genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67820639--67820789	40	3.8	40	76	9	148	24	27	23	23	2.00
67826737--67826877	40	3.5	40	91	2	205	23	26	24	24	2.00
67828931--67828985	27	2.0	27	85	0	74	41	10	10	36	1.75
67829164--67829316	42	3.6	41	74	3	108	28	24	14	32	1.94
67830663--67830782	38	3.1	38	82	7	127	30	24	21	23	1.99
67835328--67835412	45	1.9	44	82	2	107	27	14	21	37	1.91
67836884--67836960	31	2.5	31	89	0	109	20	33	28	16	1.95
67837256--67837281	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
67840286--67840519	49	4.7	49	82	3	306	31	27	17	23	1.97
67842963--67843001	21	1.9	20	84	5	51	56	12	0	30	1.37
67844043--67844128	28	3.0	28	81	3	100	29	29	12	29	1.93
67844337--67844370	15	2.3	15	89	0	50	8	23	20	47	1.78
67851251--67851324	28	2.6	28	91	0	121	28	16	27	28	1.97
67858952--67859025	28	2.6	28	91	0	121	28	16	27	28	1.97
67862622--67862883	39	6.6	39	87	6	311	24	27	22	25	2.00
67864962--67865138	43	4.1	43	83	4	232	31	27	15	25	1.96
67864962--67865138	85	2.1	86	89	3	268	31	27	15	25	1.96
67866667--67866693	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
67880263--67880347	45	1.9	44	87	2	125	25	14	22	37	1.92
67881143--67881173	10	3.1	10	100	0	62	19	0	29	51	1.47
67882149--67882174	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
67885202--67885391	100	1.9	101	88	1	292	32	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67890107--67890362	40	6.4	39	87	5	250	26	19	27	26	1.99
67890060--67890362	80	3.8	80	84	3	362	25	20	27	26	1.99
67890060--67890362	120	2.5	119	83	3	358	25	20	27	26	1.99
67899094--67899271	27	6.6	27	81	5	180	28	28	16	26	1.97
67899115--67899270	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
67901380--67901602	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	26	1.99
67907679--67907782	33	3.3	33	76	15	94	30	25	22	22	1.99
67907717--67907777	28	2.2	28	87	0	86	31	22	22	22	1.99
67907945--67908020	27	2.9	25	81	11	89	38	22	18	21	1.94
67908154--67908350	27	7.4	27	77	6	150	24	17	20	36	1.94
67908166--67908297	54	2.5	53	83	2	167	23	19	21	34	1.96
67908156--67908350	79	2.4	80	77	5	180	25	17	20	36	1.94
67921260--67921345	1	86.0	1	89	0	109	91	0	2	5	0.48
67921260--67921358	50	2.0	50	92	4	164	87	0	2	10	0.61
67923817--67923932	41	2.8	41	94	0	196	22	27	5	44	1.74
67927887--67927952	33	2.0	33	85	5	89	42	4	3	50	1.38
67928446--67928507	31	2.0	31	90	0	97	20	25	14	38	1.91
67937697--67937834	43	3.2	42	75	10	129	28	19	23	27	1.98
67943570--67943595	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
67949694--67949733	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
67957940--67957968	8	3.8	8	90	9	51	10	0	10	79	0.94
67958798--67958844	19	2.5	19	86	3	60	34	10	2	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67958883--67958923	15	2.9	15	75	17	52	29	7	2	60	1.36
67959096--67959167	32	2.3	32	81	13	87	34	5	0	59	1.21
67959949--67960415	132	3.5	131	74	7	381	27	19	17	35	1.94
67961166--67962342	587	2.0	587	95	0	2095	30	18	21	29	1.97
67962523--67962568	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
67966064--67966391	47	7.1	47	87	5	454	31	9	30	28	1.89
67966071--67966340	134	2.0	135	94	1	470	32	8	29	30	1.86
67966510--67966589	38	2.1	38	84	6	101	26	18	28	26	1.98
67969585--67969619	3	11.7	3	87	0	52	74	0	25	0	0.82
67969584--67969621	18	2.1	18	95	0	67	76	0	23	0	0.79
67970716--67970839	64	1.9	64	87	6	180	33	15	13	37	1.87
67970861--67971662	131	6.1	131	92	1	1313	27	17	26	27	1.98
67971221--67971415	45	4.4	44	66	11	103	26	16	27	28	1.97
67972965--67973011	19	2.5	19	86	3	60	34	10	2	53	1.48
67973255--67973326	32	2.3	31	81	13	85	34	5	0	59	1.21
67981301--67981338	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
67981567--67981737	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
67981562--67981734	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
67982157--67982216	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
67984838--67984878	21	2.0	21	85	4	57	19	2	29	48	1.61
67986271--67986764	47	10.5	47	94	0	817	32	8	29	29	1.87
67986271--67986764	190	2.6	188	93	1	844	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67986883--67986961	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
67990699--67990784	39	2.2	39	89	0	127	31	9	13	45	1.76
67990792--67990922	50	2.6	51	87	2	201	34	14	12	38	1.85
67992491--67992661	93	1.8	93	87	0	252	30	25	19	24	1.98
67992484--67992657	46	3.8	46	76	10	156	31	25	18	24	1.98
67996611--67996788	46	3.8	46	73	14	159	30	25	19	23	1.98
67996618--67996790	93	1.9	93	85	4	242	30	26	19	23	1.98
67999220--67999412	40	4.8	41	83	3	259	24	20	29	26	1.99
67999224--67999412	80	2.4	80	95	0	333	23	20	29	25	1.99
68017923--68017969	1	47.0	1	100	0	94	100	0	0	0	0.00
68021203--68021550	92	4.0	88	85	11	443	33	9	31	25	1.88
68021243--68021550	47	7.0	45	85	9	363	32	9	31	25	1.89
68021679--68021758	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
68023611--68023675	21	3.3	21	64	24	59	23	21	29	26	1.99
68023548--68023880	77	4.9	65	82	17	337	24	21	29	25	1.99
68023544--68023948	38	11.4	38	80	19	470	24	21	28	25	1.99
68023683--68023948	77	3.7	76	82	16	350	25	21	28	24	1.99
68023811--68023862	27	1.9	28	92	7	90	25	21	28	25	1.99
68023570--68023948	141	2.7	139	89	9	562	24	21	28	25	1.99
68023838--68023948	40	2.8	40	90	4	165	26	21	27	25	2.00
68023734--68023929	104	1.9	104	92	6	335	23	20	29	26	1.99
68028274--68028395	23	5.2	23	62	30	62	35	9	28	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68028275--68028399	25	5.2	25	61	18	77	34	8	28	28	1.87
68028248--68028542	47	6.3	47	92	2	441	32	9	30	26	1.89
68028661--68028740	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
68030591--68030964	39	9.6	39	96	2	682	24	21	29	25	1.99
68035264--68035702	47	9.3	47	88	1	578	33	10	30	25	1.89
68035274--68035712	141	3.1	141	89	2	641	33	10	30	25	1.90
68035832--68035911	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
68039597--68039773	39	4.5	39	88	2	230	19	20	28	32	1.97
68044500--68044747	39	6.4	39	90	1	365	21	20	27	31	1.98
68054532--68054674	68	2.1	71	84	6	186	48	4	4	42	1.44
68055068--68055092	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
68062194--68062298	39	2.7	38	81	5	122	40	6	4	47	1.51
68062272--68062317	23	2.0	24	91	4	76	39	0	6	54	1.26
68062584--68062784	101	2.0	101	95	0	357	25	25	15	32	1.96
68063290--68063400	41	2.7	40	83	5	134	31	24	17	27	1.97
68063395--68063456	29	2.1	29	84	0	79	32	17	4	45	1.70
68070134--68070170	12	3.1	12	96	0	65	8	29	43	18	1.79
68075796--68076189	40	9.8	40	93	2	635	26	21	28	23	1.99
68075796--68076189	82	4.9	81	94	1	659	26	21	28	23	1.99
68075796--68076189	122	3.2	120	93	2	653	26	21	28	23	1.99
68096671--68096701	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68096668--68096707	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68096891--68097039	49	2.9	52	83	7	178	20	26	16	36	1.94
68099471--68099676	40	5.2	40	89	1	317	28	26	21	23	1.99
68101055--68101080	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
68117329--68117513	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	25	1.99
68117382--68117536	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	2.00
68125347--68125529	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
68125348--68125531	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
68125400--68125564	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
68128587--68128669	40	2.1	40	100	0	166	43	7	20	28	1.78
68130448--68130563	27	4.4	27	84	2	130	25	20	19	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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