genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78901642--78901674	17	2.0	16	94	5	57	30	0	0	69	0.88
78909290--78909328	17	2.3	17	86	0	60	5	12	0	82	0.83
78909522--78909592	28	2.5	28	79	4	81	28	4	18	49	1.66
78910019--78910073	25	2.2	25	83	6	67	58	1	0	40	1.09
78910036--78910086	16	3.1	16	73	15	59	52	1	0	45	1.12
78910022--78910061	21	1.9	21	90	10	64	55	0	0	45	0.99
78910037--78910107	33	2.2	33	89	0	106	53	1	2	42	1.24
78911673--78911745	36	2.0	36	100	0	146	38	13	16	31	1.88
78912362--78912478	45	2.6	45	81	9	123	29	20	27	23	1.99
78920992--78921041	25	2.0	25	88	7	75	38	10	10	42	1.72
78921213--78921288	37	2.1	36	83	11	93	53	2	1	42	1.23
78928322--78928390	25	2.8	25	80	4	77	23	28	15	31	1.95
78929367--78929680	162	1.9	162	86	1	441	23	24	26	24	2.00
78937070--78937296	40	5.7	40	89	5	291	25	22	27	25	2.00
78937070--78937329	80	3.3	79	83	5	285	26	21	27	25	1.99
78937068--78937329	120	2.2	120	81	6	300	26	21	27	25	1.99
78938973--78938998	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
78939390--78939494	50	2.1	49	82	1	120	21	25	18	34	1.96
78939747--78939846	32	3.2	32	63	27	77	31	8	20	41	1.81
78939743--78939868	63	2.0	63	98	0	243	32	7	19	39	1.81
78944511--78944567	20	2.8	20	89	0	78	24	28	0	47	1.52
78944525--78944557	15	2.1	16	88	5	50	21	27	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78945449--78945516	5	13.6	5	100	0	136	39	0	0	60	0.97
78951652--78951720	20	3.5	20	71	26	67	47	7	1	43	1.39
78954310--78954368	21	2.8	21	86	0	82	28	5	32	33	1.79
78954472--78954514	17	2.4	18	81	14	54	60	2	0	37	1.10
78955265--78955319	16	3.2	17	73	17	51	69	1	0	29	0.99
78955266--78955319	17	3.2	16	79	7	63	68	1	0	29	1.00
78961925--78961983	17	3.6	16	82	13	75	69	0	1	28	0.98
78961936--78961983	15	3.1	15	84	6	60	70	0	2	27	0.98
78964659--78964857	84	2.4	83	91	4	319	36	10	9	44	1.71
78964659--78964897	83	2.9	81	83	9	284	33	10	9	46	1.72
78966009--78966994	493	2.0	493	95	0	1767	34	10	17	37	1.84
78966984--78967009	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
78983686--78983783	49	2.0	49	100	0	196	20	18	18	42	1.89
78986954--78986991	20	1.9	20	89	10	60	31	0	13	55	1.38
78987894--78987939	22	2.1	22	100	0	92	56	4	8	30	1.49
78991112--78991156	16	2.8	16	89	0	72	44	17	22	15	1.86
78993134--78993241	26	4.2	26	92	0	171	34	7	22	36	1.82
78998155--78998327	39	4.4	40	90	2	228	26	28	20	24	1.99
78998153--78998373	79	2.8	78	80	5	241	26	28	20	23	1.99
79017420--79017571	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
79017420--79017571	55	2.8	54	89	2	232	26	14	28	30	1.95
79017420--79017571	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79020145--79020214	27	2.6	27	83	0	68	31	32	20	15	1.94
79020397--79020432	16	2.2	16	95	0	63	47	5	13	33	1.67
79020555--79020586	15	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
79021160--79021198	19	2.1	19	90	4	62	56	5	0	38	1.22
79030315--79030352	18	2.1	18	90	0	58	39	13	31	15	1.86
79030323--79030358	18	2.0	18	94	0	63	36	11	36	16	1.84
79034636--79034665	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
79035062--79035112	18	2.8	18	74	14	50	23	3	5	66	1.30
79046190--79046341	53	3.0	51	82	7	184	46	19	22	11	1.82
79046252--79046358	53	2.0	53	80	12	121	51	16	21	10	1.74
79047318--79047347	15	1.9	16	93	6	53	33	0	6	60	1.23
79050564--79050714	68	2.3	64	82	7	169	29	15	27	27	1.96
79060175--79060200	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
79065018--79065076	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
79065031--79065076	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
79065047--79065095	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
79065050--79065107	25	2.3	26	82	5	75	29	0	3	67	1.07
79067989--79068053	31	2.1	30	94	2	112	43	23	21	12	1.86
79071504--79071663	64	2.5	64	90	4	241	39	5	8	46	1.59
79073867--79074083	111	2.0	109	90	3	346	54	7	5	33	1.50
79074764--79074804	20	2.0	20	86	9	57	0	39	0	60	0.96
79074760--79074807	15	3.5	15	75	18	59	0	39	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79077930--79078060	46	2.8	46	82	2	156	30	21	18	29	1.97
79082605--79082772	48	3.6	47	71	19	129	27	23	20	27	1.99
79089840--79089974	43	3.1	44	84	6	193	25	17	28	28	1.98
79090244--79090435	38	5.1	38	80	5	185	25	20	22	31	1.98
79090244--79090435	75	2.5	74	81	8	215	25	20	22	31	1.98
79090433--79090558	45	2.8	45	86	7	175	20	23	28	27	1.99
79090442--79090576	45	3.0	44	84	6	139	23	20	28	26	1.99
79093149--79093242	46	2.0	46	89	4	145	32	25	14	26	1.95
79096229--79096281	16	3.1	17	78	10	54	71	0	15	13	1.14
79110422--79110552	44	3.0	42	81	8	131	34	23	17	24	1.96
79110391--79110552	43	3.8	42	76	11	125	32	22	17	27	1.97
79115314--79115528	45	4.9	45	73	12	171	24	16	27	32	1.96
79124510--79124540	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
79135434--79135473	19	2.1	19	100	0	80	25	20	22	32	1.98
79135573--79135607	16	2.2	16	90	10	54	25	0	22	51	1.48
79139240--79139307	34	2.0	34	91	0	109	22	20	20	36	1.95
79139889--79139966	31	2.5	31	82	0	102	21	39	20	17	1.92
79147207--79147238	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
79147333--79147674	50	6.7	50	88	3	443	26	24	29	19	1.98
79147333--79147674	150	2.2	154	87	4	496	26	24	29	19	1.98
79152531--79152725	27	7.5	26	84	9	188	27	15	28	29	1.96
79152531--79152699	26	6.6	26	83	8	152	27	15	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79160756--79160957	27	7.5	27	83	6	178	28	14	28	28	1.96
79160756--79160957	54	3.8	54	79	11	211	28	14	28	28	1.96
79164686--79164860	27	6.5	26	80	9	172	27	15	28	29	1.96
79164687--79164842	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
79164683--79164860	82	2.2	81	80	5	207	27	15	27	29	1.96
79168725--79168890	27	6.1	26	80	9	163	27	15	27	28	1.96
79168725--79168879	55	2.8	53	81	7	177	27	16	28	28	1.97
79168726--79168881	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
79183768--79183823	18	3.1	19	82	5	62	82	0	0	17	0.68
79183768--79183823	21	2.7	21	86	10	71	82	0	0	17	0.68
79183779--79183819	8	5.2	8	85	5	57	85	0	0	14	0.60
79185679--79185851	27	6.5	27	84	3	190	26	15	29	29	1.96
79185678--79185851	53	3.3	53	82	8	203	26	14	29	29	1.96
79193847--79194025	27	6.6	27	81	8	166	27	14	29	29	1.95
79193847--79194025	55	3.3	54	82	6	200	27	14	29	29	1.95
79193848--79193999	82	1.9	82	86	5	218	27	15	28	28	1.96
79199659--79199690	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
79199785--79200076	50	5.7	50	88	3	379	26	24	30	19	1.98
79202387--79202572	30	6.3	30	80	7	173	34	17	15	32	1.91
79202439--79202572	58	2.3	58	92	5	216	33	17	15	32	1.92
79206713--79206747	17	2.1	17	100	0	70	28	28	0	42	1.56
79217278--79217398	42	2.9	41	80	7	125	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79220715--79220744	14	2.1	14	93	0	51	43	33	6	16	1.74
79221899--79221939	17	2.3	19	84	12	52	46	17	2	34	1.61
79225357--79225390	17	1.9	17	94	5	59	11	0	23	64	1.26
79225357--79225390	9	3.9	9	96	3	61	11	0	23	64	1.26
79225714--79225808	28	3.3	29	83	4	104	29	21	25	24	1.99
79231173--79231273	28	3.6	28	81	4	105	31	17	25	24	1.97
79234017--79234060	20	2.0	22	87	12	65	47	0	0	52	1.00
79234023--79234080	30	2.0	29	86	10	82	53	1	0	44	1.10
79236385--79236424	21	2.0	21	90	5	64	10	7	2	80	1.00
79236384--79236455	32	2.3	30	82	13	92	12	8	1	77	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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