genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19936339--19936382	22	2.1	20	83	8	52	25	2	2	70	1.10
19936771--19936824	29	1.9	27	85	7	72	50	7	22	20	1.73
19939217--19939254	17	2.4	17	91	8	62	10	13	0	76	1.02
19940128--19940206	34	2.3	34	88	0	122	34	12	15	37	1.85
19940128--19940231	34	3.1	34	82	0	109	33	9	13	43	1.77
19944660--19944751	43	2.1	44	82	6	107	31	14	21	32	1.93
19954786--19954824	15	2.6	15	79	0	51	20	35	0	43	1.52
19964305--19964431	47	2.7	47	86	2	157	19	14	29	35	1.92
19965898--19965964	30	2.3	30	86	2	91	23	14	23	37	1.93
19965922--19965992	29	2.5	29	83	2	81	22	14	23	39	1.91
19981659--19981932	130	2.1	130	79	2	291	28	16	15	39	1.89
19981837--19982019	94	1.9	94	79	0	204	31	19	12	36	1.89
19981913--19982640	130	5.6	130	84	0	900	31	16	13	38	1.88
19981713--19982155	224	2.0	224	83	0	555	30	16	14	38	1.89
19981913--19982640	259	2.8	260	87	1	1019	31	16	13	38	1.88
19981912--19982629	389	1.8	389	87	0	1076	31	16	13	38	1.88
19982437--19982638	63	3.1	63	68	10	156	31	16	12	39	1.86
19990955--19991069	27	4.3	26	85	5	140	37	23	22	16	1.94
19990955--19991069	54	2.1	54	88	3	169	37	23	22	16	1.94
19992687--19992796	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
20004289--20004362	37	2.0	37	100	0	148	40	10	8	40	1.70
20006876--20006951	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20006912--20006983	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
20006905--20006983	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
20006926--20006981	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
20009243--20009289	18	2.8	17	83	6	60	40	0	0	59	0.97
20009243--20009285	9	4.9	9	81	13	54	34	0	0	65	0.93
20010359--20010418	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
20012424--20012452	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
20014995--20015050	29	2.0	28	92	3	94	44	3	8	42	1.53
20018033--20018079	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
20018340--20018689	46	8.0	46	83	11	421	22	24	15	38	1.92
20018384--20018689	84	3.5	84	93	3	477	22	24	16	36	1.94
20018520--20018678	38	4.0	38	87	12	246	23	25	17	33	1.96
20018384--20018679	130	2.3	123	87	9	414	22	24	16	36	1.94
20020827--20020903	31	2.5	32	77	10	88	54	3	1	40	1.27
20023085--20023110	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
20028417--20028507	44	2.1	44	95	0	164	27	8	13	50	1.70
20035325--20035427	31	3.4	31	76	8	111	51	6	0	40	1.35
20035322--20035450	61	2.1	61	92	0	213	49	6	0	42	1.35
20038148--20038269	25	4.9	25	78	10	115	36	5	19	38	1.76
20038148--20038269	50	2.4	49	83	5	138	36	5	19	38	1.76
20039891--20039928	3	12.3	3	88	5	58	28	2	0	68	1.03
20039992--20040077	43	2.0	45	86	4	122	2	17	10	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20040010--20040091	43	1.9	43	82	5	103	2	19	9	68	1.29
20040725--20040773	21	2.3	21	85	3	62	12	44	28	14	1.81
20046269--20046567	46	6.7	45	83	11	357	38	16	24	21	1.92
20046218--20046523	84	3.5	84	91	5	454	36	16	24	22	1.94
20046828--20046874	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
20065394--20065879	247	2.0	237	90	6	758	31	12	16	39	1.85
20068265--20068299	16	2.2	16	89	0	52	57	20	17	5	1.60
20068522--20068587	29	2.3	28	92	5	105	24	15	30	30	1.95
20068522--20068619	29	3.4	29	79	9	94	25	14	31	28	1.95
20085670--20085717	16	3.0	16	84	6	62	54	22	4	18	1.61
20086815--20086849	16	2.2	16	89	0	52	51	14	22	11	1.74
20089791--20090182	215	1.8	212	91	4	653	17	5	20	56	1.62
20090250--20090293	19	2.3	19	88	0	61	13	2	25	59	1.46
20090439--20090464	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
20099755--20099923	85	2.0	85	95	0	302	33	17	13	36	1.88
20101570--20101618	23	2.1	24	84	3	64	10	18	6	65	1.43
20102854--20102895	21	2.0	20	86	13	59	33	0	7	59	1.25
20104397--20104459	31	2.0	31	84	6	81	34	9	12	42	1.76
20114870--20114909	3	13.0	3	94	5	71	67	0	0	32	0.91
20118716--20118740	9	2.8	9	100	0	50	56	12	0	32	1.36
20123520--20123607	40	2.2	40	89	0	131	51	7	7	32	1.60
20123535--20123618	40	2.1	40	97	0	159	45	7	9	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20123667--20123776	49	2.2	49	82	3	141	40	11	12	34	1.80
20124795--20124867	32	2.2	32	80	4	83	13	10	24	50	1.74
20126211--20126374	43	3.8	43	80	0	168	29	14	23	32	1.94
20129254--20129293	21	1.9	21	94	0	71	27	12	15	45	1.82
20135520--20135562	21	2.0	21	86	0	59	27	16	18	37	1.92
20142934--20143077	48	3.0	48	84	1	191	34	30	14	20	1.92
20146179--20146609	216	2.0	215	89	1	657	35	23	12	28	1.91
20154297--20154404	55	2.0	55	86	0	153	28	26	30	13	1.94
20157476--20157648	46	3.7	46	77	10	181	23	20	26	30	1.98
20157473--20157643	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
20160590--20160669	15	5.4	15	72	12	67	11	17	12	58	1.62
20160581--20160660	30	2.6	31	79	11	85	12	17	13	56	1.68
20163065--20163237	46	3.7	46	77	10	190	23	20	26	29	1.99
20163062--20163232	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
20167821--20167937	48	2.4	48	89	0	189	36	26	17	19	1.94
20170628--20170694	28	2.4	28	77	2	73	43	17	13	25	1.86
20172150--20172280	41	3.3	40	83	5	169	25	16	24	33	1.96
20174646--20174674	11	2.5	12	88	11	51	17	13	13	55	1.70
20173938--20174734	398	2.0	399	97	0	1524	32	10	17	38	1.84
20174892--20174973	23	3.5	22	76	5	65	37	10	12	39	1.78
20174938--20174984	23	2.0	23	84	8	60	44	10	12	31	1.77
20176876--20176939	27	2.3	27	86	7	85	31	3	0	65	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20176981--20177183	89	2.3	86	86	4	273	33	7	17	40	1.79
20183330--20183370	6	6.8	6	88	0	64	56	0	26	17	1.41
20183535--20183588	25	2.2	25	82	0	63	48	9	16	25	1.76
20186049--20186296	127	2.0	127	90	0	397	31	10	22	35	1.88
20200041--20200430	205	1.9	205	96	0	717	37	20	4	36	1.73
20201918--20201965	23	2.0	25	84	15	66	10	29	4	56	1.52
20205852--20205941	45	2.0	45	93	0	153	26	31	12	30	1.92
20212437--20212471	18	1.9	18	88	11	54	40	51	8	0	1.33
20219343--20219377	13	2.8	13	86	4	54	14	0	14	71	1.15
20221716--20221760	16	2.8	16	79	0	54	53	11	2	33	1.49
20225956--20226004	25	1.9	26	84	12	66	59	0	32	8	1.27
20228293--20228351	22	2.6	23	83	8	75	67	1	0	30	1.00
20228420--20228451	16	2.1	15	94	5	55	53	6	3	37	1.42
20228391--20228443	26	2.1	26	86	10	74	54	7	5	32	1.52
20228657--20228695	21	1.9	20	85	15	53	69	5	2	23	1.21
20230353--20230651	83	3.7	83	79	13	320	28	21	17	32	1.96
20230476--20230620	73	2.0	73	97	0	272	26	19	18	35	1.95
20230578--20231140	119	4.7	119	95	0	984	30	19	17	32	1.95
20242807--20242848	21	2.0	21	85	4	57	71	2	0	26	0.98
20242936--20242965	16	1.9	15	93	6	51	53	10	3	33	1.51
20243072--20243163	17	5.8	16	71	19	52	61	1	3	33	1.19
20243114--20243221	14	7.6	14	70	23	57	67	1	2	27	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20243082--20243166	21	5.1	16	75	20	68	62	1	3	32	1.20
20243112--20243169	25	2.4	24	79	2	71	65	0	1	32	1.03
20243158--20243223	27	2.4	28	80	12	82	69	3	3	24	1.16
20272979--20273140	64	2.5	65	80	7	184	33	11	7	47	1.67
20276357--20276665	89	3.4	89	72	12	252	28	21	20	29	1.98
20276596--20276754	44	3.6	44	74	6	135	28	25	20	25	1.99
20276674--20277238	131	4.3	131	87	2	839	27	24	20	28	1.99
20276860--20277039	42	4.2	43	67	10	116	26	24	20	28	1.99
20276545--20277105	45	12.8	45	69	5	153	27	23	20	27	1.99
20276685--20277239	263	2.1	261	89	3	837	27	23	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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