genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84137413--84137480	24	2.8	24	88	0	91	11	36	33	17	1.86
84137434--84137481	24	2.0	24	100	0	96	8	41	37	12	1.73
84140947--84141068	58	2.1	59	87	4	176	34	22	18	24	1.96
84141463--84141512	24	2.1	24	96	0	91	10	38	34	18	1.84
84141628--84142626	42	23.7	42	77	8	766	17	32	31	18	1.94
84141628--84142522	127	7.1	125	77	9	732	17	33	31	18	1.94
84141626--84142626	169	5.9	167	79	8	942	17	32	31	18	1.94
84142085--84142653	85	6.7	83	77	10	374	17	30	31	19	1.95
84153678--84153858	42	4.2	41	79	12	168	12	28	41	18	1.86
84161737--84161866	42	3.0	41	82	8	138	17	29	33	20	1.95
84178027--84180331	42	54.5	43	80	5	2149	18	32	32	16	1.93
84178027--84180331	85	27.2	86	80	5	2227	18	32	32	16	1.93
84178027--84180325	169	13.6	170	81	4	2338	18	32	32	16	1.93
84179554--84179621	23	3.1	23	63	16	63	19	27	30	22	1.97
84178027--84180331	127	18.2	127	80	4	2224	18	32	32	16	1.93
84180517--84180593	24	3.2	24	77	3	93	19	33	36	10	1.86
84180989--84181110	58	2.1	59	89	1	183	24	20	22	31	1.98
84181770--84181795	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
84184576--84184647	35	2.1	35	89	0	108	37	11	25	26	1.89
84201480--84202332	85	10.0	84	82	3	965	17	34	32	15	1.92
84201483--84202332	256	3.3	251	86	3	1067	17	34	32	15	1.92
84201460--84202332	128	6.8	124	77	6	752	17	34	31	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84202337--84202415	24	3.3	24	85	5	106	20	35	37	6	1.78
84202633--84202831	42	4.7	42	75	7	179	20	34	27	17	1.95
84206668--84206697	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
84211781--84211810	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
84216419--84216589	41	4.2	43	81	10	189	18	39	28	13	1.88
84216419--84216589	84	2.1	80	81	10	195	18	39	28	13	1.88
84216733--84216982	41	6.4	41	69	20	153	16	35	31	16	1.92
84216893--84217018	41	3.3	39	73	12	118	15	38	31	13	1.87
84216890--84217088	83	2.5	79	80	8	235	16	34	31	17	1.92
84216766--84217096	83	4.2	79	73	17	228	16	33	32	17	1.93
84217124--84217191	23	3.0	23	83	8	86	19	35	38	7	1.79
84228265--84228372	7	14.6	7	68	21	60	62	0	6	31	1.21
84228259--84228394	15	9.1	14	66	18	53	61	2	5	31	1.30
84228259--84228394	30	4.5	28	68	20	80	61	2	5	31	1.30
84228258--84228372	10	11.1	10	68	22	60	60	0	6	32	1.27
84228314--84228356	17	2.7	16	78	7	52	62	0	4	32	1.15
84228549--84228601	24	2.3	22	77	20	63	62	0	5	32	1.19
84230180--84230717	44	12.2	44	84	0	556	29	27	12	30	1.93
84244765--84244950	43	4.3	43	84	4	223	25	19	15	39	1.91
84244765--84245022	86	3.0	85	82	4	286	26	17	15	40	1.89
84244802--84245022	43	5.1	43	87	0	253	26	17	15	41	1.89
84245052--84245151	43	2.3	43	91	3	157	28	13	18	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84244929--84245136	110	1.9	110	82	2	265	28	12	17	40	1.87
84249158--84249285	47	2.7	47	82	0	139	32	28	16	23	1.96
84260344--84260397	27	2.0	27	96	0	99	53	3	25	16	1.59
84261186--84261376	96	2.0	97	88	1	285	32	26	13	27	1.93
84262277--84262318	14	2.9	15	82	13	52	78	0	4	16	0.91
84262283--84262330	16	2.9	16	87	3	60	79	0	6	14	0.92
84265564--84265609	23	2.0	23	100	0	92	43	26	21	8	1.81
84268295--84268332	20	1.9	20	88	0	58	71	2	5	21	1.19
84277516--84277558	17	2.3	18	80	19	52	62	0	6	30	1.21
84278918--84278977	17	3.2	19	83	13	79	40	10	15	35	1.80
84284602--84284672	12	5.9	12	75	18	67	81	0	16	1	0.76
84284602--84284667	19	3.4	18	82	15	78	81	0	16	1	0.76
84284624--84284673	7	6.9	8	84	15	65	82	0	18	0	0.68
84284601--84284672	20	3.5	19	83	16	83	81	0	16	1	0.75
84284609--84284673	28	2.4	28	90	10	100	81	0	18	0	0.69
84284613--84284680	19	3.7	19	72	20	63	77	0	20	1	0.84
84285622--84286148	84	6.3	84	88	4	764	30	23	22	24	1.99
84285631--84285854	43	5.3	43	69	16	189	30	20	22	26	1.98
84286855--84286916	19	3.2	19	90	4	97	38	9	16	35	1.81
84292218--84292929	76	9.4	75	68	11	247	38	17	15	28	1.90
84292251--84292653	76	5.3	75	72	9	264	37	18	15	28	1.91
84292376--84292653	150	1.9	150	84	6	375	38	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84292828--84293002	75	2.4	74	78	7	192	38	16	14	29	1.89
84293204--84293270	30	2.2	30	84	5	82	43	14	20	20	1.88
84297585--84297649	34	1.9	34	90	0	103	29	18	20	32	1.96
84305146--84305186	21	2.0	21	90	0	64	21	26	21	29	1.99
84305147--84305192	21	2.2	21	84	0	56	23	28	21	26	1.99
84307061--84307117	26	2.1	28	87	9	82	42	3	14	40	1.62
84307613--84307650	4	9.5	4	94	0	67	21	0	26	52	1.47
84307810--84307855	12	3.9	12	79	20	53	23	2	6	67	1.25
84312852--84313023	43	4.0	43	70	13	138	27	16	23	32	1.96
84317145--84317652	51	10.8	49	72	13	250	34	16	19	30	1.93
84317190--84317557	89	4.1	89	78	8	368	34	15	19	29	1.93
84317196--84317511	140	2.3	134	79	6	364	35	15	19	29	1.93
84317614--84317750	44	3.1	44	82	0	166	31	15	21	31	1.94
84319009--84319050	22	1.9	22	85	0	57	26	26	9	38	1.87
84321567--84321623	27	2.1	28	83	9	73	42	5	12	40	1.65
84322215--84322266	24	2.1	25	83	16	65	15	7	7	69	1.35
84322298--84322336	12	3.3	11	86	13	51	25	2	5	66	1.25
84322304--84322341	18	2.1	18	85	9	51	23	2	5	68	1.23
84323765--84323821	25	2.3	25	84	6	71	29	1	3	64	1.20
84323960--84323999	20	2.0	19	85	9	53	35	2	5	57	1.34
84328343--84328387	21	2.1	22	84	12	58	42	0	4	53	1.21
84328393--84328443	10	5.1	10	92	0	84	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84339521--84339578	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
84339557--84339647	19	4.9	19	88	8	143	35	14	12	38	1.83
84341217--84341363	49	3.0	49	93	1	258	30	30	8	29	1.88
84341645--84341702	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
84344862--84345202	40	8.5	40	85	3	393	25	28	22	24	1.99
84345510--84345588	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
84345570--84345715	43	3.4	43	98	0	283	27	35	14	22	1.93
84347571--84347649	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
84347767--84347924	49	3.2	48	95	2	273	30	30	7	31	1.85
84348195--84348252	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
84350626--84350849	45	4.9	45	76	7	229	26	26	15	31	1.96
84350789--84351083	78	3.8	78	88	1	430	26	23	17	32	1.97
84362871--84362903	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
84362871--84362904	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
84363135--84363210	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
84363171--84363258	19	4.8	19	91	8	155	36	14	11	37	1.83
84363164--84363258	35	2.6	37	87	12	144	35	15	10	37	1.82
84363185--84363240	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
84363380--84363418	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
84366449--84366493	18	2.4	19	81	3	56	37	22	6	33	1.80
84372156--84372313	40	3.9	41	77	14	168	22	22	29	26	1.99
84385376--84385415	18	2.2	19	86	4	55	62	0	22	15	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84385498--84385542	6	7.3	6	94	2	72	66	0	17	15	1.25
84385620--84385681	26	2.4	26	86	0	79	41	14	9	33	1.79
84398198--84398262	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
84407595--84407641	16	2.9	16	81	12	51	23	0	4	72	1.02
84407601--84407723	20	6.7	18	70	21	69	29	1	1	67	1.09
84407653--84407722	25	2.8	25	79	20	83	35	0	0	64	0.94
84407649--84407907	3	84.0	3	65	24	80	33	3	1	61	1.21
84407649--84407756	29	3.8	29	77	18	86	35	2	0	62	1.10
84407658--84407762	45	2.3	46	82	9	126	36	2	0	60	1.11
84407655--84407856	28	6.8	29	69	21	118	34	2	0	61	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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