genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51101397--51108460	285	24.9	279	77	7	5458	36	8	14	39	1.78
51108824--51108857	13	2.9	11	87	12	50	0	14	0	85	0.60
51109117--51109278	41	3.9	40	85	5	198	33	22	23	20	1.97
51109142--51109278	41	3.3	41	91	0	220	33	23	22	20	1.97
51109118--51109278	82	2.0	82	88	3	243	33	21	23	21	1.97
51109436--51109535	14	6.9	14	70	8	65	29	1	25	45	1.60
51109447--51109528	21	3.7	21	75	12	83	28	1	26	43	1.62
51109451--51109544	46	2.0	46	95	0	170	30	2	24	42	1.66
51109639--51109706	7	9.4	7	76	6	64	25	0	38	36	1.56
51109630--51109709	7	11.1	7	77	9	54	23	0	40	36	1.55
51116308--51116348	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
51118401--51120173	143	12.5	142	79	5	1598	36	8	15	39	1.79
51122397--51124095	143	12.0	142	77	5	1544	36	9	15	38	1.79
51122366--51124072	284	6.0	282	78	7	1370	36	9	15	38	1.79
51122366--51124072	427	4.0	424	84	4	1887	36	9	15	38	1.79
51126228--51126253	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
51130900--51130925	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
51137107--51137145	20	1.9	21	89	5	62	53	10	0	35	1.35
51141729--51141955	40	5.7	40	94	0	400	29	20	28	21	1.98
51144855--51144895	18	2.3	18	100	0	82	48	4	12	34	1.62
51154988--51155053	34	1.9	34	84	6	89	21	21	25	31	1.98
51171833--51171903	19	3.7	19	76	16	58	43	23	1	30	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51171833--51171882	19	2.5	21	87	6	68	46	24	2	28	1.64
51175932--51175984	14	3.7	14	73	12	54	16	3	0	79	0.88
51175932--51175984	21	2.5	20	77	22	63	16	3	0	79	0.88
51176722--51176750	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
51201759--51201895	47	3.0	45	79	13	136	27	30	16	25	1.97
51207172--51207208	17	2.2	17	90	0	56	43	10	13	32	1.79
51209207--51209322	39	3.0	39	94	0	196	26	30	21	21	1.98
51216341--51216609	94	2.8	94	83	6	319	27	20	27	24	1.99
51216341--51216609	46	5.7	49	81	6	272	27	20	27	24	1.99
51223924--51224048	48	2.7	46	85	5	153	31	18	25	24	1.98
51224155--51224282	49	2.6	49	82	3	150	27	21	28	22	1.99
51225847--51226072	40	5.7	40	88	4	280	26	26	21	25	1.99
51233821--51234003	40	4.6	40	82	9	207	25	27	22	24	2.00
51233821--51234004	79	2.3	81	84	6	225	25	27	22	24	2.00
51238319--51238428	43	2.6	43	82	0	139	28	16	22	32	1.96
51245155--51245301	43	3.4	43	81	1	161	28	14	23	32	1.95
51250731--51250801	34	2.1	33	82	7	81	30	22	15	30	1.95
51253141--51253296	78	2.0	78	94	0	276	43	11	12	32	1.79
51253700--51253764	32	2.0	33	85	5	89	40	27	18	13	1.89
51253967--51254049	32	2.6	32	80	0	103	33	18	19	28	1.95
51254521--51254635	27	4.3	27	80	12	112	31	12	14	41	1.83
51254521--51254636	54	2.1	54	84	3	153	31	12	14	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51254537--51254637	27	3.7	27	80	5	114	32	10	14	41	1.81
51274850--51274882	13	2.5	13	90	0	57	30	30	30	9	1.88
51283566--51283722	54	2.9	54	75	1	163	22	28	14	33	1.94
51289964--51290074	58	1.9	58	83	1	143	27	30	15	27	1.96
51289998--51290074	29	2.7	29	85	0	100	27	27	18	27	1.98
51290146--51290179	17	1.9	18	88	5	52	20	44	23	11	1.84
51290298--51290343	8	5.8	8	86	0	56	19	21	17	41	1.90
51297293--51297400	29	3.8	29	80	1	110	25	28	17	27	1.98
51302654--51302820	42	4.0	42	83	3	201	24	17	25	32	1.97
51302891--51302954	32	2.0	32	93	0	110	39	12	21	26	1.89
51304483--51304580	24	4.0	24	83	1	115	37	5	34	22	1.76
51312417--51312514	24	4.0	24	87	1	133	36	4	37	21	1.73
51318459--51318577	47	2.5	47	97	0	229	25	19	26	28	1.99
51320723--51320944	46	4.8	46	82	8	290	29	26	20	23	1.99
51320723--51320948	93	2.4	94	89	6	329	28	26	20	23	1.99
51323330--51323418	30	3.0	30	77	8	92	56	15	17	10	1.67
51323330--51323409	15	5.4	15	80	7	83	57	13	18	10	1.64
51323341--51323418	15	5.2	15	78	9	70	55	15	17	11	1.69
51326331--51326552	46	4.8	46	84	7	297	29	27	21	21	1.98
51326331--51326556	93	2.4	95	89	6	340	28	28	21	21	1.99
51328932--51329020	30	3.0	30	77	8	92	56	15	17	10	1.67
51328932--51329011	15	5.4	15	80	7	83	57	13	18	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51328943--51329020	15	5.2	15	78	9	70	55	15	17	11	1.69
51331935--51332156	46	4.8	46	84	7	297	29	27	21	21	1.98
51331935--51332160	93	2.4	95	89	6	340	28	28	21	21	1.99
51336450--51336710	40	6.6	40	89	2	375	23	20	25	30	1.99
51336450--51336710	79	3.3	80	89	2	375	23	20	25	30	1.99
51336450--51336710	119	2.2	119	90	2	398	23	20	25	30	1.99
51338396--51338461	31	2.2	31	94	2	116	31	7	21	39	1.81
51343854--51343885	16	2.0	16	100	0	64	43	25	25	6	1.77
51344270--51344330	28	2.3	26	80	8	68	19	21	22	36	1.95
51345456--51345581	62	2.0	62	98	0	243	24	23	28	23	1.99
51354204--51354254	20	2.5	20	72	12	50	11	31	19	37	1.88
51357443--51357714	46	5.8	47	73	12	211	23	30	19	26	1.98
51368322--51368433	24	4.8	23	74	11	104	34	17	19	27	1.95
51368332--51368433	23	4.5	22	76	12	107	34	18	19	27	1.95
51368321--51368441	23	5.2	22	71	20	70	33	18	20	27	1.96
51371732--51371819	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
51374189--51374277	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
51374189--51374271	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
51374200--51374277	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
51377190--51377277	46	1.9	46	88	0	122	28	29	21	20	1.98
51381904--51382337	50	8.6	50	75	4	325	31	25	17	25	1.97
51381907--51382337	154	2.8	151	85	3	526	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51383552--51383618	22	3.0	22	97	0	125	34	31	10	23	1.89
51405452--51405485	17	2.0	17	94	0	59	26	5	11	55	1.58
51408965--51409038	24	3.0	24	86	6	85	33	17	22	25	1.96
51414546--51414903	47	7.3	49	93	4	602	29	28	8	32	1.87
51414557--51415022	51	9.1	51	87	10	650	30	27	8	33	1.86
51414546--51414903	100	3.7	99	91	5	606	29	28	8	32	1.87
51414888--51414920	16	2.1	16	100	0	66	42	12	0	45	1.41
51414837--51414971	67	2.0	67	100	0	270	34	23	5	36	1.79
51414788--51415073	118	2.4	116	97	2	554	32	25	6	34	1.83
51415006--51415037	16	2.0	16	100	0	64	43	12	0	43	1.42
51429523--51429896	48	7.8	48	75	6	236	25	26	18	28	1.98
51429523--51429841	96	3.3	96	79	2	273	26	27	17	28	1.98
51432678--51432806	46	2.8	46	92	0	204	19	20	29	31	1.97
51437498--51437530	17	1.9	17	93	0	57	21	24	27	27	1.99
51447992--51448170	46	3.8	47	83	10	206	29	19	29	21	1.97
51462423--51462761	47	7.1	47	90	4	509	32	9	30	28	1.88
51462423--51462761	98	3.5	98	89	4	489	32	9	30	28	1.88
51462423--51462750	145	2.3	145	92	2	536	31	9	30	28	1.89
51462880--51462958	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
51471621--51471661	19	2.1	20	86	13	59	63	7	0	29	1.21
51481578--51481670	42	2.2	42	86	3	134	32	20	12	34	1.91
51489718--51489895	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51489718--51489895	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
51497723--51497900	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
51497723--51497900	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
51502925--51503139	27	8.0	27	88	1	279	42	19	13	24	1.88
51502933--51503139	81	2.6	81	90	1	317	42	18	14	25	1.88
51503362--51503407	19	2.4	19	96	0	83	13	28	34	23	1.92
51505751--51505875	42	3.0	42	90	3	189	34	24	10	30	1.89
51507361--51507451	30	3.0	30	98	0	173	31	23	21	23	1.98
51516331--51516409	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
51516577--51517263	47	14.3	47	92	3	1059	29	28	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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