genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84407649--84407868	63	3.5	62	74	16	190	32	3	1	62	1.19
84407690--84407906	21	10.0	22	68	22	97	32	4	1	61	1.25
84407839--84407899	20	2.9	22	79	18	58	31	4	1	62	1.26
84408044--84408093	23	2.3	21	80	16	57	36	2	0	62	1.07
84408154--84408219	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
84414888--84414963	35	2.2	35	85	0	98	22	18	25	34	1.96
84424504--84424555	22	2.4	22	86	0	77	26	9	28	34	1.88
84427586--84427766	46	3.9	46	79	4	202	27	29	20	22	1.99
84437212--84437338	41	3.1	40	77	4	128	19	15	22	41	1.89
84439128--84439186	23	2.6	23	81	7	68	10	10	30	49	1.70
84442530--84442591	31	2.0	31	93	0	106	37	17	17	27	1.93
84450678--84450730	16	3.3	16	75	0	52	20	7	9	62	1.50
84462099--84462154	20	2.7	21	75	10	53	55	10	14	19	1.68
84462306--84462343	19	2.0	19	89	0	58	44	0	10	44	1.38
84463173--84463232	25	2.7	21	74	20	59	35	1	5	58	1.30
84463265--84463334	21	3.3	21	76	7	70	41	1	2	54	1.24
84463278--84463333	15	3.9	15	73	19	57	46	1	1	50	1.22
84467121--84467171	16	3.0	17	78	18	61	50	0	0	49	1.00
84469061--84469180	60	2.0	60	98	0	231	45	13	9	32	1.75
84471597--84471648	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
84478758--84478886	6	20.8	6	75	15	111	48	15	17	18	1.81
84478763--84478862	37	2.7	37	92	0	155	47	16	18	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84478769--84478886	31	3.6	31	80	13	119	48	15	16	19	1.81
84479023--84479109	27	3.2	26	85	4	93	36	19	22	20	1.95
84479041--84479124	27	3.1	27	83	6	82	38	23	20	17	1.93
84479294--84479347	22	2.5	22	74	17	58	33	22	24	20	1.97
84479774--84480049	27	10.3	27	88	0	365	25	20	19	34	1.96
84480031--84480100	27	2.7	26	72	2	68	32	8	24	34	1.86
84480142--84480427	27	10.6	27	80	3	297	32	9	19	39	1.83
84480152--84480427	54	5.1	54	87	0	374	32	9	19	39	1.83
84480152--84480427	81	3.4	80	84	3	363	32	9	19	39	1.83
84484583--84484627	17	2.8	15	81	15	54	51	4	0	44	1.21
84490548--84490588	20	2.0	20	100	0	82	29	17	24	29	1.97
84495252--84495314	18	3.6	17	83	10	74	77	0	6	15	0.96
84495247--84495314	5	13.2	5	74	20	52	77	0	5	16	0.95
84495252--84495314	11	5.9	11	73	14	60	77	0	6	15	0.96
84495267--84495312	6	7.5	6	87	4	65	80	0	4	15	0.86
84495273--84495312	13	3.2	13	92	3	64	82	0	2	15	0.77
84495246--84495312	19	3.5	19	76	15	68	79	0	5	14	0.92
84507344--84507381	17	2.2	17	95	0	67	26	7	5	60	1.46
84508791--84508871	40	2.0	40	97	0	153	33	6	24	35	1.81
84515274--84515347	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
84536339--84536400	32	2.0	32	96	3	117	46	14	3	35	1.61
84536456--84536501	22	2.1	22	83	0	56	45	28	0	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84536520--84536564	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
84536658--84536698	22	1.9	22	90	5	66	43	26	0	29	1.55
84536733--84536780	25	1.9	25	83	8	62	39	39	0	20	1.53
84536761--84536829	28	2.4	29	79	11	79	44	30	0	24	1.54
84538094--84538215	26	4.7	25	76	15	106	35	21	24	18	1.96
84540131--84540236	40	2.6	40	82	8	117	25	18	23	32	1.97
84540167--84540260	40	2.3	40	87	1	134	20	19	21	39	1.93
84561462--84561519	19	2.9	19	75	14	64	39	8	12	39	1.73
84565648--84565780	46	2.9	47	84	3	162	33	25	20	20	1.97
84571131--84571163	12	2.8	12	100	0	66	45	0	6	48	1.27
84581008--84581040	11	2.9	11	95	4	57	3	15	0	81	0.80
84595747--84595802	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
84595745--84595823	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
84595745--84595816	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
84595745--84595839	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
84606264--84606557	78	3.8	78	88	2	421	31	18	23	26	1.97
84606497--84606770	45	6.1	45	79	6	286	30	15	28	25	1.96
84607123--84607194	18	3.9	19	85	10	96	37	11	13	37	1.81
84607128--84607194	17	3.8	17	86	7	89	37	11	13	37	1.82
84607133--84607194	18	3.4	18	93	4	99	37	11	14	37	1.82
84607461--84607496	17	2.1	17	90	10	56	33	0	0	66	0.92
84608770--84608945	88	2.0	88	98	0	343	42	8	12	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84611311--84611362	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
84613281--84613332	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
84622239--84622422	40	4.6	39	79	9	176	25	23	27	24	2.00
84622291--84622445	79	2.0	79	82	7	190	27	21	26	25	1.99
84634285--84634420	41	3.4	40	90	9	215	45	6	24	23	1.76
84634392--84634438	24	2.0	24	91	0	76	53	4	23	19	1.63
84634321--84634437	39	3.0	38	76	10	110	46	6	23	23	1.76
84643142--84643185	21	2.1	21	100	0	88	38	0	18	43	1.50
84646795--84646835	12	3.5	12	81	15	50	46	14	2	36	1.58
84648224--84648341	40	3.0	40	85	0	155	32	12	22	32	1.92
84651587--84651635	10	4.9	10	79	18	57	18	6	4	71	1.23
84652329--84652362	18	1.9	18	88	5	52	29	8	5	55	1.54
84655325--84655363	19	2.1	19	85	9	53	23	15	10	51	1.73
84669172--84669291	48	2.5	48	85	2	154	35	15	21	28	1.93
84669799--84669935	67	2.0	67	100	0	274	39	10	19	30	1.85
84673105--84673183	28	2.8	28	86	0	113	31	13	26	27	1.94
84677993--84678117	40	3.1	40	78	0	142	40	19	18	21	1.91
84678237--84678322	40	2.2	40	91	4	138	29	24	17	29	1.97
84681134--84681215	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
84681790--84681841	21	2.4	21	78	9	52	26	0	25	48	1.52
84681853--84681885	15	2.3	15	89	5	50	24	0	27	48	1.51
84681956--84682010	14	3.9	14	82	2	65	20	0	30	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84681904--84682010	7	15.1	7	73	9	56	18	2	35	42	1.65
84682166--84682213	15	3.3	15	79	5	53	20	0	35	43	1.52
84682162--84682210	22	2.3	21	79	10	55	24	0	32	42	1.55
84682205--84682244	21	1.9	21	85	10	55	27	2	37	32	1.70
84682110--84682298	14	13.4	14	68	9	55	22	1	32	43	1.60
84682714--84682774	31	2.0	31	81	12	72	47	16	3	32	1.63
84684542--84684687	51	2.9	50	83	3	195	26	26	21	25	1.99
84685466--84685526	30	2.0	30	90	0	95	29	22	6	40	1.79
84686603--84686627	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
84686724--84686765	16	2.4	18	80	11	52	66	2	2	28	1.16
84690284--84690314	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
84691813--84691895	43	1.9	43	85	4	114	32	20	19	27	1.97
84692191--84692231	12	3.3	12	90	6	64	48	17	0	34	1.47
84692154--84692231	31	2.9	25	77	18	84	50	19	0	30	1.48
84692429--84692594	43	3.9	43	78	1	154	31	30	13	24	1.94
84692433--84692619	43	4.4	43	77	1	133	32	27	13	25	1.94
84692740--84692786	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
84692730--84692810	31	2.6	32	80	16	100	67	2	2	27	1.15
84698037--84698070	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
84698493--84698584	7	13.0	7	70	15	55	53	29	0	17	1.44
84698493--84698545	14	3.8	14	85	9	72	58	30	0	11	1.33
84698485--84698552	28	2.4	28	85	0	100	63	26	0	10	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84698485--84698552	14	4.9	14	77	0	64	63	26	0	10	1.26
84699159--84699196	14	2.7	15	84	12	53	42	44	0	13	1.43
84699253--84699474	41	5.5	41	89	2	315	27	26	19	26	1.99
84699253--84699474	81	2.8	80	84	4	311	27	26	19	26	1.99
84699467--84699579	41	2.8	40	79	5	127	22	22	21	34	1.97
84699682--84699717	18	2.1	17	94	5	63	63	11	0	25	1.27
84700182--84700235	22	2.4	23	78	9	67	51	1	5	40	1.36
84710176--84710224	19	2.5	20	84	12	66	61	8	0	30	1.25
84713204--84713250	19	2.5	19	82	3	51	46	6	2	44	1.40
84714493--84714531	16	2.5	15	87	4	51	38	17	7	35	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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