genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19671664--19671719	24	2.2	25	78	6	60	50	7	21	21	1.72
19673041--19673136	48	2.0	48	91	0	156	34	30	13	21	1.92
19673706--19673761	24	2.2	26	78	15	64	53	5	19	21	1.65
19675811--19675898	40	2.2	40	86	8	117	42	14	6	36	1.73
19675811--19675898	20	4.4	20	72	0	68	42	14	6	36	1.73
19675826--19675910	20	4.2	20	76	0	89	40	17	4	37	1.71
19676031--19676126	20	4.8	20	73	7	86	37	14	6	41	1.71
19676122--19676160	20	2.0	20	89	0	60	38	15	2	43	1.60
19676243--19676327	40	2.1	41	84	4	109	36	14	3	45	1.62
19676271--19676328	20	3.0	18	75	10	53	39	13	1	44	1.54
19677044--19677085	19	2.3	18	80	15	50	30	2	0	66	1.04
19677136--19677165	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
19690513--19690716	91	2.3	89	83	5	234	33	14	22	29	1.94
19690971--19691089	61	2.0	61	96	0	220	21	10	17	50	1.75
19700772--19700839	29	2.3	29	80	14	77	33	5	14	45	1.69
19702928--19702969	22	2.0	21	85	4	57	52	7	11	28	1.64
19703130--19703177	21	2.2	21	79	13	53	47	6	6	39	1.54
19717201--19717233	17	1.9	17	100	0	66	21	18	6	54	1.64
19721802--19721826	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
19726528--19726702	40	4.4	40	79	0	179	46	24	13	14	1.81
19726528--19726702	80	2.2	80	81	0	197	46	24	13	14	1.81
19729329--19729447	53	2.3	52	79	7	134	52	2	4	41	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19731328--19731406	28	2.7	29	80	13	90	45	36	2	15	1.59
19732332--19732385	28	1.9	28	92	0	90	5	14	31	48	1.67
19735916--19735963	16	3.2	14	77	8	51	45	35	0	18	1.50
19735931--19735980	25	2.0	25	84	7	66	50	32	0	18	1.47
19736188--19736220	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
19736305--19736402	31	3.1	30	74	11	90	44	4	2	48	1.33
19737659--19737695	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
19748038--19748206	88	1.9	88	100	0	338	30	18	12	38	1.88
19754966--19755009	19	2.3	19	84	0	52	70	4	0	25	1.06
19755182--19755217	9	4.3	9	83	16	51	77	0	0	22	0.76
19755183--19755233	16	3.2	16	78	13	61	74	0	0	25	0.82
19755143--19755234	23	4.0	23	70	11	62	68	2	0	29	1.01
19758410--19758462	25	2.2	24	86	3	70	18	20	20	39	1.92
19760512--19760594	39	2.1	39	84	8	107	60	1	3	34	1.22
19760510--19760626	16	6.9	16	68	26	57	60	1	3	34	1.23
19760659--19760700	16	2.6	16	92	7	68	61	2	0	35	1.09
19764293--19764384	48	1.9	48	100	0	184	35	18	18	27	1.94
19771287--19771372	40	2.1	41	97	2	165	27	13	2	55	1.51
19772575--19772616	12	3.5	12	87	9	59	45	0	0	54	0.99
19772574--19772611	19	2.0	19	90	10	60	42	0	0	57	0.98
19772703--19772758	24	2.4	24	82	5	71	53	3	1	41	1.29
19775428--19775467	20	2.0	20	85	5	53	67	0	10	22	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19780214--19780270	25	2.3	25	93	0	96	31	28	19	21	1.97
19780193--19780279	25	3.5	25	80	1	86	33	25	19	21	1.97
19782392--19782501	53	2.1	53	91	3	177	31	3	2	61	1.27
19783388--19783412	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
19787573--19788069	126	4.0	126	89	2	705	27	16	17	38	1.91
19788105--19788181	28	2.6	30	79	4	95	42	18	0	38	1.50
19788105--19788179	29	2.6	27	79	10	78	42	18	0	38	1.51
19788230--19788271	22	1.9	22	90	0	66	40	16	0	42	1.48
19788328--19788380	22	2.4	22	87	0	88	39	16	1	41	1.60
19788373--19788677	56	5.6	57	65	15	169	45	17	1	35	1.57
19788437--19788491	22	2.5	22	87	0	83	45	14	0	40	1.45
19788132--19788722	109	5.5	108	84	4	742	45	17	1	36	1.56
19788096--19788722	219	2.9	214	85	5	830	45	17	1	36	1.56
19788575--19788638	34	1.9	33	84	9	85	48	18	0	32	1.49
19788617--19788666	22	2.3	22	89	3	75	52	16	0	32	1.44
19788651--19788703	22	2.4	22	83	0	70	41	15	0	43	1.46
19790971--19791007	16	2.4	16	90	4	58	43	13	0	43	1.44
19791028--19791052	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
19794409--19794443	10	3.5	10	88	11	54	54	5	14	25	1.62
19809953--19810022	35	2.0	35	91	0	113	67	8	10	14	1.42
19809953--19810040	35	2.7	32	78	15	90	67	7	9	15	1.41
19813041--19813071	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19814154--19814207	22	2.5	22	96	0	99	18	18	11	51	1.74
19817976--19818044	32	2.2	32	89	0	102	34	8	18	37	1.82
19823492--19823532	4	10.0	4	84	5	55	51	2	0	46	1.14
19823489--19823532	12	3.6	12	87	6	61	54	2	0	43	1.12
19826189--19826219	15	2.1	15	93	0	53	70	3	0	25	1.02
19826301--19826334	3	11.3	3	93	0	59	64	2	0	32	1.08
19826551--19826775	3	74.0	3	65	15	70	58	1	9	31	1.38
19826632--19826706	17	4.6	17	73	14	52	58	0	8	33	1.27
19826798--19826840	18	2.4	18	84	7	52	65	0	4	30	1.13
19827483--19827528	4	11.8	4	95	4	85	26	0	23	50	1.50
19829646--19829712	25	2.7	24	81	6	62	52	4	2	40	1.37
19831801--19831827	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
19835755--19835802	19	2.7	18	78	9	53	66	6	4	22	1.32
19836210--19836292	36	2.3	36	82	0	103	34	28	8	27	1.86
19836339--19836369	8	3.9	8	95	0	53	38	22	0	38	1.54
19843681--19843834	4	38.5	4	97	0	290	48	24	1	25	1.59
19849966--19850008	23	2.0	23	86	9	63	34	6	6	51	1.56
19850542--19850584	17	2.5	17	81	11	52	13	9	2	74	1.16
19852666--19852709	19	2.4	19	81	11	56	61	0	0	38	0.96
19852726--19852760	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
19853366--19853426	15	4.0	15	76	4	59	8	13	9	68	1.38
19853367--19853426	31	1.9	31	90	6	95	8	13	10	68	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19859739--19859774	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
19868986--19869170	84	2.2	84	88	0	271	22	37	20	19	1.94
19875371--19875427	24	2.4	23	77	13	62	54	3	0	42	1.17
19876064--19876108	21	2.1	21	87	0	63	57	20	6	15	1.60
19876740--19876770	16	1.9	16	100	0	62	64	0	0	35	0.94
19876998--19877072	32	2.3	32	79	0	87	20	20	22	37	1.94
19877817--19877871	3	18.7	3	84	3	58	1	30	0	67	1.01
19878291--19878347	28	2.0	28	83	6	71	15	19	1	63	1.40
19879426--19879501	17	4.3	18	70	12	52	36	0	2	60	1.11
19879464--19879520	19	3.1	19	85	12	66	36	0	5	57	1.21
19886604--19886637	17	2.1	17	94	5	61	26	5	11	55	1.58
19889681--19889723	20	2.2	20	91	0	68	13	18	39	27	1.89
19891687--19891736	24	2.0	25	81	11	59	4	30	0	66	1.10
19909067--19909327	128	2.0	128	97	0	495	36	18	15	29	1.92
19910612--19910661	9	5.6	9	83	9	66	78	0	0	22	0.76
19910624--19910658	6	5.8	6	96	0	61	80	0	0	20	0.72
19910885--19911012	3	42.3	3	73	7	98	60	2	7	28	1.37
19910937--19911021	22	3.9	23	73	15	74	61	1	9	28	1.35
19913975--19914057	31	2.6	31	82	3	94	62	19	2	15	1.43
19919926--19920053	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
19919926--19920053	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
19920172--19920606	241	1.8	241	96	0	807	32	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19920729--19920778	23	2.2	23	96	0	91	36	16	14	34	1.88
19923239--19923268	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
19925227--19925282	29	1.9	29	85	7	78	26	0	23	50	1.50
19925571--19925868	41	7.3	41	85	4	311	24	18	23	33	1.97
19925571--19925877	122	2.5	122	82	3	359	25	19	23	32	1.97
19926956--19927094	34	4.1	34	85	0	188	33	17	18	30	1.94
19927250--19927396	34	4.3	34	85	0	186	36	16	13	33	1.88
19926956--19927532	302	1.9	303	87	2	838	33	18	17	31	1.94
19933830--19933860	15	2.0	16	93	6	55	12	3	0	83	0.75
19936056--19936124	23	3.0	23	76	4	77	55	1	0	43	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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