genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57531259--57531297	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
57539498--57539705	103	2.0	103	100	0	416	27	15	12	43	1.83
57541806--57541831	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
57545089--57545253	47	3.5	47	78	16	198	29	19	28	23	1.98
57545089--57545300	47	4.5	46	76	16	195	29	18	28	23	1.98
57545087--57545300	94	2.3	94	92	0	347	28	18	28	23	1.98
57546539--57546620	40	2.0	40	90	0	128	41	20	13	24	1.88
57548859--57548927	19	3.4	18	70	22	57	11	18	2	66	1.35
57548957--57548992	17	2.1	17	89	5	54	11	16	0	72	1.12
57548919--57548992	35	2.2	35	80	9	91	9	22	0	67	1.19
57553734--57553798	24	2.8	23	81	6	69	24	20	20	35	1.96
57559423--57559525	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
57559695--57559819	48	2.6	48	94	0	223	28	29	8	32	1.87
57559793--57559846	27	2.0	27	100	0	108	22	33	14	29	1.94
57559746--57559894	75	2.0	75	95	0	271	28	30	10	31	1.90
57559821--57560186	48	7.6	48	94	0	633	29	27	8	34	1.86
57559697--57559934	123	1.9	123	95	0	431	28	29	9	33	1.88
57567750--57567779	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
57574771--57575015	49	4.9	49	83	4	294	28	26	18	26	1.98
57574771--57575016	101	2.5	99	86	3	334	28	26	18	26	1.98
57577411--57577473	9	6.8	9	77	13	56	36	1	38	23	1.65
57578170--57578238	33	2.1	33	97	0	129	39	13	4	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57579264--57579349	9	9.6	9	78	5	66	41	20	9	27	1.83
57579369--57579409	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
57579434--57579458	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
57579435--57579472	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
57579477--57579521	24	2.0	23	86	8	65	22	0	28	48	1.50
57584541--57584800	40	6.7	40	84	10	283	25	27	21	25	2.00
57584546--57584800	115	2.2	118	83	9	326	24	27	22	25	2.00
57593910--57594238	48	6.8	48	79	4	313	24	30	17	26	1.97
57593910--57594238	146	2.3	143	83	5	403	24	30	17	26	1.97
57606206--57606327	46	2.6	45	77	8	120	28	17	27	26	1.97
57610875--57611050	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57610872--57611043	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57616728--57616806	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57616925--57617178	47	5.4	47	90	0	373	27	29	9	33	1.88
57620371--57620604	40	5.8	40	89	0	324	25	29	21	23	1.99
57620384--57620686	80	3.8	80	84	2	333	24	28	22	24	1.99
57620384--57620686	40	7.6	40	83	2	292	24	28	22	24	1.99
57620996--57621074	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
57622966--57623044	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57623163--57623416	47	5.4	47	91	0	373	27	29	9	32	1.89
57625665--57625786	50	2.5	50	80	10	137	35	13	23	27	1.92
57633624--57633953	48	6.9	48	80	7	330	25	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57633624--57633949	144	2.3	144	83	4	399	25	28	17	28	1.97
57637047--57637091	23	2.0	21	87	12	63	53	4	8	33	1.52
57639312--57639404	28	3.2	27	77	16	87	34	21	10	33	1.88
57639279--57639404	60	2.1	61	81	1	146	30	22	12	34	1.91
57639951--57639989	20	2.0	20	89	0	60	43	15	5	35	1.69
57645359--57645451	28	3.2	28	76	16	80	34	20	12	32	1.91
57651790--57651962	46	3.7	46	75	13	183	23	20	27	28	1.99
57651787--57651957	93	1.8	93	91	0	279	23	20	28	28	1.99
57652186--57652223	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
57658861--57659030	46	3.8	45	77	14	197	21	21	27	28	1.99
57658858--57659025	90	1.8	92	93	2	295	21	22	28	27	1.99
57672733--57672950	80	2.7	79	87	2	312	24	20	27	27	1.99
57672731--57672941	40	5.3	40	78	4	239	24	20	27	27	1.99
57680781--57680992	40	5.3	40	76	2	212	25	20	26	27	1.99
57680783--57680973	80	2.4	80	88	0	283	25	20	26	26	1.99
57685867--57685967	27	3.7	27	78	6	107	27	13	28	29	1.95
57686062--57686121	26	2.3	26	85	8	77	36	5	28	30	1.78
57686074--57686167	27	3.5	27	80	9	86	32	8	27	30	1.87
57691042--57691244	59	3.4	58	82	8	191	31	15	22	31	1.94
57691098--57691244	59	2.5	60	92	2	233	30	14	22	32	1.93
57702533--57702562	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
57711018--57711052	17	2.1	18	89	10	56	77	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57721273--57721381	42	2.6	42	76	12	107	30	18	24	26	1.98
57722620--57722683	31	2.1	31	87	0	92	25	25	15	34	1.95
57722876--57723074	24	8.0	24	86	13	253	28	21	21	29	1.98
57722903--57722965	32	2.0	32	96	3	119	28	19	25	26	1.98
57723131--57723207	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
57723127--57723209	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
57723127--57723198	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
57723246--57723293	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57726211--57726351	16	9.5	15	77	16	100	21	2	1	73	1.04
57726203--57726340	6	22.8	6	70	22	78	21	2	1	75	0.99
57726202--57726341	43	3.1	47	74	18	113	20	2	1	75	0.98
57726231--57726339	11	9.3	11	74	19	80	20	2	0	76	0.97
57726202--57726321	44	2.7	45	80	16	133	21	2	1	74	1.03
57726201--57726348	11	13.0	11	68	17	72	20	2	1	75	1.01
57726388--57726482	5	18.6	5	72	12	61	17	3	4	74	1.11
57726411--57726447	16	2.2	17	90	4	58	16	2	0	81	0.81
57726411--57726482	9	8.0	9	71	10	58	15	2	4	77	1.03
57729207--57729236	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
57732833--57732936	54	1.9	54	88	3	156	40	0	3	55	1.18
57739821--57739896	38	2.0	38	97	0	143	23	3	28	43	1.72
57742691--57742741	25	2.0	25	100	0	102	19	7	11	60	1.55
57743981--57744020	21	1.9	21	89	0	62	20	27	42	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57745587--57745762	46	3.8	46	77	5	194	22	21	27	28	1.99
57745583--57745754	93	1.8	93	91	2	283	22	22	28	27	1.99
57748692--57748760	15	4.6	15	78	12	70	13	18	13	55	1.69
57751155--57751326	93	1.8	93	89	0	272	22	21	27	27	1.99
57751160--57751334	46	3.8	45	74	7	154	22	21	27	28	1.99
57754262--57754341	15	5.4	15	79	7	83	11	18	12	57	1.64
57754253--57754340	30	3.0	30	80	8	90	11	18	14	55	1.68
57755987--57756162	46	3.8	46	79	12	198	22	21	27	28	1.99
57755983--57756155	93	1.9	93	91	0	283	23	21	27	27	1.99
57756615--57756665	25	2.0	25	96	0	93	21	7	9	60	1.53
57757906--57757945	21	1.9	21	84	0	53	20	25	42	12	1.86
57759513--57759688	46	3.8	46	76	4	174	21	21	27	29	1.98
57759509--57759680	93	1.8	93	88	0	263	21	21	28	28	1.99
57762029--57762261	48	4.9	48	78	4	238	27	27	17	27	1.97
57762024--57762261	96	2.5	96	90	1	370	27	28	17	27	1.97
57775083--57775115	9	3.7	9	92	8	50	78	0	0	21	0.75
57775464--57775504	6	6.7	6	97	2	73	34	31	17	17	1.93
57775596--57775626	6	5.2	6	96	0	53	0	64	0	35	0.94
57782582--57782621	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
57794288--57794463	46	3.8	46	76	12	198	21	20	27	30	1.98
57794284--57794455	93	1.8	93	92	0	290	21	20	28	29	1.98
57806904--57806963	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57810624--57810683	30	2.0	30	93	0	102	28	15	21	35	1.93
57827530--57827863	48	7.0	48	79	4	359	27	17	28	27	1.98
57827530--57827857	96	3.4	97	89	5	513	27	17	28	27	1.98
57851709--57851970	40	6.6	40	89	1	384	23	21	26	29	1.99
57858868--57859088	40	5.6	40	85	2	295	23	22	26	28	1.99
57861445--57861779	48	7.0	48	79	2	359	27	17	27	26	1.98
57861445--57861778	96	3.5	96	88	1	490	27	17	27	26	1.98
57867091--57867120	14	2.1	15	93	6	53	33	0	16	50	1.46
57868497--57868672	46	3.8	46	77	10	196	21	19	28	30	1.97
57868493--57868664	93	1.8	93	92	0	290	20	19	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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