genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  90  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26494744--26494850	40	2.7	39	75	12	110	39	17	9	33	1.82
26495021--26495111	23	4.0	23	78	8	89	35	17	20	26	1.95
26511086--26511124	19	2.1	19	95	0	69	33	10	10	46	1.72
26514903--26514940	6	6.5	6	93	3	51	44	0	55	0	0.99
26515108--26515134	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
26515614--26515677	20	3.5	20	69	20	66	48	4	10	35	1.59
26515611--26515683	35	2.1	35	97	0	137	49	4	12	34	1.59
26521539--26521801	120	2.2	120	98	0	508	44	1	6	47	1.38
26521750--26521784	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26521949--26522039	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
26522020--26522088	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
26522020--26522088	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
26529584--26529608	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
26529655--26529684	9	3.3	9	95	0	51	13	10	0	76	1.01
26529831--26529895	33	2.1	30	83	13	78	27	3	4	64	1.28
26530651--26530684	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
26536755--26536817	25	2.5	25	76	2	72	39	22	11	26	1.87
26541897--26541927	16	1.9	16	93	0	53	35	9	6	48	1.62
26545739--26545776	12	3.2	12	88	3	51	84	7	0	7	0.79
26547550--26547603	26	2.0	28	82	7	67	53	0	44	1	1.11
26562472--26562596	64	2.0	64	84	6	164	39	22	24	14	1.91
26562691--26562733	21	2.2	19	91	8	68	76	6	0	16	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26564021--26564059	16	2.4	17	91	8	64	51	0	0	48	1.00
26577421--26577465	24	1.9	23	86	4	63	8	22	0	68	1.16
26577422--26577510	18	4.8	18	67	17	56	8	24	1	65	1.29
26583857--26583927	27	2.5	29	81	6	92	23	18	32	25	1.97
26585233--26585265	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
26588834--26588871	11	3.5	11	85	0	58	65	5	7	21	1.38
26599382--26599439	29	1.9	30	83	13	75	36	3	6	53	1.45
26599476--26599509	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
26600976--26601032	28	2.0	28	100	0	114	28	29	14	28	1.95
26605018--26605125	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
26605011--26605125	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
26609712--26609789	15	5.2	15	67	11	61	43	7	21	26	1.80
26609706--26609789	30	2.8	30	96	0	150	44	7	22	26	1.78
26614368--26614491	30	4.1	30	92	3	187	41	7	24	26	1.80
26614396--26614476	15	5.3	16	71	11	80	43	6	24	25	1.77
26616685--26616723	19	2.1	19	90	0	60	53	0	0	46	1.00
26616862--26616923	32	1.9	33	87	6	92	27	17	4	50	1.67
26622273--26622362	34	2.6	33	87	8	117	37	12	23	26	1.90
26622273--26622400	37	3.6	36	80	13	129	39	12	20	27	1.88
26622277--26622417	37	3.9	35	77	14	117	38	13	19	29	1.89
26622425--26622472	23	2.1	23	84	7	62	45	6	12	35	1.67
26625680--26625721	14	3.0	14	79	6	50	30	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26627767--26627806	18	2.2	18	100	0	80	72	0	5	22	1.04
26628025--26628104	38	2.1	38	97	0	151	27	5	32	35	1.79
26639059--26639108	12	4.1	12	78	19	50	24	36	2	38	1.67
26643339--26643455	32	3.7	32	82	7	141	39	11	9	40	1.73
26645671--26645725	18	2.9	19	72	20	53	63	5	0	30	1.17
26645888--26645994	57	1.9	56	90	5	173	49	10	8	31	1.67
26652271--26652354	42	2.0	42	100	0	168	28	9	16	45	1.79
26656131--26656178	19	2.6	19	76	3	53	37	6	12	43	1.68
26656192--26656282	42	2.1	43	83	4	121	30	6	13	49	1.67
26663339--26663363	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
26670770--26670809	20	2.0	20	85	0	53	42	2	0	55	1.13
26671742--26671792	25	2.0	25	100	0	102	23	35	7	33	1.84
26676952--26677001	23	2.2	23	85	0	64	42	12	14	32	1.82
26677151--26677191	20	2.0	20	90	0	64	58	0	2	39	1.11
26677158--26677200	10	4.2	10	81	3	50	67	0	2	30	1.03
26677415--26677454	21	1.9	21	85	10	55	30	10	7	52	1.62
26683934--26684005	31	2.4	31	80	2	92	34	13	12	38	1.83
26696391--26696423	15	2.1	16	94	5	59	78	0	15	6	0.93
26702146--26702186	18	2.2	19	91	4	66	43	2	0	53	1.13
26702150--26702197	18	2.7	18	71	12	53	39	2	0	58	1.10
26702193--26702229	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
26702655--26702696	9	4.6	9	82	5	57	69	0	2	28	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26702655--26702696	19	2.3	18	95	4	75	69	0	2	28	1.01
26704850--26704905	12	4.5	12	77	18	53	69	0	12	17	1.18
26704929--26704965	12	3.1	12	88	11	58	78	0	21	0	0.75
26704928--26704966	13	3.0	12	85	14	51	76	0	23	0	0.78
26706378--26706607	126	1.8	125	90	2	372	41	15	14	28	1.87
26707232--26707322	21	4.3	21	72	15	62	61	2	5	30	1.31
26707246--26707277	17	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
26708350--26708385	17	2.3	15	90	9	54	8	0	47	44	1.33
26710231--26710307	29	2.8	28	80	5	93	23	22	14	40	1.90
26710247--26710302	29	1.9	29	92	0	94	23	19	16	41	1.90
26712592--26712645	20	2.7	20	85	5	74	14	31	35	18	1.91
26714583--26714609	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
26714824--26714867	3	15.3	3	90	9	74	70	0	0	29	0.88
26714824--26714867	17	2.6	18	92	7	74	70	0	0	29	0.88
26714824--26714867	20	2.2	20	100	0	88	70	0	0	29	0.88
26714824--26714872	11	4.5	11	85	15	66	69	0	2	28	1.00
26716847--26716899	27	1.9	28	85	11	74	24	7	7	60	1.50
26718942--26718984	21	2.0	21	90	0	68	16	23	23	37	1.94
26719451--26719485	18	1.9	18	88	0	52	42	0	5	51	1.25
26725001--26725025	7	3.6	7	100	0	50	24	32	0	44	1.54
26728510--26728606	31	3.2	30	80	11	85	47	12	14	25	1.79
26729471--26729531	8	7.5	8	78	10	61	60	1	1	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26737977--26738056	27	3.0	27	88	0	88	15	20	35	30	1.93
26737992--26738224	27	8.6	27	86	0	259	13	17	39	30	1.88
26738005--26738224	81	2.7	81	84	0	305	13	16	40	30	1.87
26740586--26740674	46	2.0	45	95	2	160	43	39	11	5	1.64
26744898--26744930	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
26744898--26744943	9	5.0	9	89	2	56	39	15	15	30	1.88
26745738--26745768	5	6.2	5	92	0	53	19	16	19	45	1.86
26745968--26746030	33	1.9	33	90	0	99	23	39	6	30	1.80
26745978--26746127	54	2.8	54	79	2	167	22	42	5	30	1.75
26746014--26746053	21	1.9	21	94	0	71	17	45	7	30	1.76
26748209--26748248	21	2.0	21	90	5	64	37	12	0	50	1.41
26749271--26749620	175	2.0	175	100	0	700	41	18	9	29	1.83
26762281--26762977	134	5.2	134	79	0	629	36	12	20	30	1.90
26762285--26762977	268	2.6	265	78	2	711	36	12	19	30	1.90
26766421--26766480	30	2.0	30	96	0	111	30	25	3	41	1.71
26766885--26766927	4	11.2	4	80	9	54	18	0	2	79	0.85
26766987--26767016	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
26772999--26773184	98	1.9	98	84	2	248	30	17	16	36	1.91
26773077--26773355	126	2.2	126	86	1	391	30	15	14	38	1.88
26773428--26773524	34	2.9	33	78	7	97	48	10	0	41	1.37
26783305--26783339	6	5.8	6	89	0	52	2	17	51	28	1.59
26783561--26783602	22	1.9	22	95	0	75	35	7	2	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26783698--26783752	18	3.4	16	75	17	51	43	7	1	47	1.41
26784327--26784371	21	2.3	19	81	11	54	68	2	2	26	1.12
26784466--26784520	20	2.7	21	71	18	53	20	1	40	38	1.63
26785260--26785294	18	2.0	17	88	5	52	28	31	17	22	1.96
26788108--26788230	48	2.6	47	83	7	144	30	19	27	22	1.98
26791951--26791985	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
26798477--26798535	24	2.4	23	81	10	64	20	10	32	37	1.86
26802487--26802513	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
26811920--26811949	5	6.2	5	92	7	53	36	0	0	63	0.95
26812248--26812295	9	4.9	10	77	12	55	75	0	25	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295