genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82764941--82765168	126	1.8	126	86	1	332	27	19	17	35	1.95
82765991--82766033	20	2.2	20	83	8	52	27	6	9	55	1.57
82767896--82767969	35	2.1	35	100	0	148	48	32	0	18	1.49
82768735--82768770	19	1.9	19	88	5	56	50	5	2	41	1.40
82768765--82768805	18	2.3	18	91	4	66	43	0	0	56	0.99
82769112--82769151	21	1.9	21	89	0	62	52	12	15	20	1.74
82770089--82770272	92	2.0	92	90	2	289	25	23	12	39	1.89
82773805--82773857	21	2.6	19	75	13	61	52	9	5	32	1.57
82775021--82775079	15	3.9	15	80	12	75	64	0	0	35	0.94
82775021--82775078	17	3.6	17	76	21	70	63	0	0	36	0.94
82775340--82775381	18	2.3	19	80	12	52	61	4	4	28	1.36
82775351--82775399	18	2.9	17	84	6	55	61	2	4	32	1.26
82775371--82775476	20	5.6	18	74	21	85	57	0	6	34	1.31
82777136--82777168	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
82777806--82777842	11	3.5	11	92	3	58	21	2	0	75	0.92
82779092--82779126	14	2.5	14	95	0	61	65	5	8	20	1.40
82779235--82779268	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
82779158--82779337	92	1.9	92	80	4	209	33	21	15	30	1.94
82779348--82779382	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
82779436--82779484	14	3.5	14	94	0	80	59	8	16	16	1.60
82779348--82779556	102	2.1	101	89	4	314	40	18	16	25	1.90
82779464--82779775	76	4.2	73	86	5	394	33	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82780535--82780653	43	2.7	44	85	7	145	15	23	13	47	1.80
82784356--82784614	128	2.0	128	100	0	518	35	20	16	27	1.94
82787378--82787430	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
82788915--82789016	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
82789020--82789044	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
82792860--82792911	12	4.5	12	76	16	56	61	0	7	30	1.24
82792840--82792902	21	3.2	19	78	22	67	61	0	7	30	1.24
82792880--82792917	12	3.2	12	92	0	58	65	2	2	28	1.19
82793063--82793099	3	13.0	3	83	11	51	67	0	0	32	0.91
82802334--82802374	21	2.0	21	90	0	64	0	53	19	26	1.45
82804138--82804196	22	2.5	24	83	5	68	27	3	18	50	1.62
82804247--82804301	21	2.8	20	83	8	76	10	0	34	54	1.36
82804240--82804320	21	4.0	21	72	23	73	13	0	29	56	1.37
82817105--82817138	17	1.9	18	88	5	52	47	2	11	38	1.55
82820683--82820751	35	2.0	34	85	2	93	21	17	7	53	1.67
82836813--82836923	17	6.2	18	70	22	67	27	8	0	63	1.29
82836872--82836948	29	2.6	28	80	13	84	28	10	0	61	1.29
82836833--82836914	43	1.9	43	82	5	103	28	8	1	62	1.32
82837054--82837175	25	4.9	24	75	12	95	32	4	4	59	1.35
82847564--82847741	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
82847585--82847740	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
82847564--82847740	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82855163--82855292	46	2.8	45	89	4	197	32	16	28	22	1.96
82855294--82855751	132	3.5	131	85	2	553	30	18	24	26	1.98
82855727--82855906	89	2.0	89	81	0	207	32	22	23	22	1.98
82855900--82856316	45	9.3	45	81	1	415	31	16	24	26	1.97
82855901--82856307	179	2.3	179	88	1	591	31	17	24	26	1.97
82857305--82857415	29	3.8	29	68	9	82	26	7	2	63	1.33
82857320--82857436	15	8.1	14	71	17	62	25	8	1	64	1.32
82857320--82857436	58	2.0	58	81	6	139	25	8	1	64	1.32
82857348--82857467	44	2.8	44	79	13	108	26	9	0	63	1.30
82857383--82857428	15	2.9	15	93	6	74	23	8	2	65	1.32
82862889--82862971	22	3.8	22	83	0	94	60	26	4	8	1.46
82862889--82863026	33	4.1	33	73	12	120	60	28	4	6	1.41
82862889--82863008	11	10.8	11	73	0	69	60	27	5	6	1.42
82863169--82863210	9	4.7	9	87	0	66	9	40	14	35	1.78
82866439--82866466	10	2.8	10	100	0	56	10	28	39	21	1.87
82870499--82870550	26	2.0	27	85	11	72	67	1	15	15	1.32
82876071--82876288	47	4.7	46	80	10	232	25	21	30	22	1.98
82876068--82876288	94	2.4	94	84	6	274	25	21	30	22	1.99
82877605--82877780	46	3.8	46	79	12	207	20	21	30	28	1.98
82877602--82877773	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
82885095--82885270	46	3.8	46	76	14	191	20	19	29	30	1.97
82885092--82885263	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82888450--82888506	29	2.0	29	100	0	114	52	7	12	28	1.64
82888858--82888891	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
82892600--82892628	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
82900475--82900669	43	4.5	43	95	0	318	13	24	32	29	1.93
82900454--82900672	43	5.1	43	90	3	300	13	24	33	28	1.93
82901026--82901127	43	2.3	45	82	14	133	25	23	28	22	1.99
82913491--82913619	4	32.2	4	85	0	159	0	58	0	41	0.98
82913491--82913619	6	21.5	6	93	0	159	0	58	0	41	0.98
82913971--82914010	20	2.0	20	85	0	53	52	2	12	32	1.52
82916177--82916285	54	2.0	54	100	0	218	24	23	11	40	1.87
82916407--82916453	4	11.8	4	95	0	76	46	23	0	29	1.52
82917121--82917157	12	3.2	12	88	3	58	32	10	8	48	1.67
82918589--82918654	31	2.1	31	91	0	105	48	19	12	19	1.80
82920096--82920171	38	2.0	38	86	0	107	35	21	21	22	1.96
82920519--82920568	22	2.3	21	82	3	64	24	0	30	46	1.53
82920524--82920558	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
82920825--82920867	22	2.0	22	85	0	59	11	0	48	39	1.40
82925067--82925134	19	3.7	19	90	7	113	36	14	13	35	1.85
82925067--82925134	36	2.0	34	88	8	102	36	14	13	35	1.85
82925492--82925593	45	2.3	45	84	0	132	26	25	12	35	1.92
82925676--82925841	44	3.7	45	74	10	126	27	21	17	33	1.96
82925660--82925938	134	2.1	134	87	0	396	27	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82925991--82926822	44	18.9	44	69	15	393	28	25	16	30	1.96
82926035--82926822	176	4.5	176	88	1	1123	28	25	16	30	1.96
82926035--82926822	353	2.2	352	87	1	1168	28	25	16	30	1.96
82926608--82926970	132	2.8	131	83	5	462	29	24	15	30	1.96
82930621--82930654	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
82932587--82932652	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
82932604--82932665	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
82934544--82935416	23	38.1	23	76	7	652	32	6	23	38	1.80
82934715--82935205	183	2.7	183	91	0	768	32	6	23	38	1.79
82934654--82935416	229	3.3	227	84	4	903	32	6	23	38	1.80
82936071--82936197	61	2.1	61	96	0	236	49	5	3	40	1.44
82936307--82936400	43	2.2	43	92	0	152	27	29	14	27	1.96
82936785--82936809	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
82938522--82938554	15	2.1	16	94	5	59	18	15	0	66	1.25
82950721--82951270	206	2.7	206	88	2	827	31	16	22	29	1.96
82953068--82953102	16	2.1	17	94	5	63	25	11	0	62	1.28
82954399--82954442	22	2.0	22	100	0	88	27	22	31	18	1.97
82954849--82955126	139	2.0	139	92	0	457	33	19	16	30	1.94
82955639--82955758	3	38.7	3	73	9	73	62	3	5	28	1.34
82955923--82956077	3	52.3	3	68	11	70	59	1	7	31	1.35
82955928--82955977	17	2.9	17	80	11	50	62	2	8	28	1.35
82955920--82955961	20	2.1	20	86	0	57	61	2	4	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82955919--82955958	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
82956033--82956078	17	2.6	18	82	6	67	58	4	0	36	1.18
82956024--82956077	23	2.5	21	87	6	72	57	1	1	38	1.20
82956045--82956085	21	2.0	21	85	0	55	56	4	2	36	1.34
82956153--82956208	13	4.2	13	74	19	53	64	1	7	26	1.29
82959937--82960161	121	1.9	119	79	11	253	48	4	9	36	1.58
82961183--82961290	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82965585--82965660	24	3.2	24	77	7	75	64	5	9	21	1.42
82965602--82965659	18	3.1	18	72	18	55	63	6	10	18	1.47
82965597--82965680	39	2.2	37	79	8	87	64	5	8	21	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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