genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9530760--9530835	38	2.0	38	84	2	100	13	18	28	39	1.88
9531819--9531862	22	2.0	22	82	4	54	54	9	11	25	1.65
9535411--9535450	12	3.2	12	80	19	55	35	0	0	65	0.93
9535960--9535996	18	2.1	19	90	10	60	43	0	5	51	1.24
9535992--9536035	22	2.0	22	86	0	61	61	0	0	38	0.96
9538945--9539016	28	2.7	27	75	16	69	62	1	8	27	1.32
9539053--9539136	24	3.7	24	67	20	72	55	1	8	34	1.37
9539889--9540163	46	6.0	46	93	0	451	41	14	23	21	1.89
9539888--9540163	138	2.0	138	98	0	534	40	14	23	21	1.90
9539903--9540211	46	6.6	46	90	1	429	41	14	23	20	1.89
9555714--9556125	125	3.2	124	76	9	371	25	14	18	40	1.90
9557376--9557428	24	2.0	26	82	13	65	52	0	1	45	1.11
9560072--9560160	38	2.3	39	84	7	110	33	1	2	62	1.15
9560632--9560675	22	2.0	21	86	4	61	61	0	0	38	0.96
9568779--9568938	25	6.4	25	69	11	96	31	21	26	20	1.98
9568785--9568892	52	2.1	50	81	6	119	30	22	25	22	1.99
9571708--9572093	93	4.2	93	77	4	348	27	14	17	40	1.88
9571749--9572093	186	1.9	186	80	3	417	27	14	17	41	1.88
9574075--9574208	59	2.3	59	90	0	214	26	13	12	47	1.79
9574075--9574164	28	3.1	28	67	9	81	27	11	12	48	1.74
9574094--9574232	31	4.6	31	75	7	124	28	14	12	45	1.81
9578015--9578043	3	9.7	3	100	0	58	31	68	0	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9578474--9578499	6	4.3	6	100	0	52	15	69	0	15	1.20
9578483--9578569	36	2.4	36	98	0	165	13	51	18	16	1.76
9583371--9583750	188	2.0	188	100	0	760	32	16	13	37	1.88
9587350--9587376	8	3.4	8	100	0	54	62	0	22	14	1.31
9591354--9591387	15	2.3	15	90	10	52	55	0	11	32	1.36
9592321--9592355	18	1.9	18	88	0	52	71	0	22	5	1.07
9593081--9593565	177	2.7	177	82	6	545	27	22	19	31	1.98
9593332--9593433	44	2.3	44	83	5	116	28	21	22	27	1.99
9593360--9593456	44	2.2	44	81	0	113	24	24	22	27	2.00
9593406--9593697	133	2.2	133	89	3	437	26	20	20	32	1.97
9593070--9593610	177	3.1	173	78	7	543	27	21	20	30	1.98
9593239--9594007	310	2.5	309	83	5	948	26	22	20	30	1.98
9593509--9593846	177	1.9	176	83	3	428	26	20	20	31	1.98
9593406--9593743	133	2.5	133	84	3	360	26	21	20	31	1.98
9593779--9594236	44	10.4	44	66	10	209	25	22	20	30	1.98
9593735--9594236	132	3.8	130	87	3	668	25	22	20	30	1.98
9605896--9605949	23	2.3	25	81	9	69	44	0	0	55	0.99
9606435--9606486	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
9608280--9608305	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
9613573--9613599	11	2.5	11	100	0	54	40	22	11	25	1.87
9623188--9623272	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
9623343--9623498	47	3.3	46	83	4	181	27	28	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9634848--9635045	62	3.2	62	94	1	308	43	9	11	35	1.73
9635528--9635564	18	2.0	19	89	5	58	56	0	10	32	1.34
9637170--9637226	29	1.9	30	82	10	73	22	3	5	68	1.25
9638574--9638635	31	2.0	32	90	3	99	43	6	9	40	1.63
9642371--9642396	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
9649132--9649169	19	2.0	19	94	0	67	60	0	0	39	0.97
9649510--9649562	22	2.4	23	84	9	67	50	1	0	47	1.12
9652038--9652721	340	2.0	340	99	0	1350	35	8	15	40	1.77
9670611--9670659	25	2.0	25	100	0	98	44	18	8	28	1.78
9678610--9678649	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
9680991--9681079	43	2.1	43	100	0	178	11	10	20	58	1.61
9695066--9695092	13	2.1	13	100	0	54	29	25	7	37	1.83
9703450--9703521	21	3.5	21	68	11	67	29	15	19	36	1.92
9703437--9703519	41	2.0	41	97	0	157	30	16	18	34	1.93
9705990--9706136	73	2.0	73	93	0	249	39	10	19	30	1.86
9710746--9710809	30	2.1	30	100	0	128	28	15	17	39	1.90
9710794--9710863	29	2.3	29	85	4	86	22	14	15	47	1.82
9714252--9714415	35	4.5	38	76	13	141	31	22	12	33	1.91
9714247--9714415	74	2.4	74	80	7	179	31	21	12	33	1.91
9715803--9715856	26	2.1	26	83	13	67	29	3	7	59	1.42
9717135--9717195	16	3.6	17	78	8	54	49	0	0	50	1.00
9735622--9735704	30	2.7	31	88	3	116	32	21	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9735731--9735959	114	2.0	114	89	1	352	39	21	9	30	1.84
9739341--9739426	19	4.5	19	71	7	66	41	19	6	31	1.78
9739620--9739686	24	2.8	24	95	0	116	34	16	23	25	1.95
9742839--9742865	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
9746144--9746170	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
9748471--9748545	18	4.1	17	69	25	55	10	10	2	76	1.13
9748554--9748580	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
9749512--9749563	25	2.1	25	85	0	68	42	15	7	34	1.75
9764545--9764593	24	2.0	24	84	7	64	44	6	0	48	1.27
9765281--9765310	15	2.0	15	93	0	51	26	10	13	50	1.73
9770499--9770558	30	2.0	30	96	0	111	16	15	23	45	1.85
9774875--9774915	19	2.0	21	86	9	59	31	9	2	56	1.45
9783230--9783268	12	3.3	12	89	7	62	38	0	0	61	0.96
9783234--9783269	11	3.2	11	92	4	54	38	0	0	61	0.96
9783391--9783453	30	2.1	30	84	0	81	60	9	3	26	1.43
9786198--9786250	23	2.3	23	74	6	54	18	3	9	67	1.33
9786492--9786734	41	5.9	42	79	6	230	38	17	21	22	1.93
9786576--9786757	39	4.6	39	83	9	203	39	21	20	18	1.92
9786481--9786790	42	7.8	40	79	8	253	37	18	22	21	1.94
9789981--9790031	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
9789991--9790033	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
9798971--9799520	89	6.2	94	71	16	336	34	19	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9799120--9799535	89	4.7	87	75	11	416	32	19	18	28	1.96
9799018--9799433	176	2.4	177	90	1	638	34	20	18	26	1.95
9799018--9799531	176	2.9	173	85	4	577	34	19	19	27	1.96
9799120--9799559	87	5.0	86	73	12	333	33	19	19	28	1.96
9799564--9799799	88	2.7	90	84	5	286	31	20	22	26	1.98
9799742--9800097	134	2.6	134	87	2	473	32	19	21	25	1.97
9799742--9800020	44	6.2	44	69	11	165	31	18	22	26	1.97
9800502--9800552	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
9800512--9800554	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
9803217--9803456	39	6.1	38	85	5	275	32	29	20	17	1.96
9803234--9803456	78	2.8	78	88	2	322	31	28	21	18	1.97
9803244--9803456	117	1.8	117	88	4	331	31	29	20	18	1.96
9803529--9803610	28	2.9	28	83	0	101	29	24	10	35	1.90
9807811--9808181	176	2.2	164	84	6	474	33	19	18	27	1.96
9809334--9809428	23	4.1	23	79	6	86	33	5	1	60	1.26
9813686--9813836	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
9821224--9821343	53	2.3	53	89	0	177	28	25	19	27	1.98
9822967--9823026	28	2.0	33	84	15	85	38	3	1	56	1.26
9823621--9823673	22	2.4	22	87	6	72	28	5	22	43	1.76
9834323--9834359	16	2.4	16	82	17	51	62	5	0	32	1.18
9835418--9835460	22	1.9	22	85	4	59	65	0	13	20	1.27
9839878--9839920	22	2.0	22	90	0	68	55	11	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9842746--9842855	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
9844470--9844609	27	5.2	27	84	2	156	19	24	20	35	1.95
9844470--9844609	54	2.6	55	86	2	176	19	24	20	35	1.95
9851566--9851670	42	2.4	43	82	3	140	16	23	24	35	1.95
9851581--9851660	21	3.7	21	93	3	124	13	26	27	32	1.94
9854219--9854319	50	2.0	50	94	3	177	32	18	16	31	1.94
9854553--9854682	42	3.1	42	93	0	215	36	16	18	28	1.92
9860257--9860336	30	2.7	30	88	3	117	36	21	12	30	1.90
9861573--9861639	23	3.0	22	77	18	75	25	0	10	64	1.25
9861573--9861639	22	3.0	23	76	6	75	25	0	10	64	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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