genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  31  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9264017--9264068	20	2.8	18	78	21	63	51	1	1	44	1.23
9264578--9264613	13	2.8	13	95	0	63	44	8	0	47	1.33
9270510--9270710	100	2.0	100	96	0	366	22	16	11	49	1.78
9271034--9271095	28	2.2	28	97	0	115	29	17	12	40	1.87
9274297--9274345	11	4.2	12	78	17	50	48	0	0	51	1.00
9274468--9274559	46	2.1	43	86	10	123	36	22	5	34	1.78
9277695--9277765	15	4.7	15	94	0	115	8	15	53	22	1.69
9277695--9277778	30	2.8	30	88	0	96	9	14	53	22	1.69
9283438--9283502	29	2.2	31	75	10	73	64	1	0	33	1.03
9283449--9283516	10	6.5	11	75	14	56	63	1	1	33	1.13
9285461--9285529	34	2.0	34	100	0	138	37	8	17	36	1.81
9288182--9288226	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
9291953--9291997	22	2.0	22	86	0	63	31	2	15	51	1.56
9292207--9292403	97	2.0	98	97	1	369	38	14	14	32	1.86
9294917--9294976	32	1.9	32	83	6	79	25	5	3	66	1.27
9299911--9300183	133	2.1	133	100	0	546	29	11	27	31	1.92
9309221--9311068	918	2.0	915	97	0	3396	32	15	12	38	1.86
9311245--9311276	16	2.0	16	93	0	55	25	18	21	34	1.96
9314718--9314751	15	2.3	15	94	0	59	41	29	5	23	1.78
9317926--9317995	36	1.9	36	97	0	131	32	22	15	28	1.95
9318202--9318229	10	2.8	10	100	0	56	32	17	0	50	1.47
9318660--9318773	42	2.7	42	87	6	160	28	25	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9318745--9318864	47	2.6	45	80	6	141	29	25	15	29	1.96
9318886--9319003	31	3.8	31	93	0	191	25	28	19	26	1.99
9318979--9319155	50	3.5	50	92	0	300	25	23	15	35	1.94
9322333--9322381	24	2.1	22	82	14	55	61	8	0	30	1.25
9322564--9322634	21	3.2	24	77	20	82	61	0	8	29	1.25
9322590--9322661	29	2.5	28	77	20	69	65	0	8	26	1.21
9322598--9322643	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
9322623--9322663	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
9322598--9322658	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
9323434--9323507	38	1.9	38	83	8	96	32	10	4	52	1.55
9329268--9329335	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
9329268--9329335	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
9345412--9345473	31	2.0	31	100	0	124	48	3	12	35	1.58
9346951--9347097	42	3.3	42	85	8	188	28	27	14	29	1.95
9347005--9347140	49	2.8	48	90	4	195	30	27	13	28	1.95
9347019--9347186	47	3.6	47	86	3	178	29	27	15	27	1.96
9346978--9347186	95	2.3	94	81	8	225	29	26	15	29	1.96
9347209--9347357	31	4.8	31	92	3	237	24	28	20	26	1.99
9347333--9347461	50	2.5	51	87	5	181	24	21	17	36	1.94
9350529--9350576	20	2.4	19	78	18	53	43	2	16	37	1.60
9352665--9352697	16	2.1	16	88	11	50	18	6	0	75	1.00
9352687--9352737	21	2.3	23	74	22	54	37	1	0	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9352702--9352749	21	2.3	21	86	10	64	43	2	0	54	1.12
9354800--9354833	9	3.8	9	84	0	50	44	2	32	20	1.67
9355112--9355164	23	2.1	23	83	13	61	47	0	3	49	1.19
9355357--9355404	22	2.1	22	84	7	60	41	8	0	50	1.33
9361142--9361205	22	2.9	23	76	6	69	17	26	17	39	1.91
9369000--9369038	2	19.5	2	83	0	51	0	41	2	56	1.13
9375169--9375255	18	4.8	18	88	0	129	31	16	24	28	1.96
9375169--9375261	36	2.6	36	92	0	150	31	16	23	29	1.96
9377534--9377572	14	2.7	14	88	11	53	28	0	2	69	1.02
9378528--9378568	14	3.2	13	83	12	50	43	0	0	56	0.99
9379175--9379223	21	2.6	18	77	20	55	61	2	0	36	1.08
9384194--9384234	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9399942--9400221	147	1.9	147	82	4	350	38	17	16	27	1.91
9402028--9402135	26	4.2	26	95	0	189	33	7	23	36	1.83
9403734--9403874	27	5.2	27	81	11	173	18	25	22	33	1.97
9403731--9403874	54	2.7	54	92	2	236	18	25	22	33	1.97
9403734--9403892	81	2.0	80	82	8	198	19	25	21	33	1.97
9417493--9417564	30	2.4	30	83	6	83	34	2	6	55	1.41
9417536--9417591	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
9417592--9417688	22	4.5	21	69	16	56	32	10	4	52	1.54
9417647--9417683	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
9417750--9417789	9	4.6	9	84	3	55	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9417749--9417793	22	2.0	22	87	8	65	40	0	2	57	1.11
9417749--9417790	11	4.0	11	75	12	52	40	0	2	57	1.12
9418015--9418084	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
9418191--9418246	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
9421842--9421930	46	2.0	45	88	4	135	28	24	13	33	1.93
9429191--9429298	44	2.4	45	82	3	128	27	23	15	33	1.95
9440044--9440279	74	3.2	72	82	8	267	31	16	18	33	1.93
9440210--9440429	90	2.4	90	81	4	255	31	15	18	35	1.91
9440392--9440531	71	2.0	71	87	2	201	29	16	22	32	1.95
9440451--9440760	89	3.6	85	81	6	324	30	16	17	35	1.92
9440056--9440760	336	2.1	326	81	8	784	30	15	18	34	1.93
9440690--9440727	14	2.8	13	84	7	58	36	13	2	47	1.56
9442650--9442693	23	2.0	22	90	4	70	31	0	6	61	1.22
9442734--9442805	30	2.4	30	83	6	83	34	2	6	55	1.41
9442777--9442847	24	2.8	25	73	23	69	29	2	9	57	1.45
9442885--9442921	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
9442990--9443027	18	2.1	18	95	0	67	36	0	2	60	1.11
9442990--9443024	9	3.9	9	84	0	52	37	0	2	60	1.12
9447538--9447605	26	2.6	26	92	0	118	32	5	26	35	1.81
9448918--9448968	26	1.9	26	88	4	75	33	19	13	33	1.91
9449070--9449156	27	3.2	27	82	14	108	18	22	22	35	1.95
9460069--9460094	12	2.2	12	100	0	52	50	19	7	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9463276--9463327	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
9463308--9463402	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
9463563--9463597	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9463520--9463593	27	2.7	27	77	8	78	51	4	0	44	1.20
9463483--9463756	147	1.9	148	96	2	507	46	3	2	47	1.34
9463710--9463744	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9463725--9463912	61	3.1	61	68	14	190	48	5	2	42	1.41
9463809--9463851	15	2.8	16	82	10	63	55	0	0	44	0.99
9463688--9463985	120	2.5	120	93	2	508	50	4	3	42	1.37
9463803--9463996	54	3.4	54	69	21	151	52	3	3	41	1.32
9464702--9464737	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
9478136--9478190	26	2.1	26	96	0	101	36	9	23	30	1.86
9478140--9478202	26	2.4	26	89	0	81	36	11	23	28	1.89
9479509--9479583	36	2.1	36	94	0	132	25	25	16	33	1.95
9480399--9480509	47	2.4	47	81	6	136	37	23	13	25	1.91
9483330--9483356	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
9500275--9500441	35	4.6	38	78	11	163	31	10	23	34	1.88
9500275--9500445	75	2.4	75	81	7	185	32	10	22	34	1.88
9504234--9504488	44	5.8	45	77	6	245	29	20	23	27	1.98
9504238--9504434	86	2.3	88	83	3	247	28	22	23	25	1.99
9504325--9504524	89	2.3	87	82	4	222	29	18	25	27	1.98
9506266--9506304	16	2.4	16	86	0	51	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9506333--9506378	16	2.8	17	83	6	58	13	13	0	73	1.09
9506329--9506366	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91
9507880--9507924	12	3.5	13	84	9	56	35	20	0	44	1.51
9508491--9508524	16	2.1	17	94	5	61	32	26	0	41	1.56
9509162--9509194	14	2.3	15	94	5	59	3	21	6	69	1.24
9509234--9509258	9	2.8	9	100	0	50	56	0	8	36	1.29
9509849--9509895	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71
9515208--9515263	29	1.9	29	92	0	94	58	5	3	32	1.37
9524542--9524585	21	2.1	21	95	0	79	36	27	2	34	1.70
9529551--9529587	17	2.2	17	100	0	74	24	18	8	48	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295