7	46	77	13	192	21	21	27	28	1.99
61296007--61296177	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
61302439--61302564	46	2.7	46	97	0	234	20	21	27	30	1.98
61306203--61306245	22	2.0	22	85	0	59	46	30	0	23	1.52
61306891--61307040	43	3.5	43	81	1	167	34	24	14	28	1.93
61320376--61320405	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
61328260--61328289	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
61351134--61351180	15	3.5	15	67	27	50	44	14	4	36	1.65
61351128--61351186	25	2.4	25	100	0	118	45	15	3	35	1.63
61354839--61354999	79	2.0	79	98	0	313	54	12	16	16	1.71
61369325--61369526	53	3.7	54	77	2	190	19	24	19	36	1.95
61371719--61371749	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61371719--61371749	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
61373671--61373731	30	2.0	30	87	6	88	14	29	34	21	1.93
61375386--61375508	49	2.5	49	87	6	162	25	27	18	28	1.98
61378036--61378238	40	5.1	40	84	3	250	25	28	23	23	2.00
61381466--61381643	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61381487--61381642	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61389651--61389828	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61389672--61389827	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61411632--61411809	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61411653--61411808	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61416092--61416516	47	9.1	47	91	0	638	26	31	10	32	1.89
61416224--61416301	25	3.2	25	63	17	65	29	26	7	35	1.84
61416390--61416464	22	3.3	22	68	17	71	26	32	10	30	1.90
61435420--61435506	33	2.6	34	89	7	133	20	28	26	24	1.99
61435911--61435978	30	2.3	30	92	0	118	17	32	27	22	1.96
61450358--61450521	43	3.9	42	81	8	181	28	15	25	31	1.95
61452018--61452107	29	3.1	29	83	1	101	30	25	13	31	1.94
61455319--61455435	42	2.8	42	80	7	123	27	26	17	28	1.98
61461168--61461224	30	1.9	29	85	3	78	26	26	7	40	1.81
61470912--61471009	49	2.0	50	92	6	164	28	6	11	54	1.60
61474233--61474280	6	8.0	6	83	0	51	79	2	12	6	1.01
61474233--61474280	18	2.7	18	83	0	60	79	2	12	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61474266--61474295	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
61482528--61482703	46	3.8	45	77	7	192	28	29	19	21	1.98
61482537--61482708	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
61482534--61482723	46	4.1	44	69	18	109	29	28	20	21	1.98
61484861--61484933	25	3.2	25	62	22	68	26	13	24	35	1.93
61484854--61484939	44	2.0	44	100	0	172	27	16	23	32	1.96
61486526--61486555	12	2.5	12	94	0	51	16	33	10	40	1.82
61497853--61498068	46	4.7	46	77	12	194	24	28	18	28	1.98
61497822--61498068	94	2.7	90	75	12	232	24	29	17	28	1.98
61504745--61504926	40	4.6	40	81	6	217	25	23	26	24	2.00
61504745--61504962	80	2.7	79	84	4	262	24	23	26	25	2.00
61508829--61508871	20	2.2	20	91	0	68	20	25	18	34	1.96
61508890--61509017	50	2.7	49	83	9	156	27	32	14	25	1.95
61511852--61511900	15	3.0	17	73	11	57	34	0	6	59	1.22
61520797--61520916	26	4.5	26	75	9	100	59	0	8	31	1.33
61520788--61520919	54	2.4	55	78	6	153	57	1	9	31	1.40
61522288--61522317	15	1.9	16	93	6	53	16	6	0	76	0.99
61533195--61533314	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
61534764--61535308	47	11.6	47	90	2	769	32	10	30	26	1.89
61540049--61540269	46	4.8	46	83	5	284	28	30	20	20	1.98
61540103--61540274	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	20	1.98
61544202--61544394	96	2.0	97	90	1	307	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61547283--61547464	43	4.3	42	70	10	136	37	17	19	25	1.93
61549423--61549458	17	2.1	18	94	5	65	11	22	47	19	1.80
61551262--61551301	20	2.0	21	85	5	55	50	2	7	40	1.44
61551569--61551626	24	2.4	24	88	0	80	34	3	25	36	1.73
61553416--61553460	22	2.0	24	82	8	58	35	8	2	53	1.45
61553425--61553468	24	1.9	22	81	9	52	43	4	2	50	1.35
61554395--61554468	34	2.2	32	83	9	94	56	1	2	39	1.22
61554456--61554484	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
61554840--61554907	19	3.6	19	72	18	61	32	2	2	61	1.26
61554953--61554988	9	3.6	10	88	11	56	36	0	2	61	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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