genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84714666--84714707	16	2.6	16	84	0	57	54	16	2	26	1.54
84716642--84716682	17	2.5	17	96	4	75	43	4	7	43	1.53
84717249--84717415	66	2.5	66	81	9	182	38	16	16	28	1.90
84718921--84718969	24	2.0	24	100	0	98	22	32	12	32	1.91
84720217--84720308	40	2.4	39	74	9	89	32	33	14	19	1.92
84727736--84727777	18	2.3	18	88	8	59	21	47	21	9	1.79
84730451--84730504	28	1.9	28	96	0	99	48	14	0	37	1.45
84734789--84734838	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
84734913--84734945	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
84744582--84744618	20	2.0	20	84	10	51	5	18	8	67	1.36
84745294--84745341	23	2.1	23	88	0	69	60	2	4	33	1.27
84745364--84745403	19	2.1	19	86	9	55	50	0	5	45	1.23
84746045--84746098	25	2.2	23	78	12	54	29	1	20	48	1.60
84755019--84755060	18	2.3	18	91	0	66	45	0	28	26	1.54
84755019--84755080	9	6.9	9	74	7	54	45	0	29	25	1.54
84755032--84755092	27	2.4	27	81	8	74	39	0	34	26	1.57
84758165--84758195	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
84761417--84761456	16	2.5	16	95	0	71	35	10	5	50	1.58
84761806--84761830	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
84765041--84765087	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
84768122--84768292	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
84768114--84768289	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84770044--84770099	23	2.6	22	81	10	71	3	23	1	71	1.11
84774504--84774557	22	2.5	22	81	3	65	20	29	31	18	1.96
84783879--84783930	21	2.4	21	77	3	59	48	0	7	44	1.31
84795197--84795548	46	7.7	45	87	4	402	41	14	24	20	1.89
84795197--84795558	138	2.6	138	87	3	496	41	14	23	20	1.89
84798290--84798398	50	2.2	50	93	0	182	33	5	25	34	1.79
84802447--84802500	14	3.6	14	82	7	54	48	9	0	42	1.35
84807963--84807992	13	2.4	13	94	5	53	26	20	10	43	1.83
84809336--84809361	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
84810562--84810589	13	2.2	13	100	0	56	64	21	0	14	1.29
84811212--84811308	19	5.2	19	86	8	137	37	11	17	34	1.86
84816484--84816570	1	87.0	1	69	0	57	85	0	12	2	0.70
84816486--84816570	7	11.9	7	79	14	93	84	0	12	2	0.71
84816487--84816569	6	13.8	6	77	11	73	84	0	13	2	0.72
84816484--84816570	23	4.0	21	83	12	106	85	0	12	2	0.70
84816485--84816563	8	9.6	8	76	22	67	84	0	12	2	0.71
84817579--84818314	44	16.7	44	75	12	566	30	15	26	27	1.96
84817572--84818095	220	2.4	220	91	0	841	30	16	25	27	1.96
84817792--84818270	176	2.7	176	91	0	771	30	15	26	27	1.96
84817579--84818283	220	3.2	218	85	6	707	30	15	26	27	1.96
84818371--84818645	44	6.2	44	70	9	155	31	18	23	26	1.97
84818371--84818722	134	2.6	134	88	1	490	32	18	23	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84818374--84818569	44	4.3	46	71	12	181	31	20	21	26	1.98
84818709--84818857	45	3.3	45	81	1	156	31	13	28	26	1.94
84819218--84819315	19	5.2	19	87	7	137	39	11	14	34	1.81
84819208--84819315	36	2.9	35	75	20	103	39	11	13	35	1.81
84822906--84822966	32	1.9	32	86	6	88	36	9	3	50	1.52
84823371--84823409	15	2.6	15	83	0	51	38	7	2	51	1.44
84823438--84823501	25	2.6	25	78	7	69	29	6	4	59	1.42
84823491--84823532	22	2.0	22	86	9	61	28	14	11	45	1.80
84828340--84828388	3	16.3	3	95	0	89	65	0	34	0	0.93
84830084--84830215	66	2.0	66	93	0	228	32	18	12	36	1.88
84830323--84830430	43	2.5	42	83	8	126	34	22	20	23	1.97
84830409--84830568	44	3.7	42	72	13	119	34	21	25	19	1.96
84830364--84830571	87	2.4	89	83	3	269	33	21	24	20	1.97
84830268--84830524	132	1.9	132	83	4	331	36	20	22	20	1.95
84830274--84830561	132	2.2	131	81	6	325	35	21	23	20	1.96
84835226--84835360	43	3.1	44	82	6	175	25	17	29	27	1.98
84835243--84835360	45	2.7	43	82	6	157	27	17	28	26	1.98
84835657--84835827	38	4.5	38	89	2	220	20	19	26	33	1.97
84835820--84835949	45	2.9	45	89	2	190	21	23	27	27	1.99
84836237--84836371	43	3.1	44	81	6	166	25	17	28	28	1.98
84836254--84836371	45	2.7	43	81	6	148	27	17	27	27	1.98
84836668--84836838	38	4.5	38	86	5	204	20	19	26	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84836831--84836960	45	2.9	45	90	2	199	22	23	27	26	1.99
84837207--84837273	33	2.0	33	97	0	125	32	1	20	44	1.61
84838523--84838578	21	2.6	21	72	13	51	37	7	1	53	1.39
84838514--84838593	19	4.4	18	72	9	56	38	5	3	52	1.41
84841716--84841792	39	2.0	39	94	0	136	33	12	20	32	1.91
84847488--84847804	158	2.0	158	96	0	580	34	18	10	36	1.85
84857081--84857142	25	2.5	26	84	5	74	30	19	24	25	1.98
84863410--84863739	164	2.0	165	98	0	644	33	20	12	34	1.90
84864408--84864574	21	7.7	21	95	2	226	17	9	54	18	1.69
84871418--84871495	16	4.8	17	74	13	67	37	0	0	62	0.95
84872631--84872686	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
84872900--84872955	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
84872910--84872972	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
84872905--84873103	59	3.3	59	71	14	201	54	3	1	40	1.27
84872883--84873122	120	2.0	120	97	0	453	51	4	2	42	1.33
84880458--84880503	20	2.3	20	96	0	83	23	26	13	36	1.91
84882515--84882607	18	5.2	18	92	0	123	29	20	16	34	1.94
84889940--84889997	31	1.9	29	82	6	71	24	15	8	51	1.71
84891023--84891056	8	4.5	8	96	3	54	64	5	0	29	1.17
84891012--84891067	24	2.3	24	77	17	62	66	3	1	28	1.19
84891016--84891063	16	3.1	15	84	6	60	64	4	2	29	1.23
84891217--84891281	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84891300--84891429	25	5.5	24	69	18	78	57	2	4	35	1.32
84891295--84891427	50	2.9	44	74	21	112	58	2	4	34	1.31
84891382--84891426	20	2.2	20	84	7	56	60	0	4	35	1.17
84891927--84892062	30	4.7	30	81	10	176	25	2	47	25	1.66
84891949--84891997	24	2.0	24	100	0	98	28	0	51	20	1.48
84891927--84892062	54	2.4	59	85	7	183	25	2	47	25	1.66
84892812--84892861	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
84892884--84893084	75	2.7	75	89	1	316	33	21	13	30	1.92
84893072--84893098	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
84892991--84893174	89	2.1	89	84	6	248	39	19	15	25	1.91
84893080--84893296	73	2.9	73	88	2	308	34	22	17	25	1.96
84893325--84894074	73	9.9	73	76	11	636	32	21	18	27	1.97
84892833--84894004	239	5.0	238	94	2	1960	33	21	17	27	1.96
84894016--84894124	56	1.9	56	87	7	159	27	26	19	26	1.99
84893969--84894202	128	1.8	128	89	1	371	29	25	17	27	1.98
84899144--84899186	21	2.0	22	86	4	61	58	2	2	37	1.24
84900195--84900274	27	3.0	27	96	0	151	18	12	56	12	1.67
84901164--84901206	20	2.0	22	86	8	63	44	0	0	55	0.99
84901214--84901255	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
84901218--84901254	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
84901287--84901343	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
84902330--84902377	22	2.1	23	84	3	62	0	41	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84902832--84902900	23	3.0	23	81	10	63	31	5	2	59	1.36
84902851--84902904	26	2.0	27	85	3	74	35	5	1	57	1.33
84903031--84903076	23	2.0	23	84	12	60	32	2	4	60	1.28
84903037--84903093	28	2.1	28	90	3	89	36	0	5	57	1.21
84908777--84909039	46	5.7	45	90	3	368	24	24	11	39	1.89
84909011--84909065	26	2.1	26	96	0	101	32	25	7	34	1.83
84908919--84909157	118	2.0	118	95	0	424	27	24	12	36	1.91
84908965--84909111	72	2.0	72	97	0	276	27	24	11	36	1.90
84909037--84909158	46	2.7	46	96	0	217	27	22	13	36	1.91
84911513--84911580	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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