genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78163204--78163254	23	2.3	23	96	3	95	21	13	3	60	1.49
78170272--78170308	18	2.0	19	89	5	58	2	62	0	35	1.10
78170270--78170311	18	2.4	17	84	11	57	2	57	0	40	1.12
78177501--78177526	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
78179908--78180083	46	3.8	45	78	11	187	20	20	29	29	1.98
78179904--78180075	93	1.8	93	91	2	283	20	20	30	28	1.98
78185437--78185487	23	2.3	22	83	6	59	45	15	5	33	1.71
78186475--78186513	17	2.3	17	90	0	60	66	23	0	10	1.22
78187384--78187438	27	2.0	27	92	0	92	43	0	9	47	1.35
78187611--78187664	26	2.1	26	100	0	108	44	11	3	40	1.58
78192125--78192179	25	2.2	25	93	0	92	36	14	9	40	1.78
78192577--78192645	35	2.0	35	100	0	138	34	11	11	42	1.78
78193661--78193695	18	1.9	18	88	0	52	51	5	34	8	1.56
78195233--78195261	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
78204232--78204283	20	2.7	20	85	8	63	44	28	21	5	1.75
78214920--78214959	21	1.9	21	85	10	55	42	17	5	35	1.71
78222047--78222224	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
78222068--78222223	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
78226598--78226665	31	2.2	31	86	0	91	45	10	11	32	1.74
78228308--78228361	27	2.0	27	96	0	99	31	12	22	33	1.92
78234889--78234929	19	2.1	20	86	4	57	41	0	2	56	1.13
78259450--78259492	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78270678--78270717	19	2.1	19	100	0	80	57	0	15	27	1.38
78275053--78275248	105	1.9	101	85	6	268	24	25	18	31	1.97
78286672--78286869	105	1.9	105	85	2	272	18	13	16	52	1.74
78287984--78288029	22	2.1	22	100	0	92	47	0	4	47	1.21
78290031--78290060	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
78291501--78291554	20	2.8	19	80	5	63	62	3	0	33	1.12
78291667--78291785	56	2.1	56	84	7	154	39	10	5	44	1.62
78292472--78292520	18	2.9	17	85	8	64	63	0	2	34	1.06
78294063--78294131	23	3.2	22	78	17	74	57	1	4	36	1.27
78294105--78294139	10	3.4	10	88	7	52	68	0	2	28	1.04
78294051--78294139	21	4.2	21	70	16	67	59	1	3	35	1.21
78294238--78294274	16	2.4	15	86	4	56	43	24	5	27	1.76
78294596--78294660	19	3.4	18	77	12	67	32	1	1	64	1.12
78294651--78294717	19	3.6	19	76	8	66	38	1	1	58	1.17
78296679--78296745	35	1.9	35	84	3	91	40	16	13	29	1.87
78298079--78298124	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
78298984--78299046	20	3.2	19	80	13	65	47	0	3	49	1.17
78299302--78299359	3	19.3	3	89	0	89	60	0	1	37	1.07
78299587--78299640	23	2.3	24	87	12	78	25	0	11	62	1.28
78301731--78301877	40	3.7	40	85	0	186	34	28	14	22	1.93
78310678--78310725	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
78310764--78310839	9	7.9	9	70	18	55	34	9	21	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78310762--78310843	20	4.2	20	95	1	148	35	12	19	32	1.89
78310897--78310991	23	4.0	24	85	12	124	29	20	23	27	1.98
78311185--78311248	31	2.1	31	87	0	92	37	14	23	25	1.92
78313462--78313509	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
78313548--78313624	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
78313557--78313628	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
78313546--78313628	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
78313681--78313753	24	3.0	24	84	13	96	30	20	21	27	1.98
78313947--78314010	31	2.1	31	84	0	83	35	14	25	25	1.93
78315083--78315271	40	4.7	40	85	2	254	32	28	17	21	1.96
78318250--78318282	7	4.7	7	96	0	57	33	0	0	66	0.92
78319201--78319260	32	1.9	32	86	3	86	43	0	0	56	0.99
78319879--78319911	17	1.9	17	88	11	50	60	6	0	33	1.21
78319878--78319911	11	3.1	11	86	0	50	61	5	0	32	1.20
78321319--78321359	14	3.0	13	83	13	55	85	0	14	0	0.60
78326376--78326430	23	2.5	22	84	3	74	81	3	12	1	0.89
78326376--78326437	24	2.7	23	87	2	79	80	3	14	1	0.91
78326398--78326435	20	1.9	20	94	0	67	81	2	15	0	0.80
78334603--78334742	56	2.5	55	80	9	158	30	17	20	32	1.95
78336297--78336358	30	2.1	30	93	0	106	25	12	17	43	1.85
78339736--78339818	42	2.0	40	86	4	112	27	14	2	55	1.52
78346873--78346922	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78346883--78346922	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
78348392--78348469	39	2.0	39	97	0	147	38	8	20	32	1.84
78358734--78359167	240	1.8	240	100	0	868	27	14	28	30	1.95
78363039--78363127	34	2.6	34	78	3	90	23	24	25	25	2.00
78371245--78371429	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
78371245--78371429	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
78373402--78373443	21	2.0	21	85	4	57	45	7	11	35	1.69
78373737--78373791	27	2.0	27	82	0	65	32	10	25	30	1.90
78373748--78373799	27	1.9	27	84	7	70	32	9	26	30	1.89
78375506--78375600	27	3.5	27	75	0	82	45	13	20	21	1.85
78391760--78392027	49	5.6	48	76	15	234	23	29	19	27	1.98
78391714--78391979	93	2.8	94	84	8	292	24	28	19	28	1.98
78391760--78392027	142	1.9	142	89	4	416	23	29	19	27	1.98
78399900--78399972	27	2.7	27	91	4	112	31	9	28	30	1.89
78400123--78400201	27	2.9	27	78	0	86	41	13	24	20	1.88
78402423--78402472	21	2.3	22	83	13	68	22	44	0	34	1.53
78402480--78402540	25	2.4	25	83	5	79	14	37	22	24	1.92
78404613--78404701	42	2.1	42	95	0	160	51	13	5	29	1.63
78404726--78404765	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
78408642--78408681	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
78414007--78414080	36	2.1	36	100	0	148	31	13	9	45	1.75
78414816--78414947	66	2.0	66	83	2	167	42	19	24	13	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78419615--78419678	31	2.0	32	96	3	121	53	6	17	23	1.66
78419919--78419969	26	2.0	26	100	0	102	39	7	0	52	1.30
78434248--78434362	60	1.9	60	87	3	169	43	5	12	39	1.64
78434826--78434882	20	2.9	19	79	7	69	38	0	0	61	0.96
78434826--78434882	19	3.0	20	80	10	66	38	0	0	61	0.96
78440972--78441052	28	2.9	28	74	5	74	18	17	30	33	1.94
78443189--78443431	49	4.9	49	83	3	290	25	19	25	29	1.98
78443189--78443469	150	1.9	150	83	4	370	26	18	25	28	1.98
78445881--78445926	11	3.8	12	76	18	51	0	23	2	73	0.94
78447819--78447919	50	2.0	50	98	0	193	40	20	9	28	1.85
78448336--78448383	13	3.7	13	82	0	60	31	4	12	52	1.58
78449424--78449460	16	2.3	16	95	0	65	32	16	13	37	1.87
78454228--78454336	56	2.0	55	90	1	173	41	11	7	40	1.68
78455273--78455395	58	2.1	58	100	0	246	37	1	16	44	1.57
78455306--78455395	28	3.1	28	63	12	74	37	1	14	46	1.52
78455276--78455368	30	3.2	30	64	11	84	34	2	18	45	1.61
78463541--78463600	22	2.8	21	90	7	93	48	0	0	51	1.00
78463544--78463627	22	4.0	21	67	14	66	47	0	1	51	1.08
78468314--78468439	63	2.0	63	98	0	243	41	7	21	30	1.80
78476748--78476785	19	2.0	19	85	10	51	55	0	7	36	1.29
78480037--78480261	40	5.7	40	83	5	251	25	27	21	25	2.00
78480004--78480254	119	2.1	119	81	7	278	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78481389--78481508	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78487950--78488174	80	2.8	80	82	5	276	26	27	21	24	1.99
78487950--78488174	79	2.8	80	84	2	265	26	27	21	24	1.99
78487917--78488174	119	2.2	120	80	6	276	25	27	20	25	1.99
78487950--78488174	40	5.6	41	83	6	241	26	27	21	24	1.99
78489299--78489418	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78499037--78499106	21	3.2	21	64	25	54	48	11	20	20	1.79
78499000--78499164	45	3.7	45	88	1	233	43	11	21	23	1.85
78503251--78503282	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
78504263--78504325	31	2.1	31	93	3	110	39	11	7	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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