genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86840134--86840310	27	6.5	27	77	5	133	25	15	27	30	1.96
86840188--86840310	55	2.3	54	84	1	147	24	16	30	29	1.96
86848116--86848291	27	6.5	26	78	5	136	25	15	28	30	1.96
86848143--86848291	55	2.8	54	80	5	149	26	15	29	28	1.96
86851464--86851551	23	3.8	23	77	7	88	21	25	17	36	1.94
86852839--86852924	43	2.0	41	93	4	145	37	3	23	36	1.72
86856561--86856685	43	2.9	43	78	12	132	33	23	16	26	1.96
86857418--86857456	18	2.1	18	86	13	53	64	12	5	17	1.46
86871334--86871509	27	6.5	27	77	6	133	25	15	27	30	1.96
86871387--86871509	55	2.3	54	84	1	147	24	16	30	29	1.96
86879356--86879505	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
86879328--86879505	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
86879329--86879484	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
86881398--86881435	19	2.0	19	100	0	76	21	15	21	42	1.89
86881723--86881772	21	2.3	22	82	6	66	44	14	10	32	1.78
86884595--86884654	29	2.1	29	81	3	68	38	3	26	31	1.73
86888431--86888495	15	4.4	15	74	16	64	9	12	13	64	1.49
86888426--86888485	30	2.0	30	87	12	88	10	10	16	63	1.51
86889011--86889075	32	2.0	32	100	0	130	44	9	18	27	1.80
86902348--86902497	37	4.1	37	95	0	255	26	30	19	23	1.98
86902702--86902886	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
86902795--86902870	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86917828--86917864	19	2.0	19	89	5	58	59	8	0	32	1.27
86918896--86919124	81	2.8	82	88	3	336	41	8	16	34	1.78
86921452--86921478	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
86925229--86925253	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
86925793--86925888	49	2.0	49	83	4	122	21	37	20	19	1.94
86931347--86931402	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
86936384--86936448	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
86936757--86936809	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
86938298--86938403	26	4.1	26	97	0	203	35	26	6	31	1.82
86940469--86940534	30	2.2	30	86	5	89	43	21	6	28	1.76
86945772--86945841	32	2.2	32	89	5	106	28	41	12	17	1.86
86947203--86947297	33	2.9	33	87	1	120	21	24	12	42	1.87
86953416--86953557	57	2.5	56	83	5	178	40	20	16	22	1.91
86953418--86953557	28	4.9	28	77	5	138	41	20	15	22	1.90
86957995--86958046	6	8.7	6	93	0	86	34	0	15	50	1.45
86970364--86970430	33	2.0	33	97	0	125	47	8	16	26	1.76
86971879--86972095	84	2.6	84	83	1	256	36	18	18	25	1.94
86971879--86972062	42	4.4	42	90	0	242	36	19	19	25	1.95
86972502--86972547	21	2.3	20	88	7	67	0	6	10	82	0.83
86972501--86972548	20	2.3	21	85	3	71	0	6	10	83	0.81
86972524--86972556	17	1.9	17	88	11	50	3	6	6	84	0.84
86978302--86978495	55	3.6	54	84	6	250	35	18	24	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86978307--86978517	108	2.0	109	86	3	302	36	17	24	21	1.94
86983802--86983842	4	10.2	4	94	0	73	51	2	24	21	1.60
86984677--86984740	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
86984933--86985076	24	6.0	24	89	8	213	28	21	20	29	1.98
86985134--86985190	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86985130--86985192	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
86985229--86985276	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86989035--86989073	20	2.0	20	85	10	53	66	2	10	20	1.33
86993652--86993692	6	6.8	6	100	0	82	68	14	0	17	1.22
87005979--87006025	25	1.9	25	87	12	71	55	4	6	34	1.45
87006902--87006941	15	2.6	16	84	7	57	85	0	12	2	0.71
87007070--87007101	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
87008048--87008109	27	2.3	27	86	8	81	46	0	1	51	1.10
87007995--87008096	9	10.6	9	71	19	55	43	0	1	54	1.11
87009698--87009758	22	2.9	21	87	4	70	37	8	1	52	1.41
87009708--87009758	22	2.3	22	93	0	84	39	9	0	50	1.35
87011926--87011969	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
87016317--87016455	44	3.2	43	68	15	122	27	24	23	25	2.00
87016313--87016526	88	2.4	87	88	2	313	28	22	24	25	2.00
87016579--87017087	44	11.4	44	68	15	190	31	19	20	27	1.97
87016710--87016870	87	1.9	87	85	2	225	31	21	22	25	1.98
87016933--87017048	46	2.6	44	83	2	133	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87018766--87018826	22	2.9	21	87	4	70	37	8	1	52	1.41
87018776--87018826	22	2.3	22	93	0	84	39	9	0	50	1.35
87019420--87019621	109	1.9	109	93	2	352	29	17	19	33	1.95
87022556--87022585	10	2.9	10	95	5	51	50	0	10	40	1.36
87025958--87026019	21	3.0	21	72	11	56	59	3	0	37	1.13
87028233--87028267	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
87028522--87028597	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
87028551--87028648	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
87028558--87028648	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
87028767--87028806	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
87028999--87029198	45	4.5	45	85	1	276	25	28	14	32	1.94
87028999--87029200	89	2.2	88	86	5	278	24	28	13	32	1.94
87029212--87029427	78	2.8	78	87	0	306	26	23	18	31	1.97
87029609--87029739	44	3.0	44	79	5	140	22	23	17	35	1.95
87029548--87030027	156	2.8	175	74	15	482	24	22	18	33	1.97
87029768--87029984	78	2.8	78	89	4	339	24	23	19	32	1.97
87029052--87030247	556	2.1	556	93	1	1993	25	23	17	32	1.97
87038237--87038271	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
87038524--87038599	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
87038560--87038650	19	4.9	19	86	8	143	35	14	10	39	1.81
87038553--87038658	36	3.0	36	82	8	137	34	14	11	39	1.81
87039125--87039193	24	2.9	24	86	4	95	46	8	7	37	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87039478--87039511	16	2.1	16	94	0	59	17	11	14	55	1.68
87039538--87039583	16	2.9	16	83	0	56	19	32	10	36	1.87
87039782--87039965	93	2.0	93	94	0	323	29	24	7	38	1.83
87050178--87050225	21	2.3	21	85	0	60	27	22	35	14	1.93
87051143--87051203	24	2.5	24	91	2	95	44	8	6	40	1.60
87051143--87051213	24	2.9	24	87	2	79	45	7	7	40	1.58
87051152--87051220	24	2.9	24	82	4	59	46	5	7	40	1.55
87051234--87051296	30	2.1	30	87	0	90	28	14	12	44	1.82
87052494--87052518	13	1.9	13	100	0	50	44	32	16	8	1.76
87052916--87052957	21	2.1	19	86	8	57	54	30	0	14	1.40
87059897--87059923	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
87062516--87062567	24	2.2	24	85	0	68	36	3	5	53	1.43
87062814--87062935	60	2.0	60	98	0	235	21	19	9	50	1.75
87065750--87065785	10	3.5	11	89	10	51	5	11	5	77	1.10
87066814--87066872	29	2.0	29	100	0	118	40	3	10	45	1.54
87068078--87068151	18	4.2	17	75	13	69	32	2	2	62	1.23
87068080--87068152	17	4.2	16	75	13	56	31	2	2	63	1.23
87068831--87068868	20	1.9	20	88	0	58	26	13	5	55	1.59
87089787--87089828	13	3.2	13	86	6	57	9	9	2	78	1.05
87089790--87089828	14	2.9	14	88	3	53	10	7	2	79	1.02
87093770--87093855	18	4.7	18	83	1	109	41	13	8	36	1.75
87093983--87094146	47	3.5	47	92	1	249	42	23	18	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87094326--87094382	21	2.8	20	73	21	55	36	7	0	56	1.27
87094971--87095033	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
87105314--87105405	40	2.3	40	83	3	105	22	14	29	33	1.93
87106128--87106180	23	2.2	24	83	9	65	26	1	30	41	1.66
87110428--87110570	43	3.3	42	79	9	139	34	25	16	23	1.95
87113765--87113807	21	2.1	21	83	8	54	65	2	6	25	1.30
87114474--87114808	141	2.4	141	88	1	438	34	11	28	25	1.91
87114436--87114774	47	7.2	47	91	0	507	34	11	27	25	1.91
87114788--87114878	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
87121126--87121409	40	6.9	40	84	9	365	29	19	28	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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