genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17793070--17793108	19	2.1	19	90	0	60	38	0	7	53	1.30
17794209--17794249	21	2.0	22	90	9	68	34	31	24	9	1.88
17794373--17794496	28	4.4	28	90	0	203	19	39	20	20	1.93
17795453--17795719	46	5.7	46	78	10	224	23	29	19	28	1.98
17795451--17795763	46	6.7	48	77	12	221	23	28	18	29	1.98
17795453--17795766	94	3.3	97	78	11	302	23	28	19	28	1.98
17795505--17795763	140	1.8	141	86	7	375	23	28	18	29	1.98
17797385--17797428	13	3.5	13	78	12	56	38	2	4	54	1.33
17798079--17798124	23	1.9	23	82	8	56	41	17	23	17	1.90
17799023--17799081	31	1.9	31	82	6	75	22	23	5	49	1.70
17801764--17801824	32	2.0	29	87	9	86	57	1	4	36	1.30
17803575--17803606	14	2.2	15	94	5	57	34	6	12	46	1.67
17804584--17804615	6	5.2	6	92	7	55	37	0	62	0	0.95
17827930--17827954	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
17832991--17833020	15	2.1	15	93	6	53	56	6	0	36	1.26
17833805--17833846	21	2.0	21	85	0	57	45	11	23	19	1.83
17835472--17835532	24	2.5	24	75	19	72	36	1	3	59	1.24
17836497--17836579	30	2.8	29	82	8	96	30	1	6	62	1.27
17836715--17836770	29	1.9	29	85	7	78	60	5	1	32	1.29
17837656--17837735	13	6.7	13	70	26	54	35	0	1	63	1.02
17837668--17837742	34	2.2	34	95	0	132	34	0	0	65	0.93
17837685--17837724	20	2.0	21	95	5	73	35	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17837667--17837743	14	5.1	14	75	20	66	36	0	0	63	0.95
17841177--17841201	13	1.9	13	100	0	50	80	12	0	8	0.92
17843742--17844133	131	3.0	131	93	0	633	26	19	20	33	1.96
17851322--17851623	3	99.7	3	63	24	68	34	3	0	61	1.20
17851377--17851615	16	14.9	16	68	23	78	34	3	0	61	1.18
17851384--17851597	84	2.6	82	74	15	194	35	3	0	60	1.18
17851374--17851615	20	10.8	21	66	26	83	34	3	0	61	1.17
17851374--17851581	15	14.3	15	66	20	77	34	3	0	61	1.16
17851561--17851618	26	2.2	26	81	0	62	31	3	0	65	1.09
17851748--17851806	22	2.7	23	80	14	63	35	5	1	57	1.31
17863520--17864072	205	2.7	205	90	2	835	30	19	21	28	1.98
17864271--17864303	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
17865877--17865998	29	4.5	27	68	21	69	36	3	0	59	1.19
17865836--17866019	35	4.9	38	71	20	131	35	4	1	58	1.27
17865865--17865987	5	23.4	5	67	18	63	35	3	0	60	1.19
17865924--17866024	16	6.1	15	73	19	69	34	5	0	59	1.22
17865955--17866017	18	3.7	17	78	21	62	33	3	0	63	1.10
17866172--17866218	14	3.3	15	80	17	55	46	0	0	53	1.00
17866263--17866308	18	2.5	19	75	6	51	30	2	0	67	1.03
17867867--17868177	154	2.0	154	98	0	595	33	14	18	34	1.91
17872388--17872412	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
17883707--17883767	31	2.0	31	86	0	86	19	32	29	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17883715--17883781	31	2.2	31	86	2	91	16	32	32	17	1.93
17885947--17886000	20	2.7	20	79	0	63	27	5	1	64	1.26
17889722--17889801	18	4.4	18	69	17	58	26	1	2	70	1.08
17889729--17889781	21	2.5	21	90	0	79	26	1	1	69	1.09
17890694--17890884	94	2.0	94	86	7	269	28	14	25	31	1.94
17891621--17891680	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
17892231--17892282	10	5.1	10	78	2	50	25	7	0	67	1.17
17892231--17892280	20	2.5	21	81	15	61	24	8	0	68	1.16
17892990--17893023	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
17895310--17895368	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
17895314--17895368	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
17895419--17895634	24	9.0	24	87	1	308	28	21	20	29	1.98
17905949--17905997	20	2.3	21	82	10	55	4	46	0	48	1.20
17907376--17907444	27	2.6	27	80	0	84	44	20	5	28	1.74
17907456--17907668	27	7.9	27	86	2	241	29	21	7	41	1.81
17907388--17907599	81	2.6	81	77	3	194	32	21	8	37	1.83
17907456--17907664	81	2.6	81	86	3	278	29	21	7	41	1.81
17907700--17907825	27	4.7	27	80	6	157	40	20	7	30	1.81
17907667--17907822	54	2.9	54	81	5	156	39	18	10	31	1.84
17907700--17907850	81	1.9	81	83	8	200	42	19	7	29	1.80
17907700--17907849	27	5.6	27	77	10	139	42	20	8	30	1.80
17907700--17907849	54	2.8	54	82	4	187	42	20	8	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17907806--17907905	27	3.6	27	79	12	105	46	18	6	30	1.73
17908830--17908899	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
17908829--17908924	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
17908830--17908924	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
17909046--17909137	42	2.2	42	94	0	157	31	11	20	35	1.89
17913267--17913323	30	1.9	30	92	0	96	24	33	28	14	1.94
17915880--17915922	16	2.5	17	85	7	61	23	4	9	62	1.44
17916104--17916185	35	2.3	36	80	14	91	30	4	1	63	1.23
17916138--17916198	16	3.6	16	77	12	59	29	3	3	63	1.26
17916127--17916179	19	3.0	18	81	10	65	30	1	1	66	1.13
17916127--17916217	35	2.6	33	86	8	110	30	2	3	63	1.22
17916264--17916326	26	2.6	23	77	18	65	33	1	4	60	1.27
17925984--17926027	20	2.2	20	84	15	56	15	11	2	70	1.26
17926334--17926661	41	8.1	41	79	1	347	32	24	18	24	1.97
17926356--17926661	81	3.8	81	84	1	380	31	24	18	26	1.97
17926356--17926701	81	4.3	80	81	5	363	31	23	18	26	1.97
17926983--17927064	21	3.9	21	71	7	76	47	26	1	24	1.59
17927178--17927240	7	9.0	7	77	5	56	23	1	28	46	1.62
17927198--17927237	15	2.7	15	84	3	55	17	2	35	45	1.62
17927616--17927716	7	14.7	7	72	11	66	23	1	29	44	1.64
17927616--17927708	27	3.5	26	76	10	80	22	2	30	45	1.64
17927668--17927709	13	3.2	13	83	6	50	23	2	28	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17927870--17927931	7	8.9	7	79	13	58	24	0	32	43	1.54
17927869--17927933	14	4.7	13	81	12	76	23	0	35	41	1.55
17927869--17927934	21	3.2	20	83	12	80	22	0	36	40	1.54
17931434--17931479	3	15.0	3	95	4	83	65	0	2	32	1.05
17932722--17932779	24	2.4	24	94	0	98	44	3	3	48	1.36
17933806--17933847	19	2.2	19	83	8	50	28	2	7	61	1.35
17934307--17934395	9	10.4	9	74	16	66	47	19	0	33	1.50
17936253--17936495	27	9.1	27	85	7	284	41	18	7	31	1.79
17936268--17936564	53	5.3	54	77	14	282	40	19	8	31	1.82
17936253--17936576	54	5.8	54	78	13	293	40	19	8	31	1.81
17936459--17936533	38	2.0	38	86	5	107	40	16	10	33	1.82
17936498--17936576	27	2.9	27	83	3	106	39	21	8	30	1.84
17936431--17936560	65	2.0	65	86	5	183	39	19	10	31	1.84
17936408--17936576	92	1.8	92	88	0	257	39	19	8	31	1.83
17936555--17936643	27	3.3	26	78	6	88	39	12	17	30	1.87
17942157--17942185	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
17942943--17943255	43	7.3	42	77	9	269	25	19	22	32	1.97
17942971--17943255	86	3.3	86	83	0	331	25	19	22	32	1.97
17943463--17943626	88	1.9	88	88	0	247	25	15	20	39	1.91
17946497--17946524	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
17947547--17947749	42	4.8	42	94	1	336	32	22	23	22	1.98
17947548--17947838	84	3.5	84	85	2	282	29	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17947547--17947836	126	2.3	126	83	2	341	30	21	21	26	1.98
17948161--17948231	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
17953709--17953944	9	27.9	9	71	13	117	29	3	22	44	1.70
17953708--17953944	52	4.7	50	84	4	253	29	3	21	44	1.70
17953821--17953852	16	2.0	16	93	0	55	21	6	18	53	1.67
17953708--17953941	25	9.2	25	68	6	139	29	3	22	44	1.70
17954276--17954353	31	2.5	31	87	6	115	50	0	2	47	1.15
17955033--17955062	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
17955250--17955364	36	3.2	36	69	22	116	46	18	6	29	1.73
17955198--17955397	70	2.8	71	95	3	359	50	18	5	26	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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