genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65548199--65548403	27	7.9	27	75	10	176	40	19	7	32	1.80
65548227--65548365	74	1.9	74	83	5	183	42	18	7	31	1.78
65550508--65550586	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65550704--65550973	47	5.7	47	97	1	495	30	30	8	31	1.88
65565440--65565615	50	3.6	50	88	5	243	24	28	18	27	1.98
65565587--65565890	46	6.6	45	81	10	287	22	30	19	27	1.98
65565586--65565890	138	2.2	137	88	3	436	21	30	19	28	1.98
65566232--65566289	30	1.9	30	85	0	80	29	18	15	36	1.92
65569692--65569716	11	2.3	11	100	0	50	60	16	16	8	1.58
65570260--65570291	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
65579713--65579896	40	4.6	40	93	0	325	22	22	27	27	1.99
65579713--65579929	119	1.8	119	90	4	348	22	22	28	27	1.99
65581404--65581446	19	2.2	20	84	12	54	39	0	2	58	1.11
65581527--65581572	24	2.0	23	86	4	65	23	0	6	69	1.11
65581844--65582086	122	2.0	123	91	3	400	44	9	16	29	1.80
65604809--65604847	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
65605863--65605932	29	2.4	29	77	17	74	38	10	7	44	1.65
65607689--65607721	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
65616141--65616184	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
65618103--65618143	20	2.0	20	100	0	82	26	9	24	39	1.86
65619690--65619823	29	4.8	28	77	5	121	36	17	23	23	1.94
65619835--65620065	27	8.5	26	69	16	130	35	16	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65619835--65620031	54	3.6	54	83	8	231	37	16	21	24	1.93
65619835--65620059	54	4.1	55	82	5	149	36	16	22	24	1.94
65631671--65631792	43	2.9	42	79	7	129	29	22	13	34	1.92
65633725--65633868	70	2.1	70	95	0	261	51	3	12	32	1.56
65634202--65634459	137	1.9	138	85	2	358	20	19	26	32	1.97
65637958--65638006	23	2.1	23	100	0	98	48	8	8	34	1.62
65640492--65640612	43	2.9	42	83	2	161	31	15	24	28	1.96
65648246--65648416	40	4.3	40	85	0	225	30	19	22	28	1.98
65648705--65648780	22	3.5	21	72	16	66	47	28	0	23	1.52
65648721--65649026	21	14.1	21	66	14	95	47	28	1	22	1.59
65648703--65648839	73	1.9	74	89	4	215	46	28	0	24	1.58
65648725--65648875	7	21.0	7	74	9	90	45	31	1	21	1.60
65648732--65648954	115	1.9	116	79	8	249	47	29	1	21	1.61
65648967--65649027	7	8.6	7	80	3	59	47	31	0	21	1.51
65651226--65651402	49	3.6	48	78	11	175	24	28	19	27	1.99
65651327--65651541	46	4.6	47	81	10	203	23	30	19	26	1.98
65652680--65652722	22	2.0	22	95	0	77	44	2	9	44	1.49
65652971--65653300	113	2.9	114	80	4	317	33	16	19	30	1.94
65663075--65663244	46	3.7	46	73	16	161	30	27	20	21	1.98
65663083--65663254	93	1.8	93	89	0	272	29	27	20	22	1.99
65664805--65664843	14	2.8	14	100	0	78	58	7	7	25	1.52
65675600--65675933	49	7.0	49	92	2	486	31	9	31	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65676054--65676132	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65677982--65678055	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65678366--65678508	39	3.6	39	78	11	139	25	23	27	23	2.00
65678483--65678679	40	4.9	40	88	0	259	24	22	27	25	2.00
65682132--65682470	49	7.1	47	93	1	507	32	8	30	28	1.87
65682589--65682667	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
65684498--65684682	40	4.7	40	84	6	200	25	22	25	25	2.00
65692474--65692698	40	5.6	40	86	6	278	25	21	26	27	1.99
65696018--65696054	18	2.1	18	89	0	56	24	35	13	27	1.93
65697715--65697761	22	2.1	22	88	7	69	23	48	2	25	1.62
65700752--65700825	37	2.1	34	82	9	87	21	10	12	55	1.67
65701766--65701841	11	7.6	11	69	16	51	48	0	0	51	1.00
65701761--65701850	29	3.1	29	96	0	162	50	0	1	48	1.08
65701984--65702044	29	2.1	29	90	0	95	47	3	0	49	1.18
65701790--65702162	195	1.9	194	93	0	647	35	10	4	49	1.57
65702162--65702249	9	10.0	9	78	7	74	46	19	1	32	1.57
65707646--65707680	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
65708387--65708598	85	2.5	85	83	5	266	26	15	25	32	1.95
65708387--65708614	43	5.3	43	74	8	196	27	14	25	32	1.95
65708619--65708761	43	3.3	43	80	1	171	29	13	24	32	1.94
65708619--65708786	43	3.9	43	81	3	153	28	16	23	32	1.96
65708616--65708788	86	2.0	86	83	4	215	27	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65710479--65710591	29	4.0	28	86	2	127	26	15	30	27	1.96
65710492--65710602	57	1.9	57	83	1	141	26	16	29	27	1.97
65713431--65713480	26	1.9	26	95	0	91	34	16	22	28	1.95
65715571--65715613	14	3.0	14	84	15	61	2	20	4	72	1.14
65729161--65729338	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
65729182--65729337	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
65737195--65737372	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
65737195--65737372	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
65742801--65742850	21	2.4	21	89	0	82	40	18	38	4	1.69
65743210--65743367	42	3.7	42	80	9	178	23	21	21	33	1.97
65743210--65743366	85	1.8	86	81	9	196	23	21	21	33	1.97
65746527--65746769	50	4.8	50	94	0	414	20	32	22	23	1.98
65750426--65750478	3	17.7	3	96	0	97	33	35	0	30	1.58
65753323--65753365	18	2.3	19	84	4	52	11	11	0	76	1.02
65758842--65759068	40	5.7	40	95	0	409	22	28	20	29	1.98
65767366--65767672	40	7.7	40	95	0	542	21	28	20	30	1.98
65769838--65770095	126	2.0	126	97	0	489	21	10	21	45	1.82
65789749--65789789	18	2.3	18	87	8	57	26	0	26	46	1.53
65796724--65796777	27	2.0	27	96	0	99	33	18	16	31	1.93
65798427--65798452	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
65799300--65799411	43	2.6	44	84	4	149	33	25	15	25	1.95
65807348--65807462	31	3.7	31	91	1	187	27	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65808886--65809188	40	7.6	40	82	9	302	24	27	21	26	1.99
65808886--65809189	80	3.8	79	86	3	382	25	27	21	26	1.99
65808886--65809189	119	2.5	120	80	8	343	25	27	21	26	1.99
65808886--65809154	40	6.7	41	87	5	315	25	26	20	27	1.99
65816954--65817217	40	6.6	39	84	7	277	25	27	21	26	1.99
65816954--65817217	80	3.3	80	86	7	337	25	27	21	26	1.99
65821069--65821319	47	5.4	47	87	2	328	31	9	32	26	1.89
65821450--65821529	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
65823134--65823431	48	6.2	48	96	0	497	31	26	6	35	1.82
65826471--65826554	25	3.4	25	90	6	127	27	23	20	28	1.99
65826589--65826669	20	4.1	20	91	3	128	30	18	9	40	1.83
65827470--65827647	27	6.6	27	75	5	130	30	9	20	38	1.85
65827683--65827876	27	7.2	27	87	1	255	39	6	24	29	1.80
65827683--65827876	81	2.4	81	88	1	282	39	6	24	29	1.80
65829235--65829337	37	2.8	37	89	5	156	25	18	31	25	1.98
65829309--65829647	42	7.7	42	75	14	242	28	16	25	29	1.97
65829332--65829518	48	3.9	48	90	2	288	31	17	24	27	1.97
65833168--65833243	40	1.9	40	86	0	107	21	17	28	32	1.95
65836046--65836207	27	6.0	27	76	5	148	32	12	20	35	1.90
65836046--65836205	54	3.0	54	78	9	173	32	12	19	35	1.89
65840413--65840458	20	2.3	20	80	0	56	23	13	32	30	1.93
65842129--65842234	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65844845--65844891	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
65855092--65855289	27	7.3	27	87	2	263	28	24	7	39	1.82
65855092--65855289	81	2.4	81	90	1	299	28	24	7	39	1.82
65855293--65855420	27	4.7	27	74	5	89	39	20	10	29	1.85
65855279--65855419	54	2.6	54	79	7	137	36	20	11	31	1.88
65855321--65855433	27	4.2	27	77	4	102	42	19	7	30	1.78
65855330--65855522	54	3.5	54	75	8	183	40	17	9	32	1.81
65855374--65855501	27	4.7	27	75	12	93	43	18	6	31	1.75
65855548--65855621	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
65855561--65855625	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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