genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28762039--28762090	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
28762043--28762090	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
28762242--28762337	25	4.0	24	75	15	81	58	5	6	30	1.45
28762291--28762362	27	2.6	28	78	8	76	59	4	6	29	1.42
28762239--28762454	23	8.9	25	70	14	96	55	4	6	33	1.46
28762708--28762746	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
28762921--28763019	30	3.3	30	88	0	153	18	5	48	28	1.69
28765241--28765312	28	2.5	29	84	4	101	47	31	2	18	1.63
28765365--28765390	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
28765473--28765511	17	2.3	17	90	0	60	30	23	0	46	1.53
28765470--28765518	23	2.1	24	88	3	73	34	20	0	44	1.52
28766744--28766781	17	2.3	16	83	16	51	57	5	2	34	1.35
28767958--28767993	18	2.1	18	89	5	56	16	44	27	11	1.82
28772782--28772816	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
28773517--28773559	19	2.3	18	84	11	52	32	4	2	60	1.30
28777807--28777914	26	4.2	26	87	0	162	37	22	6	34	1.80
28784683--28784790	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
28788344--28788372	11	2.5	12	88	11	51	27	0	0	72	0.85
28791326--28791373	25	1.9	25	82	0	60	29	12	4	54	1.56
28791524--28791832	46	6.7	46	87	1	433	19	23	14	41	1.89
28791524--28791833	137	2.3	138	89	0	469	19	24	14	41	1.89
28794182--28794215	15	2.3	15	90	10	52	29	0	23	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28794482--28794539	25	2.3	24	82	5	62	12	20	25	41	1.87
28801673--28801720	25	1.9	25	91	0	78	16	22	20	39	1.92
28810374--28810407	6	5.5	6	96	3	59	32	0	67	0	0.91
28816131--28816203	34	2.1	34	97	0	137	35	13	9	41	1.77
28817762--28817995	130	1.8	126	80	5	281	36	19	15	28	1.92
28818130--28818183	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28818361--28818416	23	2.4	23	82	11	69	60	0	10	28	1.30
28818401--28818439	14	2.8	13	85	14	51	66	0	5	28	1.12
28818405--28818447	20	2.0	22	86	8	63	62	0	6	30	1.21
28818712--28818753	17	2.5	17	92	0	66	64	4	9	21	1.42
28819441--28819536	44	2.2	43	84	3	120	31	21	18	28	1.97
28819564--28819668	43	2.4	44	87	4	142	27	17	20	34	1.95
28819475--28819749	131	2.1	131	84	2	347	24	21	20	33	1.97
28819606--28820228	87	7.2	88	87	4	702	20	22	21	35	1.96
28819651--28820228	175	3.3	173	86	5	742	20	22	21	35	1.96
28819635--28820241	84	7.1	85	87	3	697	20	22	20	36	1.96
28820043--28820180	40	3.3	40	65	18	111	15	22	25	36	1.94
28820375--28820629	134	1.9	134	80	6	302	27	22	19	30	1.98
28820329--28820605	45	6.2	44	69	9	166	27	22	19	30	1.98
28820225--28820896	178	3.8	177	86	3	886	27	21	19	30	1.98
28820687--28820783	45	2.2	44	86	3	131	26	19	18	35	1.95
28826949--28827191	130	1.9	127	82	3	308	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28827315--28827368	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28827341--28827438	51	2.0	49	84	11	128	55	3	9	32	1.47
28827561--28827659	14	7.2	13	73	22	55	65	2	8	24	1.30
28827590--28827663	18	4.1	17	72	16	51	67	1	6	24	1.22
28827895--28827936	17	2.5	17	92	0	66	64	4	9	21	1.42
28830726--28830760	6	5.8	6	89	0	52	20	42	0	37	1.52
28832161--28832235	36	2.1	36	97	0	141	36	17	0	46	1.48
28840059--28840099	18	2.4	17	91	4	64	53	0	0	46	1.00
28840064--28840107	18	2.8	15	78	21	54	59	0	0	40	0.98
28843090--28843139	25	2.0	25	96	0	91	30	4	26	40	1.74
28847535--28847563	7	4.1	7	100	0	58	13	0	0	86	0.58
28849699--28849730	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28851378--28851425	16	3.1	15	78	6	51	29	0	2	68	1.01
28859750--28860266	126	4.1	125	78	3	522	31	17	13	37	1.88
28860353--28860482	34	3.9	33	79	12	133	46	16	0	37	1.47
28860363--28860506	30	4.6	30	74	16	107	45	17	0	37	1.49
28860542--28860578	8	4.9	8	83	12	51	40	45	0	13	1.43
28864739--28864782	15	2.9	15	79	0	52	34	0	18	47	1.49
28868431--28868474	21	2.0	22	86	4	63	29	0	13	56	1.38
28872779--28872849	9	7.3	9	74	13	52	67	5	0	26	1.12
28872779--28872823	19	2.3	20	88	11	67	71	4	0	24	1.05
28872788--28872825	18	2.1	18	95	5	67	68	5	0	26	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28873021--28873080	16	3.3	18	75	15	52	30	1	3	65	1.19
28873006--28873063	10	5.8	10	80	11	50	34	0	1	63	1.04
28873011--28873112	20	5.4	18	69	20	57	28	2	2	65	1.21
28875889--28875915	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
28876062--28876110	23	2.1	23	88	0	71	24	6	4	65	1.33
28876317--28876442	3	42.7	3	68	10	55	32	8	0	58	1.29
28876317--28876388	28	2.7	29	75	18	84	27	9	0	62	1.26
28882425--28882539	27	4.3	26	86	5	140	36	24	22	16	1.94
28882425--28882539	54	2.1	54	87	3	160	36	24	22	16	1.94
28884158--28884267	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
28893334--28893412	25	3.1	25	73	20	74	30	5	3	60	1.36
28893674--28893874	3	68.0	3	70	9	83	32	10	0	55	1.40
28895792--28895825	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
28900431--28900464	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
28902834--28902945	56	2.0	56	94	3	199	36	14	18	30	1.91
28908122--28908172	20	2.6	19	79	11	50	76	0	11	11	1.02
28913421--28913529	49	2.2	49	82	6	132	21	18	33	26	1.96
28914062--28914134	25	2.9	25	83	0	65	39	6	16	36	1.75
28914944--28914973	12	2.5	12	94	0	51	43	0	6	50	1.28
28916629--28916827	51	3.9	51	90	3	285	29	23	15	32	1.95
28916851--28916965	24	4.4	26	80	15	130	25	21	14	38	1.92
28916864--28916965	52	1.9	53	92	2	170	24	20	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28931720--28931756	17	2.4	16	86	13	51	67	16	0	16	1.23
28933587--28933653	20	3.3	20	64	15	57	53	8	16	20	1.69
28933580--28933661	40	2.0	40	100	0	164	56	9	14	19	1.66
28933819--28933872	18	2.8	19	78	15	58	72	0	7	20	1.08
28933850--28933922	27	2.9	25	70	23	64	73	1	5	19	1.09
28933896--28933924	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
28949402--28949498	38	2.6	38	84	0	122	22	24	25	26	2.00
28949414--28949509	38	2.5	38	82	0	111	23	19	26	30	1.98
28949502--28949742	43	5.6	43	91	0	383	12	24	31	31	1.92
28954179--28954286	26	4.2	26	95	0	189	37	25	6	31	1.81
28957071--28957141	28	2.5	28	83	0	88	25	21	25	28	1.99
28968696--28968747	25	2.1	25	100	0	104	40	23	0	36	1.55
28975142--28975174	10	3.4	10	87	8	50	87	3	9	0	0.63
28977382--28977418	18	2.0	19	94	5	67	32	10	13	43	1.79
28979469--28979530	30	2.1	30	87	6	90	56	12	4	25	1.56
28979561--28979591	14	2.2	14	94	0	53	61	6	6	25	1.45
28986799--28986855	19	3.0	20	75	17	66	57	0	1	40	1.09
28993503--28993715	106	2.0	106	95	0	381	31	17	13	37	1.89
29011442--29011480	20	2.0	20	100	0	78	20	25	30	23	1.98
29011438--29011483	20	2.3	20	92	0	65	21	28	30	19	1.98
29014067--29014109	22	2.0	21	86	9	59	55	0	4	39	1.20
29015974--29016027	28	1.9	28	96	0	99	50	22	11	16	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29016870--29017463	161	3.7	161	96	0	1046	39	20	13	26	1.90
29019283--29019346	32	2.0	32	81	6	76	40	6	1	51	1.36
29021751--29021847	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
29024298--29024334	6	6.2	6	87	0	56	37	16	16	29	1.90
29027871--29028023	39	3.9	39	94	0	252	26	30	21	22	1.99
29027823--29028021	78	2.6	78	81	8	228	25	29	22	22	1.99
29035545--29035745	39	5.2	39	85	1	244	25	28	21	23	1.99
29053466--29053501	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
29053635--29053733	27	3.7	26	76	12	87	41	21	8	29	1.81
29053698--29053768	36	2.0	36	86	5	99	42	22	8	26	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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