genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69184370--69184402	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
69184423--69184488	33	1.9	35	84	6	91	24	0	12	63	1.28
69184449--69184496	21	2.3	20	82	3	51	18	0	10	70	1.15
69184478--69184527	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
69194866--69195050	79	2.3	81	82	7	218	26	27	21	24	1.99
69194866--69195050	40	4.7	40	79	10	200	26	27	21	24	1.99
69197464--69197528	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
69198159--69198197	19	2.1	19	85	0	51	17	7	5	69	1.32
69198783--69198816	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
69205297--69205357	28	2.2	28	90	0	95	31	27	8	32	1.86
69205462--69205524	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
69205474--69205535	28	2.2	28	82	2	70	27	25	16	30	1.96
69205986--69206024	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
69211853--69211894	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
69212178--69212222	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
69214605--69214656	25	2.1	25	96	0	95	30	26	21	21	1.98
69222668--69222746	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
69222865--69223888	47	21.4	47	93	3	1724	29	29	8	32	1.87
69222865--69223888	190	5.4	188	93	3	1724	29	29	8	32	1.87
69226861--69226885	9	2.8	9	100	0	50	32	12	36	20	1.89
69226987--69227052	28	2.3	29	89	2	98	22	15	31	30	1.95
69232303--69232415	33	3.5	31	77	16	113	37	11	23	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69232408--69232588	31	5.8	31	78	7	170	30	14	26	28	1.95
69232645--69232696	27	1.9	27	92	0	86	38	11	25	25	1.89
69232648--69232706	27	2.2	27	84	6	75	42	13	22	22	1.88
69232764--69232837	34	2.2	34	85	0	94	28	12	25	33	1.92
69237472--69237544	16	4.6	16	67	21	55	32	4	31	31	1.77
69237467--69237545	25	3.3	25	67	22	78	31	3	31	32	1.76
69237422--69237821	47	8.4	47	94	2	660	33	7	31	28	1.85
69237658--69237736	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
69237422--69237821	191	2.1	190	94	2	705	33	7	31	28	1.85
69239079--69239140	29	2.2	29	85	8	83	27	12	30	29	1.93
69239092--69239170	28	2.7	29	80	5	88	29	15	27	27	1.96
69243068--69243400	27	12.6	27	73	9	152	40	21	7	30	1.80
69243207--69243402	54	3.6	54	85	1	241	41	22	6	30	1.78
69243209--69243400	81	2.4	81	85	2	251	41	22	6	29	1.78
69243216--69243403	27	7.0	27	83	2	207	42	21	5	30	1.76
69243385--69243549	27	6.3	27	85	3	212	35	20	20	23	1.96
69243385--69243549	53	3.1	53	86	5	210	35	20	20	23	1.96
69243385--69243531	80	1.8	79	89	1	231	35	21	20	23	1.96
69243976--69244040	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
69244199--69244272	27	2.8	27	87	2	96	17	22	21	37	1.94
69244412--69244526	6	18.7	6	75	18	103	18	18	16	46	1.84
69244412--69244475	19	3.7	19	67	26	61	18	17	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69244412--69244506	25	3.6	25	77	22	88	17	18	16	46	1.85
69244412--69244542	31	4.3	31	88	2	185	18	17	16	48	1.82
69246414--69246460	21	2.3	21	81	3	60	55	2	10	31	1.46
69246992--69247140	57	2.6	58	77	7	160	28	18	22	30	1.97
69249248--69249423	94	1.9	94	91	0	289	38	9	5	46	1.59
69251558--69251745	41	4.6	42	80	5	181	26	14	25	32	1.95
69251558--69251745	81	2.3	81	85	3	236	26	14	25	32	1.95
69253415--69253519	43	2.4	43	83	0	147	27	14	25	32	1.94
69256508--69256683	46	3.8	46	73	11	162	23	20	26	30	1.99
69256504--69256675	93	1.8	93	86	2	247	23	20	26	29	1.99
69262238--69262267	16	1.9	15	93	6	51	33	16	10	40	1.82
69270796--69270937	40	3.6	40	93	2	234	23	23	27	25	2.00
69275232--69275339	37	2.9	37	88	0	153	26	27	20	25	1.99
69275458--69276146	47	14.3	49	92	3	1136	29	28	8	33	1.86
69275458--69276146	96	7.2	96	93	3	1138	29	28	8	33	1.86
69279589--69280073	40	12.1	40	93	1	794	27	29	20	23	1.99
69281343--69281443	37	2.7	37	93	0	166	25	31	18	23	1.98
69281562--69282250	47	14.3	49	91	3	1109	29	28	8	33	1.86
69281562--69282250	96	7.2	96	93	3	1120	29	28	8	33	1.86
69289137--69289241	33	3.0	34	85	13	133	21	21	30	25	1.99
69289170--69289308	39	3.5	40	88	4	194	24	22	28	25	2.00
69295955--69296105	71	2.3	64	79	11	153	51	9	6	31	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69296374--69296428	19	2.9	18	74	10	56	50	5	3	40	1.43
69296559--69296594	7	5.0	7	86	6	54	69	0	0	30	0.89
69296559--69296595	15	2.5	15	91	4	58	70	0	0	29	0.88
69296574--69296616	13	3.2	13	80	6	50	67	2	2	27	1.15
69296565--69296624	23	2.8	21	79	18	61	66	1	1	30	1.11
69296599--69296687	45	2.0	43	82	12	108	58	4	2	34	1.31
69296598--69296714	51	2.5	45	77	15	114	58	3	1	35	1.25
69296678--69296715	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
69296684--69296745	29	2.1	28	88	8	88	62	0	0	37	0.95
69301429--69301478	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
69302936--69302997	19	3.2	19	90	4	97	35	9	17	37	1.83
69307749--69308188	225	2.0	225	95	0	790	27	22	19	30	1.98
69308835--69308891	7	7.9	7	77	13	53	82	0	12	5	0.82
69308843--69308891	12	4.1	12	76	7	55	83	0	12	4	0.77
69308843--69308891	23	2.1	23	85	7	64	83	0	12	4	0.77
69309849--69310072	43	5.3	42	66	19	144	30	22	20	26	1.98
69309840--69310113	84	3.3	84	94	1	469	29	22	21	26	1.99
69309976--69310238	125	2.1	125	92	0	427	30	21	22	25	1.99
69311372--69311509	41	3.3	41	68	15	113	31	23	23	21	1.99
69311293--69311519	84	2.7	84	88	4	314	30	23	23	22	1.99
69311526--69311799	87	3.1	87	69	15	229	31	19	21	27	1.98
69312376--69312436	19	3.1	19	95	4	104	37	9	16	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69314628--69314678	26	2.0	26	88	7	77	39	13	1	45	1.55
69316744--69316795	26	2.0	26	96	0	95	40	11	5	42	1.65
69318850--69318901	26	2.0	26	92	3	88	42	9	5	42	1.61
69320956--69321005	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
69339212--69339382	43	4.0	43	74	11	161	24	17	24	33	1.96
69361330--69361363	15	2.2	16	89	5	52	17	23	2	55	1.55
69361530--69361562	17	1.9	18	88	11	52	21	27	3	48	1.64
69363157--69363253	48	2.0	48	100	0	194	36	22	12	28	1.91
69371062--69371323	78	3.3	79	85	7	277	25	21	27	25	1.99
69371114--69371323	39	5.3	39	89	2	280	25	21	27	25	1.99
69379082--69379342	39	6.6	39	86	6	311	25	21	27	24	1.99
69383627--69383685	26	2.3	26	82	5	66	35	18	15	30	1.92
69385357--69385666	56	5.6	56	91	1	462	37	22	14	26	1.92
69385357--69385662	111	2.7	112	87	2	454	37	21	14	26	1.92
69385555--69385644	27	3.3	27	64	27	71	38	22	13	25	1.90
69385357--69385666	167	1.9	168	88	2	480	37	22	14	26	1.92
69390736--69390776	20	2.0	21	85	4	57	19	7	9	63	1.48
69393077--69393226	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
69393057--69393226	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
69396608--69396664	28	2.0	28	100	0	114	43	10	14	31	1.79
69407355--69407408	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
69417518--69417607	29	3.1	28	85	7	119	27	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69421443--69421492	25	2.0	25	96	0	91	38	4	26	32	1.75
69425116--69425215	46	2.2	46	89	3	148	18	31	6	45	1.73
69428754--69428783	16	1.9	15	93	6	51	60	3	6	30	1.39
69428815--69428856	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
69433078--69433285	67	3.2	64	76	10	188	32	17	28	22	1.96
69435300--69435332	16	2.1	17	88	11	52	33	0	24	42	1.55
69437573--69437701	67	1.9	66	81	4	152	31	17	29	20	1.96
69455455--69455514	29	2.1	27	85	11	77	43	5	15	36	1.68
69456543--69456652	28	3.9	28	80	1	112	23	33	15	27	1.95
69460011--69460168	43	3.7	43	76	6	135	24	20	26	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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