genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87384006--87384434	47	9.1	47	93	1	698	28	30	8	32	1.87
87387469--87387515	24	2.0	24	82	0	58	46	19	6	27	1.74
87387836--87387918	41	2.0	42	83	6	107	31	30	18	20	1.96
87389444--87389479	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
87400936--87401043	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
87407535--87407612	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
87407565--87407892	174	1.9	174	98	0	629	30	14	24	31	1.94
87411375--87411482	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
87414977--87415034	26	2.2	26	84	6	73	18	24	18	37	1.94
87417824--87418042	46	4.7	46	73	15	155	23	29	19	27	1.98
87421921--87421978	16	3.2	17	79	16	64	46	0	29	24	1.53
87422397--87422429	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
87422397--87422431	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
87424631--87424781	64	2.4	64	85	0	185	25	17	24	32	1.97
87425195--87425245	22	2.3	23	89	3	77	13	3	49	33	1.61
87425203--87425254	22	2.3	22	83	6	59	15	5	51	26	1.65
87426759--87426856	19	5.2	19	87	7	146	38	10	16	34	1.82
87426759--87426856	36	2.6	37	87	9	135	38	10	16	34	1.82
87433802--87433839	12	3.2	12	85	3	51	81	0	18	0	0.69
87433802--87433850	20	2.6	19	90	9	82	83	0	16	0	0.64
87434793--87435823	84	12.3	84	88	3	1546	30	22	21	25	1.99
87434795--87435823	334	3.1	333	89	4	1527	30	22	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87434793--87435823	418	2.5	418	92	0	1706	30	22	21	25	1.99
87436564--87436642	19	4.2	19	77	9	90	40	8	13	36	1.76
87436570--87436642	36	2.0	38	86	5	105	41	9	12	36	1.75
87438407--87438495	44	2.0	44	97	0	169	34	16	8	39	1.80
87441724--87441793	16	4.4	16	90	0	86	31	0	32	35	1.58
87441772--87441866	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
87442026--87442060	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87442694--87442724	6	5.2	6	100	0	62	16	35	16	32	1.91
87445215--87445258	20	2.2	20	100	0	88	63	13	13	9	1.51
87448085--87448138	21	2.8	18	74	15	54	46	0	3	50	1.19
87449104--87449192	7	12.7	7	79	0	79	21	0	34	43	1.53
87449104--87449190	35	2.5	36	83	3	124	21	0	33	44	1.53
87449478--87449717	124	1.9	122	80	4	275	35	20	19	25	1.96
87452644--87452705	25	2.5	25	84	2	81	6	4	24	64	1.37
87453716--87453752	17	2.3	17	86	9	51	40	2	5	51	1.39
87466129--87466169	15	2.7	15	88	0	64	80	0	19	0	0.71
87466125--87466176	19	2.7	19	85	8	61	76	0	21	1	0.87
87469462--87469531	16	4.4	16	92	0	95	31	0	34	34	1.58
87469510--87469604	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
87469764--87469798	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87470432--87470456	6	4.2	6	100	0	50	16	36	16	32	1.90
87481470--87481506	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87481601--87481635	14	2.5	14	90	0	52	54	2	8	34	1.46
87481923--87482077	73	2.1	73	79	4	170	17	21	15	45	1.85
87496371--87496471	45	2.3	44	83	11	127	28	20	21	28	1.98
87496095--87496628	178	3.0	177	86	3	725	29	19	22	29	1.98
87496305--87496580	89	3.1	87	67	14	222	27	19	24	27	1.99
87505378--87505425	17	2.8	17	70	0	51	35	0	0	64	0.94
87505618--87505656	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
87505637--87505682	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
87509215--87509257	21	1.9	24	86	13	65	41	6	4	46	1.51
87509518--87509604	40	2.2	40	89	2	129	28	10	11	49	1.72
87509868--87509935	23	3.0	23	71	16	61	41	13	16	29	1.86
87518230--87518297	16	4.2	16	92	0	109	29	0	35	35	1.58
87518278--87518368	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
87518533--87518567	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87518427--87518734	157	2.0	158	94	0	546	44	2	4	47	1.38
87518670--87518721	15	3.5	15	84	5	61	51	1	0	46	1.12
87519151--87519175	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
87524629--87524892	68	3.9	68	90	0	402	25	22	24	27	2.00
87525072--87525117	23	2.0	23	100	0	92	52	17	13	17	1.75
87525076--87525114	10	3.6	10	81	18	51	51	20	12	15	1.76
87525161--87525283	45	2.7	45	85	0	156	34	17	22	24	1.96
87526405--87526522	59	2.0	59	98	0	227	17	30	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87526865--87527097	3	77.3	3	67	8	64	25	7	5	61	1.43
87527362--87527463	3	33.7	3	73	9	82	31	5	2	59	1.36
87527589--87527625	14	2.9	12	88	11	56	27	2	5	64	1.28
87531869--87531893	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
87531929--87532101	85	2.0	85	98	0	337	24	27	10	36	1.88
87532912--87532960	25	2.0	25	83	0	62	20	18	4	57	1.57
87534003--87534031	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
87534330--87534376	13	3.6	13	77	11	51	51	0	2	46	1.13
87538959--87539279	165	1.9	165	90	1	509	41	17	9	31	1.80
87540069--87540138	34	2.1	34	81	10	81	51	11	2	34	1.53
87542222--87542354	27	5.0	27	82	6	164	34	21	24	18	1.96
87542218--87542357	54	2.6	54	90	2	228	35	21	25	18	1.96
87545511--87545688	3	59.0	3	70	14	91	30	5	2	61	1.31
87545493--87545562	9	7.4	9	71	15	52	37	4	1	57	1.27
87545591--87545677	34	2.5	33	78	15	95	29	3	3	63	1.27
87545617--87545688	16	4.6	16	81	13	69	30	2	4	62	1.28
87545680--87545956	145	2.0	140	79	11	302	32	3	5	57	1.41
87546123--87546173	25	2.0	27	84	7	70	33	7	7	50	1.60
87546410--87546480	25	2.8	25	78	4	88	33	7	5	53	1.51
87547527--87547594	25	2.8	24	81	16	77	55	1	5	36	1.33
87547527--87547607	25	3.4	24	77	15	71	55	2	6	35	1.38
87547563--87547611	22	2.3	21	86	13	66	55	4	4	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87547901--87547964	19	3.3	19	70	12	67	65	1	3	29	1.17
87547899--87547977	39	2.0	39	97	0	149	65	2	3	27	1.22
87549223--87549256	11	2.9	12	86	8	52	14	0	14	70	1.17
87549470--87550106	44	14.4	44	77	3	553	27	20	19	32	1.97
87549499--87550106	88	6.9	88	82	1	624	27	21	19	32	1.97
87549470--87550055	132	4.4	132	82	1	620	27	21	19	31	1.97
87555895--87555921	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
87556882--87557009	39	3.3	39	85	0	184	21	25	20	32	1.98
87565353--87565420	25	2.8	24	81	16	77	55	1	5	36	1.33
87565389--87565431	22	2.0	21	86	13	61	55	4	4	34	1.41
87565528--87565582	25	2.3	24	84	6	67	63	7	1	27	1.31
87567590--87567615	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
87567715--87567786	35	2.1	33	87	7	99	22	16	8	52	1.70
87568199--87568246	21	2.3	21	85	3	62	25	6	2	66	1.26
87568193--87568273	35	2.3	33	79	12	83	28	6	1	64	1.25
87568446--87568500	22	2.5	21	82	5	56	32	1	7	58	1.36
87568700--87568756	28	2.0	28	96	0	105	40	7	12	40	1.70
87570234--87570271	19	1.9	19	89	5	58	36	0	18	44	1.50
87573118--87573171	14	3.8	14	77	20	58	83	7	9	0	0.82
87573128--87573166	18	2.2	18	86	9	53	84	10	5	0	0.76
87574765--87574893	64	2.0	65	90	1	206	31	19	15	34	1.93
87575150--87575459	41	7.3	40	66	18	155	37	21	22	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87575139--87575830	85	8.1	85	89	2	994	36	21	23	19	1.95
87575138--87575830	342	2.0	341	89	3	1054	36	21	23	19	1.95
87575842--87575932	44	2.1	44	87	0	128	28	19	28	23	1.98
87576884--87576982	15	7.0	13	70	26	53	28	8	0	63	1.22
87576873--87576935	29	2.2	28	81	13	74	28	9	0	61	1.27
87576902--87576946	15	2.9	15	90	9	65	26	6	0	66	1.16
87576891--87576954	20	3.3	20	77	16	73	26	7	0	65	1.19
87576902--87576956	17	3.4	16	82	14	60	27	7	0	65	1.19
87576891--87576965	20	3.9	20	77	13	61	29	8	0	62	1.23
87576881--87576969	37	2.4	39	71	21	91	30	7	0	61	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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