genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86540436--86540487	23	2.3	22	80	9	59	50	1	0	48	1.12
86540443--86540503	32	1.9	32	83	12	81	47	1	0	50	1.10
86542465--86542502	10	3.6	11	82	10	53	52	26	2	18	1.58
86545646--86545731	30	2.9	30	94	0	145	16	50	8	25	1.72
86546236--86546318	18	4.7	18	73	16	68	30	3	1	65	1.17
86546627--86546651	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
86546640--86546781	23	6.3	23	68	16	66	32	2	7	57	1.42
86546616--86546783	71	2.4	73	89	6	240	32	2	6	58	1.39
86551861--86551977	62	1.9	62	86	5	168	41	1	5	52	1.34
86555037--86555080	22	2.0	22	100	0	88	54	18	13	13	1.71
86561185--86561223	19	2.2	17	90	9	60	43	0	2	53	1.14
86563384--86563500	46	2.5	46	95	0	207	38	13	23	23	1.91
86563465--86563529	29	2.2	29	91	2	103	44	16	21	16	1.86
86563495--86563617	46	2.7	46	82	5	135	44	17	19	18	1.87
86563880--86563912	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
86574825--86574891	23	2.8	23	77	8	64	62	1	4	31	1.24
86576152--86576181	16	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
86576152--86576189	18	2.3	18	86	13	55	10	2	5	81	0.94
86584506--86584586	42	1.9	42	87	0	117	55	18	4	20	1.61
86584895--86584935	21	2.0	21	85	9	57	36	14	4	43	1.67
86590559--86590644	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
86607161--86607338	27	6.6	27	80	6	171	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86607182--86607337	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86617099--86617152	26	2.1	26	85	0	72	44	22	20	12	1.85
86623380--86623464	30	2.8	29	81	13	109	23	37	0	38	1.55
86626902--86627121	40	5.6	40	82	3	221	25	24	26	24	2.00
86626902--86627121	80	2.8	79	84	6	268	25	24	26	24	2.00
86634611--86635259	324	2.0	324	100	0	1298	30	18	13	38	1.89
86643057--86643081	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
86652253--86652299	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
86655299--86655346	24	2.0	23	92	4	78	29	4	29	37	1.76
86655376--86655433	30	2.0	30	89	3	91	32	0	8	58	1.28
86663222--86663251	9	3.2	9	95	4	51	56	0	0	43	0.99
86663667--86663800	62	2.2	59	85	5	180	40	2	5	51	1.40
86667544--86667696	43	3.5	43	77	7	148	24	16	24	33	1.96
86667544--86667670	43	2.9	43	83	1	155	22	16	25	34	1.95
86667544--86667709	87	1.9	86	81	3	199	25	16	24	33	1.96
86672332--86672358	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
86675513--86675566	16	3.4	16	89	0	72	33	0	35	31	1.58
86675545--86675654	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
86675800--86675834	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
86675815--86676134	61	5.3	61	67	18	231	49	6	2	41	1.41
86675786--86676193	59	6.8	58	66	22	195	49	4	2	42	1.38
86675786--86676195	120	3.4	120	94	0	714	49	4	2	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86680021--86680058	8	4.8	8	90	0	58	57	0	0	42	0.98
86679999--86680081	7	11.4	7	83	11	80	65	0	0	34	0.93
86680630--86680677	19	2.4	20	80	16	55	27	2	10	60	1.41
86680845--86680916	3	24.0	3	100	0	144	0	33	0	66	0.92
86681342--86681372	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
86683725--86683749	6	4.2	6	100	0	50	52	32	0	16	1.44
86686387--86686419	5	6.6	5	86	13	50	81	3	15	0	0.80
86686450--86686477	7	4.0	7	100	0	56	28	28	14	28	1.95
86687471--86687525	20	2.7	20	80	11	67	60	1	0	38	1.08
86687471--86687527	11	5.5	11	72	19	50	59	1	0	38	1.08
86690833--86690887	21	2.8	21	79	17	64	38	0	3	58	1.16
86692316--86692352	19	2.0	19	89	5	58	72	5	8	13	1.24
86695171--86695201	14	2.2	14	94	0	53	41	0	9	48	1.36
86696251--86696284	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
86696899--86696946	15	3.3	14	79	5	51	47	2	0	50	1.12
86697504--86697543	9	4.3	9	84	15	55	37	0	0	62	0.95
86702495--86702519	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86705437--86705481	23	2.0	23	90	0	72	42	4	4	48	1.43
86710204--86710358	18	8.7	18	84	5	199	34	14	14	36	1.87
86710206--86710358	35	4.3	35	91	2	234	35	14	14	35	1.87
86711712--86711856	43	3.4	43	76	7	134	27	24	17	31	1.97
86713125--86713159	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86716155--86716199	23	2.0	23	100	0	90	15	8	22	53	1.69
86720619--86720670	10	5.1	10	80	11	52	57	3	0	38	1.17
86720628--86720671	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
86736899--86736948	22	2.2	23	89	3	75	50	4	2	44	1.32
86738812--86738850	20	2.1	18	90	9	60	30	0	5	64	1.15
86738782--86738851	15	4.2	15	73	19	50	34	1	2	61	1.20
86739076--86739110	16	2.2	16	94	0	61	31	20	0	48	1.50
86740242--86740286	14	2.9	15	84	12	56	40	0	4	55	1.20
86740242--86740278	17	2.2	17	90	4	58	32	0	5	62	1.18
86740477--86740525	20	2.6	18	75	15	53	53	2	0	44	1.12
86741564--86741596	16	1.9	18	88	11	52	39	0	6	54	1.25
86741670--86741772	34	3.1	32	72	16	109	38	0	1	58	1.16
86741646--86741782	68	2.0	68	95	2	249	39	1	2	56	1.23
86741677--86741781	32	3.2	31	72	19	104	38	0	1	59	1.15
86741815--86741878	32	1.9	35	81	9	80	39	0	6	54	1.26
86745177--86745252	37	2.1	37	94	0	134	36	18	18	26	1.94
86761616--86761704	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
86761616--86761704	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
86761628--86761683	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
86762177--86762369	44	4.4	44	88	2	289	29	27	14	28	1.95
86762317--86762595	92	3.0	90	84	3	355	26	23	17	32	1.96
86762580--86763135	84	6.6	84	88	2	756	23	22	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86762989--86763145	43	3.7	43	66	23	109	26	19	21	31	1.97
86764085--86764153	7	9.7	7	79	17	72	0	15	0	84	0.63
86764085--86764143	6	9.8	6	75	17	52	0	15	0	84	0.62
86764085--86764154	14	4.9	14	86	11	90	0	15	0	84	0.63
86764085--86764154	9	8.6	8	79	20	67	0	15	0	84	0.63
86764085--86764154	29	2.5	28	86	11	90	0	15	0	84	0.63
86769268--86769358	19	4.9	18	81	5	103	32	17	10	38	1.85
86772624--86772735	40	2.8	40	87	4	147	25	23	26	24	2.00
86775554--86775679	18	7.5	15	74	22	92	38	10	15	35	1.81
86775538--86775693	17	8.8	17	84	10	197	39	10	14	35	1.81
86775538--86775693	35	4.4	35	93	2	258	39	10	14	35	1.81
86779151--86780733	790	2.0	789	94	0	2812	32	18	21	27	1.97
86781681--86781746	9	6.7	9	81	14	69	84	0	13	1	0.68
86781681--86781746	10	6.6	10	80	11	64	84	0	13	1	0.68
86781693--86781752	7	8.7	7	78	14	63	85	0	13	1	0.69
86782739--86782989	87	2.9	87	84	5	323	31	24	21	22	1.98
86782995--86783581	207	2.8	207	93	0	960	30	17	22	29	1.97
86783973--86784097	19	6.9	18	78	17	100	36	11	15	36	1.83
86783980--86784097	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
86792878--86792924	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
86798550--86798597	25	2.0	24	91	4	78	39	4	10	45	1.58
86802537--86802760	40	5.6	40	81	11	246	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86802539--86802761	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	1.99
86804370--86804467	27	3.5	28	88	2	126	25	14	28	31	1.95
86804398--86804480	27	3.0	27	85	5	87	28	13	25	32	1.93
86804370--86804481	28	4.0	27	82	6	89	27	13	25	33	1.93
86812320--86812416	27	3.5	28	88	5	126	25	13	28	31	1.94
86812348--86812428	27	3.0	26	85	8	83	28	12	25	33	1.92
86813900--86813939	15	2.5	16	84	8	55	55	0	12	32	1.38
86817039--86817069	16	1.9	16	93	0	53	16	35	32	16	1.91
86818065--86818127	22	3.0	21	76	17	67	39	20	26	12	1.89
86838319--86838354	15	2.4	15	95	0	63	22	5	25	47	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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