Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  93829987

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   

This is table  76  of  295  ( 35342 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21919080--21919145
26
2.5
26
87
0
105
31
7
25
34
1.84
21920341--21920378
19
2.1
18
90
5
58
63
2
0
34
1.09
21920315--21920379
30
2.2
29
83
2
76
55
1
0
43
1.09
21931978--21932002
5
5.0
5
100
0
50
60
0
0
40
0.97
21934193--21934258
34
1.9
34
90
0
105
51
24
1
22
1.57
21934675--21934755
40
2.0
40
92
0
135
32
12
17
38
1.87
21935572--21935599
6
4.7
6
100
0
56
14
14
0
71
1.15
21935582--21935704
57
2.1
58
83
4
151
24
20
7
47
1.75
21939267--21939308
19
2.2
19
86
0
57
35
4
7
52
1.50
21940176--21940228
26
2.0
26
85
7
72
39
22
3
33
1.72
21942873--21942898
3
8.7
3
100
0
52
0
65
0
34
0.93
21963242--21963317
15
4.6
16
75
19
59
63
2
1
32
1.17
21963257--21963338
19
4.5
19
76
11
82
60
1
1
36
1.12
21963256--21963337
35
2.3
36
81
10
105
60
1
1
36
1.12
21969648--21969680
11
3.0
11
83
16
50
69
3
0
27
1.03
21970073--21970117
20
2.2
20
84
0
54
33
2
4
60
1.29
21970259--21970300
21
2.0
21
100
0
84
19
19
19
42
1.89
21979215--21979277
30
2.1
30
90
0
99
23
3
15
57
1.53
21986500--21986528
6
4.8
6
100
0
58
34
0
48
17
1.47
21987334--21987403
26
2.5
30
81
9
85
45
0
1
52
1.09
21987669--21987713
19
2.3
18
82
17
54
2
24
2
71
1.09
21990076--21990155
27
3.0
27
69
22
69
36
1
7
55
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21992028--21992255
46
5.0
46
91
1
341
39
14
22
23
1.91
22004927--22004988
32
1.9
32
90
0
97
20
14
8
56
1.64
22014536--22014573
17
2.3
17
86
4
51
0
7
7
84
0.79
22016066--22016368
126
2.4
126
80
2
306
26
15
20
37
1.92
22027511--22027638
64
2.0
64
93
0
220
32
20
12
35
1.90
22027528--22027628
32
3.2
31
63
20
73
29
18
11
39
1.87
22027799--22028088
133
2.2
133
89
0
436
30
17
20
32
1.95
22028222--22028319
45
2.2
45
87
3
135
32
18
21
27
1.96
22027932--22028536
177
3.4
177
83
1
721
30
19
22
28
1.98
22027743--22028353
311
2.0
311
78
6
648
30
18
21
29
1.97
22030721--22031028
126
2.5
126
82
2
343
28
15
18
37
1.91
22034405--22034441
19
1.9
19
94
0
65
40
2
29
27
1.70
22035155--22035328
75
2.3
75
89
0
267
27
21
20
30
1.98
22041601--22041640
20
2.0
20
100
0
80
25
10
25
40
1.86
22043840--22043968
50
2.5
51
87
5
181
37
16
20
25
1.93
22043944--22044123
31
5.8
31
89
2
272
28
19
26
25
1.99
22044141--22044264
47
2.7
46
84
2
158
29
16
25
29
1.96
22044235--22044349
42
2.7
43
86
4
162
30
13
26
28
1.94
22046063--22046221
75
2.1
74
90
3
248
30
20
20
29
1.97
22046449--22046668
119
1.8
119
95
0
395
35
27
6
30
1.83
22047148--22047197
22
2.3
22
85
0
64
58
12
18
12
1.64
22051442--22051493
15
3.2
15
73
19
50
44
0
1
53
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22051525--22051561
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
22058153--22058222
21
3.5
19
77
11
61
35
10
1
52
1.44
22058155--22058222
22
3.2
20
76
14
66
35
8
1
54
1.41
22064748--22064788
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
22069657--22069686
14
2.1
14
93
0
51
20
13
13
53
1.72
22069872--22069904
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
22070538--22070612
23
3.3
23
94
0
123
38
1
10
49
1.46
22070547--22070611
13
5.5
12
71
22
57
40
1
9
49
1.44
22073785--22073830
23
2.0
23
83
8
58
28
8
30
32
1.87
22079671--22079771
51
2.0
51
84
3
132
53
12
3
29
1.57
22081885--22081955
31
2.3
31
85
0
106
32
18
18
30
1.95
22088176--22088202
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
22099229--22099254
11
2.4
11
100
0
52
38
0
15
46
1.46
22099455--22099494
20
2.1
19
86
9
55
2
15
30
52
1.55
22099464--22099502
20
2.0
20
89
0
60
2
17
33
46
1.62
22103150--22103199
21
2.4
21
96
0
91
32
6
20
42
1.76
22103935--22103981
25
2.0
24
83
8
60
31
10
6
51
1.62
22107843--22107880
19
2.0
19
100
0
76
31
10
10
47
1.72
22112194--22112244
23
2.2
23
96
0
93
49
7
9
33
1.65
22113408--22113450
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
22113416--22113452
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
22113416--22113475
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22113742--22113776
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
22121066--22121096
12
2.7
12
95
5
55
32
12
0
54
1.38
22126497--22126550
25
2.2
25
100
0
108
38
22
11
27
1.88
22146948--22146982
7
4.9
7
96
3
61
57
0
0
42
0.99
22148469--22148524
13
4.3
14
73
15
57
67
1
3
26
1.16
22148705--22148754
26
1.9
26
84
8
66
58
16
4
22
1.55
22152635--22152977
170
2.0
170
94
0
605
30
14
18
36
1.91
22155489--22155553
26
2.5
25
78
7
67
30
0
3
66
1.07
22155593--22155690
27
3.6
27
85
0
124
20
26
26
26
1.99
22156067--22156112
19
2.3
20
96
3
85
47
17
10
23
1.79
22156306--22156398
30
3.1
30
69
22
77
59
8
0
32
1.28
22156268--22156398
60
2.2
60
87
0
181
55
11
0
32
1.41
22157154--22157203
25
1.9
25
84
8
64
66
4
0
30
1.10
22159348--22159416
16
4.3
16
92
0
111
39
4
33
23
1.74
22159396--22159486
46
2.0
46
93
4
159
26
4
30
38
1.76
22159396--22159502
46
2.5
44
85
11
143
28
3
30
36
1.75
22159645--22159800
17
10.5
15
65
30
61
54
2
1
41
1.22
22159650--22159683
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
22159767--22159800
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
22159630--22160119
117
4.3
117
93
3
795
51
3
1
42
1.30
22159879--22159917
17
2.5
15
84
15
60
61
0
0
38
0.96
22159884--22159917
17
2.0
17
100
0
68
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22159950--22159989
20
2.0
21
85
5
55
60
5
0
35
1.19
22159957--22160036
28
2.8
28
81
11
92
56
1
0
42
1.07
22159734--22160069
43
8.3
41
65
24
137
51
4
1
42
1.31
22160079--22160142
32
2.0
32
81
0
74
48
3
0
48
1.17
22163522--22163670
54
2.8
54
81
2
165
27
21
12
38
1.89
22165447--22165493
10
4.7
10
89
7
60
25
8
0
65
1.20
22166195--22166287
39
2.4
39
82
5
109
26
10
4
58
1.51
22166220--22166294
39
2.0
39
87
7
111
25
12
4
58
1.51
22170889--22171727
120
7.0
120
95
1
1335
30
19
16
33
1.93
22170889--22171727
358
2.3
359
91
1
1342
30
19
16
33
1.93
22181961--22181986
13
2.0
13
100
0
52
38
15
7
38
1.76
22183745--22183823
36
2.2
36
82
8
90
53
3
8
34
1.50
22189882--22189938
7
7.6
7
81
18
62
33
0
0
66
0.92
22189887--22189935
10
5.1
10
86
13
68
34
0
0
65
0.93
22191834--22192031
96
2.1
96
90
1
308
25
11
27
35
1.90
22192688--22192736
10
4.9
10
82
12
57
22
8
2
67
1.28
22196538--22198322
595
3.0
593
93
1
2991
23
31
17
26
1.97
22213506--22213549
19
2.3
19
84
7
54
50
2
11
36
1.51
22214306--22214344
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92
22225155--22225195
20
2.0
20
95
0
73
48
2
4
43
1.37
22240353--22240698
172
2.0
172
96
0
638
18
28
9
42
1.82
22240967--22241002
18
2.1
17
94
5
63
25
11
0
63
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22248763--22248800
7
5.4
7
87
0
58
21
0
36
42
1.53
22250320--22250358
20
2.1
19
85
9
53
2
28
17
51
1.59
22257517--22257576
8
7.5
8
73
14
52
58
1
0
40
1.08
22257539--22257569
15
2.1
15
93
0
53
61
0
0
38
0.96
22257620--22257678
20
3.1
19
83
9
75
28
5
0
66
1.13
22257626--22257686
20
3.0
20
73
17
56
31
3
0
65
1.09
22257843--22257892
21
2.4
21
76
6
57
40
28
12
20
1.87
22258022--22258073
26
2.0
26
85
7
70
50
1
1
46
1.23
22259566--22259598
17
1.9
17
93
0
57
6
18
12
63
1.48
22260122--22260197
28
2.9
26
84
5
82
43
9
17
30
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295