genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  26  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7747278--7747324	23	2.0	24	91	4	78	34	14	12	38	1.85
7755769--7755814	16	2.8	17	75	24	53	26	4	2	67	1.21
7755822--7755858	18	2.0	19	89	5	58	29	13	2	54	1.53
7755859--7755917	30	2.1	27	81	9	64	15	10	5	69	1.33
7763570--7763703	23	5.7	23	77	2	124	20	18	20	39	1.93
7763570--7763703	47	2.9	47	80	6	130	20	18	20	39	1.93
7766536--7766577	17	2.3	18	84	15	52	47	33	0	19	1.49
7767825--7767878	26	2.1	26	89	6	83	29	5	1	62	1.28
7767825--7767887	26	2.4	27	84	7	78	31	4	3	60	1.33
7768736--7768763	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
7776443--7776899	45	10.1	45	72	7	268	33	17	19	28	1.95
7776598--7777060	44	10.3	44	71	8	229	32	16	20	30	1.95
7778690--7778714	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7795289--7795332	10	4.4	10	85	5	54	11	0	6	81	0.86
7802881--7802920	21	1.9	21	85	10	55	30	22	17	30	1.97
7802989--7803058	30	2.3	29	83	13	81	58	2	5	32	1.36
7803014--7803082	21	3.4	20	77	20	72	65	0	4	30	1.12
7803027--7803081	21	2.8	20	86	8	76	65	0	5	29	1.15
7803139--7803210	23	3.1	23	81	11	85	48	0	2	48	1.16
7803389--7803441	24	2.1	24	86	6	70	33	0	1	64	1.05
7803809--7803850	17	2.4	17	88	4	57	16	4	9	69	1.33
7804396--7804451	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7807774--7807875	46	2.2	48	85	3	136	35	15	24	24	1.94
7824375--7824431	28	2.0	28	96	0	105	26	21	19	33	1.97
7836552--7836604	23	2.3	23	77	3	63	41	3	0	54	1.18
7840328--7840379	25	2.1	25	100	0	104	48	3	0	48	1.20
7840944--7841015	28	2.5	29	84	4	92	43	4	19	33	1.70
7843533--7843744	65	3.2	65	74	4	185	31	22	11	34	1.90
7843533--7843744	33	6.5	32	80	5	129	31	22	11	34	1.90
7843533--7843739	98	2.1	98	80	1	227	31	22	11	34	1.90
7843599--7843703	33	3.2	33	87	4	133	28	22	10	38	1.87
7844889--7844914	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
7848411--7848458	20	2.4	20	92	0	78	8	29	33	29	1.86
7862878--7862973	33	3.0	32	83	7	115	33	19	9	37	1.84
7863311--7863352	18	2.3	18	80	8	50	11	21	7	59	1.56
7863511--7863559	25	2.0	25	91	0	80	32	18	6	42	1.75
7866536--7866565	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
7872036--7872071	15	2.4	15	95	0	63	36	19	11	33	1.87
7873965--7874052	23	3.8	22	80	7	95	35	19	21	23	1.96
7873928--7874079	50	3.1	49	77	11	152	34	18	21	25	1.96
7884594--7884623	14	2.1	14	100	0	60	20	13	6	60	1.55
7886401--7886469	34	2.0	34	100	0	138	26	23	17	33	1.96
7887743--7887789	22	2.1	22	100	0	94	46	0	21	31	1.51
7890570--7890631	26	2.4	26	81	13	74	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7892162--7892383	112	2.0	112	94	0	390	30	12	29	27	1.93
7902985--7903063	39	2.0	40	80	11	92	31	2	3	62	1.27
7916328--7916398	33	2.1	34	84	7	92	23	25	23	26	2.00
7916328--7916426	28	3.4	28	74	15	74	24	24	24	27	2.00
7917020--7917077	20	3.1	19	78	9	57	22	41	25	10	1.85
7921758--7921853	23	4.3	24	72	15	71	36	25	19	18	1.95
7922702--7922735	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
7923240--7923267	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
7923521--7923574	21	2.7	20	78	16	58	48	5	3	42	1.44
7927600--7927827	42	5.4	43	76	4	221	30	26	16	26	1.97
7927611--7927868	85	3.0	84	76	6	245	29	26	15	27	1.96
7931070--7931151	40	2.0	40	100	0	164	35	21	19	23	1.96
7933075--7933122	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
7933161--7933217	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
7933159--7933221	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
7933275--7933443	24	7.0	24	89	8	245	30	19	21	28	1.97
7933636--7933699	31	2.1	31	84	0	83	37	17	21	23	1.94
7935750--7935794	7	6.6	7	80	14	58	31	0	0	68	0.89
7935758--7935802	14	3.3	14	78	6	56	35	0	0	64	0.94
7936825--7936877	7	7.4	7	78	4	52	49	30	0	20	1.50
7936825--7936877	22	2.5	22	84	3	63	49	30	0	20	1.50
7936840--7936885	22	2.1	22	91	0	74	45	34	2	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7936831--7936877	14	3.3	15	85	14	64	48	31	0	19	1.49
7937396--7937578	81	2.3	80	81	4	215	28	19	20	31	1.97
7937393--7937577	40	4.6	40	78	7	162	28	19	21	31	1.97
7937774--7937827	10	5.6	10	72	14	51	64	1	1	31	1.14
7937850--7937876	14	1.9	14	100	0	54	70	0	7	22	1.12
7942794--7942829	19	2.0	17	89	10	54	66	0	0	33	0.92
7943083--7943177	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
7943083--7943140	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
7943119--7943192	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
7943112--7943192	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
7943311--7943351	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
7943544--7943725	45	4.1	45	86	1	249	25	29	13	31	1.93
7943544--7943725	89	2.0	90	90	1	285	25	29	13	31	1.93
7943677--7943829	78	2.0	76	89	2	234	24	22	18	34	1.96
7943776--7943900	62	2.0	62	93	0	214	28	22	19	30	1.98
7955749--7955783	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
7956040--7956134	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
7956040--7956097	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
7956076--7956149	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
7956069--7956149	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
7956079--7956158	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
7956269--7956308	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7957913--7957940	12	2.3	12	100	0	56	25	17	39	17	1.92
7960796--7960848	23	2.2	24	83	3	63	60	0	7	32	1.25
7965734--7965842	54	2.0	54	100	0	218	34	9	13	42	1.77
7965995--7966025	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
7971561--7971606	21	2.1	23	92	8	78	36	0	0	63	0.95
7971566--7971617	21	2.4	21	81	12	61	38	0	1	59	1.08
7977951--7978007	25	2.3	25	87	6	80	36	0	3	59	1.14
7977971--7978015	14	3.1	15	75	18	51	42	0	0	57	0.98
7978065--7978110	19	2.4	19	77	3	56	58	8	0	32	1.28
7979581--7979620	19	2.2	19	90	4	64	65	2	0	32	1.06
7984566--7984604	18	2.1	19	85	4	53	56	2	0	41	1.13
7984551--7984619	19	3.6	18	69	18	50	57	4	0	37	1.18
7987443--7987471	13	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
7992044--7992182	69	2.0	69	98	0	269	36	7	21	34	1.81
7992679--7992760	41	2.0	41	97	0	155	23	12	23	41	1.87
7994939--7994976	19	2.0	19	94	0	67	34	28	10	26	1.90
7999144--7999191	25	1.9	25	82	0	60	45	8	16	29	1.76
8006755--8006795	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8022351--8022376	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8024356--8024401	20	2.4	18	82	7	56	13	13	0	73	1.09
8032987--8033016	8	3.8	8	95	0	51	43	0	0	56	0.99
8036108--8036309	102	2.0	102	97	0	377	26	23	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040496--8040536	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8069455--8069494	21	1.9	21	84	0	53	32	2	20	45	1.64
8073944--8074092	80	1.9	76	86	5	208	58	18	8	15	1.61
8074658--8074688	14	2.1	15	94	5	55	87	6	0	6	0.68
8078278--8078311	17	2.0	17	88	0	50	23	2	5	67	1.26
8090991--8091021	14	2.2	14	94	0	53	61	0	0	38	0.96
8091024--8091057	7	4.9	7	92	0	59	82	2	0	14	0.79
8097290--8097323	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
8100010--8100041	14	2.3	14	94	0	55	37	3	28	31	1.73
8107875--8107979	46	2.2	48	86	6	142	35	14	24	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295