genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28516206--28516260	20	2.6	21	77	11	58	30	3	5	60	1.37
28516206--28516261	21	2.7	21	80	8	60	30	3	7	58	1.42
28516943--28516985	21	2.0	21	90	0	68	30	0	34	34	1.58
28516966--28516998	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
28516977--28517071	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
28517233--28517267	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28517191--28517263	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
28522456--28522586	69	1.9	70	79	7	151	28	12	3	54	1.55
28522633--28522680	4	12.0	4	81	0	51	20	6	4	68	1.28
28526455--28526500	19	2.3	20	79	20	53	28	19	4	47	1.68
28529267--28529307	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
28529678--28529747	28	2.5	28	80	0	95	30	25	10	34	1.89
28536847--28537143	35	8.5	35	82	0	281	29	14	25	30	1.95
28536847--28537143	70	4.3	70	82	0	317	29	14	25	30	1.95
28536847--28537143	105	2.8	105	80	0	335	29	14	25	30	1.95
28544142--28544216	30	2.5	30	82	0	96	44	30	16	9	1.79
28544143--28544200	15	3.9	15	79	0	71	43	32	13	10	1.78
28549044--28549074	14	2.2	14	94	0	53	25	0	29	45	1.54
28551063--28551087	11	2.3	11	100	0	50	48	24	0	28	1.52
28554176--28554329	71	2.2	71	96	2	260	29	22	3	43	1.71
28557266--28557301	15	2.4	15	90	0	54	19	8	5	66	1.38
28562068--28562110	13	3.2	13	78	18	52	81	2	9	6	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28562089--28562133	23	1.9	24	90	4	74	75	4	13	6	1.15
28563223--28563407	64	2.8	64	86	2	244	29	18	14	37	1.90
28563813--28563905	43	2.1	45	82	7	111	32	13	22	31	1.93
28563758--28564154	176	2.3	174	83	2	510	30	16	23	29	1.96
28563934--28564429	264	1.9	266	83	6	657	29	16	23	29	1.97
28569518--28569625	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
28571021--28571085	26	2.4	26	84	5	76	33	26	12	27	1.92
28571190--28571329	54	2.6	53	88	2	199	18	21	23	36	1.95
28571189--28571329	27	5.2	27	81	10	164	18	21	23	36	1.95
28575442--28575478	14	2.8	14	84	8	51	35	21	0	43	1.53
28575539--28575605	28	2.3	29	85	10	93	32	7	0	59	1.25
28576659--28576761	35	3.0	35	77	4	93	43	3	1	50	1.31
28576832--28576883	9	5.6	9	77	22	54	21	1	7	69	1.24
28577771--28577803	14	2.3	15	89	5	50	63	0	0	36	0.95
28580408--28580448	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
28587029--28587053	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
28604006--28604050	23	1.9	24	90	4	74	17	4	20	57	1.56
28612706--28612838	66	2.0	66	100	0	266	35	19	18	27	1.95
28613698--28613779	30	2.7	30	96	0	155	15	52	7	24	1.68
28614282--28614363	12	7.4	11	71	16	62	29	3	1	65	1.17
28614276--28614363	3	29.3	3	72	19	53	28	3	1	67	1.14
28619281--28619312	4	7.8	4	93	6	55	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28620793--28621458	87	7.8	87	85	3	870	36	21	22	19	1.95
28620793--28621544	43	17.6	43	69	10	344	36	21	22	19	1.95
28620793--28621393	173	3.5	173	93	0	979	35	21	22	20	1.96
28622105--28622190	30	2.9	30	94	0	145	16	50	6	26	1.70
28622690--28622768	9	8.6	9	73	15	63	26	3	1	68	1.14
28622688--28622770	12	7.0	12	73	13	64	26	3	1	68	1.13
28622850--28622904	3	18.0	3	82	14	60	30	0	5	63	1.17
28624582--28624718	60	2.3	61	81	11	158	26	23	20	29	1.99
28625813--28625890	39	2.0	39	100	0	156	23	30	17	28	1.97
28626594--28626622	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
28626653--28626696	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
28646225--28646344	44	2.8	41	82	8	134	22	15	28	33	1.95
28646225--28646383	43	3.7	43	80	5	153	24	16	26	32	1.96
28646225--28646365	42	3.3	43	81	8	146	24	15	26	33	1.95
28649461--28649534	33	2.2	33	76	9	78	27	24	16	32	1.96
28649475--28649671	105	1.9	101	81	6	234	27	22	16	33	1.95
28652304--28652339	18	2.0	18	88	0	54	38	2	8	50	1.47
28652664--28652819	84	1.9	84	83	2	206	39	18	8	33	1.81
28655372--28655416	21	2.1	21	92	8	74	22	37	17	22	1.94
28660692--28660739	24	2.0	24	100	0	96	33	25	8	33	1.86
28667309--28667364	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
28672330--28672488	38	4.1	38	87	3	228	21	22	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28672486--28672597	43	2.6	43	92	0	188	10	24	33	31	1.89
28688951--28689060	43	2.6	43	86	2	132	27	30	19	23	1.98
28690984--28691013	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
28691506--28691534	15	1.9	15	100	0	58	82	0	3	13	0.79
28692656--28692733	30	2.6	30	82	13	97	70	2	5	21	1.19
28693154--28693424	89	3.1	87	86	6	375	31	9	21	37	1.85
28696278--28696305	13	2.2	13	100	0	56	53	32	0	14	1.41
28706252--28706349	49	2.0	49	100	0	196	38	8	18	34	1.80
28708960--28709002	19	2.3	19	91	0	68	25	23	11	39	1.88
28712164--28712216	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
28712198--28712252	18	3.1	18	100	0	110	27	27	32	12	1.93
28712234--28712331	27	3.6	27	85	10	146	31	23	26	18	1.97
28713925--28714032	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
28718013--28718056	18	2.2	20	76	19	56	31	25	27	15	1.96
28718038--28718135	27	3.6	27	78	10	119	31	22	25	20	1.98
28719732--28719839	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
28723813--28723856	18	2.2	20	80	19	65	29	25	29	15	1.96
28723820--28723856	18	2.1	18	100	0	74	27	27	32	13	1.94
28725470--28725576	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
28725470--28725576	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
28729545--28729597	18	2.9	18	91	0	88	28	24	32	15	1.95
28729579--28729650	27	2.7	26	87	10	101	33	23	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28731249--28731356	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
28736664--28736701	19	2.0	19	89	0	58	63	0	28	7	1.23
28739159--28739464	42	7.1	43	73	12	209	29	25	17	27	1.98
28739157--28739409	85	3.0	85	80	4	280	30	24	16	28	1.96
28740655--28740691	13	2.8	13	95	0	65	43	13	2	40	1.58
28741579--28741611	17	2.0	17	88	5	50	27	6	3	63	1.32
28741696--28741746	24	2.1	24	96	0	93	23	13	13	49	1.78
28742894--28742965	28	2.5	28	82	6	83	48	25	4	22	1.68
28743102--28743143	17	2.5	17	80	7	50	33	16	0	50	1.46
28744400--28744433	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
28750684--28750767	28	3.0	28	89	1	123	46	29	2	21	1.64
28750670--28750740	28	2.9	23	75	18	70	46	30	4	18	1.68
28751853--28751904	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
28751857--28751904	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
28752012--28752071	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
28752049--28752119	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
28752135--28752266	23	5.6	24	73	8	101	56	3	6	34	1.40
28752738--28752806	30	2.3	30	97	0	129	15	5	49	28	1.68
28753460--28753757	88	3.4	86	79	8	291	35	19	14	30	1.91
28753686--28754236	77	7.3	76	79	12	546	34	21	16	28	1.94
28753720--28754234	150	3.4	150	81	11	613	33	20	16	28	1.95
28754081--28754212	71	1.9	71	95	0	237	28	20	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28753947--28754301	159	2.3	155	84	8	434	33	19	17	29	1.95
28754330--28754632	77	4.0	75	83	5	344	32	21	16	29	1.95
28754370--28754712	77	4.4	77	81	10	362	33	21	14	30	1.93
28753908--28754991	415	2.6	407	81	9	1158	35	20	16	27	1.94
28754643--28754916	99	2.9	98	81	10	288	39	19	16	24	1.92
28754814--28754844	13	2.4	13	94	0	53	74	6	3	16	1.16
28754736--28754916	85	2.1	87	91	3	303	38	20	16	24	1.92
28754565--28754906	184	1.8	186	85	4	485	37	19	16	26	1.93
28754835--28754991	73	2.1	74	90	1	253	32	21	17	28	1.96
28762039--28762094	24	2.3	24	79	11	62	64	1	3	30	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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