genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  59  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17294741--17294937	41	4.8	41	92	5	317	27	22	20	28	1.99
17296471--17296495	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
17296572--17296615	3	14.3	3	80	4	52	34	2	6	56	1.38
17296572--17296619	9	5.2	9	87	2	60	33	2	8	56	1.41
17298136--17298263	43	3.0	43	86	4	186	25	31	18	25	1.98
17298254--17298333	41	2.0	40	82	7	99	55	3	3	37	1.36
17298809--17299011	23	8.9	23	79	9	218	40	22	4	32	1.74
17298871--17298927	22	2.5	23	77	2	62	47	22	1	28	1.61
17298831--17298996	91	1.8	91	82	7	212	40	22	3	32	1.71
17302894--17303035	27	5.3	26	83	4	131	33	21	24	19	1.97
17302894--17303030	54	2.5	54	83	2	150	33	21	24	20	1.97
17304651--17304760	26	4.2	26	94	2	168	36	23	4	35	1.76
17306352--17306476	41	3.0	40	83	4	124	26	16	15	41	1.88
17306473--17306509	17	2.2	17	90	4	58	18	0	2	78	0.87
17306617--17306656	7	5.7	7	96	0	71	22	0	2	75	0.93
17307208--17307254	21	2.2	22	84	3	60	42	42	2	12	1.55
17307292--17307336	14	3.2	14	87	6	65	51	24	0	24	1.49
17307535--17307566	11	2.9	11	95	0	55	37	40	0	21	1.54
17307971--17308071	40	2.6	38	81	7	105	27	20	23	27	1.99
17308008--17308301	115	2.9	95	84	11	320	31	21	21	25	1.98
17308090--17308474	115	3.3	115	95	0	680	31	20	20	27	1.97
17308460--17308489	12	2.5	12	94	0	51	53	30	10	6	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17313103--17313173	35	2.0	35	100	0	142	28	8	16	46	1.76
17320292--17320319	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
17326722--17326754	13	2.4	14	90	5	50	54	3	0	42	1.15
17327708--17327746	15	2.4	17	87	8	55	61	2	0	35	1.10
17330032--17330098	18	3.8	18	78	5	66	56	0	1	41	1.08
17330775--17330805	15	2.0	16	93	6	55	3	12	0	83	0.75
17341336--17341507	88	2.0	88	96	0	317	43	8	10	37	1.70
17349082--17349115	14	2.4	14	100	0	68	55	0	20	23	1.43
17356199--17356359	42	3.7	42	85	8	189	30	25	14	29	1.95
17356269--17356371	49	2.1	51	88	3	156	33	26	13	27	1.94
17356381--17356467	31	2.8	31	89	0	138	25	28	20	25	1.99
17356443--17356571	50	2.5	51	92	2	215	26	22	16	34	1.95
17364902--17364940	19	2.0	21	85	10	55	12	2	15	69	1.30
17368269--17368313	22	2.0	23	86	4	65	44	0	0	55	0.99
17368301--17368355	28	2.0	28	89	6	87	52	0	0	47	1.00
17368534--17368625	46	2.0	44	85	8	123	38	25	5	31	1.78
17368604--17368654	16	3.2	16	82	0	75	27	23	5	43	1.77
17369207--17369301	13	6.4	14	68	23	52	46	3	3	47	1.34
17369260--17369296	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
17369337--17369368	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
17369631--17369718	16	5.5	16	86	5	115	37	5	28	28	1.80
17369700--17369793	44	2.1	44	82	7	109	36	4	23	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17369898--17370021	58	2.2	56	84	5	151	51	4	0	43	1.26
17371625--17371701	26	3.2	26	66	27	78	61	6	5	27	1.42
17375773--17375817	23	2.0	22	91	4	72	55	0	35	8	1.31
17381352--17381427	37	2.1	37	97	0	143	28	13	13	44	1.81
17383358--17383413	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
17385034--17385192	27	5.9	26	83	8	167	18	25	22	33	1.96
17385031--17385192	54	3.0	54	89	2	229	18	25	22	33	1.96
17385034--17385192	81	2.0	80	82	6	196	18	25	22	33	1.96
17387938--17387974	15	2.5	15	95	0	65	24	16	16	43	1.87
17393132--17393188	29	1.9	30	85	3	80	56	21	3	19	1.57
17399563--17399642	32	2.5	32	83	2	108	28	2	17	51	1.58
17400935--17400972	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
17401297--17401331	16	2.2	16	100	0	70	42	0	11	45	1.40
17405135--17405162	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
17405162--17405206	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
17405162--17405245	6	13.3	6	85	8	51	67	0	3	28	1.07
17405324--17405378	24	2.4	22	77	19	58	76	7	0	16	1.00
17405406--17405441	16	2.2	16	90	0	54	80	0	5	13	0.88
17407089--17407142	28	1.9	28	81	7	65	51	1	1	44	1.22
17408621--17408649	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
17411462--17411558	27	3.5	27	80	12	108	41	36	5	17	1.72
17412059--17412092	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17425721--17425763	21	2.0	21	100	0	86	58	0	4	37	1.19
17426383--17426422	18	2.2	18	86	0	53	15	5	12	67	1.38
17428464--17428777	151	2.1	150	84	7	399	42	2	10	44	1.53
17428995--17429027	12	2.8	12	90	0	57	24	48	18	9	1.76
17434425--17434472	20	2.4	20	89	0	69	14	31	33	20	1.93
17436331--17436757	48	8.9	48	78	4	430	26	29	18	25	1.98
17436331--17436740	96	4.3	96	90	0	570	25	30	19	25	1.98
17439942--17440035	40	2.4	39	85	3	118	13	11	37	37	1.82
17441956--17442058	37	2.8	37	75	0	107	33	26	14	26	1.95
17444920--17445337	96	4.4	96	89	1	570	25	28	18	26	1.98
17444920--17445349	48	9.0	48	76	3	398	26	28	18	26	1.98
17454955--17455056	43	2.4	43	86	3	125	30	16	21	31	1.96
17463966--17464010	20	2.2	21	88	7	67	33	0	2	64	1.06
17463968--17464018	20	2.6	19	81	9	59	29	0	3	66	1.09
17465226--17465293	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
17465292--17465352	6	9.8	6	85	7	86	52	1	45	0	1.10
17465296--17465398	3	35.3	3	71	11	54	61	0	35	1	1.14
17466080--17466125	23	2.0	23	91	0	74	19	36	15	28	1.92
17468578--17468632	24	2.4	22	75	19	58	45	5	0	49	1.25
17468669--17468733	24	2.8	23	84	6	71	30	4	1	63	1.24
17468746--17468792	21	2.2	21	80	0	58	36	2	6	55	1.37
17468989--17469056	19	3.5	19	71	13	57	35	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17468982--17469035	23	2.3	23	81	18	67	33	0	0	66	0.92
17468985--17469037	25	2.1	26	86	6	74	32	0	0	67	0.91
17469018--17469043	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
17469033--17469083	25	1.9	28	88	11	81	43	3	0	52	1.19
17477753--17478541	205	3.8	205	94	0	1326	31	17	21	30	1.96
17480178--17480232	24	2.4	22	75	19	58	45	5	0	49	1.25
17484818--17484925	39	2.8	39	95	0	198	22	25	29	22	1.99
17490540--17490733	39	5.0	39	94	0	343	21	25	29	23	1.99
17493015--17493113	33	3.0	33	89	0	117	20	28	18	33	1.96
17497740--17497851	50	2.2	50	96	0	206	44	22	15	17	1.86
17507823--17507861	10	3.8	10	82	3	51	41	0	0	58	0.98
17508229--17508278	22	2.2	24	85	7	68	24	0	28	48	1.52
17508694--17509062	126	2.9	126	86	4	514	34	17	19	28	1.94
17512558--17512593	18	2.0	18	94	0	63	38	2	27	30	1.71
17513188--17513220	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
17514225--17514336	48	2.3	47	86	8	147	49	4	9	36	1.56
17523037--17523097	30	2.0	30	96	0	113	37	9	19	32	1.85
17525951--17525995	16	2.7	17	89	6	74	20	0	8	71	1.12
17528025--17528049	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
17529844--17529887	17	2.8	15	78	21	54	63	0	2	34	1.07
17530360--17530473	18	6.3	18	88	5	169	37	15	10	35	1.82
17530361--17530465	35	3.0	35	97	1	192	37	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17530361--17530473	17	6.3	18	89	5	167	37	15	10	36	1.83
17531019--17531068	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
17532402--17532437	18	2.0	18	94	0	63	55	25	13	5	1.60
17533434--17533459	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
17534478--17534524	23	2.0	23	95	0	85	8	10	44	36	1.70
17534589--17534645	15	4.1	14	82	14	66	68	0	3	28	1.06
17534589--17534645	28	2.1	27	87	9	80	68	0	3	28	1.06
17534608--17534647	21	2.0	20	95	5	71	67	0	5	27	1.11
17542272--17542320	10	4.9	10	85	9	73	69	2	8	20	1.24
17542284--17542331	20	2.4	20	82	6	62	70	0	8	20	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295