genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80116660--80117018	3	119.3	3	66	16	129	58	2	9	29	1.41
80116650--80116711	20	3.1	20	78	0	70	58	1	8	32	1.37
80118439--80118965	88	6.0	88	92	0	813	26	21	23	29	1.99
80118439--80118951	263	1.9	264	92	0	848	26	21	23	29	1.99
80118451--80118941	44	11.2	43	67	13	277	26	20	23	29	1.99
80130576--80130612	17	2.1	19	85	10	51	62	2	5	29	1.31
80130643--80130675	16	2.0	17	94	5	59	63	0	12	24	1.28
80130706--80130767	20	3.1	20	78	0	70	58	1	8	32	1.37
80130730--80130776	23	2.0	24	87	8	69	65	0	6	27	1.16
80130830--80131072	3	79.3	3	67	16	99	59	2	8	29	1.42
80136126--80136163	20	1.9	20	89	10	60	0	34	0	65	0.93
80143801--80143830	12	2.5	12	100	0	60	40	0	0	60	0.97
80144274--80144303	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
80144348--80144391	22	2.0	22	87	12	65	27	9	0	63	1.24
80153443--80154201	206	3.7	206	90	1	1133	31	18	21	28	1.97
80155841--80155874	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
80155856--80155930	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
80156352--80156381	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
80156425--80156468	22	2.0	22	87	12	65	27	9	0	63	1.24
80160541--80160606	28	2.3	29	84	5	91	33	18	27	21	1.96
80160621--80160676	23	2.5	23	88	2	78	55	8	23	12	1.65
80166033--80166079	21	2.2	22	81	11	53	25	10	14	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80166042--80166112	22	3.2	23	86	5	94	25	7	22	45	1.77
80166836--80166918	37	2.4	35	77	16	84	37	0	13	49	1.42
80167162--80167215	23	2.4	21	76	11	54	48	7	1	42	1.42
80167281--80172076	422	11.0	421	67	16	2631	39	9	14	36	1.78
80170785--80170858	37	2.1	35	80	12	80	35	0	12	52	1.39
80172079--80172170	36	2.8	31	75	16	85	36	1	14	47	1.51
80172090--80172172	33	2.4	34	79	14	91	37	0	14	48	1.44
80172415--80172465	23	2.2	23	82	6	59	49	5	0	45	1.26
80179121--80179177	29	2.0	28	83	10	71	56	0	8	35	1.31
80185958--80186222	40	6.7	40	89	3	340	26	26	22	24	2.00
80189505--80189634	43	3.0	43	82	8	147	34	27	13	23	1.93
80191844--80192015	60	2.8	62	81	10	178	28	24	18	28	1.98
80200634--80200705	30	2.4	30	86	6	101	45	12	5	36	1.65
80202255--80202298	23	2.0	22	95	4	79	15	0	27	56	1.40
80203306--80203340	7	4.7	7	86	13	52	45	40	2	11	1.55
80203306--80203340	16	2.4	14	90	9	52	45	40	2	11	1.55
80205740--80205822	20	4.1	19	72	17	60	55	3	1	39	1.25
80207140--80207169	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
80208124--80208176	22	2.4	22	74	0	52	20	7	0	71	1.10
80209992--80210068	35	2.2	35	81	9	95	31	19	20	28	1.97
80217220--80217293	35	2.1	34	83	14	89	32	20	21	25	1.97
80222301--80222333	9	3.7	9	100	0	66	36	12	12	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80239671--80239720	22	2.3	22	82	6	66	26	14	12	48	1.78
80239703--80239751	22	2.2	22	88	3	71	28	6	22	42	1.77
80240041--80240896	422	2.0	425	93	3	1472	37	9	16	36	1.81
80240910--80240992	37	2.4	35	77	16	84	36	0	14	49	1.44
80241236--80241286	23	2.2	23	82	6	59	49	5	0	45	1.26
80249392--80249425	15	2.1	15	89	10	50	0	26	2	70	1.01
80264676--80264757	41	2.0	40	86	9	112	34	12	8	45	1.72
80265896--80266190	147	2.0	147	95	0	527	29	18	10	41	1.83
80271081--80271225	48	3.0	49	79	7	163	33	28	16	21	1.95
80273639--80273693	5	10.6	5	84	11	67	78	0	1	20	0.85
80273633--80273693	16	3.9	15	80	19	72	77	0	1	21	0.86
80273636--80273692	26	2.2	25	90	3	87	77	0	1	21	0.86
80289426--80289885	231	2.0	230	97	0	875	49	7	11	31	1.67
80291695--80291726	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
80293360--80299028	512	11.1	512	92	1	9222	36	14	13	35	1.86
80296159--80296202	20	2.3	19	88	11	63	50	0	6	43	1.29
80296159--80296202	19	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
80296671--80296714	20	2.3	19	88	11	63	50	0	6	43	1.29
80296671--80296714	19	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
80300052--80300143	27	3.4	27	82	5	114	28	22	8	40	1.84
80300025--80300143	54	2.2	54	81	3	132	30	22	9	37	1.86
80300175--80300270	27	3.6	27	80	8	81	44	22	7	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80300201--80300271	27	2.6	27	82	8	90	46	25	4	23	1.70
80301257--80301326	25	2.8	24	82	4	86	27	25	24	22	2.00
80301308--80301353	25	1.9	24	82	8	58	28	21	23	26	1.99
80301474--80301565	42	2.2	42	90	3	141	29	13	21	35	1.91
80301589--80301700	31	3.6	31	88	0	161	29	16	23	30	1.96
80302454--80306428	512	7.8	512	92	1	6499	36	14	13	36	1.85
80305206--80305248	19	2.3	19	84	15	54	46	0	9	44	1.35
80308023--80308096	37	2.0	37	100	0	148	51	8	5	35	1.55
80308206--80308313	50	2.2	50	89	0	162	23	24	14	37	1.92
80316986--80317064	19	4.2	19	88	9	117	37	8	16	36	1.80
80316992--80317064	36	2.0	37	91	5	121	38	9	15	36	1.80
80316986--80317081	19	4.9	21	87	8	82	35	9	17	37	1.82
80318039--80318083	22	2.0	22	100	0	90	28	22	17	31	1.97
80322680--80322727	15	3.2	14	80	19	53	81	0	14	4	0.84
80322677--80322721	20	2.2	21	92	7	76	86	0	11	2	0.65
80323604--80324226	84	7.4	84	88	4	911	30	22	21	24	1.99
80326317--80326414	19	5.2	19	90	7	146	39	9	16	34	1.80
80326323--80326394	36	2.0	36	100	0	126	38	11	13	36	1.81
80326336--80326392	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
80331630--80331681	16	3.5	15	80	10	54	86	0	11	1	0.65
80331641--80331682	16	2.6	16	92	3	66	88	0	9	2	0.61
80331630--80331683	11	4.8	11	80	13	65	87	0	11	1	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80332576--80332886	43	7.1	44	71	12	237	32	17	23	26	1.97
80332576--80332890	130	2.4	128	89	4	461	32	17	23	26	1.97
80333153--80333428	86	3.2	87	70	14	262	34	20	19	25	1.96
80333047--80333525	87	5.5	87	68	13	329	32	18	20	27	1.96
80333040--80333486	175	2.6	175	94	0	761	32	19	19	27	1.96
80333956--80334015	17	3.2	19	86	13	88	38	10	16	35	1.82
80340265--80340363	42	2.3	42	84	5	137	32	25	18	24	1.97
80340258--80340403	43	3.4	42	81	8	145	31	26	17	23	1.97
80356422--80356460	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
80356579--80356607	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
80356694--80356766	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
80360346--80360384	5	8.0	5	82	5	53	17	0	2	79	0.84
80360344--80360389	19	2.5	19	92	3	76	19	0	2	78	0.86
80362228--80362256	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
80362343--80362415	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
80367107--80367133	11	2.5	11	100	0	54	29	18	18	33	1.95
80368576--80368610	17	2.1	17	88	0	52	51	5	8	34	1.56
80378181--80378232	26	2.1	26	82	7	63	57	1	1	38	1.21
80380812--80380996	92	2.0	92	98	0	361	22	11	9	56	1.64
80386652--80386686	13	2.7	13	86	0	52	2	22	40	34	1.69
80394727--80394820	40	2.3	41	85	8	131	25	26	21	26	1.99
80405781--80405805	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80407472--80407572	3	34.3	3	67	18	52	29	8	0	60	1.34
80407472--80407712	12	20.7	12	65	20	93	29	11	1	57	1.42
80407645--80407678	9	3.8	9	84	0	50	32	11	0	55	1.36
80407649--80407713	6	11.0	6	75	9	53	29	7	0	63	1.22
80407801--80407857	3	19.3	3	85	3	80	31	3	1	63	1.22
80408023--80408256	3	77.0	3	69	12	102	29	9	2	58	1.41
80408090--80408142	28	1.9	27	92	3	88	24	11	0	64	1.26
80408218--80408267	15	3.3	15	82	0	64	34	8	0	58	1.28
80418457--80418497	13	3.1	13	79	6	55	34	0	12	53	1.38
80418449--80418491	14	3.1	14	80	6	61	41	0	9	48	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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