genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87930868--87930918	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
87930868--87930920	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
87930910--87930980	11	5.9	13	68	25	50	40	0	5	53	1.24
87930897--87930982	35	2.5	35	94	0	145	40	0	4	54	1.21
87931125--87931152	13	2.2	13	100	0	56	35	14	7	42	1.73
87931128--87931161	13	2.6	13	90	0	50	41	14	11	32	1.82
87932627--87932705	30	2.8	28	69	16	72	29	5	5	60	1.39
87938813--87938952	40	3.5	40	78	6	133	30	23	18	27	1.98
87943487--87943609	43	2.9	43	78	9	135	28	26	18	26	1.98
87962820--87962859	13	3.2	13	89	10	57	82	0	0	17	0.67
87962820--87962859	12	3.2	12	89	10	55	82	0	0	17	0.67
87967909--87967949	19	2.2	19	100	0	82	41	17	14	26	1.88
87968425--87968465	20	2.0	20	90	0	64	24	34	9	31	1.88
87969120--87969176	27	2.0	31	83	13	77	36	3	1	57	1.26
87970848--87970898	26	1.9	27	84	11	70	23	1	5	68	1.22
87981759--87981794	18	1.9	19	94	5	65	69	0	30	0	0.89
87984776--87985083	129	2.4	129	82	2	321	36	19	18	25	1.95
87986164--87986230	27	2.7	23	73	20	64	62	4	4	28	1.34
87986181--87986348	26	6.5	27	69	11	84	62	7	6	23	1.46
87986292--87986341	25	2.0	26	92	4	84	64	8	6	22	1.43
87986635--87986721	42	2.1	42	97	0	165	55	9	8	27	1.60
87987621--87987658	19	2.0	19	85	10	51	81	0	5	13	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87987924--87987953	7	4.3	7	91	0	51	3	0	40	56	1.16
87990966--87990994	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
87991017--87991072	5	11.4	5	96	3	105	41	0	0	58	0.98
87992248--87992304	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
87992678--87992726	23	2.2	23	92	7	84	12	26	28	32	1.92
87996454--87996482	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
87996505--87996545	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
87997723--87997779	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
87998162--87998216	21	2.5	22	79	8	67	14	18	25	41	1.88
87998151--87998216	23	3.0	23	77	6	82	15	18	24	42	1.88
87999512--87999548	18	2.1	18	100	0	74	45	10	5	37	1.62
88001153--88001209	30	1.9	30	96	0	105	22	5	3	68	1.25
88000717--88001526	150	5.5	149	88	5	1118	26	6	8	58	1.51
88000732--88001526	304	2.7	294	87	7	1109	26	6	8	58	1.51
88001963--88002018	27	2.1	27	87	12	80	50	10	0	39	1.37
88002046--88002089	20	2.3	19	80	4	52	0	27	0	72	0.85
88002060--88002084	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
88002928--88003006	38	2.1	39	88	7	117	32	0	22	44	1.53
88003552--88003791	128	1.9	127	85	2	329	35	17	17	30	1.92
88008447--88008580	48	2.8	46	84	7	153	55	5	8	31	1.52
88010049--88010256	69	3.0	69	85	2	265	45	22	7	25	1.78
88027350--88027465	58	2.0	60	83	8	148	50	5	0	43	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88027456--88027492	12	2.9	13	88	8	58	51	0	8	40	1.32
88027450--88027491	12	3.4	12	87	6	57	50	2	7	40	1.43
88027448--88027525	25	3.4	21	81	12	66	58	2	3	34	1.30
88027475--88027525	23	2.3	21	86	6	66	62	1	1	33	1.17
88030463--88030535	16	4.6	16	86	3	85	42	5	23	28	1.76
88030704--88030744	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
88030780--88030812	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
88035558--88035626	30	2.3	31	85	7	88	49	20	8	21	1.76
88037985--88038037	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
88039343--88039502	26	6.2	26	85	0	221	35	23	7	33	1.83
88039364--88039502	52	2.7	52	95	0	251	34	23	7	34	1.83
88045030--88045137	26	4.2	26	89	0	171	35	24	7	33	1.83
88049446--88049485	19	2.0	20	85	4	55	32	22	5	40	1.76
88052562--88052600	6	6.5	6	100	0	78	33	0	66	0	0.92
88056058--88056082	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
88058929--88058969	20	2.0	20	100	0	82	29	24	9	36	1.87
88060307--88060367	13	4.7	13	72	8	52	45	1	11	40	1.50
88063643--88063832	39	4.8	39	90	3	154	27	27	24	20	1.99
88063665--88063832	39	4.3	39	90	3	232	26	27	25	20	1.99
88066444--88066547	2	52.0	2	100	0	208	50	50	0	0	1.00
88066693--88066742	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
88069184--88069373	39	4.8	39	90	3	154	27	27	24	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88069206--88069373	39	4.3	39	90	3	232	26	27	25	20	1.99
88071904--88072036	51	2.6	50	83	3	169	36	22	12	28	1.91
88081288--88081316	13	2.3	13	94	5	51	72	3	0	24	1.00
88088586--88088633	25	1.9	25	82	0	60	22	2	10	64	1.35
88091647--88091702	8	6.6	8	73	18	51	26	3	0	69	1.04
88091647--88091702	17	3.3	16	76	14	51	26	3	0	69	1.04
88091644--88091720	35	2.2	34	80	13	86	27	2	1	68	1.10
88091680--88091724	19	2.4	19	82	13	58	24	0	2	73	0.95
88093776--88093804	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
88094351--88094410	29	2.1	29	100	0	120	35	41	3	20	1.68
88106796--88106891	47	2.0	47	100	0	192	33	10	16	39	1.83
88116568--88116600	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
88117815--88117874	27	2.2	28	84	3	77	31	11	10	46	1.73
88118453--88118590	73	1.9	73	95	0	249	23	17	31	27	1.97
88120622--88120667	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
88120629--88120673	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
88124097--88124125	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
88130762--88130809	26	1.9	24	84	16	62	33	0	2	64	1.05
88130849--88130911	27	2.3	27	77	0	63	19	30	22	28	1.98
88131289--88131334	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
88131425--88131543	60	2.0	60	88	0	175	52	11	0	34	1.44
88133456--88133494	21	1.9	20	84	5	51	28	23	7	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88136194--88136233	21	1.9	21	84	0	53	22	10	35	32	1.87
88144958--88144991	17	1.9	17	94	5	59	70	0	17	11	1.16
88146869--88146906	19	2.0	19	94	0	67	26	10	28	34	1.90
88151750--88151779	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
88159468--88159504	17	2.2	17	90	0	56	18	27	27	27	1.98
88160963--88160993	16	1.9	16	93	0	53	16	6	12	64	1.47
88164189--88164277	20	4.4	20	76	5	83	41	20	23	14	1.89
88164744--88164770	12	2.2	12	100	0	54	25	22	7	44	1.79
88166194--88166270	39	2.0	39	100	0	154	45	20	12	20	1.84
88167673--88167721	19	2.7	19	78	12	50	61	8	0	30	1.25
88169861--88169934	30	2.5	30	81	0	85	47	2	4	45	1.35
88171277--88171310	16	2.0	18	88	11	54	23	0	20	55	1.43
88179434--88179542	57	1.9	57	83	3	139	35	16	10	37	1.82
88179703--88179739	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
88180874--88180952	31	2.5	32	71	19	74	30	1	1	67	1.07
88182861--88183086	59	3.8	59	85	5	278	33	5	7	53	1.53
88188414--88188452	4	9.8	4	88	0	60	28	0	25	46	1.53
88189813--88189856	22	2.0	22	100	0	88	54	4	13	27	1.58
88196988--88197057	29	2.5	26	80	14	86	47	1	1	50	1.19
88197004--88197055	13	3.4	16	71	17	56	51	1	0	46	1.12
88197064--88197106	13	3.3	13	83	9	61	53	0	0	46	1.00
88214095--88214152	29	2.0	29	89	0	89	20	12	5	62	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88214882--88214916	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
88217170--88217202	11	3.1	11	86	4	50	63	0	0	36	0.95
88217161--88217210	18	2.8	18	78	3	57	64	0	0	36	0.94
88217157--88217213	23	2.6	21	77	22	55	64	0	0	35	0.93
88226127--88226919	262	3.0	262	99	0	1570	38	15	20	25	1.92
88228969--88229028	31	2.0	31	86	3	86	41	8	8	41	1.65
88230848--88230897	24	2.1	24	84	0	64	30	6	10	54	1.58
88231783--88231851	7	10.1	7	69	12	54	42	37	5	14	1.70
88236907--88236932	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
88239402--88239437	17	2.1	18	90	10	58	77	2	0	19	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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