genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58499637--58499888	40	6.3	40	92	0	389	29	25	21	23	1.99
58501261--58501286	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
58506616--58506761	40	3.7	40	90	3	206	26	28	22	23	1.99
58512226--58512369	40	3.6	40	87	3	175	26	28	20	24	1.99
58513390--58513442	23	2.3	23	100	0	106	24	49	0	26	1.51
58514508--58514640	28	4.7	28	72	10	101	27	15	33	23	1.95
58514519--58514641	29	4.3	29	76	7	83	28	15	33	22	1.95
58514546--58514646	29	3.5	29	79	4	116	26	16	32	23	1.96
58518553--58518590	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
58538943--58538986	20	2.3	20	88	7	65	13	18	43	25	1.86
58541586--58541725	74	1.9	74	100	0	280	32	23	15	28	1.95
58541795--58541921	50	2.7	48	83	14	158	25	30	17	25	1.97
58545874--58546058	79	2.3	81	82	7	218	24	22	28	24	2.00
58545874--58546058	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	24	2.00
58545927--58546091	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
58547698--58547873	46	3.8	45	79	10	212	20	20	30	28	1.98
58547695--58547865	93	1.8	93	94	0	306	20	21	30	28	1.98
58560183--58560271	44	2.0	44	95	0	160	43	16	12	26	1.84
58560524--58560632	56	1.9	56	86	0	155	34	22	13	28	1.93
58561873--58562124	90	2.8	89	81	6	251	36	13	26	23	1.91
58561874--58562155	30	9.4	30	76	6	198	37	13	25	23	1.91
58563779--58563803	13	1.9	13	100	0	50	16	32	44	8	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58564639--58564669	13	2.4	13	88	0	53	32	0	16	51	1.44
58569992--58570061	20	3.2	20	84	12	68	20	5	0	74	1.02
58572948--58572980	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
58575178--58575215	14	2.6	14	87	4	58	5	28	2	63	1.30
58582378--58582406	14	2.1	14	100	0	58	48	31	13	6	1.69
58599426--58599601	46	3.8	45	79	10	212	20	20	30	28	1.98
58599423--58599593	93	1.8	93	94	0	306	20	21	30	28	1.98
58611502--58611593	27	3.4	27	82	4	96	34	18	21	25	1.96
58615348--58615408	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
58639171--58639344	46	3.8	46	79	13	214	20	20	29	28	1.98
58651190--58651281	27	3.4	27	82	4	96	34	18	21	25	1.96
58655032--58655092	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
58680632--58680742	29	3.8	29	82	10	136	31	28	12	27	1.93
58680796--58680837	18	2.4	17	84	15	50	16	45	26	11	1.82
58680932--58680975	16	2.8	16	85	0	61	9	15	18	56	1.65
58680940--58680990	24	2.1	24	85	7	68	9	17	19	52	1.72
58682554--58682720	43	3.9	43	76	3	149	34	24	14	26	1.94
58685844--58686070	40	5.7	40	93	1	384	30	20	26	22	1.98
58685844--58686070	79	2.8	80	94	1	393	30	20	26	22	1.98
58685844--58686070	119	1.9	119	93	0	391	30	20	26	22	1.98
58694452--58694680	40	5.7	40	93	0	377	31	20	26	21	1.98
58706105--58706282	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58706126--58706281	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58712771--58713033	120	2.2	120	81	4	300	25	20	27	26	1.99
58712771--58713033	40	6.6	40	84	4	264	25	20	27	26	1.99
58720391--58720602	40	5.3	39	86	5	246	24	21	28	25	1.99
58720391--58720635	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
58724948--58725125	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58724969--58725124	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58729406--58729484	37	2.1	37	90	4	124	24	30	18	26	1.98
58729602--58730139	47	11.4	47	94	0	887	28	28	8	33	1.87
58733693--58734111	40	10.5	40	96	0	748	25	29	21	22	1.99
58735927--58736006	37	2.2	37	86	4	108	27	30	17	25	1.97
58736125--58736677	47	11.4	47	84	9	666	29	29	8	32	1.87
58736125--58736677	94	5.7	94	90	6	827	29	29	8	32	1.87
58736384--58736409	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
58736288--58736505	109	2.0	109	99	0	427	31	28	7	32	1.85
58736335--58736456	62	2.0	60	95	3	217	31	28	6	32	1.83
58736194--58736599	203	2.0	202	97	1	760	30	29	7	32	1.86
58736125--58736673	299	1.8	297	94	0	963	29	29	8	32	1.87
58741246--58741377	40	3.3	40	87	3	187	25	21	28	25	1.99
58741194--58741377	40	4.6	40	79	10	182	24	22	29	23	1.99
58741246--58741410	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
58748132--58748281	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58748104--58748281	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
58748105--58748260	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
58755336--58755485	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
58755308--58755485	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
58755309--58755464	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
58758763--58758947	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
58758763--58758947	40	4.7	40	82	6	216	24	23	27	24	2.00
58758816--58758980	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	24	2.00
58770815--58771664	47	17.8	49	94	3	1461	32	8	29	29	1.87
58770815--58771664	96	8.9	96	95	2	1514	32	8	29	29	1.87
58773071--58773536	40	11.8	40	88	3	611	24	20	27	27	1.99
58777088--58777848	49	15.8	49	94	3	1323	32	8	29	30	1.86
58777967--58778045	37	2.1	37	86	4	106	24	18	31	25	1.98
58780820--58780941	39	3.2	39	95	2	212	29	26	17	27	1.97
58789176--58789353	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
58789177--58789332	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58789173--58789353	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58793805--58793983	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
58793831--58793981	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
58794531--58794555	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
58801708--58801886	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
58801734--58801884	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58808018--58808195	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
58808019--58808174	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
58808015--58808195	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
58811333--58811456	39	3.2	39	96	0	221	29	26	16	27	1.97
58813783--58813931	43	3.5	44	71	14	143	26	18	28	25	1.98
58820908--58820943	18	2.1	18	89	5	56	25	16	13	44	1.85
58822082--58822147	29	2.3	29	91	0	114	24	30	18	27	1.98
58824209--58824276	27	2.5	28	73	7	77	38	23	8	29	1.85
58824253--58824716	27	17.2	27	84	3	540	31	21	6	40	1.77
58824952--58825003	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58825220--58825299	31	2.6	31	83	0	106	20	17	13	48	1.80
58825220--58825350	6	21.3	6	69	16	81	20	18	12	48	1.79
58825220--58825342	37	3.5	37	78	13	141	21	18	11	48	1.79
58827283--58827467	40	4.7	40	83	4	214	24	21	27	27	1.99
58827283--58827500	119	1.8	119	79	9	257	25	20	27	26	1.99
58840293--58840504	47	4.5	47	91	2	309	29	30	8	31	1.87
58844006--58844313	40	7.7	40	93	0	501	24	28	22	24	1.99
58844367--58844441	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
58846578--58846789	47	4.5	47	89	2	300	28	30	8	31	1.88
58854265--58854481	40	5.5	40	81	6	219	25	20	27	26	1.99
58859506--58859638	45	2.9	44	86	5	176	22	15	27	35	1.94
58859565--58859720	45	3.7	43	79	6	147	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58863422--58863499	29	2.7	28	80	11	95	25	16	29	28	1.97
58863452--58864127	174	3.9	174	98	0	1289	30	14	24	31	1.95
58871148--58871225	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
58871178--58871853	174	3.9	174	97	0	1280	30	14	24	31	1.94
58873682--58873859	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58873703--58873858	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58883646--58883691	20	2.3	20	78	14	51	26	8	17	47	1.76
58889100--58889269	91	1.8	92	79	12	197	28	18	28	24	1.98
58889057--58889416	48	7.6	50	71	16	173	26	20	27	25	1.99
58890148--58890216	30	2.3	30	100	0	138	15	24	39	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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