genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  259  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82967157--82967309	44	3.5	44	80	7	157	24	19	23	32	1.97
82967529--82967653	45	2.8	44	79	7	137	29	24	16	29	1.97
82967539--82967653	44	2.6	45	82	6	137	29	24	18	27	1.98
82967672--82967798	52	2.4	52	92	0	209	33	17	15	33	1.92
82967913--82968016	44	2.4	44	83	6	122	25	25	19	28	1.98
82967947--82968043	44	2.2	44	81	3	106	22	27	19	29	1.98
82967947--82968731	133	5.9	132	79	9	618	24	25	20	29	1.99
82968609--82968819	88	2.4	88	90	0	323	26	25	20	27	1.99
82968476--82968887	221	1.9	221	89	2	648	25	25	18	30	1.98
82968101--82968731	133	4.7	133	86	1	888	25	25	19	29	1.99
82974999--82975143	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
82977967--82978085	50	2.4	49	78	12	120	63	4	6	26	1.38
82978033--82978085	22	2.5	21	87	3	70	62	1	7	28	1.33
82978015--82978222	3	71.3	3	65	11	76	62	2	7	26	1.36
82984533--82984706	46	3.7	47	77	13	198	21	21	28	28	1.98
82984528--82984699	93	1.8	93	92	2	292	21	21	28	28	1.99
82991290--82991355	12	5.4	12	75	10	53	34	4	0	60	1.17
82991276--82991351	25	3.0	25	77	11	66	31	3	0	64	1.12
82991402--82991468	35	1.9	35	82	11	84	38	2	2	55	1.31
82991507--82991546	21	1.9	21	85	10	55	30	5	0	65	1.14
82991507--82991579	10	7.2	10	72	18	53	32	6	0	60	1.23
82991597--82991632	7	5.0	7	86	6	54	30	2	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82991597--82991637	15	2.8	14	82	10	55	31	2	2	63	1.20
82994202--82994231	12	2.5	12	100	0	60	66	6	10	16	1.41
82995108--82995155	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
82996767--82996814	15	3.1	15	83	13	62	77	0	2	20	0.88
82999570--82999602	12	2.8	12	95	0	57	66	3	9	21	1.33
83000484--83000531	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
83000518--83000561	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
83000557--83000589	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
83003089--83003194	26	4.1	26	93	0	185	33	7	23	35	1.83
83004822--83004907	27	3.2	27	83	9	113	18	22	24	34	1.96
83004822--83004925	27	3.9	26	86	7	102	20	23	22	34	1.97
83010524--83010553	14	2.1	14	100	0	60	80	0	0	20	0.72
83010595--83010626	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
83011615--83011743	27	4.8	26	84	7	161	33	22	24	19	1.97
83011633--83011743	54	2.1	54	94	3	197	34	24	23	18	1.96
83013341--83013448	26	4.2	26	91	0	180	36	24	6	33	1.81
83013888--83013940	27	2.0	27	84	0	70	60	5	7	26	1.46
83014286--83014310	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
83014643--83014721	19	4.2	19	87	9	108	39	10	15	35	1.81
83014643--83014721	36	2.1	38	88	9	117	39	10	15	35	1.81
83014643--83014738	19	4.9	21	87	8	100	37	10	15	36	1.82
83015755--83015842	44	2.0	44	95	0	158	32	12	21	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83016229--83016285	23	2.6	22	81	8	62	61	5	1	31	1.28
83017925--83017985	4	15.2	4	92	0	77	42	31	1	24	1.64
83020802--83020870	27	2.6	27	86	4	95	27	11	17	43	1.83
83024321--83024416	27	3.6	27	81	0	93	27	10	16	45	1.80
83026295--83026320	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
83030746--83030788	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
83048839--83048873	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
83050631--83050674	13	3.4	13	80	0	52	38	25	0	36	1.56
83050757--83051031	46	6.0	46	88	1	336	21	21	14	42	1.89
83053410--83053445	19	1.9	19	88	5	56	0	22	2	75	0.94
83053653--83053699	21	2.1	21	84	7	58	46	4	2	46	1.34
83053828--83053874	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
83057143--83057228	30	2.9	30	94	0	154	16	51	6	25	1.69
83057731--83057756	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
83057750--83057825	9	8.2	9	74	18	59	32	3	1	61	1.22
83057759--83057815	12	4.5	13	76	23	59	31	3	1	63	1.22
83057741--83057825	18	4.7	18	79	11	84	30	3	1	64	1.17
83057749--83057824	25	2.9	26	73	11	75	31	3	1	63	1.21
83057895--83057948	3	17.0	3	85	11	56	31	0	5	62	1.18
83069907--83070393	44	11.3	42	67	16	201	34	22	23	20	1.97
83069843--83071054	87	14.0	87	83	5	1216	35	21	22	20	1.96
83069843--83071054	173	7.0	173	82	6	1194	35	21	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83070158--83071004	43	19.7	43	65	15	304	36	21	21	20	1.95
83071572--83071716	30	4.8	30	97	0	272	16	51	6	24	1.69
83071572--83071714	15	9.3	18	62	32	73	16	51	6	25	1.69
83072228--83072362	3	44.0	3	70	16	50	28	6	3	61	1.38
83072220--83072291	15	4.7	15	76	15	60	23	6	1	68	1.22
83072551--83072584	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
83075894--83075940	24	2.0	24	82	0	58	17	10	10	61	1.55
83087953--83088178	112	2.0	112	100	0	452	24	14	20	40	1.90
83088263--83088383	59	2.1	59	100	0	242	16	13	19	50	1.78
83098395--83099071	336	2.0	337	96	0	1239	38	17	15	27	1.90
83102034--83102074	15	2.8	15	81	3	57	46	2	7	43	1.44
83112237--83112288	21	2.4	22	78	12	54	46	0	21	32	1.52
83114598--83114746	37	4.1	37	81	4	158	16	14	28	40	1.87
83118965--83118998	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
83120627--83120664	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
83122359--83122406	23	2.0	24	84	15	64	60	4	0	35	1.16
83124212--83124349	71	1.9	71	100	0	276	40	2	6	50	1.43
83132424--83132471	25	1.9	25	91	8	80	14	14	2	68	1.30
83136287--83136334	21	2.3	21	92	0	78	20	39	27	12	1.89
83136287--83136344	21	2.8	21	89	0	71	17	36	31	15	1.91
83151412--83151459	17	2.8	16	81	12	51	54	0	6	39	1.26
83151418--83151461	17	2.5	18	85	10	56	56	0	2	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83156626--83156656	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
83156858--83156909	23	2.3	22	75	15	52	38	7	11	42	1.70
83158419--83158459	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
83163648--83163672	13	1.9	13	100	0	50	40	28	24	8	1.83
83171333--83171373	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
83172842--83172875	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
83177053--83177108	26	2.2	26	90	0	85	41	23	5	30	1.76
83184116--83184197	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
83188007--83188041	12	2.9	12	86	0	52	17	48	14	20	1.81
83189628--83189669	18	2.4	17	84	11	50	23	45	16	14	1.84
83195141--83195312	86	2.0	86	100	0	344	45	4	16	33	1.68
83206884--83207544	326	2.0	326	85	2	873	34	13	16	34	1.88
83208752--83208799	23	2.1	23	88	0	69	33	12	12	41	1.80
83215432--83215645	105	2.0	105	88	0	311	47	12	9	30	1.73
83219204--83219232	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
83222447--83222502	25	2.2	25	82	14	71	57	1	0	41	1.09
83223012--83223061	7	7.3	7	76	10	50	28	12	2	58	1.45
83224635--83224761	23	5.4	23	82	6	125	33	18	22	25	1.97
83224615--83224761	68	2.1	73	81	8	171	31	19	22	25	1.98
83225109--83225143	16	2.3	15	90	5	52	45	20	0	34	1.51
83226125--83226189	25	2.8	24	75	15	64	33	1	6	58	1.32
83231288--83231335	23	2.1	24	84	7	64	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83232217--83232272	25	2.2	25	82	14	71	57	0	0	42	0.99
83232787--83232855	21	3.1	21	72	14	59	30	14	1	53	1.50
83232786--83232835	14	3.6	13	78	10	55	34	14	2	50	1.54
83237583--83237639	29	2.0	28	86	3	78	22	8	15	52	1.70
83239903--83240048	37	3.9	37	96	0	247	26	32	19	22	1.97
83240195--83240329	48	2.8	48	94	0	234	29	27	8	34	1.86
83240345--83240467	22	5.3	22	63	30	60	25	30	13	30	1.93
83240299--83240492	47	4.1	47	91	0	298	26	28	11	32	1.91
83240259--83240492	94	2.5	94	86	4	303	26	28	11	33	1.91
83240414--83240493	25	3.3	25	68	16	69	31	28	8	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295